Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369858.1
Sequence Length
3476 nt
GC Content
0.3855
GUGUGUGUGGAAGGGAGAGAGCUGUGCGAGCGUGGGGGAGAGUUUUUCGUUGGAAUAUACGUUGCACAUUUAUGGCGAUUCUGAGUGUGAGGGCAGACUUCUGCCAGGCUCAGCACAGCAUUUUCGCUGACAAGUGAGCUUGGAGGUUCUAUGUGCCAUAAUUAACAUUGCCUUGAAGACUCCUGGACACCGAGACUGGCCUCAGAAAUAGUUGGCUUUUUUUUUUUUUAAUUGCAAGCAUAUUUCUUUUAAUGACUCCAGUAAAAUUAAGCAUCAAGUAAACAAGUGGAAAGUGACCUACACUUUUAACUUGUCUCACUAGUGCCUAAAUGUAGUAAAGGCUGCUUAAGUUUUGUAUGUAGUUGGAUUUUUUGGAGUCCGAAGGUAUCCAUCUGCAGAAAUUGAGGCCCAAAUUGAAUUUGGAUUCAAGUGGAUUCUAAAUACUUUGCUUAUCUUGAAGAGAGAAGCUUCAUAAGGAAUAAACAAGUUGAAUAGAGAAAACACUGAUUGAUAAUAGGCAUUUUAGUGGUCUUUUUAAUGUUUUCUGCUGUGAAACAUUUCAAGAUUUAUUGAUUUUUUUUUUUCACUUUCCCCAUCACACUCACACGCACGCUCACACUUUUUAUUUGCCAUAAUGAACCGUCCAGCCCCUGUGGAGAUCUCCUAUGAGAACAUGCGUUUUCUGAUAACUCACAACCCUACCAAUGCUACUCUCAACAAGUUCACAGAGGAUUGGCCAUUUGAUGAUGGAGCUCCACCCCCUAAUCAGAUAGUAGAUGAUUGGUUAAACCUGUUAAAAACCAAAUUUCGUGAAGAGCCAGGUUGCUGUGUUGCAGUGCAUUGUGUUGCAGGAUUGGGAAGGGCACCUGUGCUGGUUGCACUUGCUUUGAUUGAAUGUGGAAUGAAGUACGAAGAUGCAGUUCAGUUUAUAAGACAAAAAAGAAGGGGAGCGUUCAAUUCCAAACAGCUGCUUUAUUUGGAGAAAUACCGACCUAAGAUGCGAUUACGCUUCAGAGAUACCAAUGGGCAUUGCUGUGUUCAGUAGAAGGAAAUGUAAACGAAGGCUGACUUGAUUGUGCCAUUUAGAGGGAACUCUUGGUACCUGGAAAUGUGAAUCUGGAAUAUUACCUGUGUCAUCAAAGUAGUGAUGGAUUCAGUACUCCUCAACCACUCUCCUAAUGAUUGGAACAAAAGCAAACAAAAAAGAAAUCUCUCUAUAAAAUGAAUAAAAUGUUUAAGAAAAGAGAAAGAGAAAAGGAAUUAAUUCAGUGAAGGAUGAUUUUGCUCCUAGUUUUGGAGUUUGAAUUUCUGCCAGGAUUGAAUUAUUUUGAAAUCUCCUGUCUUUUUAAACUUUUUCAAAAUAGGUCUCUAAGGAAAACCAGCAGAACAUUAGCCUGUGCAAAACCAUCUGUUUGGGGAGCACACUCUUCCAUUAUGCUUGGCACAUAGAUCUCCCUGUGGUGGGAUUUUUUUUUUCCCUUUUUUUGUGGGGGAGGGUUGGUGGUAUAUUUUUCCCCUCUUUUUUCCUUCCUCUCCUACAUCUCCCUUUUCCCCCGAUCCAAGUUGUAGAUGGAAUAGAAGCCCUUGUUGCUGUAGAUGUGCGUGCAGUCUGGCAGCCUUAAGCCCACCUGGGCACUUUUAGAUAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAACAACACCAAAAAAACAGCAGUGAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAAUAUAAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUUUUCCAGGUGGUUUUUAGUCUUUACUGAUGAAAGGGUGUUCAUGUUAGUUUCUUCAAAACCCUAUCUAAUACUAGGCAAAGUAGCCAAGAGCCUUUUGUUUUGUUUUUAUUUUGAUAAAUUAGUGGAGAAAUGGCAUUUUAAGAGGAGUCUCUUCUCAACUUACCUGAGAGUCGAAUUCUUCUCUUCCCUAACCAAUGAAGCUAAGUGGUUAUCCCAGAAACUUGUCUUCUAAAAGGGAGGACUCCAGGCCAUCAAUAAAGAUGUCCAGGCAGUGAGCGUACUUUUUACACCCUGUAGAAUUGUGGGCUGUAGCGUUACUCUGAUUUUCUGUCUAGUAUCAGAGAAUGCUGGUAGCUUAAAAUUUUUAUUUUAGGACUUGUACUCUGAAUUUUCAGGAACCGUCAAAGGAGCAGCAGCAAAUUCACAUAUUUUCGACUUGAGAAAUGCUUGUGGUAUGUGUUUUCCAAACUGCCCCCUAUAUGUAAAGUUCAGUUUAACCACUGAUUGCCUUGUUAUUACUAGGUUUUUUGAGAUUAAAAAAAAAAAAUCCCUGGUUUAAAACCAACAAUGAUGCCUAGUGAGUAUGUGUCCACAGGCCAUAACAGGGUAGAAGAGAGACAUCGUGCAACCCAAUGAGUAGUGAAGGGACUGUGUUGCUUGUGAAGCGGUGUAGUAGCAUUUUUGCAGAUUCUUGGCUGGGUUUAGUGUACUGAUCUAGAAAAGCUGUUUUUCUGCUCCUUUGUGGAAGGCAGUUAUGAUCAGGCUGCAUGGACAAAGCAGGUAGAGGGGCACCAUCAGGGGCUCUUGCACUAUUUUCACCUCUAAAUAUUACGUACUCAGUAGUGCCCUGCUUCUAGGGCUCUGAAUACGGGCUUAAAGUCAUCUUGUCCUGCUGGAAUUUGCUGUGCAGAGCCAUAAGCCUCCCAUUUUGUUAGCGUCAGCUAGGCCAAUAGGAACAGACCGGGACCUUGUCUCACACUGAUGAUACCUCACAUGUUGACCGGCUAUGUGAACUGCCUAUUUCCUAUGCUGGAGUUUUGAUUUUUAACUAAACGCAAAUCUGUAGAUUCUCUCCUCUCCCAUCCCAGAAAACAAAACAAAAUAAUGCUUUUCGAAAUUGUUUCUAGGACUUUAAAACAUAAUGGUAUAUCCAAAAUUCUUUAUUUCAGAAUGCAACAAUAGAUUCCAUUAAUAUAGACUCAAGAUCAAAACAGCAUACCUGCUAAGCUAAGAUAGAUGGUGUUGAUUCCACUGGGUUUUGAUCAAUACAAUAACAAACCUUUUUCCUUUGACAUACUCUGAAUUUUGUUGUUUGGGGGGAGGGGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUAUGUGUGUGUGUGUGUGUGCACGCGCAGUGUCCAUCAGUAUCAGUGCCUGCCUGAGUUAGGAAAAUUACAUUCCUGGUUCUGUAUUGAGGAGAAGGAUGUAUAAAGCAACAUGAAACAUUAGCCCUCCUUUUAUUUUAAAGACUAAUGUUAAUUGUUCUUAAAACUGGAUUUUUUUUCCUUAAAGCAAUUUUUUUCUUUUCGAUUUAAUGAAGUAUUGCUAGCUGAAGCCAGUUUGACAUAGAGAGAUGUCAGAUUGAUUUGAAAGGUGUGCAGCCUGAUUUAAAACCAAACCCUGAACCCUUUUAAAGAACAAUAAAACAUAUUUUACACGCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-954.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1026.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 990.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((..((.(((((.(((((((((((.(((.(((.(((((.((.(((.(......(((((.((....)))))))......).))).)).)))))))).))).)))).))))))).))))).))..))((.((((((.(((((...((((..........)))).))))).))).)))))......(((....((((((((((((((((.((..((.........))..)).))).)))))))((((.((....)).)))).(((.((((..(((..((((((.(((((((.....))))))).))))))...))).)))).)))..(((((....)))))...((((((...(((((.((((((((((((...))))))).))))).)))))))))))))))))....))).....((((((....))))))..(((((((((.(((..((((((((((((((((..(((((((.....((((.(((.((((((((((((((.((........))..))))))(((((...(((((((((....).))))))))..))))).......)))))))).)))))))....((((((((.(((((((((((.(((((........((((((((((.((.(((((((....((((((..((((...((((((....)))))).......((((((.....(((((.((.((..............)))).)))))....))).))).))))))))))...(((((((.........)))))))...((((((((....((........))....)).)))))))))).)..)).)).)))))))..)))(((..((((((((((.(((((((.(((.(((...(.......)...))).)))..)))))..)).)))......((((...))))((((((((.((((((........((((((...........))))))....(((((((((..((.(((....))).))(((..(((((..(((.(((..((((((.((((...((((..((......(((((((..((.((.(((((((((((((((..(((((((....(((....((((((((...((((((.((......))..)))))).))))))))....)))...)))....(((........)))................))))..))))))))...))))...((((.(((((((((.(.((...((((....(((.(((((((((...((..(((((.(((((.......)))))..)))))....))...))))))))).)))....)))))).).))))))))).)))).......(((.((....))..))).))).)))))))))))((((....(((......)))...))))))..))))....)))).))))))..)))..)))..)))))...))).....((((((........)))))))))))))))........))))))))))))))))))))).)))(((((..((((((((((((((((.(((.(.(((.((((((....((((((.(..((((...(((.(((((((((((((((((((..((((....))))..................................((((((..((((((.((...(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).)))).)))))))))))))))))))))))......)).)))))).(((......))).....)))))).((((((.((((((((......((((.((((..((((((((....(((((...))))))))))))).))))..))))......))))))))))))))....(((((((((..((((((.......))))))..).))))))))(((((((.......((((.(((((((....)).....))))).))))....)))))))(((((.((.((((......)))).)).)).))).(((.(((.(((((((...)))))))..))).))).(((((((.(((((((............))))))))))))))..((((((((((....)))))))).)).....(((((....)))))..(((.(((((((((((((((.....((((...((((.......))))....))))(((((((((((.....((((((....((((......(((((......)))))..((((.((....)).))))(((((........))))).........(((((...)))))........((((.(((.(.......))))))))))))...))))))....)))))).)))))...((((.((((.((((((.....((((((((.............))))))))))))))..))))))))(((((((.((....)))))))))....)))).....))))))))))))))))))).....)).)))))))))))).)))..))))..).)))))).((....))((((((.(((((((((........)))))...((((.((((....((((((....)))))).)))).))))((((...))))......(((....))).......))))))))))...(((...(((((((.(((((.(((((((((..((((((..(((...(((((...)))))...)))........(((((((((....))).))))))....)))))).)))).))))).(((((((((((...(((...(((....)))(((........)))....(((.(((((.(((......................)))))))).)))..........((((((..(((.....(((((.......)))))......)))....))))))...)))....)))))))))))((((....))))..))))).).)))))).))).))))))))).).))))))).....(((((((((..........................))))))))).)))))))))))).))))).))))).))))))))))).))))).)))(((((((((......)))))))))...(((.((((((.(((.(((..........(((((.......)))))))).))))))))))))(((((((.((..(((.((((...((((((((.....((((......)))).))))))))...))))))).....)).)))))))))))))))))).....))))))))))))..))))))))))))(((......)))(((((((((((......))))))))))).(((((((((.((.(((...................))).)))))))))))..................)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{(((((((,.((.(((((.(((((((((((.(((.((({(((((.((.(({.{......(((((.((....,}))))}...,,,),))).)).)))))))).))).)))).))))))).))))).))..}}{(.((((((.(((((...((((..........)))).))))).))).))))|{{,,,{{{{....((((((((((((((({.((..{{.........}}..)).})).))))))|{{{{.{{....)).}}}},{{{.((({..(((..((((((.(((((((.....))))))).)))))).,.))).)))).|,,..(((((....))))).,.|{{{{{...(((((.((((((((((((...))))))).))))).)))))}}}}})))))))....}}}.{{{{((({((....})),))}}|||,{{{{({({,,{((,,,||||{||||{{,.,,{({({.,...{(((((((.((((((({((((((,((,,....,,||,.}|||||(((({...((((((({(....,.))))))))..})))}...}}}}.,}}},,,.}}}}},,....((((((((.(((((((((((.(((((..,,,{{,.,,,,,||||}|,.,.(((({{,{{(((((,..{{,,..{((((,,..{{{{{||,,{,....,}|.,......,,|||}|,..|}}}}...,,}}}}})),)},)))){{(({....))))).,,}}|}|...(((((((.........)))))))...((((((((....((........))....}},}))))}||||{,..))})}{||,,}},.}))|(((..((((((((({.,,(((({.{{{,|{{.|,{,,..,,,|...}}}.}}}.,}})}},.}}.))),,,},,|||,...,}}}{(((((({,((((((.,,,,..{(((({(,{{,,,,,,..}||||},...,,||{{,({..((.(((....))).)).,|}.{{{{|..|||,|,,,||||{{{{((({.,,({{{..,,......{(|||||..{,.,,,(((((,.,(((({{,.,|||||||}}..(({....((((((({...((((((.{,,,....)}..)))))).)))))))).,,.}}}.{{|||.{{{((({.......}},,,,,,,,.....,,{{||||{{||||}|||,....||{,.,(({.((((({{({{(((.,..((((....(((.(((((((((...((..(((((.(((((.......)))))..)))))....))...))))))))).)))....)))).}.))))))))))),))))},....,(({.({....}}..,||{|||.}},,,,||},|((((....(((......)))...))))),.,),}}.,..)))).))}}}},|)},..}}),}))),)}}}))))}}}}}|{{{,.,,,,}}}))))))))))))),)},,,....}))))))))))))}))))))).)))|((({,.(((((((((((((({{,{{(.(.(((.((((({.,..((((((.(..((((...(((.(((((((((((((((({,...((((,,,,||}}..{{{{..........................,,.,((({......,{..,.,,{((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((,...})))))))))))))))))},))),})))))))))))))))))))))}.||||}})}},}},|{{(((((((({.,.,..(((({{.{(((({..(((((((...{{(((..,...,{{{((((({{(({(,{({{{,{,..,,|}||||{,.,}}}},,}}}}||{{{{{||.,||||||}||{{{,(((((((({,,((((((.......))))))..)}})))))))(((((((.......((((.((((({{.....}.....))))).))))....))))))){{{{{.((.((((......)))).)).||,|||.(((.(((.(((((({...}))))))..))).))).(((((((.(((((((.........,}.))))))))))))))..{{((((((((....)))))))).}}....,{((((....)))))..|,,.,..,(((({(({{,{,.,.,((((,,{((((.......)))}.,..))}))||}}))||}},,..,))))||.......,}}}}}}||{||,,..,})))))}}{{{{,((,.,,||{||||{((((........,,,,,,,,,,....{((({...})))).......,)))))))}.,{{{{.{{{,..,))))))),,))))),)))))))))))},),)).,)))..,.,.))))))}}}}||||,,||||||,..}})}))}}},)}.(({....))).....,||}}|||(({{{((....))))}))))...||{{|{{{{{(|((......)))))))))})},.,}.)))))))))))).)))..))))..).)))))).((....))(((((,,(((({((((........))))}...((((.((((....((((((....)))))).)))).))))((({...})))......{((....))}....,..))))))))))....,,...((((({(.(((((.{((((((((..((((((..(((...(((((...)))))...}})........(((((((({....})).))))))..,,)))))).)))).))))}.(((((((((((...,,,...,,,.,,,||}{{{........,.,....(((.(((((((((....{{{.......})}.....)))))))).)))..........{{{(((..,,,,....(((((.......)))))......,,,,},,}}}}}}...}})....}))))))))))((({....))))..))))).).)))))),|||,}}}}}}}}),).))})))),,,..{((((((({..,,..................}}..})))))))),)))))))))))).))))),))))).))))))))))).))))).))),|((((((({,....))))))))))))))|,|||{{,||||||,,.,...{{{{((((((.......))))))))}){||,{{{|{{((((((({,({..(((.((((...((((((((...,.{(((......)))),))))))))...))))))).....}}.}}))))}))))))))|))|...,}}}}}},}}}}}..},,,))))))))|||.,,}}}}))(((((((((((......))))))))))).(((((((((.((.(((..,,..........,....))).)))))))))))................,,)))))))..
Back