Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369744.1
Sequence Length
2084 nt
GC Content
0.4563
GCGCCCUGGCAAUGCAGAGGAGUCACCGAGCUCCGCCUUUGACCAGCGUGCAGCUGGGAGAGUGAGAUCAGAGACCACAGCAGAUCGUGGCGCUGUGAUCAGGGGGUACACUCAAGCUGUGGGUCCCUUACCCCAGCCUUGAGAUCCCAGGAAGGCCUGCAGCCUGAAACGGGCCUUGAAAGGUGCGUAGUUUCUCUGAAAAGCAUCACCCAGGUCAGAAUGAAAGGAAACUCUCUGUGCAGACCGCUGUAUGUGGGACCUUUGAAGACAGUCAAAUAGUGUUCAAUUCUAUAGGGAUCUUCUCUGGAUCAAGCAAUGGUGGUGAAAAAUGUUUCGCAAGGGCAAAAAACGACACAGUAGUAGCAGUUCCCAAAGUAGCGAAAUCAGUACUAAGAGCAAGUCUGUGGAUUCUAGCCUUGGGGGUCUUUCACGAUCCAGCACUGUGGCCAGCCUCGACACAGAUUCCACCAAAAGCUCAGGACAAAGCAACAAUAAUUCAGAUACCUGUGCAGAAUUUCGAAUAAAAUAUGUUGGUGCCAUUGAGAAACUGAAACUCUCCGAGGGAAAAGGCCUUGAAGGGCCAUUAGACCUGAUAAAUUAUAUAGACGUUGCCCAGCAAGAUGGAAAGUUGCCUUUUGUUCCUCCGGAGGAAGAAUUUAUUAUGGGAGUUUCCAAGUAUGGCAUAAAAGUAUCAACAUCAGAUCAAUAUGAUGUUUUGCACAGGCAUGCUCUCUACUUAAUAAUCCGGAUGGUGUGUUACGAUGACGGUCUGGGGGCGGGAAAAAGCUUACUGGCUCUGAAGACCACAGAUGCAAGCAAUGAGGAAUACAGCCUGUGGGUUUAUCAGUGCAACAGCCUGGAACAAGCACAAGCCAUUUGCAAGGUUUUAUCCACCGCUUUUGACUCUGUAUUAACAUCUGAGAAACCCUGAAUCCUGCAAUCAAGUAGAAGUCAACUUCAUCUGAAAGUUCAGCUGUUUUCAAACUGCAAUGCUGAAAUGUUAUGCAAAUAAUGAAGUUAUCCCUUGCUCUAGAUUUUCUGAAGAAAAUGGAUUGUGUAAAAUGCUGAUCAUUUGUUUAUUAAAAUGUGUCCUAUUACACAGUGAGUUAACUCUCAAUGAAGUCAUCUAUUUUCUGGGCUAAAAAACUUCAUUUGUCUUUUUCAACUUCUAAUAAGCUUAACCUAAGUGUCACAGAAGCCUAGGUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUGAGGACAUGGGCUCAGUGGUGGCUUCCCAGUCAUGGUAUCACUGGCAUGGACCUCUGUCCGGCAGAGGUGUGGACUGGAGACCAGGAUUCAUGCUGGUCUGGAACAGUGACAUUGCCAACUUAAGACACACAAAGCAGAUUUUCAGAAGUGUCUGGUCAAGAUAACAUGCUGGCCAACCACAAUUCCUAGAGUUAAGAGAACCUUAAAAGAUUACCGCUCAUGCUAAAAGUAUGUAAAGAUCCCAUGUACAGUAUGAUAGUGUACUUUUUUUAAAGGACUGUCAAUAUACAAAACUUUAAAGAUUAAAAACAUUAAAAAUAAAACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-635.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -670.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 529.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((((.((...(((((......)))))))..))).)))).))))...((((.((((....(((((((.((((((..........)))))).((..(((((...(((((((((.((((.....))))))).)))))))))))..))((((.....))))...(((.((((....)))).)))....)))))))...)).)).))))((((.(...((.((....)).))....).))))(((((((((((((.(((((((.((.........)).))))..(((.(((((...((((((...((.((.(((.(((((((((....))))(((((((............(((((...((((((...(((((((((((...((((...((((((((((((((((..((.(((..(((((((......)))))....))..))).))..))..)))))))).........(((........)))................((((((((((((.(((........(((((((((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((..((((.....(((...(((.....)))....)))))))..))))..........))))))..))))).))))))................))))))))...)))))))........))))))..........))).))))))))))))..)))))).))))........(((((((.((((((...))))(((((.(((((.((..........)).)))))..))))).((((((........(((..(...(((..((((((....(..(((((..((.((.........)).))...)))))..)....)))))).)))..)..)))........))))))........(((...((((......))))...))))).)))))))....))).))))))))..))))))..)))))....(((((....)))))........)))))))(((((.((((((..((((((((((((((((((......((((((((........))))).)))...))))))).((((......))))........)))))))))))(((((.........((((((((((((((..(((((.....(((((...))))).....))))).((((.((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))....)))).((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))....(((((...((((((.........)))))).)))))))))))))).))))).......)))))..((((((.........))))))((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..)))))))))))((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))(((((((((((.(((((((.((.((.(((....(((.(((((((((((........)))))).....))))))))))))))).)))))))..)))))))))))..((((...((((..((((.(((((((........)))))))....)))).))))))))......((((((...................))))))(((((.(........)))))).))))).))).)).))....)))))))))))..)))........((((((...))))))..))).)))))))))))))....((((((....(((((((((...(((......)))...)))))))))......))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((((((.({...(((((......)))))}}..))).)))).))))..,((((.((((....(((((((.((((((..........)))))).((..(((((...(((((((((.((((.....)))))))},))))))))))..))((((.....))))...(((.((((....)))).)))....)))))))...}).)).))))|(((.{...((.((....)).)).,,.}.)))}(((((((((((((.(((((((.((.........}).)))},.{{{.(((((.{{(((((({{,,,.{{.,,{{((((({{,,.,{,{|||(((((((,....,{{,...(((((...((((((...{((((((({,{...{({{...((((({,(((((((((.,((.({{,{(((((((...,,,}}}}}....}}},))}.}},,)).,}}))))}),,,,.....{{{........}}}................((((((((((({.{{{.......,(({(({(((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((..((((.....{,,,{,{{{....,}.},}..}},))))..))))..........))))))..})))),})))))................)))))))),..})))))}......,}}}}|||,,........))),))))))))))))..}))))),}}}},......,((((({{,{||{{,...||}}(((((.(((((.((,{.....}}.)).)))))..})))).((((((...,,...(((..,...{((,,((((((...,(,,{((({..((.((,......,.}}.))...)))))..),}..)))))).))).,},.))),},.....)))))),....,,,{{{.,.((((......))))..,}}},}.}}}}))),...})}.)))))))}..))))))..)))))...,|||,|....}|}}},..}}}.,))))))),(((({({(((((((((,..((..((((((.,,,{{..,,,||||{........}}}||{||,...,,))))}.{(((......)))}.,,..,.{{{({|{{{{{{((((,......{{{{{,(((((((((((..(((((.....(((({...})))).....))))).{{{{.((((((.(((.....))).)))))}........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))....|,,,.{(((((.(((.....))).)))))}........{|..((((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..,.,,,,.{(((((.(((.....))).)))))}........||..{(((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..)))))),}}}}}}}}},..((((((.(((.....))).))))))........|},,}}}|||..|}}}},.}}},{(((((.(((.....))).)))))}........||..{(((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..)}..{{{....|}|}(((((((((({.{((((({.{{.{{,(({..,,(({.({{{{{((({(........))))))..,,.)))))))))}})))).)))))))..)))))))))))..((((...{(((.,{(((.(((((((........)))))))....)))).)))))))).......,,,}))}}}..))..))))))))}},)))|||{{{.|,...,,}.,)))))}}))))..,}.))}))}...})))).)))))..})}........((((((...)))))).,))).)))))))))))))....((((((....(((((((((...(((......)))...)))))))))......))))))............
Back