Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369492.1
Sequence Length
1491 nt
GC Content
0.6533
GAGAUACCCUGAAACCUCCCCCCUCUGACCCCGCAGCCAGGCCCCAGGCUGGCCGGGAGUGGCCCCUCACACUGGUUCUCCCCACUUUCUCUGCCUGUGGCAUCGAAGGCCCCGGGCACCAUGGCCCAGGCCCUGGGGGAGGACCUGGUGCAGCCUCCCGAGCUGCAGGAUGACUCCAGCUCCUUGGGGUCCGACUCAGAGCUCAGCGGGCCUGGCCCAUAUCGCCAGGCCGACCGCUAUGGAUUCAUUGGGGGCAGCUCAGCAGAGCCAGGGCCGGGCCACCCACCUGCAGACCUCAUCCGCCAACGGGAGAUGAAGUGGGUGGAGAUGACCUCGCACUGGGAGAAAACCAUGUCCCGGCGGUACAAGAAGGUAAAGAUGCAGUGCCGGAAAGGCAUCCCGUCUGCCCUGCGCGCCCGAUGCUGGCCCCUGUUGUGUGGGGCCCAUGUGUGCCAGAAGAACAGCCCUGGCACCUAUCAGGAGCUGGCAGAGGCCCCUGGAGACCCACAGUGGAUGGAGACCAUUGGCAGGGACCUGCACCGUCAAUUCCCUCUGCACGAGAUGUUUGUGUCGCCUCAGGGCCACGGGAGGCCUUCUGGUGCCUGGUGCAGAUCUGUGAGGUCUACCUCCCUGGGUACUACGGGCCCCACAUGGUGCCAGAGUACUGUUCCGUGUGGGGCUGACACUGGUGCGCCUGGCGCUGGGCACUGCAGAGCAGCGAGGGGCCUGCCCUGGCCUCCUGGAGACACUGGGAGCCCUUCGAGCCAUCCCCCCCGCGCAGCUGCAGGAGGAGGCCUUCAUGUCACAGGUGCACAGCGUGGUGCUGUCAGAGCGGGACCUGCAGCGGGAGAUCAAGGCCCAGCUGGCCCAGCUGCCCGAUUCCGCGCCGGGACCCCCGCCCCGGCCACAGGUCCGCCUCGCCGGGGCCCAAGCCAUCUUUGAGGCCCAGCAGCUGGCAGGAGUGCGACGAGGCGCCAAGCCUGAGGUGCCUCGGAUUGUGGUGCAGCCCCCGGAGGAGCCCAGACCACCGCGGCGGAAACCCCAGACCCGCGGCAAGACUUUCCAUGGGCUCCUGACUCGGGCCCGGGGCCCCCCCAUCGAGGGGCCCCCCAGGCCCCAACGAGGCUCCACCUCCUUCCUGGACACCCGCUUCUGAGAGGACCAUGGACUUAGUGUCCCCCAGUCUCAAUUGCCUGAUGGCUGAUGCCGGCCCGGCAAAUAGGCACCGCACUUUACUCUUGGGACUCGGGGACUUGGCUUCCUUCCUGGCAAGGACCAGGCAGUGGGGAAGGAGGAGGUCCUCCGUGGUACAUACUGGGUCAGGCACUAGCAUGGAGGAGGGUCACAGAGUGGGGCACGUGAGGACCCAUGGAACCGUCCUGGUGCCCAGGCCCUCACAAGUACCAAAGCCAGCACCAAAGGAGUCAGGGAAGGGGUUGGCUGAGUCAAGGGACCCCAGAGGGCACCAGGAAUAAAAUCUUCUUGAACAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-703.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -730.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 474.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((...(((((((((((..((((((.(((.(((((((((..(((((((((.((((.........)))))))))..........(((((((((((.((((((((((((.....((((((.((((((((((((((..(((...)))))))))(((((((..(((((.((((((((..((((......))))))))).((((((((((((.......)))))))...)))))..))).)))))....))))))).......))))))))))))))))).(((((((...((((((.(....).).))))).(((((.((.((((..((((..((((((.(......).)))))).(((((.................)))))((..((((.(((((.((((.(((((.(((((.(((.((((((........))))))((.(((((((((.....((((((((((.(((...))).)))))....(((((.(((..(((((..(.(((.(((((((..(.(((((...((((((((............((((((.....))))))((((..((((((......))))))..))))..)))))))).))))).)))))).))))))))))).))).)))))((((((((.((.((....)))).)))))))))))))...))))))))).))))).))))).).)))).)))))).)))))))..)).((.(((((((.....))))))).))..)))).)))).)))))))....))))))).)).))))))))))))))))))......((((((.((.(((((((((((((((..((((..((((..(((..(((((...)))))))).))))))))((((((........))))))..)))))))((((((((((((.(...(((((.((((((((((..((...(((..(.((((......)))))..))))).)).))))))))..)))))...).))))))(((((((((.....((((((.(...........)))))))............))))))))).....(((((.((((((((........))))))))...)))))...))))))......(((.....)))....))).))))).)).))))))........((((((.(((((((((((((....(((((....))))).)))))..((((...)).))......)))))))).))))))..)))).....)))))...)).)).))).))))))..))))).))(((((((((.((....(((...)))....)).)))))))))(((((...(.(((...))).)...)))))..(((....)))((((((...(((................))).))))))..))))))))))..((((((..((......)).)))))).........((((((.......))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,...,({((...(({{((((((((((((({({.{(((({({{{,|{|||||||{{.({(({{{{{{.|,({((({,((((({({.....{((((((((({{.{{((((({((((.....{(((((.((((((((((((((.,|{|...,}|))))))(((((((..(((((.((((((({..{(((......)))}))))).((((((((((((.......)))))))}..})))).,))}.}))))....))))))).......)))))))))))))}}|}.(((((({.,.(({(((,{...,)}).))})}.{({{(.((.({{(.,(((({.((((((.(......).)))))),||{{{.....,||...,,{{,.||(({{{..,|||,|{{|||||(({(((((,(({{{,(({,((((((........)))))){|.{{(((((((.....{{{{{||||}}}...,||||.||||{{,,.|||{||{|{,,((((,,{(.(((.(((((((.,{.(((((...((((((({............(((((({...,)))))){(((..{(((((......))))))..)))),.}))))))).))))),}))))).))))))))))).}},.}||||((((((((.{||((....)))}.)))))))))))},...}}))))})),})))}}))))).)}))}),))}}|)})))))),,}))}|}}|{|||||.,.,.))))},))|||||}}},|}|||||}}}}}....}}))}||,||.||)))))}))}}}})}})|,....((((((.((.(((((((((((((((..((((({.,((..(({.,(((((...)))))))).))))))))((((((........))))))..))))))}(((((((((((({,...(((((.(((((((({{..(,.,.(((..(.((((......)))))..))),).}),))))))))..)))))...},))))))(((((((((.....((((((.((.....},....))))))............))))))))).....(((((.((((((((......,.))))))))...)))))...)))))),.,,..{{{.....)))...,)))}})))).)).)))))),,....,.((((((.(((((((({((((.,.,(((,,..}})),,}.))))}..{{{{...}}.},......)))))))).)))))).,||}}}}|,||{{{{..,,,.))))),}))))))).|||||,}}||||||,(({(({...,,({{{|.|{{{{{|{,||||,,|,||||{.,,|,|{|,,,}}}.,,,,)}}}).,,,..}}}},||||||||,.|||||,.....}}}}}}.|||||||.{{......,,,,}},..))))}}))})..,},.}))).||,,...))),,,|||||,.......})}}}}......
Back