Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369747.1
Sequence Length
1934 nt
GC Content
0.4535
GCGCCCUGGCAAUGCAGAGGAGUCACCGAGCUCCGCCUUUGACCAGCGUGCAGCUGGGAGAGUGAGAUCAGAGACCACAGCAGAUCGUGGCGCUGUGAUCAGGGGGUACACUCAAGCUGUGGGUCCCUUACCCCAGCCUUGAGAUCCCAGGAAGGCCUGCAGCCUGAAACGGGCCUUGAAAGGUGCGUAGUUUCUCUGAAAAGCAUCACCCAGGUCAGAAUGAAAGGAAACUCUCUGUGCAGACCGCUGUAUGUGGGACCUUUGAAGACAGUCAAAUAGUGUUCAAUUCUAUAGGGAUCUUCUCUGGAUCAAGCAAUGGUGGUGAAAAAUGUUUCGCAAGGGCAAAAAACGACACAGUAGUAGCAGUUCCCAAAGUAGCGAAAUCAGUACUAAGAGCAAGUCUGUGGAUUCUAGCCUUGGGGGUCUUUCACGAUCCAGCACUGUGGCCAGCCUCGACACAGAUUCCACCAAAAGCUCAGGACAAAGCAACAAUAAUUCAGAUACCUGUGCAGAAUUUCGAAUAAAAUAUGUUGGUGCCAUUGAGAAACUGAAACUCUCCGAGGGAAAAGGCCUUGAAGGGCCAUUAGACCUGAUAAAUUAUAUAGACGUUGCCCAGCAAGAUGGAAAGUUGCCUUUUGUUCCUCCGGAGGAAGAAUUUAUUAUGGGAGUUUCCAAGUAUGGCAUAAAAGUAUCAACAUCAGAUCAAUAUGAACAAGCACAAGCCAUUUGCAAGGUUUUAUCCACCGCUUUUGACUCUGUAUUAACAUCUGAGAAACCCUGAAUCCUGCAAUCAAGUAGAAGUCAACUUCAUCUGAAAGUUCAGCUGUUUUCAAACUGCAAUGCUGAAAUGUUAUGCAAAUAAUGAAGUUAUCCCUUGCUCUAGAUUUUCUGAAGAAAAUGGAUUGUGUAAAAUGCUGAUCAUUUGUUUAUUAAAAUGUGUCCUAUUACACAGUGAGUUAACUCUCAAUGAAGUCAUCUAUUUUCUGGGCUAAAAAACUUCAUUUGUCUUUUUCAACUUCUAAUAAGCUUAACCUAAGUGUCACAGAAGCCUAGGUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUGAGGACAUGGGCUCAGUGGUGGCUUCCCAGUCAUGGUAUCACUGGCAUGGACCUCUGUCCGGCAGAGGUGUGGACUGGAGACCAGGAUUCAUGCUGGUCUGGAACAGUGACAUUGCCAACUUAAGACACACAAAGCAGAUUUUCAGAAGUGUCUGGUCAAGAUAACAUGCUGGCCAACCACAAUUCCUAGAGUUAAGAGAACCUUAAAAGAUUACCGCUCAUGCUAAAAGUAUGUAAAGAUCCCAUGUACAGUAUGAUAGUGUACUUUUUUUAAAGGACUGUCAAUAUACAAAACUUUAAAGAUUAAAAACAUUAAAAAUAAAACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-580.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -613.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 483.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((((.((...(((((......)))))))..))).)))).))))...((((.((((....(((((((.((((((..........)))))).((..(((((...(((((((((.((((.....))))))).)))))))))))..))((((.....))))...(((.((((....)))).)))....)))))))...)).)).))))((((.(...((.((....)).))....).))))(((((((((((((.(((((((.((.........)).))))..(((.(((((...((((((...((.((.(((.(((((((((....))))(((((((............(((((...((((((...(((((((((((.((((......((((......(((((.(((.(..((((((.(...(((((.........)))))..).))))))..)))).))))).....))))...................((((((....(((((((...(((((.......((((((((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((..((((.....(((...(((.....)))....)))))))..))))..........))))))..))))).))))))................))))))))...)))))))........)))))(((........)))........(((((........)))))...........))))).)))))))....)))))).......(((...((((......))))...))).......))))...))).))))))))..))))))..)))))....(((((....)))))........)))))))(((((.((((((..((((((((((((((((((......((((((((........))))).)))...))))))).((((......))))........)))))))))))(((((.........((((((((((((((..(((((.....(((((...))))).....))))).((((.((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))....)))).((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))....(((((...((((((.........)))))).)))))))))))))).))))).......)))))..((((((.........))))))((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..)))))))))))((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))(((((((((((.(((((((.((.((.(((....(((.(((((((((((........)))))).....))))))))))))))).)))))))..)))))))))))..((((...((((..((((.(((((((........)))))))....)))).))))))))......((((((...................))))))(((((.(........)))))).))))).))).)).))....)))))))))))..)))........((((((...))))))..))).)))))))))))))....((((((....(((((((((...(((......)))...)))))))))......))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((((((.({...(((((......)))))}}..))).)))).))))..,((((.((((....(((((((.((((((..........)))))).((..(((((...(((((((((.((((.....)))))))},))))))))))..))((((.....))))...(((.((((....)))).)))....)))))))...}).)).))))|(((.{...((.((....)).)).,,.}.)))}(((((((((((((.(((((((.((.........)).)))},.({{.(((((.{{(((((({{,,,.{{.,,({((((({(,..,,,||||(((((((.....{{{,.,.(((((...((((((...{{((((((({{.{{{(,,{,.{((((,{{,,.(((((,,{{.({{{(({(((({...,,,}}}}}....{||||}..,,,,}},,}})))}.}},,,.....||||,{{,...,,,.........,(((((..,|((((,{{...{{{{,......(((((((((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((..((((.....{,,,{,{{{....,}.},}..}},))))..))))..........))))))..})))),})))))................)))))))),..})))))}......,})))))|,,........)))....||,,,,|,..,,}}},,}))}..,}}},}.},,)))),,))))))}....}}}}}||,....,{((.,.{(((......)))}.,.}},.}}}}..}}))..,))).))))))))..))))))..)))))...}|||,|....}|}|},..}}}.,))))))),(((({({(((({{(((,,,((..((((((.,,,{{..,,,||{{{........}}}||{||,...,,))))).{(((......)))}.,,..,.{{{{{||{{{{{((((,......{{{{{{(((((((((((..(((((.....(((({...})))).....))))).{{{{.((((((.(((.....))).)))))}........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))....},,,.{(((((.(((.....))).)))))}........{|..((((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..,.,,,,.{(((((.(((.....))).)))))}........||..{(((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..)))))),,}}}}}}}},..((((((.(((.....))).))))))........|},,}}}}||..|}}}},.}}},{(((((.(((.....))).)))))}........{|..{(((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..)}..{{{....|}|}(((((((((({.{((((({.{{.{{,(({..,,(({.({{{{(((({(........))))))..,,.)))))))))}})))).)))))))..)))))))))))..((((...{(((.,{(((.(((((((........)))))))....)))).)))))))).......,,,}}}}}}..))..})))))))}),))))||{{,.|,.,,,,}.,)}))),})))}..}).))}))}...})))),)))))..}))........((((((...)))))).,))).)))))))))))))....((((((....(((((((((...(((......)))...)))))))))......))))))............
Back