Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369875.1
Sequence Length
4422 nt
GC Content
0.5088
AGAGACCAUGAAGACUGCUCAAGCCCUACAUAGGAUGUGGAUCCAGGCUGUUAAAAAGUUGAGGAGAUGGAAAGGCCGUGCCCCAGGCAUGGAAGAGCUGAUAUGGGAACAGUACACUGUGACCCUACAAAAGGAUUCCAAAAGAGGAUUUGGAAUUGCAGUGUCCGGAGGCAGAGACAACCCCCACUUUGAAAAUGGAGAAACGUCAAUUGUCAUUUCUGAUGUGCUCCCGGGUGGGCCUGCUGAUGGGCUGCUCCAAGAAAAUGACAGAGUGGUCAUGGUCAAUGGCACCCCCAUGGAGGAUGUGCUUCAUUCGUUUGCAGUUCAGCAGCUCAGAAAAAGUGGGAAGGUCGCUGCUAUUGUGGUCAAGAGGCCCCGGAAGGUCCAGGUGGCCGCACUUCAGGCCAGCCCUCCCCUGGAUCAGGAUGACCGGGCUUUUGAGGUGAUGGACGAGUUUGAUGGCAGAAGUUUCCGGAGUGGCUACAGCGAGAGGAGCCGGCUGAACAGCCAUGGGGGGCGCAGCCGCAGCUGGGAGGACAGCCCGGAAAGGGGGCGUCCCCAUGAGCGGGCCCGGAGCCGGGAGCGGGACCUCAGCCGGGACCGGAGCCGUGGCCGGAGCCUGGAGCGGGGCCUGGACCAAGACCAUGCGCGCACCCGAGACCGCAGCCGUGGCCGGAGCCUGGAGCGGGGCCUGGACCACGACUUUGGGCCAUCCCGGGACCGGGACCGUGACCGCAGCCGCGGCCGGAGCAUUGACCAGGACUACGAGCGAGCCUAUCACCGGGCCUACGACCCAGACUACGAGCGGGCCUACAGCCCGGAGUACAGGCGCGGGGCCCGCCACGAUGCCCGCUCUCGGGGACCCCGAAGCCGCAGCCGCGAGCACCCGCACUCACGGAGCCCCAGCCCCGAGCCUAGGGGGCGGCCGGGGCCCAUCGGGGUCCUCCUGAUGAAAAGCAGAGCGAACGAAGAGUAUGGUCUCCGGCUUGGGAGUCAGAUCUUCGUAAAGGAAAUGACCCGAACGGGUCUGGCAACUAAAGAUGGCAACCUUCACGAAGGAGACAUAAUUCUCAAGAUCAAUGGGACUGUAACUGAGAACAUGUCUUUAACGGAUGCUCGAAAAUUGAUAGAAAAGUCAAGAGGAAAACUACAGCUAGUGGUGUUGAGAGACAGCCAGCAGACCCUCAUCAACAUCCCGUCAUUAAAUGACAGUGACUCAGAAAUAGAAGAUAUUUCAGAAAUAGAGUCAAACCGAUCAUUUUCUCCAGAGGAGAGACGUCAUCAGUAUUCUGAUUAUGAUUAUCAUUCCUCAAGUGAGAAGCUGAAGGAAAGGCCAAGUUCCAGAGAGGACACGCCGAGCAGAUUGUCCAGGAUGGGUGCGACACCCACUCCCUUUAAGUCCACAGGGGAUAUUGCAGGCACAGUUGUCCCAGAGACCAACAAGGAACCCAGAUACCAAGAGGACCCCCCAGCUCCUCAACCAAAAGCAGCCCCGAGAACUUUUCUUCGUCCUAGUCCUGAAGAUGAAGCAAUAUAUGGCCCUAAUACCAAAAUGGUAAGGUUCAAGAAGGGAGACAGCGUGGGCCUCCGGUUGGCUGGUGGCAAUGAUGUCGGGAUAUUUGUUGCUGGCAUUCAAGAAGGGACCUCGGCGGAGCAGGAGGGCCUUCAAGAAGGAGACCAGAUUCUGAAGGUGAACACACAGGAUUUCAGAGGAUUAGUGCGGGAGGAUGCCGUUCUCUACCUGUUAGAAAUCCCUAAAGGUGAAAUGGUGACCAUUUUAGCUCAGAGCCGAGCCGAUGUGUAUAGAGACAUCCUGGCUUGUGGCAGAGGGGAUUCGUUUUUUAUAAGAAGCCACUUUGAAUGUGAGAAGGAAACUCCACAGAGCCUGGCCUUCACCAGAGGGGAGGUCUUCCGAGUGGUAGACACACUGUAUGACGGCAAGCUGGGCAACUGGCUGGCUGUGAGGAUUGGGAACGAGUUGGAGAAAGGCUUAAUCCCCAACAAGAGCAGAGCUGAACAAAUGGCCAGUGUUCAAAAUGCCCAGAGAGACAACGCUGGGGACCGGGCAGAUUUCUGGAGAAUGCGUGGCCAGAGGUCUGGGGUGAAGAAGAACCUGAGGAAAAGUCGGGAAGACCUCACAGCUGUUGUGUCUGUCAGCACCAAGUUCCCAGCUUAUGAGAGGGUUUUGCUGCGAGAAGCUGGUUUCAAGAGACCUGUGGUCUUAUUCGGCCCCAUAGCUGAUAUAGCAAUGGAAAAAUUGGCUAAUGAGUUACCUGACUGGUUUCAAACUGCUAAAACGGAACCAAAAGAUGCAGGAUCUGAGAAAUCCACUGGAGUGGUCCGGUUAAAUACCGUGAGGCAAAUUAUUGAACAGGAUAAGCAUGCACUACUGGAUGUGACUCCGAAAGCUGUGGACCUGUUGAAUUACACCCAGUGGUUCCCAAUUGUGAUUUUUUUCAACCCAGACUCCAGACAAGGUGUCAAAACCAUGAGACAAAGGUUAAAUCCAACGUCCAACAAAAGUUCUCGAAAGUUAUUUGAUCAAGCCAACAAGCUUAAAAAAACGUGUGCACACCUUUUUACAGCUACAAUCAACCUAAAUUCAGCCAAUGAUAGCUGGUUUGGCAGCUUAAAGGACACUAUUCAGCAUCAGCAAGGAGAAGCGGUUUGGGUCUCUGAAGGAAAGAUGGAAGGGAUGGAUGAUGACCCCGAAGACCGCAUGUCCUACUUAACCGCCAUGGGCGCGGACUAUCUGAGUUGCGACAGCCGCCUCAUCAGUGACUUUGAAGACACGGACGGUGAAGGAGGCGCCUACACUGACAAUGAGCUGGAUGAGCCAGCCGAGGAGCCGCUGGUGUCGUCCAUCACCCGCUCCUCGGAGCCGGUGCAGCACGAGGAGAGCAUAAGGAAACCCAGCCCAGAGCCACGAGCUCAGAUGAGGAGGGCUGCUAGCAGCGAUCAACUUAGGGACAAUAGCCCGCCCCCAGCAUUCAAGCCAGAGCCGCCCAAGGCCAAAACCCAGAACAAAGAAGAAUCCUAUGACUUCUCCAAAUCCUAUGAAUAUAAGUCAAACCCCUCUGCCGUUGCUGGUAAUGAAACUCCUGGGGCAUCUACCAAAGGUUAUCCUCCUCCUGUUGCAGCAAAACCUACCUUUGGGCGGUCUAUACUGAAGCCCUCCACUCCCAUCCCUCCUCAAGAGGGUGAGGAGGUGGGAGAGAGCAGUGAGGAGCAAGAUAAUGCUCCCAAAUCAGUCCUGGGCAAAGUCAAAAUAUUUGAGAAGAUGGAUCACAAGGCCAGGUUACAGAGAAUGCAGGAGCUCCAGGAAGCACAGAAUGCAAGGAUCGAAAUUGCCCAGAAGCAUCCUGAUAUCUAUGCAGUUCCAAUCAAAACGCACAAGCCAGACCCUGGCACGCCCCAGCACACGAGUUCCAGACCCCCUGAGCCACAGAAAGCUCCUUCCAGACCUUAUCAGGAUACCAGAGGAAGUUAUGGCAGUGAUGCCGAGGAGGAGGAGUACCGCCAGCAGCUGUCAGAACACUCCAAGCGCGGUUACUAUGGCCAGUCUGCCCGAUACCGGGACACAGAAUUAUAGAUGUCUGAGCACGGACUCUCCCAGGCCUGCCUGCAUGGCAUCAGACUAGCCACUCCUGCCAGGCCGCCGGGAUGGUUCUUCUCCAGUUAGAAUGCACCAUGGAGACGUGGUGGGACUCCAGCUCGUGUGUCCUCAUGGAGAACCCAGGGGACAGCUGGUGCAAAUUCAGAACUGAGGGCUCUGUUUGUGGGACUGGGUUAGAGGAGUCUGUGGCUUUUUGUUCAGAAUUAAGCAGAACACUGCAGUCAGAUCCUGUUACUUGCUUCAGUGGACCGAAAUCUGUAUUCUGUUUGCGUACUUGUAAUAUGUAUAUUAAGAAGCAAUAACUAUUUUUCCUCAUUAAUAGCUGCCUUCAAGGACUGUUUCAGUGUGAGUCAGAAUGUGAAAAAGGAAUAAAAAAUACUGUUGGGCUCAAACUAAAUUCAAAGAAGUACUUUAUUGCAACUCUUUUAAGUGCCUUGGAUGAGAAGUGUCUUAAAUUUUCUUCCUUUGAAGCUUUAGGCAGAGCCAUAAUGGACUAAAACAUUUUGACUAAGUUUUUAUACCAGCUUAAUAGCUGUAGUUUUCCCUGCACUGUGUCAUCUUUUCAAGGCAUUUGUCUUUGUAAUAUUUUCCAUAAAUUUGGACUGUCUAUAUCAUAACUAUACUUGAUAGUUUGGCUAUAAGUGCUCAAUAGCUUGAAGCCCAAGAAGUUGGUAUCGAAAUUUGUUGUUUGUUUAAACCCAAGUGCUGCACAAAAGCAGAUACUUGAGGAAAACACUAUUUCCAAAAGCACAUGUAUUGACAACAGUUUUAUAAUUUAAUAAAAAGGAAUACAUUGCAAUCCGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1521.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1594.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 1060.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............((((.....((((((((((...)))))).....)))).......))))..((((((((.....(((((((...)))))))......((((((((..((((((((((((...(((.....)))((((((((......)))))))).)))))))......((((((((((......((((((((..((((..((((((...........)))))).)))).(((((((((((.(((((((((((((...............((((((.(((((((((((.(((((((((.(((((.....))))).......(((((((.((((.......((.....((((((((((.((((.((((((.(((((((((...))).)).)))).(((((((((..(((((((.((((...))))..))..)))))))))))))).........)))))).)))).)))......)))))))...)).....))))..)))))))..))))))))))).((((....))))((.((((.((((.......)))))))))).....(.(((((((...(((..((((..((....((((((((((((.(((((((((.((((.(..(.((((((((.(((......((((..(......)..))))....))))))).)))).)..).)))))))).))))).))))))....))))))....))..))))..)))...))).)))).)..))))))))).)))))))))).))))))))).)))))))...))))......((.((((((((...(((.(.....).)))...))))))))..)).((((((((((((((((((((((.(((((....))).))..(((......))).(((((.(((((........)))))....)))))...)))))))))))..........).)))))).(((((((...(((.((((......)))))))..))))))).........(((((....))))).)))).....(((((((..((((....))))((((((..((((((....((.......))....)))))).))))))...((((.(((........((((......))))((.(((((((((((((((.(((((((((.(((((..((((((.(((((...........(((((...)))))..((((((.((((((.....)))))).......))))))..((..(((.(((((((.((((((.((.((((((((....))))...))))..)).))))))..).)))))).))).)).((((((..(((((.(((.(((((..(......)..)))))....((((((...)))))).(((((((.(((((((((.(((((((.(.((((..((((((((((...(((((..(((.((((........(((((.(.....).)))))........((.(((((..((((((..(((((((...........)))))))................(((((...))))))))))).....))).).).)).))))..))).))))))))).))))))..))))).))))))).))).))).)))...))))))).)))...))))).....))))))...(((((...((((.(((((...(((....))).((((((((.(((...((.((((.......)))).))...))).)..)))))))....((.((((((((...)))))))).))....(((((((((((((........)))))..)))))..)))...((((.(((.((((((((..((((...))))..))).))))).))).)))).))))).)))))))))....)))))((((((((((.((((.......))))...(.(((((.((((((....)))))).))))).).....((((..(((((.......)))))..)))).......(((...)))..((...((((((((((((....(.(((((.(......).))))).)(((((......))))).)))))).))))))...))((.((((........)))).)).........))))))))))....))))))))))).)))))))))......(((((..((((((((....(((......)))(((((((..((((((.(((((((((((.((((((((.((((...)))).)))).......))))))))))..)))..)).)))))).............)))))))......((((((((((((((..(((((((.(((.((((((.....)))).))........(((.((((((.(..(((.((.....((((......))))...)))))..))))))).)))..)))))))))))))..((((.(((..........((((((((((......(((......))).((.(((...((......))...)))))......(((((...((((....(((((..(((((..((((((((((...(((....))).)))))).))))...............(((((........))))).))))).(((.((((....)).)).))).......((((.(.((((((((((((((.........................)).)))))...))))))).).)))).......((((...))))((((...)))).(((((..(((((.(((((((.(((.((....)).)))...(((((.(((.....))).))))).......((((.((..((...(((((((((.(.(((((.....))))).).))))))))).))..)).))))...............((....))......((((.....)))).)))))))..)))))...)))))))))))))).)))))..(((((((..((((.....(((((.(((((((((...)))...............(((((((((...((((((...................))))))......(((((.(((((((((...........(((........)))..(((..(((((((((((((.......)))((.(((((((..(((((..(((((.((.(((...(((((..((((((((......)))))))))))))))).))..((.((((((......))))))))..)))))(((((.(...((.....(((((....)))))....))..).)))))..............((((((((((((.((.......((((.........))))......)).))))).......(((.(((........))))))...(((((...)))))..((....))....))))))))))))....((((........))))..(((.((.....)).)))..))))))).))....((((....)))).))))))))))..)))))))))))).).)))).............(((((...)))))..((((((((....))))...))))......((.(((((....)))))))((((.(((..(((((((((((.........))))....)).))))).))))))).))))))))).(((((.((((.(((((((....)))))))...(.((((((.....((((((.(((.....))))))))))))))).)...))))..)))))..)))))))))))))))..)))))))..)))))))).))........))).))))..((((....))))..)))))))))))...(((((((.((((((.(((.......))).))))))((((.........)))).....)))))))..........))))).)))..)))))(((...)))((((...))))...(((((((((((...................(((((((((((...(((((((((((((((...((((..(((.(((.((((((...)))))).)))...)))..))))....))).)))))))..)))))...))))).))))))......)))))))))))(((((........)))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))...))))))))))........(((......)))))))))))))))).((((((.....)))))).((((.(((((........))))).))))(((.(((((........))))).)))..(((((...((((((((((((......)))).)))))).)).)))))))))))))....(((.(((((((.....(..((((((......))))))..))))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
............,,((.{{{,((((((((({...}))))).....)))).......,,}),,|{||((((,....(((((((...)))))))......((((((((,.{((({(((((((,..(((.....)))((((((((......))))))))})))))))......((((((((((......{{(((({...((((..((((((...........)))))).)))).(((((((((((.(((((((((((((,,......,,.....((((((.(((((((((((.(((((((((.(((((.....))))).....,.(((((((.((((.......,(,(,,,{.{||((((({((((,(((,...(((((((((...})).)).)))).(((((((({..(((((((.((((...))))..))..)))))}))))))))...||,.,.|,}))),)))).,.)}))),,,,}}}}}.},)).....))))..)))))))..))))))))))).({((,,,.||||((.((((.((((.......))))))))))....,(,({(((((..,(((,,{(((..{{....|||(({((((((.(((((((((.((((.(..(.((((((((.(((......((((.,(......)..))))....))))))).)))).)..).)))))))).))))).)))))).,,.))))))..,,)),.))))..))}},,)}),)))}.}..))))))))).)))))))))).))))))))).))))))),..}))).......{.((((((((...(((.(.....).)))...)))))))),.,|.(((((((((({(((((((((((.(((,(.{{{|||.||..{{{......}||.|{{{{.{((((.......})))))))).),)))...))))))))))),.........,.)))))).(((((((...(((.((((......)))))))..))))))).........(((((....))))).)))).,..,(((((((,.{{{{..,,,}||((((((..((((((.,..({.......)}....)))))).))))))},.{(((,(((..,.....((((......|}}}{(.((((((((((((((((((((((..(((((((((((,(((((((((.....,,{{{{(((((,..,}}}},}||||{{.((((((.....)))))),.{{{{{({(({...{{..(((.(((((((.((((((.((.(({(((((....)))),.,})},..)).))))))..}.)))))).))).))...,,,,...(((((..((((((((({,((((.,...((((.,,.((((((...)))))).|((((((.(((((((((.(((((((.(.((((..((((((((((...(((((..(((.((({........(((((,,.....).)))))........{{.(((((..,,,{{{{,(((((((..........,))))))).......,{{.{{{..(((({...}))))))),)),....))).}.}.}).})))..))).))))))))).))))))..))))).))))))).))).))).)))...))))))}.((((((((.(((((((.((((((,,(((,,...,,...))))))))))...,,|...((((((({.(((...((.((((.......)))).))...))).}..))))))).....,}||,,(((({{{{|,,,,,.(({..(((.(((((((((((.,......)))))..)))))).((((((((((.{{{,{{{{{,....|}|({(((((.({,{(((.(,,{....))))))},,{{{{{{(((({.,,.,,)))|||||||||.}|}|}}}...{...,|,....(((((.((((((....)))))}.))))).{{{{({((({..,{((({{.,...}}}}}..))})},,,..,,((.{{((({,.....{{{{{{{{{{{{....{.(((((.(......}.))))).|({(((,.,..,|||||.}}}}}}.}}})))|,{{((((((.((((((({{,({(({{,,...,|||||..||||||{{{((({,,{,,{,,..}|}}|},..,||||||||{,....,.|||,,,|||||,,,,}}|}|||{{,,..((((((.{,||||||{{{.((((((((.((({...}))).)))).......))))}})))),.})),,}}|||||||.....,.......))))))}..{{{,,||,|||}|{.{{,..(((((((.(((,((((((.....)))).},,,,.....(((.((((((.{..(((.((.....((((......))))...)))))..})))))).)))..))))))))))})),}}.,,,}}.})))))))}.)))))))}||...,,.{{(|||...|||.||.{{{...((,,....}}...}||}|,,....|||,{{|{,.,,..}}}}},.,{((,,...{||||,,(((,,.(((....))).))))),.}|||.........,,....,{{{{...,,,..)))))}))))},|}}}..||||}.,..|}|}||.}}.}}.{(((,(.(((((((((((((({,...,,,...,,,..{{{..,,..|,,|}|||...||}||||.,,|||}........||,.,||||||||.{{,{{(({(((((..(((((.(((((((.(((.((....)).)))...(((((.(((.....))).))))).,..,{.((((({({,(({|{({(,,,,{|.|,||||{}},}})}}}}||.||||||||}.||.,}},,.}}.|,,}},}.||....((....)}.,},,.((((.....)))).)))))))..)))))...)))))...,,.}}},)}}.,..)}},))))})))}}}.})}..,})))}}|,}}}},.)))}..............,{,{{..,,....|,)))))}}..,}},,.,},.....,,}}}..))))))))))(((((((((...........{((........))}..(((..((((((((((,{|,,.,}..}}}|{.{{{{{(({.(((({..{{{{,.|{.(({..((((((,,((((((({...,,,}))))})))))))).)})}..{(.((((((......))))))}}..}},||(((((.(...,(,....{{{{{,...}}}}}.....,..),)))))...|.......,..((((((({{(((.((,.,{,..(({(,,,......}}||......)),)))))...,,,.|||.{||,,......,,,}},...(((((...)))))..((....))....)))))))}))})})),{{||........||||{{({{.{,{,,..,,,)),..,}})))).}),,.,((((....)))),))))))))))..)))))))))))){{,....,,,)))..))),.)))))))}}(((.((((((((((....))))...|||,.....,{{.(((((.,..}||}}}}}.,,.,}}.{(((.....)))).)))))).))),)))))))....))))))))..,{|{|{...,,....,}}}}.(((((((....)))))))))))....)))))))))))))).))))}..,((((.......}))).,,...,|||,..,))},)))))))))).))))),))}}},.)))).)))))))))).((((((........))))))((((((.{{.(((.(((({{{{.(((((((.((((((.(((.......))).))))))((((.........)))).....)))))))}}}|{{{{..........}}})}.........))))))),},)))))).(((((((((((...................(((((((((((...(((((((((((((((...((((..(((.(((.((((((...)))))).)))...)))..))))....)))},))))))..)))))...))))).))))))......)))))))))))..)))))))))))},)}...})))))))))))))))))})))}))))))))))))))))...)))))))))).......,(((......)))))))))))))))).{(((((.....)))))}.((((.(((((........))))).))))(((.(((((........))))).)))..(((((...((((((((((((......)))).)))))).)).)))))}}})))))....(((.(((((((.....,..((((((......))))))..,))))))))))..,,,,,..
Back