Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369746.1
Sequence Length
2099 nt
GC Content
0.4683
GUCUUGGAACCGGGGGUAGGACGUCAGGACUGCGCCUGCGCAUAGUCUUGGAGGCGCGGCCCGGCGGACGUGGGCAGGAGGGCUGGAAAAGCCGGCGCUGGAGCGGGAACGGGAGUAGCUGCCUGGGCGCCAAAGGCCGCGGCACUCCCACGCGGACCCCGAAGUCCGCAACCCGGGGAUGGGCCCGCGGCUGCGAGGUGCGUAGUUUCUCUGAAAAGCAUCACCCAGGUCAGAAUGAAAGGAAACUCUCUGUGCAGACCGCUGUAUGUGGGACCUUUGAAGACAGUCAAAUAGUGUUCAAUUCUAUAGGGAUCUUCUCUGGAUCAAGCAAUGGUGGUGAAAAAUGUUUCGCAAGGGCAAAAAACGACACAGUAGUAGCAGUUCCCAAAGUAGCGAAAUCAGUACUAAGAGCAAGUCUGUGGAUUCUAGCCUUGGGGGUCUUUCACGAUCCAGCACUGUGGCCAGCCUCGACACAGAUUCCACCAAAAGCUCAGGACAAAGCAACAAUAAUUCAGAUACCUGUGCAGAAUUUCGAAUAAAAUAUGUUGGUGCCAUUGAGAAACUGAAACUCUCCGAGGGAAAAGGCCUUGAAGGGCCAUUAGACCUGAUAAAUUAUAUAGACGUUGCCCAGCAAGAUGGAAAGUUGCCUUUUGUUCCUCCGGAGGAAGAAUUUAUUAUGGGAGUUUCCAAGUAUGGCAUAAAAGUAUCAACAUCAGAUCAAUAUGAUGUUUUGCACAGGCAUGCUCUCUACUUAAUAAUCCGGAUGGUGUGUUACGAUGACGGUCUGGGGGCGGGAAAAAGCUUACUGGCUCUGAAGACCACAGAUGCAAGCAAUGAGGAAUACAGCCUGUGGGUUUAUCAGUGCAACAGCCUGGAACAAGCACAAGCCAUUUGCAAGGUUUUAUCCACCGCUUUUGACUCUGUAUUAACAUCUGAGAAACCCUGAAUCCUGCAAUCAAGUAGAAGUCAACUUCAUCUGAAAGUUCAGCUGUUUUCAAACUGCAAUGCUGAAAUGUUAUGCAAAUAAUGAAGUUAUCCCUUGCUCUAGAUUUUCUGAAGAAAAUGGAUUGUGUAAAAUGCUGAUCAUUUGUUUAUUAAAAUGUGUCCUAUUACACAGUGAGUUAACUCUCAAUGAAGUCAUCUAUUUUCUGGGCUAAAAAACUUCAUUUGUCUUUUUCAACUUCUAAUAAGCUUAACCUAAGUGUCACAGAAGCCUAGGUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUGAGGACAUGGGCUCAGUGGUGGCUUCCCAGUCAUGGUAUCACUGGCAUGGACCUCUGUCCGGCAGAGGUGUGGACUGGAGACCAGGAUUCAUGCUGGUCUGGAACAGUGACAUUGCCAACUUAAGACACACAAAGCAGAUUUUCAGAAGUGUCUGGUCAAGAUAACAUGCUGGCCAACCACAAUUCCUAGAGUUAAGAGAACCUUAAAAGAUUACCGCUCAUGCUAAAAGUAUGUAAAGAUCCCAUGUACAGUAUGAUAGUGUACUUUUUUUAAAGGACUGUCAAUAUACAAAACUUUAAAGAUUAAAAACAUUAAAAAUAAAACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-655.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -690.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 590.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(..((.((((((....((((.((.((((((((.((........)).)))))))))).))))(((.((((....((.(((((.....))))).))...(((((...((((((.(((((...(((.......))))))))))))))..((((((......))))))..((((....)))))))))(((((((.....)))))))....(((......))))))).))).............)))))).)).))))).(((((((((((((.(((((((.((.........)).))))..(((.(((((...((((((...((.((.(((.(((((((((....))))(((((((............(((((...((((((...(((((((((((...((((...((((((((((((((((..((.(((..(((((((......)))))....))..))).))..))..)))))))).........(((........)))................((((((((((((.(((........(((((((((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((..((((.....(((...(((.....)))....)))))))..))))..........))))))..))))).))))))................))))))))...)))))))........))))))..........))).))))))))))))..)))))).))))........(((((((.((((((...))))(((((.(((((.((..........)).)))))..))))).((((((........(((..(...(((..((((((....(..(((((..((.((.........)).))...)))))..)....)))))).)))..)..)))........))))))........(((...((((......))))...))))).)))))))....))).))))))))..))))))..)))))....(((((....)))))........)))))))(((((.((((((..((((((((((((((((((......((((((((........))))).)))...))))))).((((......))))........)))))))))))(((((.........((((((((((((((..(((((.....(((((...))))).....))))).((((.((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))....)))).((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))....(((((...((((((.........)))))).)))))))))))))).))))).......)))))..((((((.........))))))((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..)))))))))))((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))(((((((((((.(((((((.((.((.(((....(((.(((((((((((........)))))).....))))))))))))))).)))))))..)))))))))))..((((...((((..((((.(((((((........)))))))....)))).))))))))......((((((...................))))))(((((.(........)))))).))))).))).)).))....)))))))))))..)))........((((((...))))))..))).)))))))))))))....((((((....(((((((((...(((......)))...)))))))))......))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({,(..{(.((((((....((((.((.((((((((.((........)).)))))))))).))))(((.((((,...,{{((({,...,}))|||,||.,.(((({.,,{{{{||.{||||...|||,,,...|||||||||}}||||..((((((......))))))..{{{{,,,,,)}))))))||||{{{.{{{{|}}}}}|...,,|,...}},}}.)))).))).............)))))).)).))))).(((((((((((((.(((((((.((.........}).)))},.{{{.(((((.{{(((((({{,{,.{{.,,{{((((({{,,.,,,{|||(((((((,....,{{,...(((((...((((((...{((((((({,{.,.{{{{...((((({,({{{(((((.,((.({{,{(((((({...,,.}}}}}....}}},))}.}},,))..}}))))}),,,,.....{{{........}}}................((((((((((({.{{{.......,(({(({(((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((..((((.....{,,,{,{{{....,}.},}..}},))))..))))..........))))))..})))),})))))................)))))))),..})))))}......,}}}}|||,,........))),))))))))))))..}))))},}}}},......,((((({{,{|||{,...||}}(((((.(((((.((,{.....}}.)).)))))..})))).((((((...,,...(((..,...{((,,((((((....(,,{((({..((.((,......,.}}.))...)))))..),}..)))))).))).,},.))),},.....)))))),....,,,|{{.,.((((......))))..,}}},},}}}})))}...})}.)))))))}..})))))..)))))...,|||,|....}}}}},..}}}.,})))))),(((({({(((((((((,..((..((((((.,,,{{..,,,||||{........}},||{||,...,,))))}.{(((......)))}.,,..,.{{{({|{{{{{{((((,......{{{{{,(((((((((((..(((((.....(((({...})))).....))))).{{{{.((((((.(((.....))).)))))}........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))....|,,,.{(((((.(((.....))).)))))}........{|..((((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..,.,,,,.{(((((.(((.....))).)))))}........||..{(((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..)))))),}}}}}}}}},..((((((.(((.....))).))))))........|},,}}}|||..|}}}},.}}},{(((((.(((.....))).)))))}........||..{(((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..)}..{{{....|}|}(((((((((({.{((((({.{{.{{,(({..,,(({.({{{{{((({(........))))))..,,.)))))))))}})))).)))))))..)))))))))))..((((...{(((.,{(((.(((((((........)))))))....)))).)))))))).......,,,}))}}}..))..))))))))}},)))|||{{{.|,..,,,}.,)))))}}))))..,}.))}))}...})))).)))))..}}}........((((((...)))))).,})).)))))))))))))....((((((....(((((((((...(((......)))...)))))))))......))))))............
Back