Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369686.1
Sequence Length
2970 nt
GC Content
0.5889
GUACGUCAUCGGCGACGGCUCCCGCCGGCUGGGCGUCCGGUGGCCGGUGUAGCAGAGCGGGAGCGGCGGGCGGCGAGCAGAGGAGCUAACAGUGACAGCUCUGAGUAAAGAAGUCGCCGAAGCAGUGGGACACUAGACGCGGGGAAGGCUUCCUGGAGGAAGUGAGGCCUAAACUGAGCCUUGAAGAAUGGUUAAGAGUUUGCUCCAGGAAUAUAUUGCAAAGGCAUUCUUGGCGGAAGGACCCGAGACGUGAAAAAAACAGGCGUAUUCUGGUAAUUUCGAGGAGAGGUCGACAGUGUGGGGAGUUGGAGUGACCCGGCUGGAUGUGACCCCCAGGACAGAAUGGUGCUGGACUCAGGGGCUCAGGCGUAUGAUCAGGCACCCCCCAGCCCGCCUACCAGUCCCCCAUCCCUGCGCCAUAGGCUGAAGCCCUCAGACCGAGAUGGGCCACCACUGUACCCCUGGUCUCAGUCCCUGGCCUUGCCCCUGGCUCUGGCAGUCCCCCCAGCGCUGCAGCCCCAGCCUGAGCAGCAGCCGUUCUCACAGAUGCUCCUGGGCCACCGUGGCCACAUGCGUCGCAGUGAGAGCACCUACUCUGUAAAUAGUACUGGCCGGCGGGGGCGUGGCACCCUGGGACGGCCUCCACCUGGACGGGGACGGAACCCAGGUGGGGGCACCCUGCGGCCUGCAGCCUCCCUGCCUCACAUUGCUAAGACUCAAAGGGAUGCAGGCCAUAUUGCCAGCAAGAGCCCCUGCAUGUUGGUGGCCCUGCGGCCAACCAACAUGGACCGUGAGCGAGACAAGUUCUUCCAGUCCCAUUACACCUACAAUCCACAGUUUGAGUACCAGGAGCCCAUGCCCACGGCUGUGCUGGAAAAGUACUGCGAGGCCUCUGGACAGUUCAUCCAUCAGGCAGUUGGCAUCAUUGAGGCUGUUCUGGAGAAGUUUGGAACCUAUGAACACUUUGAGGCUGCCACUGGGGGGCAGCUGCUCACCAAGUGCCAGAUAUGGUCGAUUGUGCGCAAAUACAUGCAGAAGGAGGGCUGCGCUGGGGAGGUUGUGGUGCAGCUGAGUGAGGACCUGCUGUCCCAGGCAGUGAUGAUGGUGGAGAACAGCCGGCCCACAUUGGCGAUCAACCUGACCGGAGCCCGCCAGUACUGGUUGGAGGGCAUGCUGCGGCAUGAGAUAGGCACCCACUACCUGCGGGGCGUGAACAACGCGCGCCAGCCGUGGCACAACGCGGAGGGCCGGCUGCGGUACGGGCUGCGGCCGGCGAACCCCACGGAGGAGGGCCUGGCCAGCCUGCACAGCGUGCUGUUCCGCAAGCAGCCGUUCCUGUGGCGCGCUGCACUGCUCUACUACACCAUCCACCGCGCCGCGCGCAUGUCCUUCCGUCAGCUCUUCCAGGACCUGGAGCGCUACGUGCAGGACGCCGAUGUGCGCUGGGAGUACUGCGUGCGCGCCAAGCGCGGCCAGACCGACACCUCGCUGCCAGGUUGUUUCAGCAAGGACCAGGUGUACCUGGACGGCAUCGUGCGCAUUCUGCGACAUCGCCAGACCAUCGAUUUCCCGUUGCUGACCUCACUGGGCAAGGUGUCCUAUGAGGAUGUGGACCACCUGCGGCCCCAUGGGGUGCUGGAUAAUACCCGGGUGCCCCACUUCAUGCAGGACUUGGCACGCUACCGGCAGCAGCUGGAGCACAUCAUGGCCACCAACCGGCUGGAUGAGGCGGAGCUGGGUCGCCUGCUACCCGACUGAUGUCCGUUGAGGGCUGCAGUCAGAGGCCCUGGACAGAAGCUCCAGAUAGGCCCCUAGAACAUGAAGCAGUUUGCUCUGUGCGUCCACGGCCUAGGUGUUUCUUGGGGGUGUUGGGAGGGCAGGAGCAUUCCUUGAGGAGGAGUGGCAACAUCAAAGUGUUUGUGUCCCUUGCCAGCCUCCCUGGGGUCUGGGGACCUGCAGCAGCAUGUCUGGCAAACUGAGUCGCCCUCCUGCCUCCAGCUCUCUGUUGAGCAGAGGGAAGGCAUGGGGGCAGGAAGAGAGCUGAGCAUUGAUGGGGAUGGGGGUGGUUUGGGAAUAGAAACUUGUUCUUGCAUGAGAUGGCUUUGGUUGUCCCAGUACUCCAGUCUCUCCCUUCCCUUACCUGGCCCCUUGGUGCUCCUUCAGCAUUUGUGCUGUCUACCUCUCACUGGGUCCUGGUGGGGGUCGGGCUCCCUUCUCCUGGGGUGAUUGAUGGCCUGAGCCUGGGGUCCUGGUAGUAGAGACCCAGCUGGCCUGGGGUCUGCUUUCCGACAUUUUGCCUCUCUCACUGGUCAUGUAUUUAUUCCAUAUUUAUAUGGUCUACUUCCUGUGGCUGGGAGCAGCAGCUCCUGAAGGUUCCGUGGGGGUGCGGGGGGUUGGACAGGACACUCCUUCUUGGAAGGCACCAAUUUUCCCAGCCCCACUCCCAUUACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACUGAUUCAGGCCUUGAGAGUCAAGCCCAAGAGCUCCCUUGGCCCUGUUCCCCACUCCCUCCACUGGCCUCUGCUGUUCCUGUCUUUGCUCACACCCUCACAGCUGCUCUCUGGCAGAGGUUGGCAUAGCCUAGGAGCAGCUGCAAUUGCACCUGAGGGACAGGCCCUAGAGUUUGGUGGCCCAAGUCCUGAACCCCUCUUAGACCAGGUGAGGUGCAGAGGUGGUUGCUGCUUCCAGUUUCCCUUCAGACUUAGCUGUGUGAACCCCACUCCUAUCCUUUGGCCUUAGUUUUCCCAUCUGUAAAACUCAGAAACGCAGUUGGAAAGUCCUUAUUCAUUUAGUAAGCGAAUAUAUUAUAAUAUGUAUAGAGCGCCUUUUGUGUAAGUCACUGGUCAGAAUCCUCACUGAGCUCCCAGUCCAGAGAGAAGCCAGACAAUUAAAACAGUAAUGACAAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1206.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1255.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 754.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((.(((((......)))))..)).)))))))).(((((((((((((((((((((((((.(((.((..((((.(((....(((((...(((......))).)))))...)))((((((......((.((((((.(((((((((......)).)))))))...((.((((.........)))).)).((((((((((((((.....(((....))))))))).(((((..(((.(((((((...........)))).))).)))..)))))....(((((((((((((((((((((((..((..((((((((((.(((((..((((...(((..(((...((((((..((((((((((.....((((..((((((((((.((((((.(((...(((((((..(((((((..(((....(((....(((.((((((((..((....))..)))..))))).)))...)))...)))..))))....((((...(((((((((((..(((.(((((((.((.((((((((((((((.(((((...(((((((...))))).)).)))))...)))))))).((((((((.(((.((((((((((..((((((((((((((....(((...((((((((((((.((....))....)))))))))))).)))...((((((((...(((((......................)))))))))))))....))))).)....))))))))((((((((((((....)))).))))))))((((.(.((((.......))))...).)))).........(((((((.((.(((((.((((..((((((((((((.((.(((.((.((((...(.(((((.((....)).).)))).).)))).))))).)).))))....)).))))((((((((....))))))))............((((((((((.......))))))..))))))..)))))))))...)).))))))).(((......))).......(((((...((((..((((((.......((((((((.((.((.(((((((((..((....))....))).).))))).))))))).)))))...))))))..))))))))))))))))))).))).))))(((((....)))))...))))..(((.(.....).)))(((((.....)))))(((..(((((......)))))..))).)))))).)).))))))).)))))))).((((((.(((((..(((((((((.(((((((.((((.((((((.....))))))))))..)))(((((((((((.(((((...........(((.(((((..((.((..(((((.((((.(((..((((((...)))))).)))))).).)))))))))..))))).)))))))).)))).))))))).)).)))))))).((((((((((((((((.(((....(((((((((.(((((....)))))..(((...(((((((...)))).))).)))..............)).)))))))(((((..(((((...)))))..)))))..(((..(((((((((......(((((((((.(........).))))))))).....))))))...)))..))).)))))))))....(((((((.....((((.((....)).((((((..(((((((.((((........))))(((((..((((.....))))..)))))((.((((((((((....).)))))...)))).)).((((........))))))))))).)))))).))))...)))))))...))))))))))(((((((.(((((((((((...)))))(((....)))....)))))).)).))))))))..))))).))))))))))))..))))..((((.(.((((((..........))).((((((((((((((((((((...))))))....))).)))))))))))))).))))).)))..))))))).))))))))).))))((((((....))))))......(((((((..((((.....))))....))).)))).(((..((((((((.((.(((..((((......(((((....))))).........))))))).)).))))))))..)))............))))))..)))).)))))))))).))))))(((.((((((..(((((.....))))).))))))..))).......)))..)))..)))).((((((..(((...)))..))))))))).)).)))...))))))).))..))))))))...((....((((((.((.((((((((((..........(((((...)))))..)))))))))))).))))))..))................................................................)))))))..)).))))))..))).)))))(((((......))))))))))))))))))).))))..)).)))))))))))))))).))))))).)))))......(((.((((((((..(.((((.(((((((...(((((((((((....))).....(((((.(((((((.....))).))))...))))).(((((((((...(((......)))..))))).)))))))))))).(((((......)))))..))))))).)))).)...((........))...........(((.((((.............)))).)))....((((((((.....)))))).))((((((......))))))...((((.....)))).....(((((((((........))))....))))))))))))).)))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((({(((,.((((,..{||,}}}}}||}).})}}},))}(((((((((((((((((((((((((.(((.((..((((.(((..,.(((((...(((......))).))))).,.)))((((((......(,.((((((,(((((((((...,..)).}}|||}},,,{{.{(((,|.......}})}...,}))}.|,((((({{.....{((....))))))))}}{((((..(((.(((((((...........)))).))).)))..))))|,{{,((({{({{(((((((((((((((..((..((((((((((.((((({,(((((.{(({.,((({,,((((((..((((((((((.....{(((,.((((((..(({(((((({((({.(((((((({((((((((..(((,,,.{{{,,{,{{{,{{{,,((({{(,.{{{|.,{|,,.})),})}))}..})))}},|||..}|||||{|{({{.((((((((({,.{{(((((...((((((((((.(((((((((((.(((((...{{(((({...})))).}}.)))))...)))))))).{{{.(((.{{...,(((((((((((((.((((((((({..(((((..,.((((((((((((.((....}}....)))))))))))).,...,.((((((((...(((((...............,......))))))))))))).....,...(({.,.,,.,.)))((((((((((((....)))),,)))))))((((.{.((((.......))))...}.))))...........({{......,.}}).)}.))))).},)))))))).).)))).))).....))))))))}})((((.((((.......))))..)))|{({{((((.,.{{((((.((((({((............,}}}.))))))))))),).)))))})}}),))).)))))))..{{{.,((((....)))),..}|}{{{(,,......))),..))).)))))))))))))).)}|}}}|||}||((({{(((.((.((.(((((((((..((....,,.,,.))).),})))).))))))).},|||{{{{{..,|{.||||||||{,(((|...,,,)))).))}|(((((((.(({......{((..((((...{{{..({,(((((.....))))).||..(((((......))))),}}((((((((((((....)))))))))))){.((((((.(((((..(((((((((.(({{{{,.((((.((((((.....)))))))))}..}}|(((((((((((.(((((...........(((.(((((..((.((..(((((.((((.(((.{((((((...)))))).)))))).).)))))))))..))))).)))))))).)))).))))))),}),)))))))).((((((((((((((((,(((....(((((((((.(((((....)))))..(((...(((((({...}))).))).))).,...........,)).)))))))(((((..(((({...}))))..)))))..(((..(((((((((......(((((((((,(.......,).))))))))).....))))))...))),.)||,}|||||}}}.}|||||||,((((..((((.,,....))}|{||||..({(((((.((({.,.,.,}.})))((({{..|||{,,,.,||||,.}}}}},{.{|||||{|||....|,)))))..,||||.}}.{{,(,.,.,{{,,},})))}))),,}}}}}.)))),,))}))}}),..))))))))))(((((((.((((((({{((,..}}}}}{{,.,..),},,.,)))))).)).))))))))..))))).))))))}))))..))))).)))))))})))))))...}}||}}}}}.((((((((((((((((((((...)))))),...))).))))))))))).}.,}})),})},..},,))))))))))),||{..||(((.(({.,,|,|,,,.,{{.,(,((((({.,,,|},}}},))),,..}})))}))}|,,,,|||,,|||.(((((..{(({{......(((({....)))))........,)),,)))}))})))))),,.})))}}..........)))))).,)))).)))))))))).)))))),||.|{{{{{..{|{{{,,,.,))))),))}))}..)),,}},,,})))},)}),.}}}},{(((((..(({...}))..)))))))}).)}.))).,,))))))).))..))))))))...,{,...(((((({({.,{((((((((..,{,....,(({{{..,))})}..}}},}}}}})))}))))))})))}}..............................................................)))))))..,,.((|{{{(,,,,}))}),}|..}}.)))}))})}))))))}})))))).))))..)).)))))))))))))))).))))))).)))))......(((.((((((((..{.((((.(((((((..,(((((((((((....))}.....(((((.(((((((,...,))).))))...))))).{((((((({...(((......)))..))))).))))))))))}),(((({......}))))..))))))).)))).,...,{........||,,...,{((({(,{.((((.............)))).}))))),{{(((((,,....}}}}}|,},{(((((......})))))...||||,...,),)),,}..{((((((((........))))....))))))))))))).)))................,.})))).....
Back