Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370067.2
Sequence Length
4116 nt
GC Content
0.5170
ACAUUGGCAGGUAACGAGCGGCGGCGGCGGCAGCGGGUCUUGGGUCCUCCGAGAGCAGCAGCGAUUUUCUAUUUUGUACAUACAUUAUUUUGUAUAUACUGUAUAUGAUGACUUCAGUGAGCAGUGACCAUUGUCGAGGUGCUCGGGAAAAACCACAGAUUUCAGCAGCACAAUCAACGCAACCACAGAAACAAGUGGUACAGGCAACAGCUGAACAGAUGCGUCUCGCUCAAGUGAUCUUUGAUAAGAAUGAUUCAGAUUUUGAAGCUAAAGUUAAGCAGCUUAUGGAAGUGACAGGGAAAAAUCAGGAUGAAUGCAUAGUGGCCCUACAUGAUUGUAAUGGAGAUGUGAACAAAGCUAUCAAUAUAUUGCUGGAAGGGAAUUCAGACACAACUUCAUGGGAGACUGUAGGGUGUAAGAAAAAGAAUUUUGCAAAAGAAAAUUCAGAAAACAAAGAGAAUAGAGAGAAGAAAAGCGAGAAAGAAUCGAGUCGUGGACGUGGAAACAACAACCGGAAAGGAAGAGGCGGCAAUCGUGGCAGAGAAUUUAGAGGUGAAGAAAAUGGAAUUGAUUGCAAUCAAGUGGACAAACCUUCAGAUCGUGGCAAGCGAGCCCGGGGUAGAGAACUGGCAUCAAAUACUCACAACAUAGCUCAGGAUCUGUCAAACAAAAGUUCUUAUGGACUCAAAGGGGCUUGGAAGAAUUCUGUGGAAGAGUGGACAACAGAAGACUGGACUGAAGAUCUUUCUGAAACAAAGGUCUUCACUGCCUCAUCUGCUCCAGCAGAGAAUCACAUCUUACCUGGGCAAAGCAUUGAUCUGGUAGCCUUGCUCCAGAAGCCUGUUCCUCACAGUCAAGCCUCAGAAGCCAACUCCUUUGAAACUUCCCAACAGCAGGGCUUUGGCCAAGCCCUUGUCUUCACAAAUUCGCAACACAACAAUCAGAUGGCACCAGGGACUGGCAGCUCCACUGCCGUCAACUCCUGUUCUCCUCAGAGCCUGUCAUCCGUCCUUGGCUCAGGAUUUGGAGAGCUUGCACCACCAAAAAUGGCAAACAUCACCAGCUCCCAGAUUUUGGACCAGUUGAAAGCUCCGAGUUUGGGCCAGUUUACCACCACCCCAAGUACACAGCAGAAUAGUACAAGUCACCCUACAACUACUACUUCUUGGGACCUCAAGCCCCCAACAUCCCAGUCCUCAGUCCUCAGUCAUCUUGACUUCAAAUCUCAACCUGAGCCAUCCCCAGUUCUUAGCCAGUUGAGCCAGCGACAACAGCACCAGAGCCAGGCAGUCACUGUUCCUCCUCCUGGUUUGGAGUCCUUUCCUUCCCAGGCAAAACUUCGAGAAUCAACACCUGGAGACAGUCCCUCCACUGUGAACAAGCUUUUGCAGCUUCCCAGCACGACCAUUGAAAAUAUCUCUGUGUCUGUCCACCAGCCACAGCCCAAACACAUCAAACUUGCUAAGCGGCGGAUACCCCCAGCUUCUAAGAUCCCAGCUUCUGCAGUGGAAAUGCCUGGUUCAGCAGAUGUCACAGGAUUAAAUGUGCAGUUUGGGGCUCUGGAAUUUGGGUCAGAACCUUCUCUCUCUGAAUUUGGAUCAGCUCCAAGCAGUGAAAAUAGUAAUCAGAUUCCCAUCAGCUUGUAUUCGAAGUCUUUAAGUGAGCCUUUGAAUACAUCUUUAUCAAUGACCAGUGCAGUACAGAACUCCACAUAUACAACUUCCGUCAUUACCUCCUGCAGUCUGACAAGCUCAUCACUGAAUUCUGCUAGUCCAGUAGCAAUGUCUUCCUCUUAUGACCAGAGUUCUGUGCAUAACAGGAUCCCAUACCAAAGCCCUGUGAGUUCAUCAGAGUCAGCUCCAGGAACCAUCAUGAAUGGACAUGGUGGUGGUCGAAGUCAGCAGACACUAGACACUCCAAAGACAACAGGCCCUCCCUCUGCCCUCCCGUCUGUGAGCUCCCUGCCCAGCACCACCUCCUGCACUGCACUUCUGCCGUCCACAUCCCAGCACACUGGCGACCUGACUAGCAGCCCUCUCUCUCAGCUUAGCAGUUCGCUCUCCAGCCACCAGAGCAGCCUCUCUGCACAUGCAGCCCUCUCCUCGAGCACGUCACACACACAUGCCAGUGUGGAGAGCGCCUCUUCCCACCAGUCCUCAGCCACCUUCUCCACGGCAGCGACCUCCGUCUCAAGUUCCGCAUCCUCAGGCGCCAGCCUGUCCAGUAGCAUGAACACCGCGAACAGCCUCUGUCUGGGUGGGACCCCCGCGAGUGCAUCCAGCAGCAGUAGCAGGGCCGCGCCCUUGGUGACCUCAGGCAAAGCACCCCCAAACUUACCUCAGGGGGUGCCUCCCCUGCUGCACAACCAGUACCUCGUAGGUCCCGGAGGACUGCUUCCUGCCUACCCGAUCUAUGGCUAUGACGAGCUCCAGAUGCUGCAGUCACGGCUGCCAGUGGACUACUAUGGAAUUCCCUUUGCUGCACCCACAGCGCUUGCCAGCCGAGAUGGGAGCCUAGCUAAUAAUCCAUAUCCAGGUGAUGUCACAAAGUUUGGCCGUGGGGACUCUGCAUCCCCUGCACCCGCUACCACACCAGCUCAGCCACAGCAGAGCCAAUCACAGACCCACCACACAGCCCAGCAGCCCUUCGUGAAUCCUGCACUGCCACCUGGCUAUAGCUACACUGGUCUUCCCUACUACACAGGCAUGCCCAGUGCCUUCCAGUAUGGCCCCACCAUGUUUGUCCCUCCAGCCUCAGCCAAGCAACAUGGGGUGAACCUCAGCACUCCCACACCUCCCUUCCAGCAGGCCAGUGGUUAUGGCCAGCACGGCUACAGUACAGGUUAUGACGACCUGACCCAGGGGACAGCAGCAGGAGACUACUCCAAAGGUGGCUAUGCUGGAUCAUCGCAGGCACCAAACAAGUCUGCAGGUUCUGGGCCUGGCAAAGGAGUAUCAGUGUCUUCAAGCACCACUGGUCUACCUGAUAUGACUGGUUCUGUCUACAAUAAGACACAGACUUUUGACAAGCAGGGAUUUCAUGCAGGGACGCCUCCACCUUUCAGCCUGCCCUCGGUCUUGGGCUCCACUGGGCCCCUGGCCUCGGGAGCGGCCCCUGGCUAUGCACCCCCACCAUUCCUACACAUCUUGCCAGCCCACCAGCAGCCCCACUCACAGCUGCUGCACCACCACCUUCCGCAGGAUGCACAGAGUGGCUCGGGUCAGCGCAGCCAGCCCAGCUCCCUGCAGCCCAAGUCUCAAGCCUCCAAACCUGCCUACGGCAACUCUCCAUACUGGACAAACUAAACCCAGAAGAGAGGGGUGGGCUGGGGCAAGGCUUAUCCUGGGCAGGAGAGAACACACGAGCACGUAUUUGGGAGCCCAGUGCCCUUUCCUAGAAUUCCCGACAUGUGUCAGCCAUGCCUCUGUGGGGAGUCUGCCUCCCAGACUGGCUACUGUAUGUAAUGUAUUUAUGUAUGUAUUUGUAAAUGUGAUAGAAGUCUGGGGGGGAGUUGGGGGAUGGCGGCAGAUGUUAGCCAGGUCUGCCCUCCCCAUUCAAGCCCCUUCUCCACUGUAGCAAAAUAAGCACCCCCACCCCAUCUGCCUUCAGGUCUUCUUCACAGCCUGCACUGCCCAGUGGGCCACUAGGGGCAGUCUCUGGAAGGGCUGGUUCAAGGCUGUUUGGGUAUAGGGGUCAGGUACCAAUGAAGAAUCACGACUUGUCUCACUCCUUUGGAAAUUGUUUUCUUUCCUGUGUAAUUACUUCAUACCUCUGUUUUUGAGAAACUGUUCCGUUUGUCAUCUGUCAUGGUCUCCUUCCACCAAAUCUUCAUCUGGGAAUAGCAGCGGUAUCCCUCCACCCAAGUAUGGCCACCUGUUUGUCUUCAUAUAGAACAGGGGCUUCUGGUCUGGUCAUGUCCCUAGAGACUUACUAGAGACUGGCUGACCAUGAAAAAAAAAAAAAUAAUCUGAGUUAUUCAGCCAGUCAGCUCCCCUUUAAAAAUCUAAGGUAUCUCCAAGCAACACAUCUCCAUUCUAGUUGUCUUGAACCACGUGGGCAACUGUUUCAGGGGUUUUCUCUUGCCCAAUCCCCACCUAAUAAAGUUCUGAGAGCAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1280.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1355.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 1337.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((....(..((((((.(..(((((((.((.(.((((((.....)))))).).)).))............((((((..........))))))((((((...(((.....)))....)))))).....))))).).))))))..)....)))((..((((((.(((.........................(((((.((((..(((((((((.(((((.((...(((..((..(((((.(((..((((((((((((((...(((((..........))))).(((((((((((((.((((((.(((((((((((((((.(((((((((...((.((.(((((.((((.....(((............))).(((.....)))...)))).))))))).))...))))))))..........(((((((.......))))))).......(((((((((((........((((.(((..(((..(((((((((...((....)).....((.....)).....((.((....)).)).((((.(((.(((((.((((.........((((((.........((((.............(.(((......))))(((((...((((((((.((((..............((((.(((.((.((((......((((....))))(((((((((.((((.....(((((.((..((.((((.(((((....(((((.(((((((((((.......)))))))))))(((((..(((((((((((..((((......))))..))))....))))..)))..)))))......)))))....)))))..)).)).))...)).))))).)))))))))))))............(((((((((.....)))))).)))...........................(((((...(((((((.(((((.....))))))))..(((.((.......)))))))))....))))).((((.(((((((((((.(((((((.....(((....))).......))..)))))))))))))))).)))))))).)).)))))))))))))))))))......)))))...........(((((((((...((......))...))))).))))(((((................)))))))))........)))))))))).)))))))))))).((((((.((...(((((....(((((..((((((((((.......((((..((((((((((.(((((((.......(((((...((((....))))...)))))..................(((.(((((.......)))))..)))...(((((.....)))))...((((......((((........(((((.(((.....))).)))))..........))))...))))((((((.((....)))).))))...(((........))))))))))...))))))))))(((.((((......(((((....(((.((((((((((.(.(((((((((..(((....)))..).)))))))).)...)))))))))).))).......))))).......)))).)))(((((((((((.(((.....))).)))))))))))................)))).(((((((((((..............................((((.(((.....)))..)))).....(((((......)))))..(((..........)))..)))))))))))......(((((((.........((((((..((.((..((((((.......((((((((((((..(((((..(((((((.(.((.......(((((((.((.(((((........(((((((....(((((......((((((((((.....))((((((((((((..(((...)))...((((.(((((((((((((..((((((((.(((((((.(((((.((((((....(((.(((.....)))....)))....)))).)).....((((....)))).......((.((((.(((((..(((((......)))))(((((...))))).....((((((((.(((...........))).(.(((....))).)..((((.((((...(((((....)))))....)).))..))))(((.((.((((...)))).)))))((((((...((((((((........)))(((((((((....(((...((...))...)))...((((((((............))))))))...)))))))))...........))))).)))))).))))))))......(((............)))..))))).)))).))..)))))))))).)).))))))))..))..((((((.........(((((.(((((.(.(((....))))..).)))).))..)))......))))))....)).)))))......(((.(((.((((((..((((........((....))..........((((.((....)).))))......)))).)).))))...))).)))......((((....((((.((((((..(((((((((((..(((((((((....((((....((((((.....))))))...))))(.((((((...((((((...((........)).))))))...)))))).)......((....................))))))))))))))))))))))...)))...))).)))).....))))((((...)))))))).))))..((((....))))..))))))...))))))....)))))))).............)))))....))))))).....))))).))))))))))).).))))))).))))).....))))).)))))))((((......))))...))))))))))..))))))..........))))....))).((((((((.(((((((.(((....(((.(((((((((...(((((..((((((((...((((((.(((((((...((((((.....((((((((.((.....(((((((..........))))))).........))...))))))))....))))))...))))..))).)))))).)).))))))....(((((.(....((((((.....((.((((((.....(((((....((((...........))))..)))))..)))))).))....))))))..).)))))(((((((..(((..(.((.(........).)))..)))..)))))))......(((.(((.(.(.((....)).).)))).)))((((((.....)))))))))))..((((((((.....)))))))).....((((..(((((.(((((..((((((((((..(((((((((.(((((((.(.....).)))))))....)))))....))))..))))......((.......)).))))))....(((((....)))))))))))))))...))))..))))))))))))))).)))))))...))))))))))))))))))))))).))))).....)).)))))).............))))))))))))..))))))).....))))))))))))))))))).....))))).)))..))))))((.((((......)))).)).))))))).......)))))).........((((((((....(.((.((...)))))..))).)).)))(((.(((((((...........))))))))))((((((((.(((((.(((.((((.......)))).))))))))))))).)))............))))))))))))))(((......)))...........))).)))))..))...))).)).)))))...))).)))))))))).)))))(((((....((...((((((....))))))..))...)))))........)))))))))...))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{(((((((((..(,(,((((((((((,{(.(,{({((((((,...,)))))),|,||{|,{,..,,,{,,..,(((.(((((......))))).}}},||,,|.({{.(({{{{({((({,{{({{....|}}{,,(((((,{{({{,...,.....}}}}.|,}}}}}..,,.,{{{,(((((........))))).{{({,....}))}......})})}}|}||}.,}}},}||{{,.{,,,{|,{{,{{{{{{{{,||||{{{...,,...,}}}))),|{||}||{|{{({{{{,,.||{{({{({{(,(((((,(({{,((((...,|}|}.((((({((((.,,...{{,,.........{{(((({{{{{{,{|{{{.,,,,.}|,,,|{.,{{{{|||||||,({{{,,....(((((((.,.....)}}}})).,..........,,,,{(({{{{{{..,,{,(((,..,,.{(((((((((,..{{({...,..{,,{.((,,((((,..(({{((..{{{{(({.((({,(((.(((((.((((...,{{,.{((({{(....,..,.((((.............{.(((......))),(((((.{.((((((((.((({.............,((((.(((.((.((({.,...,((((....))))|((((((((.((((.....{((((.((..((.((((.(((((....(((((.(((((((((((.......)))))))))))(((((..(((((((((((..((((......))))..))))}...,))}..)))..)))))....,.)))))....)))))..)).)).))...)).))))}.))))))))))))}............{,(((((((.....))))))}|||...........................((((({,.(((((((.(((((.....))))))))..,,,|||,,,,...,)))))}))}}},),))}.{(((.(((((((((((.(((((((.....{{,....}))...........)))))))))))))))).)))))))).)).)))))))))))))))))))....,.)))))..{,.......{((((((((...((......}}...))))).))))((((,.........},,,...,,,},)))},},}},,.}}}},,)))).))))))))))))..|||||}||...|||,,}}}}}.|)},}}}|,||||{|,,|....||.,,.((((((((((,..{{{{{..,,.|,||||||||||{{|,,}}))),..|||||....,,|,.,,,......,,|,||||||||||..,|||||||||...,{(({...},,|||}...||||,},,..||||.....,,,|{(((.(((.....}}}.}}}}|..........,,,,.|,||},{(((((.((....)})).)))}.,,||,..,.,||,}||})}}})},..}}}}||}}}},||,|,||,{,{{,|,,....}}}}|,||||||||||.|||{{{{||||.||{{..,,}})}}})))))}}||{{{..|||)))}}}|,{{{,....,,|..||,||||...,,,.|,,(((((((((((.(((.....))).))))))))))),},,,...,{{{{{..(((.(((.....})}.)}}........,,...}))})),,.}}}})})))))},},.},,..,,,)))}}},|||||,,}}}}}}}},.{{(,..((((.(((((.,(((....)))..))))).))))...}}}.......,((((.{{(({,{,..,,}}.})))))))).(((((((((......))))))))){((,{{,(({.,.,|||....||,.{{||..,{|{..,{(({,,.....,|)},.,...))))||}}|,,,,}}}}}}}|||,,,,....||},}}))},,,||}|,|||,,,,|{{{((..{{||||{|,{{{|||{.(({{{..,,,.,...,|{,,,||,|||,|||||,,,.{,...,|}|||||,...{(({,,.,||||,..,,,.,,.((((.(((({..{{(,,......)))))((({{...))))}.....((((((((.(((...........))|.{,(((...,))}.,..((((.((,,...(((((....)))))....},.))..))))(((.,(.{(((...))))},})))((((((...((((((((.....({{(({({{,((((((...}}}},.|,},.,,...||,...((((((((............))))))))...}}))))))).......))),})))).)))))),))))))))......{{{............)))..})))).)))).))}.)))))))))).)),))))))))}.)),,|}}|||,,}}}},,}||||}.}}|.}.})}}|,}}}.))))...},),.))}}.))})}}...,||,,....||{|.|,||,,.,,|{{|{|,.(((((({,{((((({.{{{{({....{{{........,||{{.((....)),||||,,.,,,..,,.,,.,,...{,((({{{,{(((,..,((({,(((,(((..(((,{((((({{{,(({,((((((({,.{(,(,,,....(((({{,.,,{|}||||.,,||||{||{{,,,,,.(((((((({((...{{,..,|{|,,}}....|((((((........))).))},.............{{,|||||,,,,,,,))))).)}..)))}...|{.((((((.....))))))}}...))))))})}}}..((((....))))..}))))))..)))}))),,,}.((((((.........)))))),))),))))))}))....,||||.{|||||||,,...}},,.}}}}})}|}.,,}....})),))))}}|((((......)))),,.},,,,,}}....))))))..,,.}))}})||,.((({...((,.,((((((((((..((,((((((((.({..(((((...))))}.((((((((...((((((.(((((((...((((((.....((((((((.{{.....(((((((..........))))))).........}}...))))))))....))))))...))))..))).)))))).)).))))))}).)))))))).}}...|,,........((((...)))}.(((((....((((...........))))..)))))))))))))))))}..)))),.....{((((((((((({{(.,..(,{{.{||,,,,(({,|||,,|||{{|||||||{{{,,{{{{,(((.{,{,|,,,,,|||,.,}|}{|||||}{{{{{{{{{{{{{{|,|(({.((((((((.....}))))))))}}..,,,,..,{{{{|{{{||}}||||||((((..(((((((((.(((((((.{.....}.)))))))....)))))....))))..))))......((.......)),|}}}}|{{{{,.,,((({,||||{|||||,|.{{{.,,|.(((((((||((|..,,)),.)))))))}.)}))))))))))},..}))))}}..})))},..}))}),|||{,....{{{{{{,||||||,,,},,,,.,,,,,,,{{{{{.,,,,}}})))})})))},,,,.})))))})))..,,,..{((.((((......)))).))}}))))))|(({......,,)}},......,,}}}|||},..,,}}.}}},)}}}..,,)}}},)}}))(((.((((({{..........,)))))))))),{{{((((.(((({.(((.,,,,.}}},.}))))}||||||||||,,|.||.............,|},,,,}))))))})))}))).)))),|(({.........)))).....,|,,|,.,,....,,,.....,{||||{||,|......,,}}}}}}})}...,,}||}}}}})))))))))}.,})))))........||||,}.))}),,.
Back