Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370516.1
Sequence Length
2085 nt
GC Content
0.4878
AUUGGAGCUUCCCGGACCGUGUGCUCGACGGUGCCCUAGGUGCCGUGGGGCCACACGCGAGUCUGAUAAGCACCCUCCCCCGGAAUCAUGCGGUGCUGUGAGGCCUAGCGAAGAUGAAGAUAGAAUGCAAGGUAGAAAGUGCUGGAUACCUUUAGAAAGCUGCAGGACUGGUGCGAUGGGAGUUGAGACGUAAGAACCUGCCCGUCCGUAGGGCUCUGGAUGCUGCUGAGGCCCGAGGCCCCUAUGGCAGAUUUGAAAAUUCACCCUUGUAGAGUCAUUCCUGCCUUUGAGCGGACUCCCUUUUAAGAUCUCAAGAGAGCGUUCGGUGGAGGCCCUGGGUCUGCACAGCUCACCUCCCUGGGAACUGCUCGCCCGAGCGUCGGAGCCGGCGCUGGCCCCCUGCAGCCGGAAGGUUGCAGCCGCAGGAGCCCCGGAGGCCCAGGACACAGGACAGAGUCUCGUUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGUGAUCUCGGCUCACUUCAACCUCCGCCUACAGGGUUCAAGGGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAUCUGGGCUCUUGCUCUUGCAGAAUCCACAGGUCUUUCUUGAGGAAAUCUGUAGACAGAACUUUGUGCUGCGUUUUUAUCUAGGGAAGGAACAGAAGAGUGUCGUCUCCUAGAAAUCUAGCACUGGAGAAACGAGGAAAAUUCUUCCAGCGAUGGUCUCCCACUCAGAGCUGAGGAAGCUUUUCUACUCAGCAGAUGCUGUGUGUUUUGAUGUUGACAGCACGGUCAUCAGAGAAGAAGGAAUCGAUGAGCUAGCCAAAAUCUGUGGCGUUGAGGACGCGGUGUCAGAAAUGACACGGCGAGCCAUGGGCGGGGCAGUGCCUUUCAAAGCUGCUCUCACAGAGCGCUUAGCCCUCAUCCAGCCCUCCAGGGAGCAGGUGCAGAGACUCAUAGCAGAGCAACCCCCACACCUGACCCCCGGCAUAAGGGAGCUGGUAAGUCGCCUACAGGAGCGAAAUGUUCAGGUUUUCCUAAUAUCUGGUGGCUUUAGGAGUAUUGUAGAGCAUGUUGCUUCAAAGCUCAAUAUCCCAGCAACCAAUGUAUUUGCCAAUAGGCUGAAAUUCUACUUUAACGGUGAAUAUGCAGGUUUUGAUGAGACGCAGCCAACAGCUGAAUCUGGUGGAAAAGGAAAAGUGAUUAAACUUUUAAAGGAAAAAUUUCAUUUUAAGAAAAUAAUCAUGAUUGGAGAUGGUGCCACAGAUAUGGAAGCCUGUCCUCCUGCUGAUGCUUUCAUUGGAUUUGGAGGAAAUGUGAUCAGGCAACAAGUCAAGGAUAACGCCAAAUGGUAUAUCACUGAUUUUGUAGAGCUGCUGGGAGAACUGGAAGAAUAACAUCCAUUGUCGUACAGCUCCAAACAACUUCAGAUGAAUUUUUACAAGUUAUACAGAUUGAUACUGUUUGCUUACAGUUGCCUAUUACAACUUGCUAUAGAAAGUUGGUACAAAUGAUCUGUACUUUAAACUACAGUUAGGAAUCCUAGAAGAUUGCUUUUUUUUUUUUUUUAACUGUAGUUCCAGUAUUAUAUGAUGACUAUUGAUUUCCUGGAGAGGUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAAUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGGUCUCGGCUCACUGCAAGCUCUGCCUCCCAGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCACCCGCCACCACAUCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUGACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUUGAUCUCCUGACCUUGUGAUCCGCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCUUGGGCCACCGCGCCCAGCCAAUGUCCUAGAGAGUUUUGUGAUCUGAAUUCUUUAUGUAUAUUUGUAGCUAUAUUUCAUACAAAGUGCUUUAAGUGUGGAGAGUCAAUUAAACACCUUUACUCUUAGAAAUACGGAUUCGGCAGCCUUCAGUGAAUAUUGGUUUCUCUUUGGUAUGUCAAUAAAAGUUUAUCCGUAUGUCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-717.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -751.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 485.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.((((..((((((((((((((.((((((((...)))))))).))))...))))).)))))..)))).)).(((...)))..(((((((.(((....(((.((.((((((.(((((((...((.(((((......((((((((.((........((((.(((.(.((((.(((((((((((((((...(((((((((((((..(((((((((((((((((.(((((((((.(((.......((.(((((((((..(((.(.(((((((..........((((((.(.(((((.(.(((((........))))).).))))).)))))))(((((((((.(...((((.((.....))...((((..(((..(((((((....))))))))))...((((((((....))))))))..))))))))...).)))))))))..(((((((........)))))))((((((((((((((((.(((.(........).)))))))))..((((((((.((((((((((...((((((.((.(((((((...((((((....((((....))))(((((((.(((.((((.....)))).)))..)))))))..........((((((.(((....(((((((.(.((.((......)))).).)))))))))).)))))).(((((..((.((((.....))))..))....))))).)))))).))))))).))(((((((........(((((((((((((........)))).))))).)))))))))))..))))))..)))))).........))))))))..)))).(((.((((((....)))))).))))))).))))))((((...))))....((((.(((((...))))))))).((......((((((((((.(((..((((((......(((......))).........))))))..))).)).....))).)))))......))))))))).).)))...))))))))).)).....))).).)))))))).)))))).))))))..((((((.................))))))..........(((....)))......)))))....)))).......)))))))))....(((..((((.....))))..)))(((((....((((..(((((((...(((((((((((....))).))))))))...)))))))..))((((((((((((...(((.((...(((((((((((..((((((....))))))....))))))........)))))..)).)))..)).....(((....)))...(((((((..((((.((((((.((.((.((.((((.(.....).)))))).)).))))))))...))))..)))).))).........((((((.((...((((((((...((........))......((((((........))))))(((((.......)))))....(((((((((((((((....((((((.....))))))...))))))))))))))).))))))))..))))))))..(((...(((((.(((((...............((((((.......))))))((....)).(((((((((((((.((....)))).))))))..))))))))))))))).)))))))).)))))(((((.....(((((......)))))....)))))))..))))).((((((((((((....................((((.......))))))))))).)))))))))))).))))).........))))))).)))))))).(((((......))))).....((((.((((......)))))))).......((((((((((........)))))))))).((((.((((((...........))))))))))((((((.((((((.((.........)))))))).)))))).....))))))))))))))))).....))))...))))))))).)).)))......)))....)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((.((((..((((((((((((((.((((((((...)))))))).)))}.}})))}}.)))))..)))).}).{{{...}}}..(((((((.(((.,..(((.((.((((((.(((((((..,({.(((((......((((((((.((.......{((((((((,{{(((({,.(((((((((((,{,.,{(.,{((((((((((...(((((((((..(((.((((((((((.((((,({{,(((((...(((...{{({,...,),.},,)))...)))))..{{({((,,({(.{{{,,........}}))).}})))))}})).)))).))))))),|,||||((.{(.....))),.|}||..({(..(((((((....))))))))))...((((((((....))))))))...))),))).))))))}))).))))(((((((.,....,.)))))))((((((((((((((((.(((.(.{....,.).)))))))))..((((((((.((((((((((...((((((.{{.(((((((.{.((((((....(((({.{((({,(((((((.(((.((((.....)))).)))..)))))))......{{{,((((((.(((....(((((((.{.(,{((......)))).).}))))))))).)))))).||||,...({(((,...,})))}})))}.))))),,.))))))}))))))).,},,{((((.{{{....(((((((((((((........)))},))))).)))),))),))}}))))))..)))))).........))))))))..)))).(((.((((((....)))))).))))))).)))))))))))).},}},.,.((((.(((((...))))))))).{{......((((((((((.(((..((((((..{.{.(((......)))......,..))))))..))).)).....))).)))))...,..)},....(((((({.((((((,(({.{((((((..{(....))..))))))}.}}}...)))))}.}))))))...})))))}.)})})}),}))}..{{{{{{(((...{|||.{{..,|}.,}},....))))))),}||{||||,,,{{,(((..((((.....))))..}}|(((((....{{,{..(((((((...(((((((((((....))).))))))))...)))))))..}}(((((((((((({......})).,(((((((((((..((((((....))))))....))))))........}}|||{(({{({({.,((({..(((....))).}}||,{|||,,{(((.((((((.((.((.((.((((.{.....}.)))))).)).))))))))...)))}.,||||.,||,........((((((.((...((((((((...{{.....,..))......((((((........))))))(((((.......)))))....(((((((((((((((....((((((.....)))))}...))))))))))))))).))))))))..))))))))..|}},,,|||||}|((({{,,.,,,,.....}}||{|||,,}},,})}))))}}}.|{||.(((((((((((((.((....)))).)))))),.})))))))),,))))}}..))))),,))))(((((.,,..(((({......)))))....))))),)..))))),((((((((((((..,{{.{{{,...,}}),)}((((.......))))))))))).)))))}}}}}|},},,,.}}}}.,||,}}}|))),}}||||||{(,,,,.,}.}}))))},..,.((({{((((......))))))))..,|||}((((((((((.,....,.)))))))))).|,||.||||||}},........}}},,,||},((((((.((((((.((.........}))))))).))))))..,,,))))))))))))))),,,}...))))..,))))))))).)).)))..,...)))....)))))))......
Back