Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370512.1
Sequence Length
1945 nt
GC Content
0.4848
AUUGGAGCUUCCCGGACCGUGUGCUCGACGGUGCCCUAGGUGCCGUGGGGCCACACGCGAGUCUGAUAAGCACCCUCCCCCGGAAUCAUGCGGUGCUGUGAGGCCUAGCGAAGAUGAAGAUAGAAUGCAAGGUAGAAAGUGCUGGAUACCUUUAGAAAGCUGCAGGACUGGUGCGAUGGGAGUUGAGACGUAAGAACCUGCCCGUCCGUAGGGCUCUGGAUGCUGCUGAGGCCCGAGGCCCCUAUGGCAGAUUUGAAAAUUCACCCUUGUAGAGUCAUUCCUGCCUUUGAGCGGACUCCCUUUUAAGUUUACAGAAGCACUUGCAGAACUCAUCAGAAGCCACCCCGCUUAUCAGCAGAUCUCAAGAGAGCGUUCGGUGGAGGCCCUGGGUCUGCACAGCUCACCUCCCUGGGAACUGCUCGCCCGAGCGUCGGAGCCGGCGCUGGCCCCCUGCAGCCGGAAGGUUGCAGCCGCAGGAGCCCCGGAGGCCCAGGACACAGGGGAAGGAACAGAAGAGUGUCGUCUCCUAGAAAUCUAGCACUGGAGAAACGAGGAAAAUUCUUCCAGCGAUGGUCUCCCACUCAGAGCUGAGGAAGCUUUUCUACUCAGCAGAUGCUGUGUGUUUUGAUGUUGACAGCACGGUCAUCAGAGAAGAAGGAAUCGAUGAGCUAGCCAAAAUCUGUGGCGUUGAGGACGCGGUGUCAGAAAUGACACGGCGAGCCAUGGGCGGGGCAGUGCCUUUCAAAGCUGCUCUCACAGAGCGCUUAGCCCUCAUCCAGCCCUCCAGGGAGCAGGUGCAGAGACUCAUAGCAGAGCAACCCCCACACCUGACCCCCGGCAUAAGGGAGCUGGUAAGUCGCCUACAGGAGCGAAAUGUUCAGGUUUUCCUAAUAUCUGGUGGCUUUAGGAGUAUUGUAGAGCAUGUUGCUUCAAAGCUCAAUAUCCCAGCAACCAAUGUAUUUGCCAAUAGGCUGAAAUUCUACUUUAACGGUGAAUAUGCAGGUUUUGAUGAGACGCAGCCAACAGCUGAAUCUGGUGGAAAAGGAAAAGUGAUUAAACUUUUAAAGGAAAAAUUUCAUUUUAAGAAAAUAAUCAUGAUUGGAGAUGGUGCCACAGAUAUGGAAGCCUGUCCUCCUGCUGAUGCUUUCAUUGGAUUUGGAGGAAAUGUGAUCAGGCAACAAGUCAAGGAUAACGCCAAAUGGUAUAUCACUGAUUUUGUAGAGCUGCUGGGAGAACUGGAAGAAUAACAUCCAUUGUCGUACAGCUCCAAACAACUUCAGAUGAAUUUUUACAAGUUAUACAGAUUGAUACUGUUUGCUUACAGUUGCCUAUUACAACUUGCUAUAGAAAGUUGGUACAAAUGAUCUGUACUUUAAACUACAGUUAGGAAUCCUAGAAGAUUGCUUUUUUUUUUUUUUUAACUGUAGUUCCAGUAUUAUAUGAUGACUAUUGAUUUCCUGGAGAGGUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAAUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGGUCUCGGCUCACUGCAAGCUCUGCCUCCCAGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCACCCGCCACCACAUCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUGACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUUGAUCUCCUGACCUUGUGAUCCGCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCUUGGGCCACCGCGCCCAGCCAAUGUCCUAGAGAGUUUUGUGAUCUGAAUUCUUUAUGUAUAUUUGUAGCUAUAUUUCAUACAAAGUGCUUUAAGUGUGGAGAGUCAAUUAAACACCUUUACUCUUAGAAAUACGGAUUCGGCAGCCUUCAGUGAAUAUUGGUUUCUCUUUGGUAUGUCAAUAAAAGUUUAUCCGUAUGUCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-655.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -686.47
Frequency: 0.0000
Diversity: 371.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.((((..((((((((((((((.((((((((...)))))))).))))...))))).)))))..)))).)).(((...)))..(((((((.(((....(((.((.((((((.(((((((...((.(((((......((((((((.((.......(((((((((.((((.(((..(((((.((((..((.(((.(((((((..(((.((.(((((((((.(((((((((((...)))).....(((((...(((.....((....)).....)))...)))))..(((((((.....(((((.(((((.(((......)))..)))))....))))).....))))))))))))))))))....))))).)))))..).)))...))))))..))..)))).))))).(((..((((..(((..(((((((....))))))))))...((((((((....))))))))..))))...)))(((.((((((((((((((((..(((((((......)))((((((((((((((...(((..(((((..((.((((.....))))..))....))))).((((.(((((((((...((((((((((((((....(((((((.((..((((((((..((..((((((((((.....(((((....(((((.........(((((((((.(((((.(((.((((((....)))))).))).(((...)))(((((...)))))...((((.(((((...)))))))))...))))).((((((((((.(((..((((((......(((......))).........))))))..))).)).....))).))))).....)))).)))))........)))))....)))))....))))))))))...((((((.(((...)))...))))))...)))))))))).(((.((((..((((((((((...(((..((...))..)))....))))))))))..)))))))..)).))))))).....))))).....))))))))).((..(((((((...(((((((((((....))).))))))))...)))))))..))((((((((((((...(((.((...(((((((((((..((((((....))))))....))))))........)))))..)).)))..)).....(((....)))...(((((((..((((.((((((.((.((.((.((((.(.....).)))))).)).))))))))...))))..)))).))).........((((((.((...((((((((...((........))......((((((........))))))(((((.......)))))....(((((((((((((((....((((((.....))))))...))))))))))))))).))))))))..))))))))..(((...(((((.(((((...............((((((.......))))))((....)).(((((((((((((.((....)))).))))))..))))))))))))))).)))))))).)))))..)))))).)))..))))(((((((......(((....)))......))))))).......)))))))))))..)))))).((((.((((((.((....)).))))))..))))))))..))))))).)))(((((.((((((((.....)).))))))....))))).)))))).))))))))))))((((((.((((((((((........)))))))))).).))))))))))))..............(((.((((((.((((((.((.........)))))))).))))))..)))))))))))))))))))).....))))...))))))))).)).)))......)))....)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((.((((..((((((((((((((.((((((((...)))))))).)))}.}})))}}.)))))..)))).)).{{{...}}}..(((((((.(((.,..(((.((.((((((.(((((((..,({.(((((......((((((((.((....,,.(((((((((.((((.(((..(((((.((((..((.((,,(((((({..(((.((.(((((((((.(((((((((((...)))).....(((((...(((...{,((,...,),.,,,)))...)))))..(((((((.....(((((.(((((.(({......}))..)))))....))))).....))))))))))))))))))....))))).))))).,}.)))...))))))..))..)))).))))).(((..((((..(((..(((((((....))))))))))...((((((((....))))))))..))))...)))(((.((((((((((((((((..((((.,,.{{{{.,,{((((((({((,...,,,,..,||||||..|||({{,...,})))),,.}.{(({{{{|,((((.(((((((((...((((((((((((((.{.,(((((((,((..({(((({|.,{|,.{(((((((((.....(((((....(((((..{{,....,{{({(({{.(((((.(((.((((((....)))))).))).(((...}}}(((((...)))),...((((.(((((...)))))))))...))))}.((((((((((.(((..((((((..{.{.(((......)))......,..))))))..))).)).....))).))))).....|}}}.}}})).}},,...)))))....)))))....)))))))))}...{(((({,((,.,,|||...)))))),,.)))))}}})).(({.((((..,(((((((((...(((..({...})..)))....)))))))))}..))))}))..}|,)))||||.....)))),..,,,))))))))).,,..(((((((...(((((((((((....))).))))))))...)))))))..}}(((((((((((({......))).,(((((((((((..((((((....))))))....))))))........,}|||{(({{({({.,((({..(((....))).}}||,{|||,,{(((.((((((.((.((.((.((((.{.....}.)))))).)).))))))))...)))}.,||||.,||,........((((((.((...((((((((...{{.....,..))......((((((........))))))(((((.......)))))....(((((((((((((((....((((((.....)))))}...))))))))))))))).))))))))..))))))))..}}},,,|||||}|((({{{,.,,,,.....}}||{|||,,}},}})}))))}}}.||||.(((((((((((((.((....)))).)))))),.})))))))),,))))}}..)))))}}))))..))))))}})}..)))}.|,,}))}},,..(((....)))....{{{{{||{{{{{...,{,{|||,,,}},}}))|||(,,,...,))||}}))))).)))))})),,,...))))..))))))).)))(((((.((((((((.....)).))))))....))))).)))))).))))))))))))((((({,((((((((((.,....,.)))))))))).).))))))))))))....,,,.......{{|.((((((.((((((.((.........}))))))).))))))..,,,)))))))))))))))},,}...))))..,))))))))).)).)))..,...)))....)))))))......
Back