Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001370517.1

Sequence Length

2393 nt

GC Content

0.4910

AUUGGAGCUUCCCGGACCGUGUGCUCGACGGUGCCCUAGGUGCCGUGGGGCCACACGCGAGUCUGAUAAGCACCCUCCCCCGGAAUCAUGCGGUGCUGUGAGGCCUAGCGAAGAUGAAGAUAGAAUGCAAGGUAGAAAGUGCUGGAUACCUUUAGAAAGCUGCAGGACUGGUGCGAUGGGAGUUGAGACGUAAGAACCUGCCCGUCCGUAGGGCUCUGGAUGCUGCUGAGGCCCGAGGCCCCUAUGGCAGAUUUGAAAAUUCACCCUUGUAGAGUCAUUCCUGCCUUUGAGCGGACUCCCUUUUAAGGGUCCCACUCUGUUGCCGAAGCUGGAGUGCAGUGGCACGAACAUGUCUCACUGCAGCCUCAACCUCCUGGGCUCAAGCUUUCCUCCUGCCUCAGCCUCCUGUGUAGCUGGGACCACAAGCACUCGUCACCACACCUGGAUAAUUUUUUGAUGUUUUGUAGAGACAGUGCUUCAGUUUGUUGCCUGUGCUGGUCUUGAACUCCUGGCCUCAAGCAAUCCUUCUGCUUUGGCCUCCCAGAUUGCUGAGAUUACAGUUUACAGAAGCACUUGCAGAACUCAUCAGAAGCCACCCCGCUUAUCAGCAGAUCUCAAGAGAGCGUUCGGUGGAGGCCCUGGGUCUGCACAGCUCACCUCCCUGGGAACUGCUCGCCCGAGCGUCGGAGCCGGCGCUGGCCCCCUGCAGCCGGAAGGUUGCAGCCGCAGGAGCCCCGGAGGCCCAGGACACAGGGCUCUUGCUCUUGCAGAAUCCACAGGUCUUUCUUGAGGAAAUCUGUAGACAGAACUUUGUGCUGCGUUUUUAUCUAGGGAAGGAACAGAAGAGUGUCGUCUCCUAGAAAUCUAGCACUGGAGAAACAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUACAAUGGUGUGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCAAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGAGGAAAAUUCUUCCAGCGAUGGUCUCCCACUCAGAGCUGAGGAAGCUUUUCUACUCAGCAGAUGCUGUGUGUUUUGAUGUUGACAGCACGGUCAUCAGAGAAGAAGGAAUCGAUGAGCUAGCCAAAAUCUGUGGCGUUGAGGACGCGGUGUCAGAAAUGACACGGCGAGCCAUGGGCGGGGCAGUGCCUUUCAAAGCUGCUCUCACAGAGCGCUUAGCCCUCAUCCAGCCCUCCAGGGAGCAGGUGCAGAGACUCAUAGCAGAGCAACCCCCACACCUGACCCCCGGCAUAAGGGAGCUGGUAAGUCGCCUACAGGAGCGAAAUGUUCAGGUUUUCCUAAUAUCUGGUGGCUUUAGGAGUAUUGUAGAGCAUGUUGCUUCAAAGCUCAAUAUCCCAGCAACCAAUGUAUUUGCCAAUAGGCUGAAAUUCUACUUUAACGGUGAAUAUGCAGGUUUUGAUGAGACGCAGCCAACAGCUGAAUCUGGUGGAAAAGGAAAAGUGAUUAAACUUUUAAAGGAAAAAUUUCAUUUUAAGAAAAUAAUCAUGAUUGGAGAUGGUGCCACAGAUAUGGAAGCCUGUCCUCCUGCUGAUGCUUUCAUUGGAUUUGGAGGAAAUGUGAUCAGGCAACAAGUCAAGGAUAACGCCAAAUGGUAUAUCACUGAUUUUGUAGAGCUGCUGGGAGAACUGGAAGAAUAACAUCCAUUGUCGUACAGCUCCAAACAACUUCAGAUGAAUUUUUACAAGUUAUACAGAUUGAUACUGUUUGCUUACAGUUGCCUAUUACAACUUGCUAUAGAAAGUUGGUACAAAUGAUCUGUACUUUAAACUACAGUUAGGAAUCCUAGAAGAUUGCUUUUUUUUUUUUUUUAACUGUAGUUCCAGUAUUAUAUGAUGACUAUUGAUUUCCUGGAGAGGUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAAUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGGUCUCGGCUCACUGCAAGCUCUGCCUCCCAGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCACCCGCCACCACAUCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUGACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUUGAUCUCCUGACCUUGUGAUCCGCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCUUGGGCCACCGCGCCCAGCCAAUGUCCUAGAGAGUUUUGUGAUCUGAAUUCUUUAUGUAUAUUUGUAGCUAUAUUUCAUACAAAGUGCUUUAAGUGUGGAGAGUCAAUUAAACACCUUUACUCUUAGAAAUACGGAUUCGGCAGCCUUCAGUGAAUAUUGGUUUCUCUUUGGUAUGUCAAUAAAAGUUUAUCCGUAUGUCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-822.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -859.78

Frequency: 0.0000

Diversity: 539.00

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((.((((..((((((((((((((.((((((((...)))))))).))))...))))).)))))..)))).)).(((...)))..(((((((.(((....(((.((.((((((.(((((((...((.(((((......((((((((.((........((((.(((.(.((((.(((((((((((((((...(((((((((..(.((((((((((.(((..(((.....)))))).)).)))))))))..........(((((((...(((((((..(((..(((((((.((((((((........))))))..((((..(((((..((((((.((((((((.((......)).)))))))).(((((((......((((((....(((((.((.(((((((...(((.((....(((((((...((..(((..(((((((..((.((((...((((.((.((((....)))).)).))))...)))))).))).))))..)))......((((..(((((.......))))).))))((((((...(((((((((((((((((((((.((....))............((((......))))...(((((.(((((.(.(((.((...(((.(((((...))))).))).....)))))).))))).))))).(((..(((((((....))))))))))...((((((((....))))))))..((((((((...((((.(((........))))))).))))))))....(((.((((.....)))).)))..)))))))))....(.(((((((.........(((((((.(.((.((......)))).).)))))))...(((((.((((.(..((((.......))))..))))))))))))))))).).))))))))))))(((((..(((((.........)))))..))))).....((((.((((....)))))))))))))).....((((((....)))))).))..)))))))..)).))).))))))).))(((((((........(((((((((((((........)))).))))).))))))))))).)))))....)))))).((((.......))))))))))).(((.((((((....)))))).)))......(((((((((...)))))...((((.(((((...))))))))).))))...))))))......(((..((((((......(((......))).........))))))..))))))))..)))).(((((.............(((((((.((((((.(((.(((((((..((....))..))))))).)))...)))))).))))))).............))))).............))))).)))).))))))))))......)))))))..)))))))))....(((..((((.....))))..)))(((((....((((..(((((((...(((((((((((....))).))))))))...)))))))..))((((((((((((...(((.((...(((((((((((..((((((....))))))....))))))........)))))..)).)))..)).....(((....)))...(((((((..((((.((((((.((.((.((.((((.(.....).)))))).)).))))))))...))))..)))).))).........((((((.((...((((((((...((........))......((((((........))))))(((((.......)))))....(((((((((((((((....((((((.....))))))...))))))))))))))).))))))))..))))))))..(((...(((((.(((((...............((((((.......))))))((....)).(((((((((((((.((....)))).))))))..))))))))))))))).)))))))).)))))(((((.....(((((......)))))....)))))))..))))).((((((((((((....................((((.......))))))))))).)))))))))))).))))).........))))))).)))))))).(((((......))))).....((((.((((......)))))))).......((((((((((........)))))))))).((((.((((((...........))))))))))((((((.((((((.((.........)))))))).)))))).....))))))))))))))))).....))))...))))))))).)).)))......)))....)))))))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

...((.((((..((((((((((((((.((((((((...)))))))).)))}.}})))}}.)))))..)))).}).{{{...}}}..(((((((.(((.,..(((.((.((((((.(((((((..,({.(((((......((((((((.((........((((,(((.(.((((,(((((((((((((((.,.(((((((((..{.((((((((((,(((..(((.....)))})},)),))))))))}.}........(((((((.,,(((((((..(((..(((((((.((((((((........))))))..((((..(((((..((((((.((((((((.((.....,)).)))))))).(((((((......((((((....(((((.({.(((((((.{.{((.((.{..(((((((.,,(({{(,(({.({{(({,,(({({{,...{{{{|{||{|||,,.,}}}|||||||{({{{|..{{{.,,,.,)))..}))}}}...((((..(((((.......))))).)))){{{{{(...(((({{{{{{{|{{{{{{{||,||,,,,))}||,,.,,,,,,{(((......)))}...{({((.(((((,(,(((.{,.,.(((,(((((.,,|||}},|}}.,,,{|}}}}..))))}.}))),.|||,.(((((((....)))))))))),..((((((((....))))))))..((((((((...((({{(((.,....}.))))))).)))))))).,..|||.|{{|.,,,,)))),))}..))))))}}|,...{.{{(((({,........(((((((.{.(,{({.....,)))).).}))))))..,(((((.((((.(..((((.......))))..)))))))))))))))}}.)}}|||||||}||}(((((..(((((.........))))),.))))).....{({,(((((....)))))})))))))),,,},((((((....)))))).}}..))))))),,)).)))}))))))).,}{({((((.,......(((((((((((((........)))},))))).))))})))})).)))))....)))))).((((.......))))))))))).(((.((((((....)))))).))).,,,..{|||{((((...)})),...((((.(((((...))))))))).))))...))))))......(((..((((((..{.{.(((......)))......,..))))))..))))))))..)))).(((((...,,.{{,....(((((((.{(((((,{({.{((((((..{{....))..))))))).)}}...)))))}.}))))))...}}.,......))))).............))))}.)))).))})))))))....,.)))))))..))))))))).,,.(((..((((.....))))..)))(((((....{{,{..(((((((...(((((((((((....))).))))))))...)))))))..}}(((((((((((({......})).,(((((((((((..((((((....))))))....))))))........}}|||{(({{({({.,((({..(((....))).}}}|,{|||,,{(((.((((((.((.((.((.((((.{.....}.)))))).)).))))))))...)))}.,||||.,||,........((((((.((...((((((((...({........))......((((((........))))))(((((.......)))))....(((((((((((((((....((((((.....)))))}...))))))))))))))).))))))))..))))))))..|}},,,{||||}|((({|,..,,,,.....}}||{|||,,}},,,)}))))}}}.{{||.(((((((((((((.((....)))).)))))),.})))))))),,))))}}..))))),}))))(((((.,,..(((({......)))))....)))))})..))))).((((((((((((..,{{.({{,...,}}),)}((((.......))))))))))).)))))))))))).)))))......,,.})))))).)))))))).({{{{..,.,,))))}...,.(((,,((((......))))))))..,||,.((((((((((.,....,.)))))))))).{{{{.{(((((...........)))))}}))}((((((.((((((.((.........}))))))).)))))).....))))))))))))))),,,}...))))..,))))))))).)).)))..,...)))....)))))))......