Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370509.1
Sequence Length
1812 nt
GC Content
0.4641
AUUGGAGCUUCCCGGACCGUGUGCUCGACGGUGCCCUAGGUGCCGUGGGGCCACACGCGAGUCUGAUAAGCACCCUCCCCCGGAAUCAUGCGGUGCUGUGAGGCCUAGCGAAGAUGAAGAUAGAAUGCAAGGUAGAAAGUGCUGGAUACCUUUAGAAAGCUGCAGGACUGGUGCGAUGGGAGUUGAGACGUAAGAACCUGCCCGUCCGUAGGGCUCUGGAUGCUGCUGAGGCCCGAGGCCCCUAUGGCAGAUUUGAAAAUUCACCCUUGUAGAGUCAUUCCUGCCUUUGAGCGGACUCCCUUUUAAGAAUCCACAGGUCUUUCUUGAGGAAAUCUGUAGACAGAACUUUGUGCUGCGUUUUUAUCUAGGGAAGGAACAGAAGAGUGUCGUCUCCUAGAAAUCUAGCACUGGAGAAACGAGGAAAAUUCUUCCAGCGAUGGUCUCCCACUCAGAGCUGAGGAAGCUUUUCUACUCAGCAGAUGCUGUGUGUUUUGAUGUUGACAGCACGGUCAUCAGAGAAGAAGGAAUCGAUGAGCUAGCCAAAAUCUGUGGCGUUGAGGACGCGGUGUCAGAAAUGACACGGCGAGCCAUGGGCGGGGCAGUGCCUUUCAAAGCUGCUCUCACAGAGCGCUUAGCCCUCAUCCAGCCCUCCAGGGAGCAGGUGCAGAGACUCAUAGCAGAGCAACCCCCACACCUGACCCCCGGCAUAAGGGAGCUGGUAAGUCGCCUACAGGAGCGAAAUGUUCAGGUUUUCCUAAUAUCUGGUGGCUUUAGGAGUAUUGUAGAGCAUGUUGCUUCAAAGCUCAAUAUCCCAGCAACCAAUGUAUUUGCCAAUAGGCUGAAAUUCUACUUUAACGGUGAAUAUGCAGGUUUUGAUGAGACGCAGCCAACAGCUGAAUCUGGUGGAAAAGGAAAAGUGAUUAAACUUUUAAAGGAAAAAUUUCAUUUUAAGAAAAUAAUCAUGAUUGGAGAUGGUGCCACAGAUAUGGAAGCCUGUCCUCCUGCUGAUGCUUUCAUUGGAUUUGGAGGAAAUGUGAUCAGGCAACAAGUCAAGGAUAACGCCAAAUGGUAUAUCACUGAUUUUGUAGAGCUGCUGGGAGAACUGGAAGAAUAACAUCCAUUGUCGUACAGCUCCAAACAACUUCAGAUGAAUUUUUACAAGUUAUACAGAUUGAUACUGUUUGCUUACAGUUGCCUAUUACAACUUGCUAUAGAAAGUUGGUACAAAUGAUCUGUACUUUAAACUACAGUUAGGAAUCCUAGAAGAUUGCUUUUUUUUUUUUUUUAACUGUAGUUCCAGUAUUAUAUGAUGACUAUUGAUUUCCUGGAGAGGUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAAUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGGUCUCGGCUCACUGCAAGCUCUGCCUCCCAGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCACCCGCCACCACAUCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUGACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUUGAUCUCCUGACCUUGUGAUCCGCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCUUGGGCCACCGCGCCCAGCCAAUGUCCUAGAGAGUUUUGUGAUCUGAAUUCUUUAUGUAUAUUUGUAGCUAUAUUUCAUACAAAGUGCUUUAAGUGUGGAGAGUCAAUUAAACACCUUUACUCUUAGAAAUACGGAUUCGGCAGCCUUCAGUGAAUAUUGGUUUCUCUUUGGUAUGUCAAUAAAAGUUUAUCCGUAUGUCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-585.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -616.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 358.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.((((..((((((((((((((.((((((((...)))))))).))))...))))).)))))..)))).)).(((...)))..(((((((.(((....(((.((.((((((.(((((((...((.(((((......((((((((.((........((((.(((.(.((((.(((((((((((((((...(((((((((..(.((((((((((.(((..(((.....)))))).)).)))))))))..........(((((((...(((((((..(((..(((((((.(((((...((((((.....(((.((((.....)))).)))..((((....)))).....((((((.(((....(((((((.(.((.((......)))).).)))))))))).)))))).(((((..((.((((.....))))..))....)))))........((((((............)))))).(((((((((((((........)))).))))).)))).....))))))......((((((.........((((((((.(((((.(((.((((((....)))))).))).(((...)))(((((...)))))...((((.(((((...)))))))))...))))).((((((((((.(((..((((((......(((......))).........))))))..))).)).....))).))))).....)))).))))((((((.((((((.(((.(((((((..((....))..))))))).)))...)))))).))))))...))))))........(((.....))).)))))))).)))).))))))))))......)))))))..)))))))))....(((..((((.....))))..)))(((((....((((..(((((((...(((((((((((....))).))))))))...)))))))..))((((((((((((...(((.((...(((((((((((..((((((....))))))....))))))........)))))..)).)))..)).....(((....)))...(((((((..((((.((((((.((.((.((.((((.(.....).)))))).)).))))))))...))))..)))).))).........((((((.((...((((((((...((........))......((((((........))))))(((((.......)))))....(((((((((((((((....((((((.....))))))...))))))))))))))).))))))))..))))))))..(((...(((((.(((((...............((((((.......))))))((....)).(((((((((((((.((....)))).))))))..))))))))))))))).)))))))).)))))(((((.....(((((......)))))....)))))))..))))).((((((((((((....................((((.......))))))))))).)))))))))))).))))).........))))))).)))))))).(((((......))))).....((((.((((......)))))))).......((((((((((........)))))))))).((((.((((((...........))))))))))((((((.((((((.((.........)))))))).)))))).....))))))))))))))))).....))))...))))))))).)).)))......)))....)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((.((((..((((((((((((((.((((((((...)))))))).)))}.}})))}}.)))))..)))).}).{{{...}}}..(((((((.(((.,..(((.((.((((((.(((((((..,({.(((((......((((((((.((........((((.(((.(.((((,(((((((((((((((...(((((((((..{.((((((((((,(((..(((.....)))))},))}))))))))}.,........(((((((.,,(((((((..(((..(((((((.({(({.,,{|,,,,{{{{,,({.,,||...}}))))}))}..|||{,...}}}}.{{{,((((((.(((....(((((((.{.(,{((......)))).).}))))))))).)))))).|}}}....{{(((({.{{(((||(((..(((,.....,,,))..)))}})))}..}))))}.}}}.(({(((((,,((((((..(((((((|.,{|..{(((((((((.....(((((....(((((..{{,....,((((((((.(((((.(((.((((((....)))))).))).(((...)))(((((...))))}...((((.(((((...)))))))))...))))}.((((((((((.(((..((((((..{.{.(((......)))......,..))))))..))).)).....))).))))).....)))).))))}.}},,...)))))....)))))....)))))))))},,.{(((({,{{{.,,|}},..))))))...))))))))))..)))}..}}..))})))))))}.)))).))))))))))...,,.)))))))..)))))))))....(((..((((.....))))..)))(((((....{(,{..(((((((...(((((((((((....))).))))))))...)))))))..}}(((((((((((({......})).,(((((((((((..((((((....))))))....))))))........}}|||{(({{({({.,((({..(((....))).}}}|,{|||,,{(((.((((((.((.((.((.((((.{.....}.)))))).)).))))))))...)))}.,||||.,||,........((((((.((...((((((((...({........))......((((((........))))))(((((.......)))))....(((((((((((((((....((((((.....)))))}...))))))))))))))).))))))))..))))))))..|}},,,{||||}|((({,,..,,,,.....}}||{|||,,}},,,}}))))}}}.{{||.(((((((((((((.((....)))).)))))),.})))))))),,))))}}..))))),}))))(((((..,..(((({......)))))....)))))})..))))).((((((((((((..,{{.({{,...,}}),)}((((.......))))))))))).)))))))))))).)))))......,..})))))).)))))))).({{{{.....,))))}...,.(((,,((((......))))))))..,||,.((((((((((.,....,.)))))))))).(({{.{(((((...........))))))}))}((((((.((((((.((.........}))))))).)))))).....)))))))))))))))},,}...))))..,))))))))).)).)))..,...)))....)))))))......
Back