Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370521.1
Sequence Length
2382 nt
GC Content
0.4929
AUUGGAGCUUCCCGGACCGUGUGCUCGACGGUGCCCUAGGUGCCGUGGGGCCACACGCGAGUCUGAUAAGCACCCUCCCCCGGAAUCAUGCGGUGCUGUGAGGCCUAGCGAAGAUGAAGAUAGAAUGCAAGGUAGAAAGUGCUGGAUACCUUUAGAAAGCUGCAGGACUGGUGCGAUGGGAGUUGAGACGUAAGAACCUGCCCGUCCGUAGGGCUCUGGAUGCUGCUGAGGCCCGAGGCCCCUAUGGCAGAUUUGAAAAUUCACCCUUGUAGAGUCAUUCCUGCCUUUGAGCGGACUCCCUUUUAAGGGUCCCACUCUGUUGCCGAAGCUGGAGUGCAGUGGCACGAACAUGUCUCACUGCAGCCUCAACCUCCUGGGCUCAAGCUUUCCUCCUGCCUCAGCCUCCUGUGUAGCUGGGACCACAAGCACUCGUCACCACACCUGGAUAAUUUUUUGAUGUUUUGUAGAGACAGUGCUUCAGUUUGUUGCCUGUGCUGGUCUUGAACUCCUGGCCUCAAGCAAUCCUUCUGCUUUGGCCUCCCAGAUUGCUGAGAUUACAGAAGCACUUGCAGAACUCAUCAGAAGCCACCCCGCUUAUCAGCAGAUCUCAAGAGAGCGUUCGGUGGAGGCCCUGGGUCUGCACAGCUCACCUCCCUGGGAACUGCUCGCCCGAGCGUCGGAGCCGGCGCUGGCCCCCUGCAGCCGGAAGGUUGCAGCCGCAGGAGCCCCGGAGGCCCAGGACACAGGACAGAGUCUCGUUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGUGAUCUCGGCUCACUUCAACCUCCGCCUACAGGGUUCAAGGGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAUCUGGGCUCUUGCUCUUGCAGAAUCCACAGGUCUUUCUUGAGGAAAUCUGUAGACAGAACUUUGUGCUGCGUUUUUAUCUAGGGAAGGAACAGAAGAGUGUCGUCUCCUAGAAAUCUAGCACUGGAGAAACGAGGAAAAUUCUUCCAGCGAUGGUCUCCCACUCAGAGCUGAGGAAGCUUUUCUACUCAGCAGAUGCUGUGUGUUUUGAUGUUGACAGCACGGUCAUCAGAGAAGAAGGAAUCGAUGAGCUAGCCAAAAUCUGUGGCGUUGAGGACGCGGUGUCAGAAAUGACACGGCGAGCCAUGGGCGGGGCAGUGCCUUUCAAAGCUGCUCUCACAGAGCGCUUAGCCCUCAUCCAGCCCUCCAGGGAGCAGGUGCAGAGACUCAUAGCAGAGCAACCCCCACACCUGACCCCCGGCAUAAGGGAGCUGGUAAGUCGCCUACAGGAGCGAAAUGUUCAGGUUUUCCUAAUAUCUGGUGGCUUUAGGAGUAUUGUAGAGCAUGUUGCUUCAAAGCUCAAUAUCCCAGCAACCAAUGUAUUUGCCAAUAGGCUGAAAUUCUACUUUAACGGUGAAUAUGCAGGUUUUGAUGAGACGCAGCCAACAGCUGAAUCUGGUGGAAAAGGAAAAGUGAUUAAACUUUUAAAGGAAAAAUUUCAUUUUAAGAAAAUAAUCAUGAUUGGAGAUGGUGCCACAGAUAUGGAAGCCUGUCCUCCUGCUGAUGCUUUCAUUGGAUUUGGAGGAAAUGUGAUCAGGCAACAAGUCAAGGAUAACGCCAAAUGGUAUAUCACUGAUUUUGUAGAGCUGCUGGGAGAACUGGAAGAAUAACAUCCAUUGUCGUACAGCUCCAAACAACUUCAGAUGAAUUUUUACAAGUUAUACAGAUUGAUACUGUUUGCUUACAGUUGCCUAUUACAACUUGCUAUAGAAAGUUGGUACAAAUGAUCUGUACUUUAAACUACAGUUAGGAAUCCUAGAAGAUUGCUUUUUUUUUUUUUUUAACUGUAGUUCCAGUAUUAUAUGAUGACUAUUGAUUUCCUGGAGAGGUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAAUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGGUCUCGGCUCACUGCAAGCUCUGCCUCCCAGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCACCCGCCACCACAUCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUGACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUUGAUCUCCUGACCUUGUGAUCCGCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCUUGGGCCACCGCGCCCAGCCAAUGUCCUAGAGAGUUUUGUGAUCUGAAUUCUUUAUGUAUAUUUGUAGCUAUAUUUCAUACAAAGUGCUUUAAGUGUGGAGAGUCAAUUAAACACCUUUACUCUUAGAAAUACGGAUUCGGCAGCCUUCAGUGAAUAUUGGUUUCUCUUUGGUAUGUCAAUAAAAGUUUAUCCGUAUGUCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-820.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -858.84
Frequency: 0.0000
Diversity: 522.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.((((..((((((((((((((.((((((((...)))))))).))))...))))).)))))..)))).)).(((...)))..(((((((.(((....(((.((.((((((.(((((((...((.(((((......((((((((.((........((((.(((.(.((((.(((((((((((((((...(((((((((..(.((((((((((.(((..(((.....)))))).)).)))))))))..........(((((((...(((((((..(((..(((((((.((((((((........))))))..((((..(((((..((((((.((((((((.((......)).)))))))).(((((((......((((((....(((((.((..(((...((((.((((((((((((..((..((((((.((.((...(((((((((....(((((((((((((.....((((((((((((((..(((......)))..))))))...((((..(((((.......))))).))))((.(((....))).)).....))))))))))))))))..)))))((((......))))...(((((.(((((.(.(((.((...(((.(((((...))))).))).....)))))).))))).))))).(((..(((((((....))))))))))...((((((((....))))))))..((((((((((.((((((..(((...(((((..(((((((..(((((.((..(((.(((((((.(((.(........).)))))))))).)))..))..)))))......)))))))))))))))..)))))).........))))))))))..(((((((.(((.((((.....)))).)))..))))))).(((.((...)).))).....)))))))))...))....)).)))))).)).))))))....)).)))).))))....(((((....)))))....(((((....))).))...((((((............)))))).(((((((((((((........)))).))))).)))).))).)).)))))....)))))).((((.......))))))))))).(((.((((((....)))))).)))......(((((((((...)))))...((((.(((((...))))))))).))))...))))))......(((..((((((......(((......))).........))))))..))))))))..)))).(((((.............(((((((.((((((.(((.(((((((..((....))..))))))).)))...)))))).))))))).............))))).............))))).)))).))))))))))......)))))))..)))))))))....(((..((((.....))))..)))(((((....((((..(((((((...(((((((((((....))).))))))))...)))))))..))((((((((((((...(((.((...(((((((((((..((((((....))))))....))))))........)))))..)).)))..)).....(((....)))...(((((((..((((.((((((.((.((.((.((((.(.....).)))))).)).))))))))...))))..)))).))).........((((((.((...((((((((...((........))......((((((........))))))(((((.......)))))....(((((((((((((((....((((((.....))))))...))))))))))))))).))))))))..))))))))..(((...(((((.(((((...............((((((.......))))))((....)).(((((((((((((.((....)))).))))))..))))))))))))))).)))))))).)))))(((((.....(((((......)))))....)))))))..))))).((((((((((((....................((((.......))))))))))).)))))))))))).))))).........))))))).)))))))).(((((......))))).....((((.((((......)))))))).......((((((((((........)))))))))).((((.((((((...........))))))))))((((((.((((((.((.........)))))))).)))))).....))))))))))))))))).....))))...))))))))).)).)))......)))....)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((.((((..((((((((((((((.((((((((...)))))))).)))}.}})))}}.)))))..)))).}).{{{...}}}..(((((((.(((.,..(((.((.((((((.(((((((..,({.(((((......((((((((.((........((((,(((.(.((((,({(((((((((((((...(((((((((.,{.(((((((((({(((..(((.....)))})},)),)}})))))}.}........(((((((.,,(((((((..(((..(((((((.((((((((........))))))..((((..(((((..((((((.((((((((.((.....,)).)))))))).(((((((......((((((....(((((.({.(((({({{{{({(,((,(,,(((({{(,..((((((.{(.((...(((((((({..,{(((((((((((((.....(((((((((((((,..(((......)))..,)))))...((((..(((((.......))))).)))){(.(((....))).)}.....)))))))))))))))}.})))))}|{(......||||...{((((.(((({.(.({(.{,...(((.(((((...))))).))).,..,}}}}}.,))))).))))}.(((..(((((((....))))))))))...((((((((....))))))))..((((((((((.((((((..(((...(((({.,(((((((.,{{{({.(({{(((,{((((((.(((,(.{,...,.).)))))))})).}))},))},}}}))}}.,,.)))))))))))))))..)))))).,.......)))))))))),,,{(((((.(((.((((.....)))).)))..))))))}|{{{..{..,}}.}}}.,...}))))))))...))....}}.)))))),,|,|||}||....})},}}}.)))),...|{(((,...}})))}.,,|.|||}}}},,)),))},))))))).}},{{{(((.,,,....(((((((((((((........)))},))))).))))})))})).)))))....)))))).((((.......))))))))))).(((.((((((....)))))).))).,,,..{|||{((((...}})},...((((.(((((...))))))))).))))...))))))......(((..((((((..{.{.(((......)))......,..))))))..))))))))..)))).(((((...,,.{|,....(((((((.((((((,{({.{((((((..{(....))..))))))).))}...)))))}.}))))))...}}.,......))))).............))))}.)))).))})))))))....,.)))))))..))))))))).,,.(((..((((.....))))..)))(((((....{{,{..(((((((...(((((((((((....))).))))))))...)))))))..}}(((((((((((({......})).,(((((((((((..((((((....))))))....))))))........}}|||{(({{({({.,((({..(((....))).}}}|,{|||,,{(((.((((((.((.((.((.((((.{.....}.)))))).)).))))))))...)))}.,||||.,||,........((((((.((...((((((((...({........))......((((((........))))))(((((.......)))))....(((((((((((((((....((((((.....)))))}...))))))))))))))).))))))))..))))))))..|}},,,{||||}|((({,,..,,,,.....}}||{|||,,}},,,}}))))}}}.{{||.(((((((((((((.((....)))).)))))),.})))))))),,))))}}..))))),}))))(((((..,..(((({......)))))....)))))})..))))).((((((((((((..,{{.({{,...,}}),)}((((.......))))))))))).)))))))))))).)))))......,,.})))))).))}))))}.({{{{..,.,,))))}...,.(((,,((((......))))))))..,||,.((((((((((.,....,.)))))))))).{{{{.{(((((...........)))))}}})}((((((.((((((.((.........}))))))).)))))).....)))))))))))))))},,}...))))..,))))))))).)).)))..,...)))....)))))))......
Back