Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370483.1
Sequence Length
2355 nt
GC Content
0.4178
ACUCUUUCCUGCUGCCUAGUCUGCUGAGCAGAGCUUCAGUCUCCACCAUCAAUCAUCCAGUGAGGAAUUUGCACUUACACAAGGAACUCUUCCUCGGAGAGAUCCCCUCCUGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGAUGGUCUCAACCUCUUGACCUCGUGAUCCGCCUGCUUUGACCUCCCAAAGUGCUGGGGUUACAGGCAUAAGCCACCGUGCCCAGCCAGAAGUUCUUAUUCUAACUGCAGAAUGUACGCUGUCUUCAGUUAAGGCUGAGAGUGGGAAGGAGUUCCUAAUCAGAGAUGACAUGGAGAUCCCUUAAAGAGAACCAGAUUCAUACACAAAAUUCACUUCAAUCAAAUGGAACCAGGAAAUGAUACACAAAUUUCAGAAUUUCUUCUUCUGGGAUUUUCACAAGAACCUGGACUGCAACCCUUCCUCUUUGGGCUGUUCCUGUCCAUGUACCUGGUCACUGUGCUCGGGAACCUGCUCAUCAUCCUGGCCACAAUCUCAGACUCCCACCUCCACACCCCCAUGUACUUCUUCCUCUCCAACCUGUCCUUUGCUGACAUUUGUGUUACUUCCACCACCAUUCCAAAAAUGCUGAUGAACAUCCAGACACAGAACAAAGUCAUCACCUACAUAGCCUGCCUCAUGCAGAUGUAUUUUUUCAUACUCUUUGCUGGAUUUGAAAACUUCCUCCUGUCCGUGAUGGCCUAUGACCGGUUUGUGGCCAUCUGUCACCCCCUGCACUACAUGGUCAUUAUGAACCCUCACCUCUGUGGACUGCUGGUUCUAGCAUCCUGGACCAUGAGUGCUCUGUAUUCCUUGCUACAAAUCUUAAUGGUAGUACGGCUGUCCUUCUGCACAGCCUUAGAAAUCCCCCACUUUUUCUGUGAACUUAAUCAGGUCAUCCAACUUGCUUGUUCUGAUAGCUUUCUUAAUCACAUGGUGAUAUAUUUUACAGUUGCGCUGCUGGGUGGAGGUCCCCUGACUGGGAUCCUUUACUCUUACUCUAAGAUAAUUUCUUCCAUACAUGCAAUCUCAUCAGCUCAGGGGAAGUACAAGGCAUUUUCCACCUGUGCAUCUCACCUCUCAGUUGUCUCCUUAUUUUAUGGUGCAAUCCUAGGGGUGUACCUUAGUUCUGCUGCCACCCGCAACUCACACUCAAGUGCAACAGCCUCAGUGAUGUACACUGUGGUCACCCCCAUGCUGAACCCCUUUAUCUAUAGUCUGAGGAAUAAAGACAUAAAGAGGGCUCUGGGAAUACAUUUGUUGUGGGGAACAAUGAAAGGGCAAUUUUUCAAGAAGUGCCCAUGAUUGCAGGGCUCUAAGCUUCAGAGGUAGUAACUGUCAUUCUUCAAUCAGAUAGUGGAAAUAGAACUUGCUCCUUCUAUUAAUACUUAUUAUAUUUCUGGGAGUUUCAAUUUGUUGUGAUUUCAACUGGUCUUGUAGAAUUUAAGCAACUCCUUUUAUUAAGCUUUCUGCUCUCUGAUAUCCAACAGUUUUUUCUCUUUGUUGUUUUCCUACUUUCUCAAGGUUAUUUCCGACUUUGGAUCAGAAACACUUUGGAGAUUUCCAUUUGUCUCAUACAGGGAAGAGUUGUAUGUCUCCUGUGGCAUAGACUACACUUGGCAAUUGGGGUAAUUGAUGUAAAUUUAUAGUGGAAUAUGACCUGAGACCACAAUUUGUUCACUUUUGUAUUCUUCAGUCCUAUGUCUGUCUCUACCUUCAAUGCUCCUCCUGAUAAUGUAGACCUGAACAUACUUGUGUAUUUUGCAGCUGGUCAUGAGAUUGUGUUGUCCUCAUUAGGACAUCAUGUCUUUGUCAGUGCCAUGUCCACAGUAUCUGCCAUACUCCCUGGCAUAGUACGGUAAGGCAAAAAUUGUUUAUCAAAAAUAUGUUCCGAGUGCAAUGCCCACUGAAAGACAAACUUGCAUAUGUUGAUUAACUUAAUAUGGACUUACAGUCAGAGAUGACCUUAAAUAUGAUGGAGUAAAAUUGUCAAUCAUACAUUGAAUUGCUAUGGAAGACUUGUUUUUAUGAUGUGCAUGGACUCAUUGAAGUAUGGAAGCUUAGUGCCCAUAUAUAAGUUUAUUUAUUGGAGUGAUGGAUUUGGUGCCAUGGUCUAUAAUGUUUCAUGCAUCCAUACUUCUGUUUUUGCUUCAAAAUUUUUAGUGCUCCCUACAAAUACGAAUCCUUCUAUCCCACUAACCAAAAUACCUCCUUCAUUAUAAAAUUUUGUCGUAAACAUUAAAGUGCAGGUCAGUGAACAAUAUUCAAUGUAUCAUCAAUUUAUUCAUCUCUUUUAUGCUCUAAAUUCUCUUAAAUACUCAUGAUUAAAGAAUGACUCACACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-594.38 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -640.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 850.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((.(.((((((((((((.((((((((.................((((((.((((...(((........)))(((.((((((...)))))).))))))))))))).....((((..((.(((((.(((....)))))))).)).))))........((((((......))))))((((((......(((....)))......))))))..))))))))((((((......)))))).........))))))..)))))).))))))))))))))...(((((((((.......(((((......(((((((((((((((((..........((((((((((.(((((((.(((((...........(((((((((((.......))))))))))).........)))))...(((.(((.........))).)))....((((((((((.(((.((.(((((((((((....((.((......))))((((((((((......................(((((((((...............(((..(((((...((((((...............((((...((((((..((((...(((.((((((.....((((((((.(((((...((((.....)))))))))...................((((..((........))..))))))))))))...(((..(((((((((((((..((((.....)).))...))))))))...))))).)))..))))))..)))...))))))))))..))))(((..(((((.(((((.....((((((...........)))))).((((((.(....).)))))).((((((..........)))))).(((....((((((.((..((...))..)).))))))....)))...(((((...)))))......)))))..)))))..)))(((((((((((......)))).)))))))(((((...)))))...............)))))).....)))))..))))))))))))((((((.((((((...((((((.....(((((((((((...........(((((((...((((((.....))))))...))).))))((((((((.(((......))).....(((.(((((.....))))).)))....((((....((.(((((((((.....((((.........)))))))))).))).)))))).........))))))))...((((.(..(((((.((((....))))))))).).))))..((((...((((((.(((((.(((..((...(((((.((...(((((((.((((((.(((..((((((.....((((....)))).......))))))........))).).))))).))).)))))).)))))...))..))))))))....))))))...))))((((((...((((((..........)))))).............((((((((......))))))))))))))........((((((...(((((.((((.....)))).))).))...))))))(((((......)))))...))))))))))).....))))))........)))))).))).)))..((((((((..((..(((....((((..(((((..((((((.((((.....................))))))))))..))))).))))..)))))..)))....))))).)))))))))).((((((....))))))...((((((.....((((.(((.(((.(((((.....)))))...)))))).))))...)))))).....(((((.....)))))..))))))))))).)).)))(..((((((((.(((.((((.(((.((.........)).))).....((((....))))......((((((.((.........)).))))))...........)))).)))..))))))))..)..))))))))))........((((((..((.....)))))))).....)))))))))))))))))))))))))))...(((((.(((((((((((((..(((..(((((..((.(((((..((((((((((((((.................................................))))).)))))))))..))))).))..)))))..)))..))))..))))))..))).)))))...........)))))))............)))))......))).))))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,,,,.,((((({,,,{(((({,{{|||||||{,||||,............,{{,((((({((...{(({{{{{...,,,(((.({{{{{...|)}|||.}}}|}||||||}|..{..,,{|..|{|{{|({,(((,,,.,,,..,}),}|..(((((((...,((((((......))))))|,.,))))))).(((,...|||,,,||||}||((({(|{,,|||,{,||((((((.(({..{....)..))).))))),,))}))||||,{(({{((|((,.....{{(({({{{,,,(((((({,,,..{(((((((,,((((({...........,,,.{{{{......||||.{{{{({,,{,......,{{{{{{{{{|.......)))))))))))}},......|}|||,,.|,|,|||,,,,,,,,,|||,,||{,{,|}}||{||,|.,||,.,,{|||.,|||||}}..}},},,,}))))))})}}}.{{{{{{,.................,,.{((((({{,,{{{........{(((.......)))}..,{{{,......,,,,.............,((((((((.,...{{{.{{(((({.{,,(({{{{{{..,(({,,.{{((,.,,.||||,.{|{..,,,,{|,,,{{|..,..|||,.}||},,.......,,)).,))))})))|,|||{..(({{{(((((,,,..{{|{|.....(((((.(((((((.....{{|||.,||.....,.||,.||{{|,,,,}))))),,.,))))))))))))...|||,....{|||||,,,,,.....,))})}}.((((((.(....).)))))).,{{{{{......,,..))))))||{.....{{{(({,{{..,,...,}..))}))))}}.,........{{{{{..,)))))........|{((,|||}}}.}|{((((((({{(({.....)))}.))))}}}||,,,...,||||.....}}}},,....,,},,,..})))))))..}))))))))))},||(({.{(((({,{{((((((..,,,(((((((((((............((((({,{,(,{|||}}},,)),|||..,||}{||||({{(({{(,,,{,,...,))).....(((.(((((.....))))).)))....((((....((.(((((((((.....((((.........)))))))))).))).)))))).........)))))))),.,{{{{,{..(((((.((({....)))})))))..|||}},{((((...((((({.{((((.(((..((...(((((.{({,,(((((((,((((((.(((..((((((..,|.{{{{,...,,},,},,...)))))}........))).)},)))).}))}})})}).})))}...))..)))))))}....})))))...))}}|||||.,}}{{{{{{........,|}}}}}}|,,,,,.....,,,(((((((......))))))))},}}}}.......,|(((((...,{,,,}||||....,)))},}|||,},,,|||}}}.||)}}}}}}}}}},,...))))))))))},....)))))}.....}}})))))}.})).|}}||||..{{{|,,,},,,.,.,}}}}..}}}||||,,||}}||},}}|},}.........)))}),,}}}|||,|||||{..||,|,{{{{.,|||,||...{{{,{(({.{{.{(((||{((.((((((....)))))).))}})))}}}})))}|},|.}},}}}}||||,||{{|..,,..,))))}..))))|||,||||{....,|||||,,}.....,,,})}}}))))))}}},)))))}}.,||||,..,.,,{{((((((({.....}))))))}((({...})))((((((((...(((((.((((({,.........,,...,{((((((((((.....,....|{{((((,{{{.(((({(||{{|||,.....{{{((((((,.((.....|,|||}}}.|,||||}|||,},||||,|||||||||||||,,|||||,|,,,.,,|,.}}}}))}}}}}}|||}}.{{,{{(((..((((((((((((((..............,,............,,,,,................}},,,.}))))))))..)))})))},,}}),)))))))..,,},,,,.))))))))))))))))))))).))))))))...,,}}......,}}}}|,...,.,...})))),}}))},}},..........
Back