Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369860.1
Sequence Length
3592 nt
GC Content
0.3870
GUGUGUGUGGAAGGGAGAGAGCUGUGCGAGCGUGGGGGAGAGUGAGUUGGUGAAGGGAGGGCGUGUUUUUCGUUGGAAUAUACGUUGCACAUUUAUGGCGAUUCUGAGUGUGAGGGCAGACUUCUGCCAGGCUCAGCACAGCAUUUUCGCUGACAAGUGAGCUUGGAGGUUCUAUGUGCCAUAAUUAACAUUGCCUUGAAGACUCCUGGACACCGAGACUGGCCUCAGAAAUAGUUGGCUUUUUUUUUUUUUAAUUGCAAGCAUAUUUCUUUUAAUGACUCCAGUAAAAUUAAGCAUCAAGUAAACAAGUGGAAAGUGACCUACACUUUUAACUUGUCUCACUAGUGCCUAAAUGUAGUAAAGGCUGCUUAAGUUUUGUAUGUAGUUGGAUUUUUUGGAGUCCGAAGGUAUCCAUCUGCAGAAAUUGAGGCCCAAAUUGAAUUUGGAUUCAAGUGGAUUCUAAAUACUUUGCUUAUCUUGAAGAGAGAAGCUUCAUAAGGAAUAAACAAGUUGAAUAGAGAAAACACUGAUUGAUAAUAGGCAUUUUAGUGGUCUUUUUAAUGUUUUCUGCUGUGAAACAUUUCAAGAUUUAUUGAUUUUUUUUUUUCACUUUCCCCAUCACACUCACACGCACGCUCACACUUUUUAUUUGCCAUAAUGAACCGUCCAGCCCCUGUGGAGAUCUCCUAUGAGAACAUGCGUUUUCUGAUAACUCACAACCCUACCAAUGCUACUCUCAACAAGUUCACAGAGGAACUUAAGAAGUAUGGAGUGACGACUUUGGUUCGAGUUUGUGAUGCUACAUAUGAUAAAGCUCCAGUUGAAAAAGAAGGAAUCCACGUUCUAGAUUGGCCAUUUGAUGAUGGAGCUCCACCCCCUAAUCAGAUAGUAGAUGAUUGGUUAAACCUGUUAAAAACCAAAUUUCGUGAAGAGCCAGGUUGCUGUGUUGCAGUGCAUUGUGUUGCAGGAUUGGGAAGGGCACCUGUGCUGGUUGCACUUGCUUUGAUUGAAUGUGGAAUGAAGUACGAAGAUGCAGUUCAGUUUAUAAGACAAAAAAGAAGGGGAGCGUUCAAUUCCAAACAGCUGCUUUAUUUGGAGAAAUACCGACCUAAGAUGCGAUUACGCUUCAGAGAUACCAAUGGGCAUUGCUGUGUUCAGUAGAAGGAAAUGUAAACGAAGGCUGACUUGAUUGUGCCAUUUAGAGGGAACUCUUGGUACCUGGAAAUGUGAAUCUGGAAUAUUACCUGUGUCAUCAAAGUAGUGAUGGAUUCAGUACUCCUCAACCACUCUCCUAAUGAUUGGAACAAAAGCAAACAAAAAAGAAAUCUCUCUAUAAAAUGAAUAAAAUGUUUAAGAAAAGAGAAAGAGAAAAGGAAUUAAUUCAGUGAAGGAUGAUUUUGCUCCUAGUUUUGGAGUUUGAAUUUCUGCCAGGAUUGAAUUAUUUUGAAAUCUCCUGUCUUUUUAAACUUUUUCAAAAUAGGUCUCUAAGGAAAACCAGCAGAACAUUAGCCUGUGCAAAACCAUCUGUUUGGGGAGCACACUCUUCCAUUAUGCUUGGCACAUAGAUCUCCCUGUGGUGGGAUUUUUUUUUUCCCUUUUUUUGUGGGGGAGGGUUGGUGGUAUAUUUUUCCCCUCUUUUUUCCUUCCUCUCCUACAUCUCCCUUUUCCCCCGAUCCAAGUUGUAGAUGGAAUAGAAGCCCUUGUUGCUGUAGAUGUGCGUGCAGUCUGGCAGCCUUAAGCCCACCUGGGCACUUUUAGAUAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAACAACACCAAAAAAACAGCAGUGAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAAUAUAAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUUUUCCAGGUGGUUUUUAGUCUUUACUGAUGAAAGGGUGUUCAUGUUAGUUUCUUCAAAACCCUAUCUAAUACUAGGCAAAGUAGCCAAGAGCCUUUUGUUUUGUUUUUAUUUUGAUAAAUUAGUGGAGAAAUGGCAUUUUAAGAGGAGUCUCUUCUCAACUUACCUGAGAGUCGAAUUCUUCUCUUCCCUAACCAAUGAAGCUAAGUGGUUAUCCCAGAAACUUGUCUUCUAAAAGGGAGGACUCCAGGCCAUCAAUAAAGAUGUCCAGGCAGUGAGCGUACUUUUUACACCCUGUAGAAUUGUGGGCUGUAGCGUUACUCUGAUUUUCUGUCUAGUAUCAGAGAAUGCUGGUAGCUUAAAAUUUUUAUUUUAGGACUUGUACUCUGAAUUUUCAGGAACCGUCAAAGGAGCAGCAGCAAAUUCACAUAUUUUCGACUUGAGAAAUGCUUGUGGUAUGUGUUUUCCAAACUGCCCCCUAUAUGUAAAGUUCAGUUUAACCACUGAUUGCCUUGUUAUUACUAGGUUUUUUGAGAUUAAAAAAAAAAAAUCCCUGGUUUAAAACCAACAAUGAUGCCUAGUGAGUAUGUGUCCACAGGCCAUAACAGGGUAGAAGAGAGACAUCGUGCAACCCAAUGAGUAGUGAAGGGACUGUGUUGCUUGUGAAGCGGUGUAGUAGCAUUUUUGCAGAUUCUUGGCUGGGUUUAGUGUACUGAUCUAGAAAAGCUGUUUUUCUGCUCCUUUGUGGAAGGCAGUUAUGAUCAGGCUGCAUGGACAAAGCAGGUAGAGGGGCACCAUCAGGGGCUCUUGCACUAUUUUCACCUCUAAAUAUUACGUACUCAGUAGUGCCCUGCUUCUAGGGCUCUGAAUACGGGCUUAAAGUCAUCUUGUCCUGCUGGAAUUUGCUGUGCAGAGCCAUAAGCCUCCCAUUUUGUUAGCGUCAGCUAGGCCAAUAGGAACAGACCGGGACCUUGUCUCACACUGAUGAUACCUCACAUGUUGACCGGCUAUGUGAACUGCCUAUUUCCUAUGCUGGAGUUUUGAUUUUUAACUAAACGCAAAUCUGUAGAUUCUCUCCUCUCCCAUCCCAGAAAACAAAACAAAAUAAUGCUUUUCGAAAUUGUUUCUAGGACUUUAAAACAUAAUGGUAUAUCCAAAAUUCUUUAUUUCAGAAUGCAACAAUAGAUUCCAUUAAUAUAGACUCAAGAUCAAAACAGCAUACCUGCUAAGCUAAGAUAGAUGGUGUUGAUUCCACUGGGUUUUGAUCAAUACAAUAACAAACCUUUUUCCUUUGACAUACUCUGAAUUUUGUUGUUUGGGGGGAGGGGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUAUGUGUGUGUGUGUGUGUGCACGCGCAGUGUCCAUCAGUAUCAGUGCCUGCCUGAGUUAGGAAAAUUACAUUCCUGGUUCUGUAUUGAGGAGAAGGAUGUAUAAAGCAACAUGAAACAUUAGCCCUCCUUUUAUUUUAAAGACUAAUGUUAAUUGUUCUUAAAACUGGAUUUUUUUUCCUUAAAGCAAUUUUUUUCUUUUCGAUUUAAUGAAGUAUUGCUAGCUGAAGCCAGUUUGACAUAGAGAGAUGUCAGAUUGAUUUGAAAGGUGUGCAGCCUGAUUUAAAACCAAACCCUGAACCCUUUUAAAGAACAAUAAAACAUAUUUUACACGCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-988.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1061.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 1005.27
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((((((.(.((((......((((((((((((((((((((((..((((((((((((..(((....))).))))))).....((((.((((((..(((.((((.(.(((.....((.(((((((((...((((......)))).....))))))))).)).....))).))))).)))..)))))).))))..)))))...))))))....((((((((((((((((.((..((.........))..)).))).)))))))((((.((....)).)))).(((.((((..(((..((((((.(((((((.....))))))).))))))...))).)))).)))..(((((....)))))...((((((...(((((.((((((((((((...))))))).))))).)))))))))))))))))........(((((((.((.....)).))))))).....((((.((((...)))).))))((((((.((((..((((..(((((..((((...((((((.((........))..)))))).)))))))))))))))))..)))))).....((((......)))).........))))))))))))..((((..(((((((((((.(((((..((((((......))))))...((((.......))))..........((((((....)))))).......((((((((..(((((((.((((((..((((((((......)))))).....))..)))))).))...)))))..).).)))))).........(((((((((.(((((..........(((((((((..((((..(((((.(((((((...((........))....))))))).....((((((((((............))))))...))))....(((.((((((((((..((((((((...))))))))((..(((((((((((...((((.....)))).))))))........(.(((..(((.((((.(..(((.(((.((((...((((((((..((((.(((((.((((.((((((.((((((.........((((((........((..((.(((....))).))..))..((((..(((.(((..((((((.((((...((((..((......(((((((..((.((.(((((((((((((((..(((((((....(((....((((((((...((((((.((......))..)))))).))))))))....)))...)))....(((........)))................))))..))))))))...))))...((((.(((((((((.(.((...((((....(((.(((((((((...((..(((((.(((((.......)))))..)))))....))...))))))))).)))....)))))).).))))))))).)))).......(((.((....))..))).))).)))))))))))((((....(((......)))...))))))..))))....)))).))))))..)))..)))..))))((((.........))))......((((((((((((..((.((.........))))...........))))))))))))......)))))).........))))))...)))))).)).((((((.(..((((...(((.(((((((((((((((((((..((((....))))..................................((((((..((((((.((...(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).)))).)))))))))))))))))))))))......)).)))))).(((......))).....)))))).((((((.((((((((......((((.((((..((((((((....(((((...))))))))))))).))))..))))......))))))))))))))....(((((((((..((((((.......))))))..).))))))))(((((((.......((((.(((((((....)).....))))).))))....)))))))(((((.((.((((......)))).)).)).))).(((.(((.(((((((...)))))))..))).))).(((((((.(((((((............))))))))))))))..((((((((((....)))))))).)).....(((((....)))))..(((.(((((((((((((((.....((((...((((.......))))....))))(((((((((((.....((((((....((((......(((((......)))))..((((.((....)).))))(((((........))))).........(((((...)))))........((((.(((.(.......))))))))))))...))))))....)))))).)))))...((((.((((.((((((.....((((((((.............))))))))))))))..))))))))(((((((.((....)))))))))....)))).....))))))))))))))))))).....)).)))))))))))).)))..))))..).)))))).((....))((((((.(((((((((........)))))...((((.((((....((((((....)))))).)))).))))((((...))))......(((....))).......))))))))))....))))))).))))....((.(((((((((..((((((..(((...(((((...)))))...)))........(((((((((....))).))))))....)))))).)))).))))).)))))).)))).)))).))))))..).))))..)))..))).))))))..)).(((((((...........)).)))))((..(((..((((.............((((((..(((.....(((((.......)))))......)))....))))))...))))..)))..))...)))))).)))))))..)))))..))))..)))..)))))))))))))))).))))(((((...(((.((((((((((((.((((.((..........))))))..)))))))))))).)))...)))))))))).)))))))))))..))))(((((((((....))))))))).(.(((.((((((.(((.(((..........(((((.......)))))))).)))))))))))).)....(((.....))).))))......))))))))))))).............(((((.(((((((((......(((.......)))....((((((...((((.............)))).)))))).((....))(((((((((((......)))))))))))...(((((((.((.(((...................))).))))))))))))))))))..)))))....)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,(((((((((((((((.(.((((((....{(((((((((((((({((((((..((((((((((((.{(((...|))}.))))))}...,.((((.((((((..{((.{(((.(.(((,...,({.(((((((((...((((......)))).....)))))))))})).....))).))))}.))}..)))))).))))..)))))...))))}}.,,,(({{((((((((((({.((..{{.........}}..)).})).))))))},,,,.||,..,)),)}|||,,{,({({,.({{,.((((((.(((((((.....))))))).))))))..,|||,||||{{|...(((((....))))).,.{{{(((...(((((.((((((((((((...))))))).))))).)))))}}}}}})))))|{{,,|.,.||||||{,((.,,,|}}{|||},}}.,.,,({((,((((,,,|}}}.,}})||||...|||,,,,.||}||{{,{,,{||||,.||||{{.,{....,}}})),.})))))|||||.,,|{|||||||,..,},)))))}}},,||}}}...})))},}},.,,.}))))))))))),.(((((.(((((((((((.(((((..{(((((......)))))}...{(((.......)))}.....,....((((((....)))))).......((((((({..(((((,(,((((((..((((((((......)))))).....))..)))))).}).,.)))))..).)})))))).........(((((((((.(((((..........(((((((((..((((..(((((.(((((((...((.,......,}}...))))))).....({{{((((((............))))))...))}}....((,{((((((((((,{(((,,{(((..,,,,}))}(({{((((((((({{...((((,.,,,}|||.|}||||..,.,...|}|,|,},||}|||{,{,.{{{|(||.|({{,,.{{{{{{{{,,{(({{(((((.,{{{.{(((((.((((({.......,,(({{{{........{{..((.(((....))).)).,||..((((..(((.{{{..((((((,((((.,,((((..({......(((((((..((.((.((({{{{((((((((..(((((((....(((....((((((({...((((((.(,,,....))..)))))).))))))))....)))...)))....(((........)))................})))..)))))))}...,}||,..,(({.((((({{({{(((.,..((((....(((.(((((((((...((..(((((.(((((.......)))))..)))))....))...))))))))).)))....)))).}.))))))))))).)))},......(((.({....)}..})).))).)))))))))))((((....(((......)))...)))))}..)))).},.)))).)))))).,))}..)))..))))((((.........))))......{(((((((((((..((.((.........)))).........,.)))))))))))),}}},,))))}},,,}},,,.}|||||,..||||||.||.((((((.(..((((...(((.(((((((((((((((((,...((((,,,,||}}..{{{{..........................,,.{((({......,{..,.,,{((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((,...})))))))))))))))))},))),})))))))))))))))))))))}.||||}})}},}},|{{(((((((({.,.,..(((({{.{(((({..(((((((...{{(((..,...,{{{((((({{({{(,{({{{,{,..,,|}||||{,.,}}}},,}}}}||{{{{{||.,||||||}||{{{,(((((((({,,((((((.......))))))..)}})))))))(((((((.......((((.((((({{.....}.....))))).))))....))))))){{{{{.((.((((......)))).)).||,|||.(((.(((.(((((({...}))))))..))).))).(((((((.(((((((.........,}.))))))))))))))..{{((((((((....)))))))).}}....,{((((....)))))..|,,.,..,(((({(({{,{,.,.,((((,,{((((.......)))}.,..))}))||}}))||}},,..,))))||.......,}}}}}}||{||,,..,})))))}}{{{{,((,.,,||{||||{((((........,,,,,,,,,,....{((({...})))).......,)))))))}.,{{{{.{{{,..,))))))),,))))),)}}))))))))},),)).,)))..,.,.)))))}}}}}||||,,||||||,..}))}))}}},)}.(({....))).....,||}}|||(({{{((....))))}))))...||{{|{{{{{(|{(......)))))))))})},.}}.)))))))))))).)))..))))..).)))))).((....))((((({,(((({((((........))))}...((((.((((....((((((....)))))).)))).))))((({...})))......{((....))).......))))))))))....}}}}}||,||}|,||,((.(((((((((..((((((..(((...(((((...)))))...}})........(((((((({....})).))))))..,,)))))).)))).))))).))}|}|.,||,.,,,},))},,,.,,}}}}},.}}}..,}},,)}}}}|{|.((((({(({....,{{......,})}.....}))))))).}}}......}}}},}}|||.....,,...,{{{|.,,,,,,)}}}))))))....{{.{{.,{....,,.}}.,,....,}...)))))).)))))))..)))))..))))..)))..)))))))))))))))),}))){{{{{...(((.,(((((((((({.((((.{{..........)))))).)))))))))))})})))}}))))),)))))))))))})))))..}}||((((((({{....))))))))).|,{||.(({{{{.(((,(({.....,,,,,(((((.......)))))))),)})))))))))),}..,}|||,....,}},)}}).,,}}}}}))))))))))}......,,,,.,,(({{{.{{||{|{||......{{{.....,,))),...((((({.,|{{||,|,.......,,.)))}.)))))).{{....))(((((((((((......))))))))))).,{(((((((.((.(((..,,..........,....))).)))))))))))}}}))}}..,}}}}..,,)))))))..
Back