Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001369745.1

Sequence Length

2113 nt

GC Content

0.4676

AGAUCGGGCGUGGGCUUGCGGACUGCAGCUUCCCGAGCCGCUGUCGCCCCGGAGGGGCGGCAAGGCGGGCGGCCGCGGGCCGUUUCCUUGCCUCUUCCUCUGCCCCGCUUCGGCCGCCUCCCGCCUCUCAGGGUCGGGGUUGUCUGUCCCCUUCGCUGUCACAUCCUCCGCACCCAGCGCUUGGAAGGUGCUCCAUCACGGUGACAGACAGGUGCGUAGUUUCUCUGAAAAGCAUCACCCAGGUCAGAAUGAAAGGAAACUCUCUGUGCAGACCGCUGUAUGUGGGACCUUUGAAGACAGUCAAAUAGUGUUCAAUUCUAUAGGGAUCUUCUCUGGAUCAAGCAAUGGUGGUGAAAAAUGUUUCGCAAGGGCAAAAAACGACACAGUAGUAGCAGUUCCCAAAGUAGCGAAAUCAGUACUAAGAGCAAGUCUGUGGAUUCUAGCCUUGGGGGUCUUUCACGAUCCAGCACUGUGGCCAGCCUCGACACAGAUUCCACCAAAAGCUCAGGACAAAGCAACAAUAAUUCAGAUACCUGUGCAGAAUUUCGAAUAAAAUAUGUUGGUGCCAUUGAGAAACUGAAACUCUCCGAGGGAAAAGGCCUUGAAGGGCCAUUAGACCUGAUAAAUUAUAUAGACGUUGCCCAGCAAGAUGGAAAGUUGCCUUUUGUUCCUCCGGAGGAAGAAUUUAUUAUGGGAGUUUCCAAGUAUGGCAUAAAAGUAUCAACAUCAGAUCAAUAUGAUGUUUUGCACAGGCAUGCUCUCUACUUAAUAAUCCGGAUGGUGUGUUACGAUGACGGUCUGGGGGCGGGAAAAAGCUUACUGGCUCUGAAGACCACAGAUGCAAGCAAUGAGGAAUACAGCCUGUGGGUUUAUCAGUGCAACAGCCUGGAACAAGCACAAGCCAUUUGCAAGGUUUUAUCCACCGCUUUUGACUCUGUAUUAACAUCUGAGAAACCCUGAAUCCUGCAAUCAAGUAGAAGUCAACUUCAUCUGAAAGUUCAGCUGUUUUCAAACUGCAAUGCUGAAAUGUUAUGCAAAUAAUGAAGUUAUCCCUUGCUCUAGAUUUUCUGAAGAAAAUGGAUUGUGUAAAAUGCUGAUCAUUUGUUUAUUAAAAUGUGUCCUAUUACACAGUGAGUUAACUCUCAAUGAAGUCAUCUAUUUUCUGGGCUAAAAAACUUCAUUUGUCUUUUUCAACUUCUAAUAAGCUUAACCUAAGUGUCACAGAAGCCUAGGUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUGAGGACAUGGGCUCAGUGGUGGCUUCCCAGUCAUGGUAUCACUGGCAUGGACCUCUGUCCGGCAGAGGUGUGGACUGGAGACCAGGAUUCAUGCUGGUCUGGAACAGUGACAUUGCCAACUUAAGACACACAAAGCAGAUUUUCAGAAGUGUCUGGUCAAGAUAACAUGCUGGCCAACCACAAUUCCUAGAGUUAAGAGAACCUUAAAAGAUUACCGCUCAUGCUAAAAGUAUGUAAAGAUCCCAUGUACAGUAUGAUAGUGUACUUUUUUUAAAGGACUGUCAAUAUACAAAACUUUAAAGAUUAAAAACAUUAAAAAUAAAACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-652.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -689.61

Frequency: 0.0000

Diversity: 615.96

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((((..((((((.(((........))))))))).....)))))((((((((.(((((((.((((((((...)))))))))))))))..))))))))((((((((.(((........))).....))).))))).((((((((((.........(((.(((..(((.....)))...)))..))).........)).))))))))(((((................))))).....((((.(...((.((....)).))....).))))(((((((((((((.(((((((.((.........)).))))..(((.(((((...((((((...((.((.(((.(((((((((....))))(((((((............(((((...((((((...(((((((((((...((((...((((((((((((((((..((.(((..(((((((......)))))....))..))).))..))..)))))))).........(((........)))................((((((((((((.(((........(((((((((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((..((((.....(((...(((.....)))....)))))))..))))..........))))))..))))).))))))................))))))))...)))))))........))))))..........))).))))))))))))..)))))).))))........(((((((.((((((...))))(((((.(((((.((..........)).)))))..))))).((((((........(((..(...(((..((((((....(..(((((..((.((.........)).))...)))))..)....)))))).)))..)..)))........))))))........(((...((((......))))...))))).)))))))....))).))))))))..))))))..)))))....(((((....)))))........)))))))(((((.((((((..((((((((((((((((((......((((((((........))))).)))...))))))).((((......))))........)))))))))))(((((.........((((((((((((((..(((((.....(((((...))))).....))))).((((.((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))....)))).((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))....(((((...((((((.........)))))).)))))))))))))).))))).......)))))..((((((.........))))))((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..)))))))))))((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))(((((((((((.(((((((.((.((.(((....(((.(((((((((((........)))))).....))))))))))))))).)))))))..)))))))))))..((((...((((..((((.(((((((........)))))))....)))).))))))))......((((((...................))))))(((((.(........)))))).))))).))).)).))....)))))))))))..)))........((((((...))))))..))).))))))))))))).(((((((...((((....)))).))))))).................))))......................

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{{(((((((.{((((((,(((..,,.,,.))))))))}.,,{{|||||(,{{||||}||||(((|(((((((({{{|||}|},,,,,,}},....,,,}})|||||}..,)}}}}}},{||||||....))).))))}.(((((((({(,.....,{.(((.(((..(((.....)))...)))..))),..,.....)).))))))))(((({....{{,,...}}...))))),,,..((((.{...((.((....)).))..,.}.))))(((((((((((((.(((((((.((.........}).)))},.{{{.(((((.{{(((((({{,,,.{{.,,{{((((({{,,.,{,{|||(((((((,....,{{,...(((((...((((((...{((((((({,{...{({{...((((({,((({(((((.,((.({{,{(((((((...,,,}}}}}....}}},))}.}},,)).,}}))))}),,,,.....{{{........}}}................((((((((((({.{{{.......,(({(({(((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((..((((.....{,,,{,{{{....,}.},}..}},))))..))))..........))))))..})))),})))))................)))))))),..})))))}......,}}}}|||,,........))),))))))))))))..}))))),}}}},......,((((({{,{||{{,...||}}(((((.(((((.((,{.....}}.)).))))).,})))).((((((...,,...(((..,...{((,,((((((...,(,,{((({..((.((,......,.}}.))...)))))..),}..)))))).))).,},.))),},.....)))))),....,,,{{{.,.((((......))))..,}}},},}}}}))),...})}.)))))))}..))))))..)))))...,|||,|....}|}}},..}}}.,))))))),(((({({(((((((((,,.((..((((((.,,,{{..,,,||||{........}}}||{||,...,,))))}.{(((......)))}.,,..,.{{{({|{{{{{{((((,......{{{{{{(((((((((((..(((((.....(((({...})))).....))))).{{{{.((((((.(((.....))).)))))}........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))....|,,,.{(((((.(((.....))).)))))}........{|..((((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..,.,,,,.{(((((.(((.....))).)))))}........||..{(((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..)))))),}}}}}}}}},..((((((.(((.....))).))))))........|},,}}}|||..|}}}},.}}},{(((((.(((.....))).)))))}........||..{(((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..)}..{{{....|}|}(((((((((({.{((((({.{{.{{,(({..,,(({.({{{{{((({(........))))))..,,.)))))))))}})))).)))))))..)))))))))))..((((...{(((.,{(((.(((((((........)))))))....)))).)))))))).......,,,})}}}}..))..))))))))}},)))|||{{{.|,..,,,}.,)))))}}))))..,}.))}))}...})))).)))))..})}........((((((...)))))).,})).))))))))))))).{{{((((,,.{{{(,,,,||||.}}|||},....,,,...,}}}},,)),,....,,,,,.............