Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370518.1
Sequence Length
2448 nt
GC Content
0.4947
AUUGGAGCUUCCCGGACCGUGUGCUCGACGGUGCCCUAGGUGCCGUGGGGCCACACGCGAGUCUGAUAAGCACCCUCCCCCGGAAUCAUGCGGUGCUGUGAGGCCUAGCGAAGAUGAAGAUAGAAUGCAAGGUAGAAAGUGCUGGAUACCUUUAGAAAGCUGCAGGACUGGUGCGAUGGGAGUUGAGACGUAAGAACCUGCCCGUCCGUAGGGCUCUGGAUGCUGCUGAGGCCCGAGGCCCCUAUGGCAGAUUUGAAAAUUCACCCUUGUAGAGUCAUUCCUGCCUUUGAGCGGACUCCCUUUUAAGAGUCUCACUCUAUCGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGUGCCAUCUCAGCUCACUGCAACCUCCCCUUCCCAAGUUCAAGCAAUUUUCAUGCCGCAGCCUCCUAGCUGGGAUUACAGGGUCCCACUCUGUUGCCGAAGCUGGAGUGCAGUGGCACGAACAUGUCUCACUGCAGCCUCAACCUCCUGGGCUCAAGCUUUCCUCCUGCCUCAGCCUCCUGUGUAGCUGGGACCACAAGCACUCGUCACCACACCUGGAUAAUUUUUUGAUGUUUUGUAGAGACAGUGCUUCAGUUUGUUGCCUGUGCUGGUCUUGAACUCCUGGCCUCAAGCAAUCCUUCUGCUUUGGCCUCCCAGAUUGCUGAGAUUACAGAUCUCAAGAGAGCGUUCGGUGGAGGCCCUGGGUCUGCACAGCUCACCUCCCUGGGAACUGCUCGCCCGAGCGUCGGAGCCGGCGCUGGCCCCCUGCAGCCGGAAGGUUGCAGCCGCAGGAGCCCCGGAGGCCCAGGACACAGGAGUCUCGUUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGUGAUCUCGGCUCACUUCAACCUCCGCCUACAGGGUUCAAGGGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAUCUGGGCUCUUGCUCUUGCAGAAUCCACAGGUCUUUCUUGAGGAAAUCUGUAGACAGAACUUUGUGCUGCGUUUUUAUCUAGGGAAGGAACAGAAGAGUGUCGUCUCCUAGAAAUCUAGCACUGGAGAAACGAGGAAAAUUCUUCCAGCGAUGGUCUCCCACUCAGAGCUGAGGAAGCUUUUCUACUCAGCAGAUGCUGUGUGUUUUGAUGUUGACAGCACGGUCAUCAGAGAAGAAGGAAUCGAUGAGCUAGCCAAAAUCUGUGGCGUUGAGGACGCGGUGUCAGAAAUGACACGGCGAGCCAUGGGCGGGGCAGUGCCUUUCAAAGCUGCUCUCACAGAGCGCUUAGCCCUCAUCCAGCCCUCCAGGGAGCAGGUGCAGAGACUCAUAGCAGAGCAACCCCCACACCUGACCCCCGGCAUAAGGGAGCUGGUAAGUCGCCUACAGGAGCGAAAUGUUCAGGUUUUCCUAAUAUCUGGUGGCUUUAGGAGUAUUGUAGAGCAUGUUGCUUCAAAGCUCAAUAUCCCAGCAACCAAUGUAUUUGCCAAUAGGCUGAAAUUCUACUUUAACGGUGAAUAUGCAGGUUUUGAUGAGACGCAGCCAACAGCUGAAUCUGGUGGAAAAGGAAAAGUGAUUAAACUUUUAAAGGAAAAAUUUCAUUUUAAGAAAAUAAUCAUGAUUGGAGAUGGUGCCACAGAUAUGGAAGCCUGUCCUCCUGCUGAUGCUUUCAUUGGAUUUGGAGGAAAUGUGAUCAGGCAACAAGUCAAGGAUAACGCCAAAUGGUAUAUCACUGAUUUUGUAGAGCUGCUGGGAGAACUGGAAGAAUAACAUCCAUUGUCGUACAGCUCCAAACAACUUCAGAUGAAUUUUUACAAGUUAUACAGAUUGAUACUGUUUGCUUACAGUUGCCUAUUACAACUUGCUAUAGAAAGUUGGUACAAAUGAUCUGUACUUUAAACUACAGUUAGGAAUCCUAGAAGAUUGCUUUUUUUUUUUUUUUAACUGUAGUUCCAGUAUUAUAUGAUGACUAUUGAUUUCCUGGAGAGGUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAAUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGGUCUCGGCUCACUGCAAGCUCUGCCUCCCAGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCACCCGCCACCACAUCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUGACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUUGAUCUCCUGACCUUGUGAUCCGCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCUUGGGCCACCGCGCCCAGCCAAUGUCCUAGAGAGUUUUGUGAUCUGAAUUCUUUAUGUAUAUUUGUAGCUAUAUUUCAUACAAAGUGCUUUAAGUGUGGAGAGUCAAUUAAACACCUUUACUCUUAGAAAUACGGAUUCGGCAGCCUUCAGUGAAUAUUGGUUUCUCUUUGGUAUGUCAAUAAAAGUUUAUCCGUAUGUCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-846.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -887.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 674.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.((((..((((((((((((((.((((((((...)))))))).))))...))))).)))))..)))).)).(((...)))..(((((((.(((....(((.((.((((((.(((((((...((.(((((......((((((((.((........((((.(((.(.((((.(((((((((((((((...(((((((((((((..(((((((((((((((((.(((((((((.(((.......((.(((((((((..(((.(.(((((((........((((((..(((.((((((........))))).).)))...((((((((((((((((((.(((.((.......))))).))))..))))........(((....(((...(((.((((((.((((((.((((.((...(((((((...)))))))..))..)))))))).)).)))))).)))..)))...)))....(((((((......((((((....(((((.((..(((...((((.((((((((((((..((..((((((.((.((...(((((((((................(((..((((((.....(((((((((.(((((((.......((((.(((((((((((.......))))).((((((((.((.((((((((((...)))))).....)))).)).).)))))))..((((..(((...((((......))))...)))..))))))).)))))))))))))).)))...((((((((....))))))))..((((((((((.((((((..(((...((((((..((.((.((..((((((((.((((((.(((((.((.......))))))).))..))))))))...)))).)))).))..)))))))))..)))))).........))))))))))...((((((.(((.((((.....)))).)))..)))))))))))).....))))))..))))))))))))...))....)).)))))).)).))))))....)).)))).))))....(((((....)))))....(((((....))).))...((((((............)))))).(((((((((((((........)))).))))).)))).))).)).)))))....)))))).((((.......))))))))))).(((.((((((....)))))).))))))).)))))))))))).........((((.(((((...))))))))).((......((((((((((.(((..((((((......(((......))).........))))))..))).)).....))).)))))......))))))))).).)))...))))))))).)).....))).).)))))))).)))))).))))))..((((((.................))))))..........(((....)))......)))))....)))).......)))))))))....(((..((((.....))))..)))(((((....((((..(((((((...(((((((((((....))).))))))))...)))))))..))((((((((((((...(((.((...(((((((((((..((((((....))))))....))))))........)))))..)).)))..)).....(((....)))...(((((((..((((.((((((.((.((.((.((((.(.....).)))))).)).))))))))...))))..)))).))).........((((((.((...((((((((...((........))......((((((........))))))(((((.......)))))....(((((((((((((((....((((((.....))))))...))))))))))))))).))))))))..))))))))..(((...(((((.(((((...............((((((.......))))))((....)).(((((((((((((.((....)))).))))))..))))))))))))))).)))))))).)))))(((((.....(((((......)))))....)))))))..))))).((((((((((((....................((((.......))))))))))).)))))))))))).))))).........))))))).)))))))).(((((......))))).....((((.((((......)))))))).......((((((((((........)))))))))).((((.((((((...........))))))))))((((((.((((((.((.........)))))))).)))))).....))))))))))))))))).....))))...))))))))).)).)))......)))....)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((.((((..((((((((((((((.((((((((...)))))))).)))}.}})))}}.)))))..)))).}).{{{...}}}..(((((((,(((.{,.(((.((.((((((.(((((({...{(,(((((......((((((((.((....,...(((({(((.({(({({(((((((((((((((.,.{((((((((,,,.{{{{{({((({(((,.(((.,,,,||||},,))}}}}}},|||{{...{{,..{((((({.,,{{{({{|,,,,,|||||{.,({(|((((((........)))))}},))),.,{(((((((((((((((((.(((.((.......))))).))))..))))........,{{....{{,.,.(((.((((((.((((((.((((.((...(((((((...)))))))..))..)))))))).)).)))))).))).,}}}.,.,}}},,,(((((((.....,((((({.,..{((({.{{.(((((({.,,{{{.{{.|,,(((({{{,{((((((.(((.{.(((...(((({{{,..,,||}}},}})).}.)))))))))},{|,.,,,.|||.|{(((((|.,|{|.{{{{,((((,,(((((.......))))}.||||((((,({.{(((((((((...))))))}...,||}}.}}.|,|}|||||..((({,,{||,.,{{{,.,...,)))),..}||,,}}}})|||||||},}}))))))}))}...((((((((....))))))))..((((((((((.((((((..(((...((((((..((.{(,((..((((((((.((((((.(((((.{{.....}.))))))).))..))))))))...)))).}}}).))..)))))))))..)))))).,.......)))))))))),,{((((((.(((.((((.....)))).)))..))))))),.,,..{{{,((((((.(((....(((((((.{.(,{((......)))).).}))))))))).)))))).|)}}....{{(({....}}))))}}}}.}))))))}.)).))),))))))).,},{{{(((.|,,....(((((((((((((........)))},))))).))))}))),)),)))))....)))))).((({.......))))))))))).(((.((((((....)))))).))))))).))))))||||}|,},,,....((((.(((((...))))))))).||.,....((((((((((.(((..((((((..{.{.(((......)))......,..))))))..))).)).....))).)))))...,,,|||,,,,||{|{||.{((({||{(|.{,||||{..|{,.,.}}|,))))|)}|}||...})))},.}})))}}...}}}),,..,.},}}}||||,..||,,|||||...|||}.|},}}})}})......)))))))..}}})))}}}.||.(((..((((.....))))..))}(((((....{{,{..(((((((...(((((((((((....))).))))))))...)))))))..}}(((((((((((({......})).,(((((((((((..((((((....))))))....))))))........}}|||{(({{({({.,((({..(((....))).}}||,{|||,,{(((.((((((.((.((.((.((((.{.....}.)))))).)).))))))))...)))}.,||||.,||,........((((((.((...((((((((...({.....,..))......((((((........))))))(((((.......)))))....(((((((((((((((....((((((.....)))))}...))))))))))))))).))))))))..))))))))..|}},,,{||||}|((({{,,.,,,,.....}}||{|||,,}},,})}))))}}}.|{||.(((((((((((((.((....)))).)))))),.})))))))),,))))}}..))))),,))))(((((.,,..(((({......)))))....))))),)..))))).((((((((((((..,{{.({{,...}}}),)}((((.......))))))))))).))))))))))}).)})}},,,,..,,,})}}))),}}}}||||,{{{{,.,}.}}))))}...,.(((,,((((......))))))))..,||,,((((((((((.,....,.)))))))))).((({.((((((...........))))))})))((((((.((((((.((.........}))))))).))))))....,))))))))))))))},,}},..))))..}))))))))).)).)))......))}..,.))))))),.....
Back