Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369710.1
Sequence Length
4521 nt
GC Content
0.3692
AGUGCUCCAGAGAAAGGCCGUCCUGCAGCACCCGCCGCUGUCGCCGACCGCCCGCACAUCCGUCGGGUGAGUCCCGCGUGCCCCCGCGGCCGCGGGGCCUAGUGCGCGCGCAGUAACCUGUUUGUGGCCUGGUCGGCGUCCCGUAGGGCGCCCUCCCGCGCUAGGCCGGCCGGCGUGGCGCUCGGCGCCGAACAGGCCCCGAGGAGGCCGCAGUUAGGCCUAGUGAUUAUCCAGUUGCCCUGAGCGGCUGCGGAGGUGCGCUCCAUAAGCGGGCAGGGUGGGAAAAGUUCGCCCGUUUGUCCGGAAGGCAGUUGAUGGACCUGGGGUCGACACCACUGCGGACGCAGGGCACGGCACGGGGGCGAGAAGGCGAAGGCUGCAGGCGUGAGUGGAUGAUGCUGGCAAAAUAGAACAUGAUGGUUCCACUGGAGUGACCAUCGAUGCAGAAUCAGAAAUGGAUCCUUGUAAAGUGGAUAGCACUUGUCCUGAAGUCAUCAAGGUGUACAUUUUUAAAGCUGACCCUGGAGAAGAUGACUUAGGUGGAACUGUAGACAUUGUGGAGAGUGAACCUGAAAAUGAUCAUGGAGUUGAACUACUUGAUCAGAACAGCAGUAUUCGUGUUCCCAGGGAAAAGAUGGUUUAUAUGACUGUCAAUGACUCUCAACAAGAAGAUGAAGAUUUAAGUAAUAAUUCUGAUGGAAUUGAAAACCGGAAUGGCACUGCAAGUGCCCUCUUGCACAUAGAUGAGUCUGCUGGCCUUGGCAGACUGGCUAAACAGAAACCAAAGAAAAAGAGAAGACCUGAUUCCAGGCAGUACCAAACAGCAAUAAUUAUUGGCCCUGAUGGUCAUCCUUUGACUGUCUAUCCUUGCAUGAUUUGUGGGAAGAAGUUUAAGUCGAGGGGUUUUUUGAAAAGACACAUGAAAAACCAUCCUGAACACCUUGCCAAGAAGAAGUACCACUGUACUGACUGUGAUUACACUACCAAUAAGAAGAUAAGUUUACAUAACCACCUGGAGAGCCACAAGCUGACCAGCAAGGCAGAGAAGGCCAUUGAAUGUGAUGAGUGUGGGAAGCAUUUUUCUCAUGCAGGGGCUUUGUUUACUCACAAAAUGGUGCAUAAGGAAAAAGGGGCCAACAAAAUGCACAAGUGUAAAUUCUGUGAAUAUGAGACAGCUGAACAGGGGUUAUUGAAUCGCCACCUCUUGGCAGUCCACAGCAAGAACUUUCCUCAUAUUUGUGUGGAGUGUGGUAAAGGUUUCCGACACCCGUCGGAACUGAGAAAGCACAUGCGAAUCCAUACCGGCGAGAAGCCAUACCAAUGCCAGUACUGUGAAUAUAGGUCUGCAGACUCUUCUAACUUGAAAACACAUAUAAAAACAAAGCAUAGUAAAGAGAUGCCAUUCAAGUGUGACAUUUGUCUUCUGACUUUCUCAGAUACCAAAGAAGUGCAGCAACAUACUCUUGUCCACCAAGAAAGCAAAACACAUCAGUGUUUGCAUUGCGACCACAAGAGUUCAAACUCAAGUGAUUUGAAACGACAUGUAAUUUCAGUUCAUACGAAAGACUAUCCUCAUAAGUGUGAGAUGUGCGAGAAAGGCUUUCACAGGCCUUCAGAACUUAAGAAACAUGUGGCUGUCCACAAAGGUAAAAAAAUGCACCAAUGUAGACAUUGUGACUUUAAGAUUGCAGACCCAUUUGUUCUAAGUCGCCAUAUUCUCUCAGUUCACACAAAGGAUCUUCCAUUUAGGUGUAAGAGAUGUAGAAAGGGAUUUAGGCAACAAAAUGAGCUUAAAAAGCAUAUGAAGACACACAGUGGCAGGAAAGUAUAUCAGUGUGAGUACUGUGAGUAUAGCACUACAGAUGCCUCAGGCUUUAAACGGCACGUUAUUUCCAUUCAUACAAAAGACUAUCCUCAUCGGUGUGAGUACUGCAAGAAAGGCUUCCGAAGACCUUCAGAAAAGAACCAGCACAUAAUGAGACACCAUAAAGAAGUUGGUCUGCCCUAACAGUGUGUCUACAAGCUUGUAAAGAUGUUGGCCUUGAAGCAGAAAAUUCAUUUUUUAAAGCCAGUCUUGUUCACAUCCAUUACUAUACAUUGAAUUAUGCUGUGUAAAAAUAGAAUUAUUGCUUCUAGUCCACUUUUCUUUACAUUUUAUUCAAUACGCUGUCCUGAAUCCUAUUCAGUUUCUUUAAUAGAUGAGGAAAAAUAGCAACAAGCAAGUUGCUUAUAAUAAAAUAAUUUGUGAUUCUAUACUGAAUUUUCAGUCAUAAAAGCUUUACUAUUUAUUUACAUAUUUAUUCAUGUUCAUGGUACUCUUCUAAGACAAAAUCAGAUUGAUAACUAUGAAAGUAACAUUUUUGACCCAUUUCCUCCUACACAAGUGUUUCACAUUGGAGACAUCUGCUAAUAUAAAUGGGAGGUUUUACUGUCAAGUCCAAUUAGCAAAACGUGGUAAUAAUUUUUUUGUCAGUAUUUUCAGAUUACAUGAUAAAAUUUUACAUUUGAGCUUCUAGCAUUGAUUAAUAUAGGAUAUUGACCACGUUUAUGUUUAAAUUUCAUUUUGUUCAGCAGACAAAAUGUACUUCCCUUAACUUUCAUUAAUAGUGUUUACAUCUUUUGUCAGCACAGCAAACUUUUAGAAAGUAAUAGUUUUACUUAUUUUUAUCUUCUGUUUUCUCUUUGUACUGCUUUGUCUUGCAUUGUGUUCCAACACAUGAGACUUACUGCUCACUGAAUUUUGGAGUCUUUUAGAGGUAAAUUGUGGACUCAGGAUUUUUUGAAACUUGGUGUGUAACUCUAAAUCUUGUAUAUGCAUCUUUGUUGCUUAUUACAUAUUUACACACACAACCACAAAUUUUAAACUUAUGAUGAAAAUUUACAAUAACCUGAAAGAUCCAGAGAUGUAUGAGAGCAUUUUGUAACUUGUUAUUCAGUUACUAAAUUUGAGGUGAAUAAUUAAAAAGAAAAGGACAUUAGGAGAGUGAAAAUCUUCUCUUCAAAUAAUCUUUGAUAGAUAAAAAUGGAAGGUAAGAUGUUUCUAGAUAGAAUGUUUUCAUACAAUUUCAGCUUCAUAUCAUAAAUUUUUCUGGAAAGCUAUUUCAGACAUAGAUUUCAUAGUAUUUUUCUGAGAAUCCUGUGAAGGAACGCUGUCUCUUUGCAAAGUAAGGAGGACUAAGGGAAAAUGAUGGUACCAUGUAACAGAAUGAGAGCUAAUUCCAAAUUAGCAACUUCAUCCUGCUUUCUAUUUUACAUUGAGUAAAGUUUUAAAAAGACAACAGUCAAGUUGAUUUUGAUUAGAAGAUAAAAGUACAUAAUGAAAAUCCAUGGCCUUAUUUGGAAUAUAUAUCACUUUCCAAAUUUUAUUAUUUAUUUGAGAGUUAAUAAGUUAAUGUUAUUAAGCAGUUAAUAAUUUAUAUGUAUGGAUAUAAUAUAAAAUGAAUUCAUAUAAUUAAAAAGAAUUUGGUUAAUAAGAAUUUGGAGAAUGGAAAAUACAUUUUUAGGUUCCUUAAUUUGGCUGUUGGUACCUGUGUAUUUGGAAUAUUUUAGGGGAUUCGAAUUUUUUUUAACCCACAUUACAGCUACCUUCUAGCUUUAGUAUGGUAGUGCUUCAUUCAACUUUUGCUGUCAGGUUUUUAUUUUCACCUUUUUCUGUGCCACCAAUUCAAAAGUUAUAGGAUUAGGAAAUAUAAAUUUAUAUUUGGUGAUUGGCAGCCUCUGAAAUGUUAGAUUAAUUUGAUCUAGUUCUAAAGUGCUUUAGUCAUAUAUGAAUUUAAACCUAGUACCAUCCAAAACCAUGUAAUGGAUUUUAAGAAUCUGUUAGGCCUUCUUAGCCUUUAUACAUGUCCCUACCUGAUUUUUACUGUCCUUCAUGAUCCUGUUCUUGAAAACUUCAGUUUGUAUUUGAGAAUCCUUUAAAUCUCCUUCCAAUUUGUUUUCUCCCUGAAGUAAUAUAAAAGGAAGUAUUUAAGUGAAAGUUUAAGAGUUUUAAAACAUUCUUUAAAAUUAAUACAGAUAGUUAGCUAUUUAUCUUUUAAAAAUAAACUAAGGUAAAAAACGUGACACUUUACAUAUUUCAUAUUUUUCAUAUAGUCUGGAGGUAUACACAGUUGUUUUGUUUUUAACCACGGUAUUGAAACCUUUAAAAGGUAAUUAAGCAUUUGGUCAAGUAAAUAUAGAACAUUUGUAUAAAGAAAGAAAUGAAAUUGUGCUUAAUGUUAUAUACUGUUAUUAUUUGCAGGCUGGUUUUAAUUCUUAAUUUGAUUAGCAAAGCUAAAAAAGUGGAUGUUGAAGUUGAAAGUUUUAAAGAGGUACAAAAUCUUACAAGGACAUAAAUUAUUAUUUGGUUGAAAAAUAGCCUAUUAGAUAUUGUAUGUCCCUUCCUCUGUACAAAUUGUAAAAUACUUAAAAUAACUAUGAAGAAUUCAUAUAGGAAGUGUGAUACUAUUGUAAAUGUGUAUUUGAGAAUAUGCAAAAAUAAAAAUAAUAUUUUACUGUUAAUAAAUGUUUACUUGUAUAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1186.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1276.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 1188.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((...(((((.((((..((((((((...((((..(.((((((((((((((.((....)))))))).)))..(((((((.(((((((((((((((..(.((......((.((.((((.(((((((((((..(((((((....)))))))..)).((((((.(((....))).))))))((((.(((.....))).))))..))))))))).))))..)).))......)).).)))))..)))))))))).)))))))(((((...(((((((((((((.....)))))))...))))))...........)))))((((..((((...((.((((....))))))..)))).))))))))).).))))...))))))))((((..((((((.((((((..............(((((((((((.((((...((((..(.(((..(((((((((...(((((......(((((.....))))).........)))))....)))))......))))..))).)...)))))))).))))))))))).....((((.((((((.(.((((....((((((.(.(((...))).).))))))(((((..........))))).)))).....(((((((.....)))))))..).)))))).))))((((((((((((.(((((((((((((((..............))))))((((((...)))))).(((((((((((((.((((((((.((((((.((((((((((...((((((...................((((....))))............(((.......((((((((((((((((.....))))))))..(((((((((.(((((((((...........((..(((((((((((............))))))))..)))..)).((((((.....((.(((((....)))))..))(((....))).................(((.....)))....(((..(((.....)))..))))))))).(((.((((((.(((.(((.((.((((((.....)))))).)).))).))).)))))).))).))))).)))).)))))..))))....)))))))).....)))...........))))))(((((((((...((((...((((((............))))))...)))).........((....)))))))))))((((((((((((.(...((((.(((((....))))))))).....).))))).....))))))).(((.....)))........)))))).)))).)....))))).)))))))).))).(((((((....(((......((........))......)))...)))))))..(((....))).(((((.....)))))..........(((..((((.....(((((.....)))))..(((((.(((....)))))))).))))...)))..((((....))))..((((.((((((..........)))))).)))).............(((((....)))))))))))))))(((((((....)))))))..(((((..(((...(((((((((((.(((..(((..........)))..))).))))....(((((..(((..(((((....))))))))))))))))))))..))).))))).....((((.(((((.(((((.....(((((((...(((.((((((((((((......((((..((((((((...((.((((((((.(((((((((.(((......((((((((.((((.(((.....)))))))..(((...)))....((((...))))......)))))))).....))).))(((((..((((..((.((......(((((((...))).))))......)).))..))))...)))))..((((.........)))))))))...)).)))))))).)).)))((((((((...(((.((.(((((((..(((((((((((....((((((...(((((.................)))))...)))).)))))))).))))).))))))).)).)))....)))))))))))))))))......)).)))))))))).))).)))))))...)))))))))).....((((((......)))))).......((((((...((((..(((((((((....))))).))...))..))))...))))))..........((((((((((.((((((((((((..(((((((((.(((((....((((((((......((((((......(((((((..((.(((((((......))))))).))..........))))))).......)))))).......(((((((((((((........(((((((((((.........))).))))))))............(((...)))......((((((...))))))))))))))).)))).......(((((((((.....)))))))))...........)))))))).....(((((.(((.....))).)))))..............((((((.....)))))).....((((.((.((((((((((.((..(((........)))..(((((((..((((((((.(.....)))))......((((((.((((((..((((..((((((((.(((......(((((((..((((((((.....(((((..((((((.(((.......))).)).)))).)))))...)))).))))....))))))).......)))...)))))))).))))))))))))))))..((((((((((((((((((.....((((((((.((.(.......))).))))))))...........(((((((.((((((..........)))))).....((((((.((........)).))))))..)))))))....)))))))))))))))))).((((((....((((.((((((((.(((((((.....)))))))...)))))).)).))))....))))))....))))..)))))))..(((((((((...))))))))))).)))))))))))).))))........(((.(((((.(((((((...)))))))...))))).)))((((..(((((((.....))))))).....))))......))))).))))))))).)))))))).....))))...)))))....)))))))))((((((((...........))))))))..))))))))).((((.(((....((((((((((((((((....)))))))((((..(((((((((.((........)).)))))))))..))))........((((((.((((((((((((((((.......))))))).((((((((((..((......(((((....))))).....))..))))))))))))))))))).)))))).........((((((..(((....)))...))))))....)))).)))))..))).)))))))))))))))).(((..(((((((.(............).)))))))..))).....(((((((((((...((((((((.(((((..(((...((((((((...)))))))))))...)).))))))))))))))))))))))...)))))).))))))....))))((((((((((...))))))))))))))))))))))(((.((((((((...(((((..((...(((.(((((((..((((.(((((((((.((........)).)))))))))..(((((((...(((((..(((((((((.....))))....))))).))))).)))))))........(((((((..((((((...(((..((((....((((.((..((((....(((((((((((..........(((.(((((((.((((((....(((((((..(((........)))...)))))))....)).)))).))))))).)))..(((......))))))))))))))(((((((((....(((.....(((((((...)))))))...........)))....)))))))))))))..))))))....))))..)))...)))))))))))))((((..(((((...)))))..))))))))..)))))..)).)))...))..))))).............(((((((...((((....(((((.....))))).....))))...))))))).........(((((...(((..((((((....((..((((((...))))))))..))))))..)))..))))).))))))))..))).(((((((((((((....(((((......))))).....)))))..))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,.(((..,(((,((((((,.((((((((...((((..{.((((((((((((((.((....)))))))).))),((((((((,(((({{{{||||(((.,{.(({,,,{|{{,...((((.(((((((((((..(((((((....)))))))..)).{(((((.(((....))).)))))|((((.(((.....))).)))),.))))))))).)))),}}.|||.....,}},}.|||||..|||}||||||.||{{({|((({,,{{((((({(({({{,...,.))})))),,,)|||||...,,,..|,..}})}|{||,))|)|.}}||.}||}}}.})))))))}))))}))))))))).}.))))...))))))))((((.,((((((.((((((.....,,,..{{{{(((((((((({.{(({..,({((..{.(((..(((((((((.,,(((((...,,,((({{,,,,})}})}.....,...))))).,,.)))))......})))..))}.}...)))))))}.))}}}}}|||}...,,||||,(((({{{({((((,...((((((.{.(((...))).).)))))),,{(({{{,..,||,}||||,}}})},...(((((((.....)))))))..|,||||||,|,,|{{,{((((({{,,{,{{{,..,{(((({..|||,|||....,,,||||((((((...}))))).{((((((({((((.((((((((.((((((.((((((((((...((((((.................,.((((....))))}.,,........{{,.......((((((((((((((((.....))))))))..(((((((((.(((((((((...........((..(((((((((((,...........))))))))..)))..)).((((((.....,,.(((((....)))))..,|(((....}}}.................,||,....,.,...,(((..(((.....)))..))))))))).{((.((((((.{((.{((.((.((((((.....)))))).)).))}.))}.)))))).))).)))))))))).)))))..))))....)))))))).....|||.....,)},..))))))(((((((((...((((,..((((((.........}}},))),}}}}),}},....,...|,......)))))))))((((((((((((.{...(({(((((((....))))))))).....,.))))).....))))))).(((.....)))........)))))).)))).)....))))).)))))))).)))}{((((({....{{{......{{........}}......})),..)))}})}{{{{(.{{{{||,(((((,.,,,|}}}}......|,||{|{,,{,.,....{(((((,....|}}}|..(((((((((....)))))))).}}},...,}},,||||....}}}}..{{|{.{(((({......,,..}))))}.}}}}.,....,,.....(({{{..,,))))),))))))))}{((((({....}))))))..{{{{{..{((...(((((((((((.(((..(((..........)))..))).))))....(((((..(((..(((((....))))))))))))))))))))},)}},))))).|,,.,||||||{|||{{|{,.|||,{{{((({,,.(((.((((((((((((.,....(({(,,{...||||...((.((((((((,({((((({,.,,,.....{((,((((({((((,{((.....))))))).}|||}}}.))}...,{{{,..}}}}......||||||||....{|.....{||,{..||||}}||.{{....,.(((((({...})).))))}.....}}.||{{||}}...|||,}..,,||,......}}))))))))),,.}}.)))))))).)).}}}{(((((((.,.(((.((.(((((((..(((((,,(((({,..{{((((...(((((.................)))))...)))).,)))))),.))))).))))))).)).)))....)))))))}..,,.,}}}....,.)).)))))))))).))).}}|||||,,.,,||}}|}}},....((((((......)))))).,,....{{{{{{.,,((((..{{{{(((((....))))).}},..}}..)))).,.))}})).,,,,,||||||}||((((({((((((,((({{,,(((({{{({,{{((,.|||((((((((......,(((((......(((((((..{{.(((((((......))))))).))..........))))))).......)))))}.....,,{(((((((((((({{{{....(((((((((((.,....,,.))).)))))))}........,,,,(((...})).,,,,..,,,.,,,,})))),))))))))).)))}..,....(((((((((.....)))))))))...........)))))))}....,||{{|.{{{....,))),}))))......,,.,{{,,{{({{{..,..)))))},,,,,||{{.||,((((((((({.((.,({(,,....,,|||..(((((((..{{{{((((.{.....})))).,,...{(((((.((((((,.,(((..((((((((.(((..,,..(((((((.,((((((((.....(((((..(((({{.(((.......))).}},}))).))))).,.)))),,)))....)))))))...,,..)))...)))))))).)))))))))))))))}|,((((((((((((((((((...,,((((((((.((.(.......))).))))))))..........,{{{{(((.((((((.{,...,},,)))))).....((((((.((........)).))))))..}}}})))))..)))))))))))))))))).||||||.....,,,...,,,,,,.(((((((.....)))))))...||}}||{|{{|,||,,..)))}))},.}))))..)))))))..,{{{{{{||...))))))))})).}))))))))))}.))))}}}}}.}}|||,||||{.(((((((...}))))))...))))).)))}||},,,,{{{{{...,,))))))},,,...}}},|,,,.}}}||,|}}|}}}}},|})))))},....))}}.},})})}.....}}}}}},,,|{(((({...........}))))}}|,,}}}},}||,}})))))))}}|||{{{,{{{((((((((,{{,|}}}},,|{({..(((((((((.{,........}}.)))))))))..}}},......,,((((((.{(((((((((((((((.......))))))).{(((((((((..{{.,|,,.|((((....))))).,,..))..)))))))))}))))))))}.)))))){{.{{{{.{((((,,..,||}}}.)))}.,))}}}}|,,.,,||,,|||||}}))}}}}))}}},,}}))}}.(((..(((((((,,............).}))))))..))).....(((((((((((...((((((((.((({{.{{{{...((((((((...)))))))))}}...)).))))))))))))))))))))))..,)))))).)))))}....}}}}{(((((((({...}))))))))}))))))))})))||,,{((({,{,...{{{{{,,||,,,(({.|{(((((..((((.{((((((((.((........)).))))))))|,.{((((((.,,(((((..{{((({(((.....)))).,,.)}}}}.))))).))))))).},....,{((((((,,{((({{..,{||,,|||,|{{{{{((,({..{{((,..{(((((((((({..........(((.(((((((.((((((....(((((((,.{((........}}}.,.)))))))....)),}))).))))))).)))..(((......}}}}))))))))))|{|||||{{.,,,|{,..},,|{{{{,||||||}}}}},.....,.,..}}}..,,))))}}))))))},.}}||||.}}}},}}},))},,,))))})}}))))}||||..{((((...)))))..,},}))))..)))))..)).)))...,,.,))))).............(((((((...((((,...(((((.....))))).....))))...))))))).,,,,,...(((({...(((..((((((....{,..((((({...})))))}}..))))))..)))..})))).,|||||||,....,|||||||,,{{{{....,{{{|,|,...})))),,,,,)))),}}})))))),..
Back