Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370571.1
Sequence Length
3463 nt
GC Content
0.5744
AGAGAUGCGGUCGCCAUGGUGACUGAGGACCAGUGAGGCGGGAUGGGGUUGAGAAUGGGGGUGGGGGUGUGGCAGGGGCUGAGGCACUGAGAGACCGGAAAGCCUGGCAUUCCAGAGGGAGGGAAACGCAGCGGCAUCCCCAGGCUCCAGGAUCUGUCACAACUCGAGAGGUGGAAAUUCCGGUUUCCCUGGCCUAGAGCUCCCAGUGCUGGCUUUGGCAUGAUGGGCACCUGGAGGGCCGCACUCCCGUUCCAGCCAGGCUGAGCCUUCUGUCCCCUGCCUCUGGGGCCUGGGAACCCCCCUUCUUCUUUCUCCUGAAUGGCACCCCCGCCCUAGAAUCCAGACACCGAGUUUCCCACUGUGGCUGGUUCAAGGGUAUGUGAGAGCUCCCUGGUGACAGUCUGUGGCUGAGCAUGGCCCUCCCAGCCCUGGGCCUGGACCCCUGGAGCCUCCUGGGCCUUUUCCUCUUCCAACUGCUUCAGCUGCUGCUGCCGACGACGACCGCGGGGGGAGGCGGGCAGGGGCCCAUGCCCAGGGUCAGAUACUAUGCAGGGGAUGAACGUAGGGCACUUAGCUUCUUCCACCAGAAGGGCCUCCAGGAUUUUGACACUCUGCUCCUGAGUGGUGAUGGAAAUACUCUCUACGUGGGGGCUCGAGAAGCCAUUCUGGCCUUGGAUAUCCAGGAUCCAGGGGUCCCCAGGCUAAAGAACAUGAUACCGUGGCCAGCCAGUGACAGAAAAAAGAGUGAAUGUGCCUUUAAGAAGAAGAGCAAUGAGACACAGUGUUUCAACUUCAUCCGUGUCCUGGUUUCUUACAAUGUCACCCAUCUCUACACCUGCGGCACCUUCGCCUUCAGCCCUGCUUGUACCUUCAUUCCUCUCUCCCCAUUUAGGAACUUCAAGAUUCCUACCUGUUGCCCAUCUCGGAGGACAAGGUCAUGGAGGGAAAAGGCCAAAGCCCCUUUGACCCCGCUCACAAGCAUACGGCUGUCUUGGUGGAUGGGAUGCUCUAUUCUGGUACUAUGAACAACUUCCUGGGCAGUGAGCCCAUCCUGAUGCGCACACUGGGAUCCCAGCCUGUCCUCAAGACCGACAACUUCCUCCGCUGGCUGCAUCAUGACGCCUCCUUUGUGGCAGCCAUCCCUUCGACCCAGGUCGUCUACUUCUUCUUCGAGGAGACAGCCAGCGAGUUUGACUUCUUUGAGAGGCUCCACACAUCGCGGGUGGCUAGAGUCUGCAAGAAUGACGUGGGCGGCGAAAAGCUGCUGCAGAAGAAGUGGACCACCUUCCUGAAGGCCCAGCUGCUCUGCACCCAGCCGGGGCAGCUGCCCUUCAACGUCAUCCGCCACGCGGUCCUGCUCCCCGCCGAUUCUCCCACAGCUCCCCACAUCUACGCAGUCUUCACCUCCCAGUGGCAGGUUGGCGGGACCAGGAGCUCUGCGGUUUGUGCCUUCUCUCUCUUGGACAUUGAACGUGUCUUUAAGGGGAAAUACAAAGAGUUGAACAAAGAAACUUCACGCUGGACUACUUAUAGGGGCCCUGAGACCAACCCCCGGCCAGGCAGUUGCUCAGUGGGCCCCUCCUCUGAUAAGGCCCUGACCUUCAUGAAGGACCAUUUCCUGAUGGAUGAGCAAGUGGUGGGGACGCCCCUGCUGGUGAAAUCUGGCGUGGAGUAUACACGGCUUGCAGUGGAGACAGCCCAGGGCCUUGAUGGGCACAGCCAUCUUGUCAUGUACCUGGGAACCACCACAGGGUCGCUCCACAAGGCUGUGGUAAGUGGGGACAGCAGUGCUCAUCUGGUGGAAGAGAUUCAGCUGUUCCCUGACCCUGAACCUGUUCGCAACCUGCAGCUGGCCCCCACCCAGGGUGCAGUGUUUGUAGGCUUCUCAGGAGGUGUCUGGAGGGUGCCCCGAGCCAACUGUAGUGUCUAUGAGAGCUGUGUGGACUGUGUCCUUGCCCGGGACCCCCACUGUGCCUGGGACCCUGAGUCCCGAACCUGUUGCCUCCUGUCUGCCCCCAACCUGAACUCCUGGAAGCAGGACAUGGAGCGGGGGAACCCAGAGUGGGCAUGUGCCAGUGGCCCCAUGAGCAGGAGCCUUCGGCCUCAGAGCCGCCCGCAAAUCAUUAAAGAAGUCCUGGCUGUCCCCAACUCCAUCCUGGAGCUCCCCUGCCCCCACCUGUCAGCCUUGGCCUCUUAUUAUUGGAGUCAUGGCCCAGCAGCAGUCCCAGAAGCCUCUUCCACUGUCUACAAUGGCUCCCUCUUGCUGAUAGUGCAGGAUGGAGUUGGGGGUCUCUACCAGUGCUGGGCAACUGAGAAUGGCUUUUCAUACCCUGUGAUCUCCUACUGGGUGGACAGCCAGGACCAGACCCUGGCCCUGGAUCCUGAACUGGCAGGCAUCCCCCGGGAGCAUGUGAAGGUCCCGUUGACCAGGGUCAGUGGUGGGGCCGCCCUGGCUGCCCAGCAGUCCUACUGGCCCCACUUUGUCACUGUCACUGUCCUCUUUGCCUUAGUGCUUUCAGGAGCCCUCAUCAUCCUCGUGGCCUCCCCAUUGAGAGCACUCCGGGCUCGGGGCAAGGUUCAGGGCUGUGAGACCCUGCGCCCUGGGGAGAAGGCCCCGUUAAGCAGAGAGCAACACCUCCAGUCUCCCAAGGAAUGCAGGACCUCUGCCAGUGAUGUGGACGCUGACAACAACUGCCUAGGCACUGAGGUAGCUUAAACUCUAGGCACAGGCCGGGGCUGCGGUGCAGGCACCUGGCCAUGCUGGCUGGGCGGCCCAAGCACAGCCCUGACUAGGAUGACAGCAGCACAAAAGACCACCUUUCUCCCCUGAGAGGAGCUUCUGCUACUCUGCAUCACUGAUGACACUCAGCAGGGUGAUGCACAGCAGUCUGCCUCCCCUAUGGGACUCCCUUCUACCAAGCACAUGAGCUCUCUAACAGGGUGGGGGCUACCCCCAGACCUGCUCCUACACUGAUAUUGAAGAACCUGGAGAGGAUCCUUCAGUUCUGGCCAUUCCAGGGACCCUCCAGAAACACAGUGUUUCAAGAGACCCUAAAAAACCUGCCUGUCCCAGGACCCUAUGGUAAUGAACACCAAACAUCUAAACAAUCAUAUGCUAACAUGCCACUCCUGGAAACUCCACUCUGAAGCUGCCGCUUUGGACACCAACACUCCCUUCUCCCAGGGUCAUGCAGGGAUCUGCUCCCUCCUGCUUCCCUUACCAGUCGUGCACCGCUGACUCCCAGGAAGUCUUUCCUGAAGUCUGACCACCUUUCUUCUUGCUUCAGUUGGGGCAGACUCUGAUCCCUUCUGCCCUGGCAGAAUGGCAGGGGUAAUCUGAGCCUUCUUCACUCCUUUACCCUAGCUGACCCCUUCACCUCUCCCCCUCCCUUUUCCUUUGUUUUGGGAUUCAGAAAACUGCUUGUCAGAGACUGUUUAUUUUUUAUUAAAAAUAUAAGGCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1355.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1415.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 790.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((...(((((((....)))))))((((..((.((((.((((.(((((.(((((.(((((((..((((((((((((((.(((((.(((......)))..((((((((........((((((....)...(((((..((((((((((.(((((((.((.......)).))))((((((....))))))....))).)))).(((((((((......)))))..))))...)))).))))))).)))))......))))))))..)))))..).))))))))((((((((..(((.....((.(((...........))).))..)))..))))))))...........((((((((....(((((..(((....(((((((((..(...(((((.((((((((((.((((.((.((((((...((...((.((((((((((((((((.(((..((((((((((((.(((((..((((..((((....)))).((....))...))))..))))).))).)))))))))...(((((((((((......((.(((((.(((..((((...))))..))).))).))....(((((((((.(.......(((((.......)))))....((((.......))))).))))))))).....))...)))))))))))......))).)))))))))))..)))))..))....)).....).))))))))))).))))).......(.(((((.(((....((((((((.....(((((((...))))))).....((((.(.(((.((((.(((.((((((((((((((....((((...(((......)))..(((((.((((((((((((...((((((.....((..((((((........))))))..))...........)))))).)))))...((.((..(((((........)))))..))))....)))))))...)))))....))))))))))............(((((.((((.(((.....(((((.....)))))....((((.((...((((....))))..((((((((((.((.....((..(((((((((((((..(((((........)))))))))))...((((((....(((((((((.((((......))))))))((((((((....(((.(((((((...(((((........(((((((((.....((((((............(((((.....))))))))))).((((.(.....))))).((((((..((((((((((((.....).))))))))))).))))))..)))))))))..((((((((((.((((.((((((.((.((((.................................)))).)))))))))))).)))))...))))).((((((..(((((.((...((((((.....))))))...))))))).)))))))))))...)))))))...))))))))).)).(((((((((((((((((..((((..((.....))..))))))))..))))))))......))))).....)))))...)))))).(((((....)))))....((((((.(((...((..((.((((((......)))))).)).))...))).)))))))))))))..)).....)).))))).)))))..))))))))))))))))))((.((((.....(((((((((((((((....)))))..)))(((((((((....(((.(((...))).))).....))))))))).))))))).....)))).)).((((((((((..(((......)))..))))...))))))......(((((..((((((.(((((((((.(.((........(((.((.(((((((..((((...(.(((((.....)))))).))))(((((.(((......(((((((((((((..((((((..((((((((((..((((...(((((....))))))).))...)))))....(((((.(((((.(((.(((((((...((((((.((.((....(((......)))))))))...)))).......((((((((((((((((((((((((((((((((...(((.......((((..(((.((((.(((.......))))))).)))...))))......))).)).)))...(((((((..(((.((...))..)))..))))))))))))))))))))))((((..(..((((((...)).))))..)..)))).....(((((.(((......))).)))))))))))))))))..((((((((....((((((((......)))).))))..(((((.(.......).)))))....))))))))...((((((((((....((((((...))))))....))))))))))..))))))).)))))))).)))))....((((((((((((((.((.............)).))))....)))))))))).)))))..))))))))))))...((((((..(((((((..(((.((((((.((....(((..((.....)))))....))..)))))).)))...((((.....))))((((((((((((.((((.((.....((((((((...((((....))))...))))))))..((((((((((((...))).)).)))))))..((((((((((...))).))).))))(((....))).)).))))((((...(((....((((((......))))))..))).))))..))))))))))))..........)))))))....))))))................))))))).......))).)))))..)))))))))))))).).))))).))))))))))...)))))....))))))))))))))).))).))))).))))..)))))))))))))((((...(((..((((((...))))))..))).))))...........))))))))))......((((.......))))..........)..))))))))))))..)))))....))))))))....(((((((....))))))))))))..))))))))))))...((((((.(((((((...((........)).)))))....(((((.((...)))))))..((((((....)))))).((((((.((.((..................))))))))))(((..((.((((((....)))))).)))))((((((...(((.........)))..))))))..))))))))....))))))))))))).))..))))...((((((.(..(((....)))..).)))))).((...(((((((....)))))))...))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{,..,(((((((....))))))|((((..((.((((.((((.(((((.((({{.(((((((..((((((((((((((.(((((.(((......)))..((((((((........((((((,,..,...(((((..({(((((,{({({,((((.((.......)).))))((((({....})))))|,,|||,,||(({{,,,{{{{{|,,,,})))}}..,))),.))))).))))))).})))).}},,.))))))))..)))))..).))))))))((((((((..(((...,.{{.(((...........))).))..})),.))))))))...........((((((((....(((((..(((....(((((((((..{...(((((.((((((((((.((((.((.(((((,...,({,,{({((,,,(((((((((((.(((..((((((((({((,(((((..((((..((((....)))).{{....}}...))))..))))).))).)))))))))...(((((((((((......{{.(((((.(((..((({...))}},.))).))).))....(((((((((.(...,{..(((((.......)))))..},,{{{.....,.}},,).))))))))).....},...)))))))))))......))).))))))))))))))))))...,..,,{{....,)}))))))))))).))))).......{.(((((.(((....,(((({{(,{...(((((((...}))))))..,,.((((.(.(((.(({{{(((.(((((((({(((((....{(((...(((......)))..(((((.((((((({((((...{(((((,....{{..(((((({,...,}.))))))..||.,.........)))))).))))}..,||,||,.{{{((.,,,,,..})))),.))}},...)))))))...)))))....))))))}))).,,.........(((((.((({,(({..,(((((((,(((.((.{{{....}}).}),),||((....))}}..{(((,,,..|.,.},,,.....(((((((((((((..(({({........}))}))))))),..((((((....(((((((((.((((......)))))))){(((((((.((((((({{((((({((((,..{(((.((((((((((((,....,{{{,..|.{((((((.((((((.....)))))),}.|,.({{(,(...,,))))).((((((..((((((((((((.....),})))))))))).))))))})))))){{||,,,}}|}(((((.({(((((((({{((.((((.,..........,.....,}.............)))).)))))))))))}.))))).}.)}))))).)))),}}}}||((((({((((((.....))))))..,)))))}....}))))))))))))...{,..,,||.)))))).}}.,....((((((((((((..((((..((.....))..))))))))..)))))))){{{...,.,}}|....)))))...}))))).(((((....)))))....((((((.(((...{{.|{{.{(((((......)))))).)).))...))).))))))}))))))...)))))))}....(((((......)))))})))))))))))((.((((.....((((((((({(((((....)))))..})}(((((((((.{..(((.(((...))).))).,...))))))))).))))))).....)))).)).((((((((((,{(((......))).,))))...))))))......(((((..((((((.(((((((((.{,((..{{{{...,,.||.(((((((,,((((...(.(((((.....)))))},)))){((((.(((,.....((((((({{{(({..{(((((,,((((((((((..{{{,...(((((....)))))},.)),,.)))))....{((((.(((((.(((.(((((((...,,,,{{.||.({...{(((......))))}},))...}|.,....,..((((((((((((((((((((((((((((,(({...{{|}......((((..(((.((({,(((.......))))))).)))...))))..}...,}|,||..}),,,(((((((..(((.((...})..)))..)))))))))))))))))))))){(((.,,..((((((...)},}))),|}..)))}...,.{((((.(((......))).)))))))))))))))))..((((((((....((((((((......)))).))))..(((((.(.......).)))))..,.))))))))...((((((((((....((((((...))))))....))))))))))..))))))).)))))))).))))|,,,.((((((((((((((.((.,.........}.)).))))....)))))))))).}))))..))))))))))}}{{{(({((({{{,((((({.(((.((((((.{(....(({..((.....)),,,.,,,}}..)))))).)))..}||||}..}))}|}((((({((({{{.{{{{.|,.....((((((((...((((....))))...))))))))..(({(((((((({..,}},|||.|||||||..||||||||||..,))}..)),)))))))}.,}}}}.}}.}}}}{{{,...,{{....((((((......)))))),{|,,.|)))..}}|||||||||}.{(,...}}}}}}})))}}}})),))),},,,}},}}}}},..))))))).......))).)))))..)))))))..}}})).).))))).))))))))))...)))))....))))))))))))))).))).})))).))))..,}}}))))))))}((((...(((..((((({...))))))..))).))))...........))))))))))......{(((.......))))..........,..))))))))))))..)))))....))))))))...|(((((((....))))))))))))..)))))))}}))),,,((((((.{((((({(((((,((.....(((({{......(((((.({...))}))))...,)))))}.....(((((((..({..........})..)))))))..))))))))}}}}}.,||||{{{||,,,,)})))).||{.(((((((...(((.........)))..))))))).)))))))),,,.))))))))))))).))..)))),.,{(((((.(..(((....)))..).)))}||.((...(((((((....)))))))..,)})}}.
Back