Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369748.1
Sequence Length
2277 nt
GC Content
0.4791
AGAUCGGGCGUGGGCUUGCGGACUGCAGCUUCCCGAGCCGCUGUCGCCCCGGAGGGGCGGCAAGGCGGGCGGCCGCGGGCCGUUUCCUUGCCUCUUCCUCUGCCCCGCUUCGGCCGCCUCCCGCCUCUCAGGGUCGGGGUUGUCUGUCCCCUUCGCUGUCACAUCCUCCGCACCCAGCGCUUGGAAGGUGCUCCAUCACGGUGACAGACAGGUGCCAAGCAGGCUGGCGUCUGGGAGGAACUUCGGAGCCGGCUCUCCCUAGGCCCCGAGCUUGGCCGCAUCCGUCCUUACUCUGGUGACCCUGGGCAGGUCACUGACUCUUCGGGCGCUUUGGCAUCCUCGUUUGAAAGGGGCUGUUAUCCUGCAGCCUUGCUGGUGCGUAGUUUCUCUGAAAAGCAUCACCCAGGUCAGAAUGAAAGGAAACUCUCUGUGCAGACCGCUGUAUGUGGGACCUUUGAAGACAGUCAAAUAGUGUUCAAUUCUAUAGGGAUCUUCUCUGGAUCAAGCAAUGGUGGUGAAAAAUGUUUCGCAAGGGCAAAAAACGACACAGUAGUAGCAGUUCCCAAAGUAGCGAAAUCAGUACUAAGAGCAAGUCUGUGGAUUCUAGCCUUGGGGGUCUUUCACGAUCCAGCACUGUGGCCAGCCUCGACACAGAUUCCACCAAAAGCUCAGGACAAAGCAACAAUAAUUCAGAUACCUGUGCAGAAUUUCGAAUAAAAUAUGUUGGUGCCAUUGAGAAACUGAAACUCUCCGAGGGAAAAGGCCUUGAAGGGCCAUUAGACCUGAUAAAUUAUAUAGACGUUGCCCAGCAAGAUGGAAAGUUGCCUUUUGUUCCUCCGGAGGAAGAAUUUAUUAUGGGAGUUUCCAAGUAUGGCAUAAAAGUAUCAACAUCAGAUCAAUAUGAUGUUUUGCACAGGCAUGCUCUCUACUUAAUAAUCCGGAUGGUGUGUUACGAUGACGGUCUGGGGGCGGGAAAAAGCUUACUGGCUCUGAAGACCACAGAUGCAAGCAAUGAGGAAUACAGCCUGUGGGUUUAUCAGUGCAACAGCCUGGAACAAGCACAAGCCAUUUGCAAGGUUUUAUCCACCGCUUUUGACUCUGUAUUAACAUCUGAGAAACCCUGAAUCCUGCAAUCAAGUAGAAGUCAACUUCAUCUGAAAGUUCAGCUGUUUUCAAACUGCAAUGCUGAAAUGUUAUGCAAAUAAUGAAGUUAUCCCUUGCUCUAGAUUUUCUGAAGAAAAUGGAUUGUGUAAAAUGCUGAUCAUUUGUUUAUUAAAAUGUGUCCUAUUACACAGUGAGUUAACUCUCAAUGAAGUCAUCUAUUUUCUGGGCUAAAAAACUUCAUUUGUCUUUUUCAACUUCUAAUAAGCUUAACCUAAGUGUCACAGAAGCCUAGGUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACAAACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACGAGAUGUCACAGAGGUCCACUCAGUGACACACACUGAAGGCCUGAGGAAGACUGAGGACAUGGGCUCAGUGGUGGCUUCCCAGUCAUGGUAUCACUGGCAUGGACCUCUGUCCGGCAGAGGUGUGGACUGGAGACCAGGAUUCAUGCUGGUCUGGAACAGUGACAUUGCCAACUUAAGACACACAAAGCAGAUUUUCAGAAGUGUCUGGUCAAGAUAACAUGCUGGCCAACCACAAUUCCUAGAGUUAAGAGAACCUUAAAAGAUUACCGCUCAUGCUAAAAGUAUGUAAAGAUCCCAUGUACAGUAUGAUAGUGUACUUUUUUUAAAGGACUGUCAAUAUACAAAACUUUAAAGAUUAAAAACAUUAAAAAUAAAACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-730.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -768.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 630.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((.((.(((((.((((.(((((..(((((.((..(((((((((...)))))))))(((((((((((((((((.((..................)).)))))...))))))...))))))....)).))))))))))..))))(((...(((((((.......(((((...(....)...))))).........)))))))..))).(((..(((((((((((((((...((..((((((((((((((.((((...(((((.((....((((((((.(((((..((.(((((...((((((.((((((...((.((((((((....((...)).))))))))))(((((((......)))))))((((((..(((.........((((.(.(((.(((((((.(((((....(((..((((..((((..((((((((.(((..((((...(((((...((..((((.........))))..)).)))))...)).))..))))))))))).......(((((((..(((.....(((..(((....)).)..))))))......)))))))..))))..))))....)))....))))).))).)))))))))))))))..))))))..)))))).)))......)))....)))))..))...))))).....................((((((((((((.(((........(((((((((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((..((((.....(((...(((.....)))....)))))))..))))..........))))))..))))).))))))................))))))))...)))))))........))))))..........))).))))))))))))((((((.(((............))).))))))....)))).)))))).)))))))))...))))....)))))))))).)).)))))))...............)))))))).)))....(((.((....)))))...))))).)).)))........((((((((......((((((((((((........((((((((...(((....((((......)))).((((..((((...(((...(((((((((.........)))..))))))...)))........((((((((.......((((((((...)))).((((((((((((((((((......((((((((........))))).)))...))))))).((((......))))........))))))))))))))).....))))))))(((((((((((..(((((.....(((((...))))).....))))).((((.((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))....)))).((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))....(((((...((((((.........)))))).))))))))))))))))..((((((.(((.....))).))))))............((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))))))..))))...((((((.(((.....))).))))))........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))..(((.....)))(((((((((((.(((((((.((.((.(((....(((.(((((((((((........)))))).....))))))))))))))).)))))))..)))))))))))..((((...((((..((((.(((((((........)))))))....)))).))))))))..................))).)))))))).(((..((((((.(........)))))))..)))......))))))))))))..........((((......((((((...))))))....))))....(((((.((...)).)))))..(((((((((...(((......)))...)))))))))...............)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{{(((((.{((((((.(((..,,.,..})))))))).,,,,|||||({{{||||,(((((((.((((((((...))))))}})))))))..,}}}}}}).,,,{{{{.((||{{{{(((((({....))).))))}.{((((((({(,...,.,(.(((.(((..(((.....)))...)))..))),..,.....)).))))))))))}}}}}}}|{{((({(((((((,,.{{..((((((((((((((.((((...(((((.({...{((((((((.(((((..{{.((((({..({((((.((((((.,..,.,{{((({({...,|,..}}.}}}}}}},,}(((((((......)))))))((((((..(({........,({((((.(((.(((((((.(((((....(((..((((..((((.((.(((((..,.((((({({{((((.((..,....,.}}.}}}}}..|,,,,||(({{{,,...))}))..||.,}}}|,{{{{{,...,||||||..,||}.....,{..,.,.,,.,}.,,.},)))))...)))))...)).))))..))))....)))....))))).)))}}))))))))))))))..))))))..)))))).))),.....}))..,.}))))..}}.,.))))).....................((((((((((({.{({.......,(((((((((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((..((((.....{,,,{,{{{....,}.},}..}},))))..))))..........))))))..})))),})))))................)))))))),..})))))}......,}))))}|.,........))).)))))))))))){{{{{{.{{{............))).)))))),...)))).)))))).)))))))))...)))}...,)))))))))).)).)))))))..||..,{{,{,,..||}}}}|||{{||,.|{{{||(,,.|||}|||,..,,||.},.||,....}}..|||||.,}}},..,{{{{{(((((((......,.,||||{{|.,.|{({...((((......)))).,,}}|,{||{,,,{|{..,{{{{{({((,,,.....,|||..||}}},..|},,}}},...,|||||({{.,,.,,,((((((({..,||||,((({{{(({{(((((({{.,,{..{{{(((((........))))|,||}...}}))))).{(((......)))}.,,....{|||||||||||||||.....,}}|||||(((((((((((..(((((.....(((({...})))).....))))).{{{{.((((((.(((.....))).)))))}........((..((((((..((.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..))....|,,,.{(((((.(((.....))).)))))}........||..{|{{{|..||..,......((((((.(((.....))).))))))........})..))))))..}}..,.,....{(((((.(((.....))).)))))}........}}..||||||..||..,......((((((.(((.....))).))))))........}}..||||||,,||,,},,,...((((((.(((.....))).))))))........|}..}|||||..||..,,,,...{(((((.(((.....))).)))))}........||..{(((((..({.........((((((.(((.....))).))))))........))..))))))..}}..{{{....|}||(((((((((({.{((((({.{{.{{,(({..,,(({.({{{{((((((........))))))..,,.)))))))))}})))).)))))))..)))))))))))..((({...|{||,,|(({.(((((((........)))))))....)))).))))))))..........,,,,,,.,))}.)))))))),(((..((((({.{,,....,.,))))))..))).....,))))))))))))...,,,...,{,.,.....,((((((...,|||||....},,}..,,|||||,||,,,|},})))}.,{{(((((((...(((......)))...))))))))),,......................
Back