Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370189.1
Sequence Length
4273 nt
GC Content
0.5818
AGAGAGGACCUCAGAGGCCAGACUGUGAGCUAGUCUGCCCUGCUCCUGCGUGUGAGGGGUCGUUGGCAGGGCUUAGGGAAGGAGACCUUGAUUUGGUAUAGUGGGAACAUUUGCUUUGGAGACAGAUGAACUGGAUUCUGAUCGUGACCCUGCUAUUUUCUCCUUGUGUGACUUUGGAGCCAUGAGACCCCAGAUCCUGCUGCUCCUGGCCCUGCUGACCCUAGGCCUGGCUGCACAACACCAAGACAAAGUGCCCUGUAAGAUGGUAAGAUGCUCUGCCCAGACAGGGUGGACAAGAAGGUCUCGUGCCAGGUUCUGGGCCUGCUCCAGGUCCCCUCGGUGCUCCCGCCAGACACUGAGACCCUUGAUCUAUCUGGGAACCAGCUGCGGAGUAUCCUGGCCUCACCCCUGGGCUUCUACACAGCACUUCGUCACCUGGACCUGAGCACCAAUGAGAUCAGCUUCCUCCAGCCAGGAGCCUUCCAGGCCCUGACCCACCUGGAGCACCUCAGCCUGGCUCACAACCGGCUGGCGAUGGCCACUGCGCUGAGUGCUGGUGGCCUGGGCCCCCUGCCACGCGUGACCUCCCUGGACCUGUCUGGGAACAGCCUGUACAGCGGCCUGCUGGAGCGGCUGCUGGGGGAGGCACCCAGCCUGCAUACCCUCUCACUGGCGGAGAACAGUCUGACUCGCCUCACCCGCCACACCUUCCGGGACAUGCCUGCGCUGGAGCAGCUUGACCUGCAUAGCAACGUGCUGAUGGACAUCGAGGAUGGCGCCUUCGAGGGUCUGCCCCGCCUGACCCAUCUCAACCUCUCCAGGAAUUCCCUCACCUGCAUCUCCGACUUCAGCCUCCAGCAGCUGCGGGUGCUAGACCUGAGCUGCAACAGCAUCGAGGCCUUUCAGACGGCCUCCCAGCCCCAGGCUGAGUUCCAGCUCACCUGGCUUGACCUGCGGGAGAACAAACUGCUCCAUUUCCCCGACCUGGCCGCGCUCCCGAGACUCAUCUACCUGAACUUGUCCAACAACCUCAUCCGGCUCCCCACAGGGCCACCCCAGGACAGCAAGGGCAUCCACGCACCUUCCGAGGGCUGGUCAGCCCUGCCCCUCUCAGCCCCCAGCGGGAAUGCCAGCGGCCGCCCCCUUUCCCAGCUCUUGAAUCUGGAUUUGAGCUACAAUGAGAUUGAGCUCAUCCCCGACAGCUUUCUUGAGCACCUGACCUCCCUGUGCUUCCUGAACCUCAGCAGAAACUGCUUGCGGACCUUUGAGGCCCGGCGCUUAGGCUCCCUGCCCUGCCUGAUGCUCCUUGACUUAAGCCACAAUGCCCUGGAGACACUGGAACUGGGCGCCAGAGCCCUGGGGUCUCUGCGGACGCUGCUCCUACAGGGCAAUGCCCUGCGGGACCUGCCCCCAUACACCUUUGCCAAUCUGGCCAGCCUGCAGCGGCUCAACCUGCAGGGGAACCGAGUCAGCCCCUGUGGGGGGCCAGAUGAGCCUGGCCCCUCCGGCUGUGUGGCCUUCUCCGGCAUCACCUCCCUCCGCAGCCUGAGCCUGGUGGAUAAUGAGAUAGAGCUGCUCAGGGCAGGGGCCUUCCUCCACACCCCACUGACUGAGCUGGACCUUUCUUCCAAUCCUGGGCUGGAGGUGGCCACGGGGGCCUUGGGAGGCCUGGAGGCCUCCUUGGAGGUCCUGGCACUGCAGGGCAACGGGCUGAUGGUCCUGCAGGUGGACCUGCCCUGCUUCAUCUGCCUCAAGCGGCUCAAUCUUGCCGAGAACCGCCUGAGCCACCUUCCCGCCUGGACACAGGCUGUGUCACUGGAGGUGCUGGACCUGCGAAACAACAGCUUCAGCCUCCUGCCAGGCAGUGCCAUGGGUGGCCUGGAGACCAGCCUCCGGCGCCUCUACCUGCAGGGGAAUCCACUCAGCUGCUGCGGCAAUGGCUGGCUGGCAGCCCAGCUGCACCAGGGCCGUGUGGACGUGGACGCCACCCAGGACCUGAUCUGCCGCUUCAGCUCCCAGGAGGAGGUGUCCCUGAGCCACGUGCGUCCCGAGGACUGUGAGAAGGGGGGACUGAAGAACAUCAACCUCAUCAUCAUCCUCACCUUCAUACUGGUCUCUGCCAUCCUCCUCACCACGCUGGCCGCCUGCUGCUGCGUCCGCCGGCAGAAGUUUAACCAACAGUAUAAAGCCUAAAGAAGCCGGGAGACACUCUAGGUCAGUGGGGGAGCCUGAGGUACAGAGAAGAGUGAGGACUGACUCAAGGUCACACAGUGAUCCGGGAUCCCAGAACUCUGGUCUCCAAAUUACAGCCCAGGACACCUUUCUCUGCCGCCUGCUGCAUCAGUGGGUGACCCCCUUCCCGGGCUGCACUUUGGGUCCAGCUGUGGAAGCCAGAAGUUGGGCGGUUUCAGGGACAGCCGAGAAUAAUGUUGACCUGUCAGAUCAACAAAUCUUCACUGAGCAUGUAUUUUGUGCCACACCCUGCUCUGGGCACUGGGAAUGCUGGGAAAUGAGAUACAUUCCCGCCCUCAAGAAUCUCCCAGUCUGGUAGGAGAGAGUGCUGCAGAGCCACGUGGCCGCCACGCAGUGUGCUUAGGGCCUGAGGUGUGAAAGCCCAGGGCUCCAGAGCUCGGCAGGCCCCGCUGGUUUGGUGCGGUGAGUCCUGCCCCGGCUGUGCCAGGGUGAGGGAGGGCCAAGCCCAGGAGGAUUUGUCUGAGACAUUUCCAAGCAGACUGUUUGUCACGUCUUCUGAGAAUGACUUUCAGUCUCUCUGAAAAUGAAAAGCUUAGGACCAGAAGAGAGAAUUGGAGCUGUACGAGUGUGUCUCGGAUCUGGUGUUGUUAGGUGGGCCACGGCGGCUCCAGCAGGGUCUGGUUAAGGGGUCCAGCCCAGCACUGGACCAUUCCGUCUCCUGCUCUGGACUUGCCCUCUCCCUUCCUGGCACUCUCAUGUUGCAUACCCUGACCCCAGUGCUGCUCUAAGCACCGUCCCUGCCCAGCCCCACUUCUCCAUCGCAGCCCCACCUUGGCUGCUGAGCCAGGAGCUAAAACCUUAGAUAUCUGGUUCUGUUUUGCACCCAGCUUGGCAGAUGUGGAUUUGAAUCCAAGCCUUGUGUCUGCCCCUAUGUGACAGCUCUAUAUUUUAUCCCCGUUUUAUAAAAGAGGAAACUGAAGUUCUGAAAAUCUCCUUCCAGGGCCCCAGCUAACUAAUGCCAUAGGUGAGAUUCAAACCUUCAUCCUUCUGUCUCCAGGGCCUGAUCUUUACCACUGCAGGGGCUGCAGGCCGUUAAGUGGACAGGAAGUGGCCCCACAUAGCCCGAGCAGGGUCUGGAAGCAUCCUGUGCUGUGCACACCUGCUCUCUCCUCUCUCCCAGGCAGGCAGCUGCAGGCGCUCUCCUCCUUCUCUGCCUGUUUCCCUCCUCCCUUCCUUUCCACCCUGGUGUGGGUUCUCCUGUUCUCUCUGUGCUCUUGCAUUCUCUCAUUCCCUUUUCCUCUAUUGAGCAGAGCCUGGAGUUUGAGACUAUGGAAUCCAACCUCCCCAUUGCACAGAUGGGGAAACUGAGGCUUAGGAAGAGAAUGAAACUUGUGGAGAGCUUAUACAGAGCCUCUGGGGGAAAAAAGAGCCCUUAUUUGUGGGGUGAGAUUGGGGGUUGGACCAGAGUGAUGUCCUCUCUCAGCUAUCACAUCACAAGAUAAUGCUGGCUCCAAACUUCCUUUCUGUGCCUCAUCAUGCAAGGAUCUUUUUUCCCUCUUACAAAAACAGGUAAAAAGCCUCACCCAGAUGACCCCCAUCCCUCAUACCAUGGAGUCAUGAGCUGUCUGGGAAGAAUGGACGUGCUGGGACCAACUCAAGACCUUGUUUUGCUGUCUUCAUCAUCUUACCUGUGCUUGGCCCACAGUCUGGCUCAUGAUGUGGGCUCAGUAAUGUGCGAGAAAGUGAAAAUGCCACUCUCUCCACCCCAUUUUACAGAGGAGAACACCAAGGCCCAGAGGAAGUUAAGGGAGAGUCAAUGGGCAGAGCCAGGGCUAGGCCCUGGUGGUGUGUGGAGCACCCAGGCAGACCCAGUCCUGGUUGGGAUCACACCCACGGGUGCUACUGCACGUAACACUCCUCCUUAGGCCUGGAGGCCAAGGUGUGGGUCCCCACGCCUGAUCUUUGAAAACACUACACAGGGCUGCUGUCACUUCCCAGGGCCCAGGCCUCAGCCCAGGCCUCGGGACCAACUCUUUGUAUAACCUACCUGAAUGUAUUAAAAACUAAUUUUGGAGAAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1713.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1786.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 1050.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.((((.((......)).))))((((...(((((((((..((.((((.(((((((..((((((..((((((.(((((((...((..((((.(((((((..((((((((....)).))))))..((((((((((((((.(((((((((......(((............)))(((((((((((((((.....((((((((.(((.((((((((...((((.((...(((....((((..(((........)))....))))....)))....((((((((((.....((.(.(((((.((((.((((....(((((((((((((((...(((((((((......)).))))))).....((((((..((.((..((((.((((((((...((((((.((....))))).......))).)))))).)).))))..)).))........))))))(((......)))((((.((((...))))))))....)))))))))...((((((.((.......))))))))....(((((((((((...)))).))))))).))))))))))...)))).))))).).))..))))))))))..)))))))).))))))...)))))))))))..)))))).((((.....))))........))))).))))((((...........(((((...(((((((((((.((((((((((((((((((((((((((......))))........(.(((((((((..((((((.......))))))(((((.((...))..))))).............((((..........))))....))))...))))))))))))..(((((((((((((...(((((((.(((......((((((........)))))).(((((...))))).))).))))))).)))))...))))))))...........((((((.((((.(...((((((..(((.(..((((..((((.((((..((((.((.....(((((((((((((......)))))......(((((((..(((((((..((((((......(((((((...((...))....).))))))((((((((..(((((((((......)).......((((..(((.(((....((((((.((((...)))))))))).......)))..)))..))))..(((....(((((.((((.(...((((((((((...))))(((.((...((((((....((.((((((((..........)))))).)).))....)))))))).))).(((((((..((((((.....((((......))))..(((((.((((((..((((.((((.((((((...)))))).))))...................((((...)))))))))))))).))))).....(((((((...........)))))))((((((((((......))))))))))((((((((((((..(((.(((((....(((.((((...(((.((..((((.((((..((((....((.(((((((((((((((((((.((((....(((((((((((((.((((.......))))......(((.(.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))..))))))))((((((((..((((..(((((((.(((((.(((((((((.(......).)))))))))((((.(((((((.........)))..)))).)))).((((((((.(((((....))))).).......)))))))..))))).((.........)).)))))))..))))..))))))))..(((((((..(((((((((.(((.(((((((((.((((..(((.......)))(((((..((((((...((.((((((....))))))))..((((.((..((((.((....))))))...)).))))...))))))..)))))..)))).)))))))))...))).((((...((((...)))))))).((((((((((.(((.((............)).)))))))).)))))...)))))))))))))))).........)).))))))))).).)))..(((..(((((.................................)))))..))).)))..))))))))))))))...))))).(((.(((((.((..(((((((...((((((.(((....(((((..((((.(((((.......(((((...((((((.(((.............(((((((((...))))))))).......))).))))))...)))))((((((((.(((...)))..)))))))))))))..))))...))).))....)))))))))))))).))..))..))))).))).(((((.....)))))....))))))))))))))))(((((((((.(....).))...)))))))...))))...)))).)))))).))).)))).)))))))).))))))))))))))).....))))))..))))))).))))))..).)))).)))))...))).))).))))...))))))))...))))))..))....)))))..))))).)).))))))))...)).))))..)))).))))..))))..).(((((.((((.((((((...((((..((....))...))))...)))))))).)).)))))...)))...)).))))..).).))).)))))).))).).))))))))))))...))))).....))))))....)))))))))))))))))))))))..))))))))))))...)))).)))).)).))))))).)))))).))))))..)...(((((((((((......).))).......(((....(((((......))))).)))(((((..((((((...........((((((.......)))))).((((((((.(((((....)))).).))))))))......((((...(((((((((((....)))))...))))))...))))..((((...((.(((((............................(((((...(((((...((((..((.(((.....(((...((....))...)))..))).))..))))...)))))))))))))))..))))))..................)))))))))))(((.....))).))))))).)))))).))))))..))))))))))))).((((...(((((...)))))..))))...)))))))).((..((((....)))).)).(((((((.....(((((((((((...(((.((((((..(((((...((((..(((((((((((.(.......((((....))))((((..(((((.((((.(((....))).))))...)))))..))))...(((...)))...((((((((.....)))))))).((((((((.((((((((..(((((......((((.((((.....))))))))(((((((((((((..((((...((((((((.(((..((((((((((((((.(((((((...............))))))).........)))).))).)))))))..)))..)))))).))...)))).)))))))))))))..........((((.....))))..((((((((.((....((((..((((((((....)))).).)))..)))).....)).))).)))))....((.((((((...))))))..)).)))))..)))).)))).))))((((((((.((........))))))))))))))...(((.((((.((((.......)))).)))))))..........).)))))))).)))....)))).)))))..)))))))))..))))))))))).((((((...))))))((((.((((((....(((((.(((........))).))))).))))))))))(((((.(((.....))).))))).((((.(((((((((((((.((((((((....)))))))).....................(((((.(((........)))))))).)))))....)))))))).))))..........(((((..(.....)..)))))..............)))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{(((((.,,(({{({.,{{{||{,,,,.|}}}}}||||||{||,,{{.{{{{.(((((,{..(((((({{((((((,(((((((,..,,..,|||,(((((((..(((,{({{..{{|}.|||,,,..|||,,|||{||,{|,|,{||||||},...}|||}|{{{{{{{...{{{((((,(((,,,(((({{{{{(((({{{{.(((,{,((((.,...,((({((,{{(.({,,{{{{{,{{,,...{{{{.|,,.....))},...,|||,,.((((((((((.....({.(.(((((.((((.((((....(((((((((((((((...((((((({({.....|),))))))).....{(({{{.,|{|||..((((.((((((((...((((((,{,....})))),......})).)))))).}}.))))..,,,)},.}},..,))})))(((......)))((((.((((...))))))))....)))))))))...{(((((.({.......)})))))).,..(((((((((((...)))).))))))).}))))))))).}.)))).))))).).))..))))))))))..,)))}}},.||||||{{.||,}}})))))}})))|||{((((...{{|}||{....,{,||},,.,))}||,|..,}}.}}|..,.|||}}.||||||{{{{{.((((((((((((,{({(((((((,{(,{,{,.,|||,{{{{,...}||||{||{{..((({((,.,,...},,}||(((((.({...))..))))).,,.....},,,,|||{.....,.,,.||}}||,,},}}...}}}}}}}}}})),,(({((((({{{{{...|||||||,{{{......((((((........)))))).(((((...))))).))}.})))))).)))))...)})))))),.,.....,{.((((((.(((,,{...((((((..(((.,..((((..((((.((((..((((,((.....((((((((((({(.,....)))}}......||(((((..((((({(,,((((((....,{(((({((...,,},.)},,,,}.,,}}}}((((((((..(((((((((,,((((...{{{{.,((((,.({{.{{((,..((((((.((((...)))))))))),,,,,,.,}|..||}..||||,,..{....,{,.|||||{,,.|,,((,((((((...))))}||.||...,{{{{{,,..((.((((((((..........)))))).)).))..,.}}}}}||,.,,..||,,,})}},|,||))},..))))))).(((((((((({({({,,.{|,|((.{.((((.((((((...)))))).)))).}.)).,,,.,(((((((.(((....,(({{{,{((((.(.(((....,,,(((((((...........)))))))||((((((((......)))))))),},(((({((((((..(((.(((((....(((.((((...(((.{{,.((((.((((..((((....,{.(((((((((((((((((((.(((,...{((((((((({{{{,(({{....{(((({..,,.((((((,.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))..)))))))|((((((((..((((..(((((((.(((((.(((((((((.(......).)))))))))((((.(((({((.........))),.)))).)))).((((((((.(((((....))))).}.,.....)))))))..))))).((.........)).)))))))..))))..)))))))),.(((((((..((((((((({(((.((((({{{,.{((,{{((({.,,{..{{{(((((..((((((..,((,(((({{....)))))))}..((((.((,.((((.((....)))))).,.)).))))...))))))..)))))..,}}),)}})))}))}}}))).,,,{.}}|{||.},))}},|||.((((((((((.(((.((............)).)))))))).))))).,,)))))))))))))))).........)).))))))))).|{{((({....,||}))))..,{,...............)))))}..}},}..)))}))},})),,))))))))))))))...))))).(((.(((((.((..(((((((...((((((.(((.,,.(((((..((((.((({{,......(((((...((((((.(((,,........,|.(((((((((...))))))))).......))).)))))).,.)))))((((((((.(((...)))..})))))))))}))}.))))...))).)).},.)))))))))))))).))..))..))))).))).(((((.....)))))....))))))))))))))}|(((((((((.{....|.}}...))))))),..))))...)))).))))}),))).)))).)))))))).)))))))))}))))))).))))),})))),}})))..))))))))..}.))))))))))....))).))))..,))))))))...)))))).,)},...)))))..))))),)).))))))))..})).))))..)))).))))..))))..}.(((((,{{((.((((((...((((..((,...}),,.))))...)))))))).}).)))))...)))...)).))))..}.).))).)))))).)),.}.))))))))))))..,))))),))}}),))))}},.))))))},))))))))))))),,.,|||||||||.,,{{{|,,|{||,,.,,.)))),,)}))))))}),,,))},....{|||,||}|,{}},...)}}))},.}}}}}}.....(((((......))))).}.}|||||}.,|||||.{{{{,,,,..((((((.......)))))).((((((((.,((((....)))).}.)))))))).,....(({,..,{|,,(((((((,.{{,||||...})))))}..,}))}}}}|,....({(((((,.....................,,,,,,(((((...(((((.,.((({.,(({(((.....(((...((....))...)))..})).))}})))).,.))))))))))})|||,{{||||{{{{,,,,,..{{{{{..,|}||||},,))}}.},.})))}.,))))}|,))))}}.}}}})},,|}}}})))}||||,{(({.,,(((((,..}}}}},,||||,..}}}}}}}}.{{.,((((,,,,)})),}).({{{{{|.....(((((((((({...((,,((((((..(((((...(((({.(((((((((((.,...,,{,((((....))||{(((..(((((.((({.(((....))).))))...)))))..))))...{((...,},...((((((((.....)))))))).{{{{((((.((((((((..(((((,,..,.((((.((((.....))))))))(((((((((((((..((((...((((((((,(((..((((((((((((((.(((((((.........,.....))))))}.........)))).)))}}})))))..))).,)))))).))...)))).)))))))))))))...,.{((((((((....,{.....((((((((.((..{.((((..((((((((....)))).).)))..)))).,...)).))).))))).....,,....))),,)))))}..}}.)))))..)))).)))).)))}((((((((.((........))))))))))))))...(((.((((.((((.......)))).)))))))........,}),)))))))).))}..)})))).)))))..)))))))))..))))))))))){((((((...))))))|{((,((((({,,,,((({(,{{(,,.,.},,))).))))).))}}}))))}{{(((,{{{.,,,.}}}.}}},}.{{{|,||||||||||||(.((((((((....)))))))).....................|||{{,|||,,,,.,,,|}|||||}.|||}}..,,)}}))))).))))..........|{,,,........}..,))}...,,.........,)))))))}.
Back