Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370731.1
Sequence Length
3088 nt
GC Content
0.4417
AGACGGUCACCCAGGCUGUAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACUGUGGCCUCCACCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCUUGCGCCAUCAUGCAGGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGAGGUUUCAUCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUGGAACUCCUGACCUCAAGUGAUCUGCCCACCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAAAGGCAUGAGCCACCACGCCUGGCCUAGGUUGUUCCUCUACUGUGAAUCUUGAGGUUAUGGUUUCCACUAGACUAUAGUGCUCAACUAUAGUGGCCUAUUUUAAGUGGCCUUAUAAUUCCUAACCAAAGUGACUUGUGAAACAGAGGACCCUGGAUAAAUUUAAAUGUUAUAAAGAUGAUAAAAUGUACAGGGUGAAGAGGGAACAGAAAUCUUUGCCCCCUGACUUUGGAAAUCUCGUUUAACCUUCAAACUGGCGAUGUCAAGGGUUCCAAGUCCUCCACCUCCGGCAGAAAUGUCGAGUGGCCCCGUAGCUGAGAGUUGGUGCUACACACAGAUCAAGGUAGUGAAAUUCUCCUACAUGUGGACCAUCAAUAACUUUAGCUUUUGCCGGGAGGAAAUGGGUGAAGUCAUUAAAAGUUCUACAUUUUCAUCAGGAGCAAAUGAUAAACUGAAAUGGUGUUUGCGAGUAAACCCCAAAGGGUUAGAUGAAGAAAGCAAAGAUUACCUGUCACUUUACCUGUUACUGGUCAGCUGUCCAAAGAGUGAAGUUCGGGCAAAAUUCAAAUUCUCCAUCCUGAAUGCCAAGGGAGAAGAAACCAAAGCUAUGGAGAGUCAACGGGCAUAUAGGUUUGUGCAAGGCAAAGACUGGGGAUUCAAGAAAUUCAUCCGUAGAGAUUUUCUUUUGGAUGAGGCCAACGGGCUUCUCCCUGAUGACAAGCUUACCCUCUUCUGCGAGGUGAGUGUUGUGCAAGAUUCUGUCAACAUUUCUGGCCAGAAUACCAUGAACAUGGUAAAGGUUCCUGAGUGCCGGCUGGCAGAUGAGUUAGGAGGACUGUGGGAGAAUUCCCGGUUCACAGACUGCUGCUUGUGUGUUGCCGGCCAGGAAUUCCAGGCUCACAAGGCUAUCUUAGCAGCUCGUUCUCCGGUUUUUAGUGCCAUGUUUGAACAUGAAAUGGAGGAGAGCAAAAAGAAUCGAGUUGAAAUCAAUGAUGUGGAGCCUGAAGUUUUUAAGGAAAUGAUGUGCUUCAUUUACACGGGGAAGGCUCCAAACCUCGACAAAAUGGCUGAUGAUUUGCUGGCAGCUGCUGACAAGUAUGCCCUGGAGCGCUUAAAGGUCAUGUGUGAGGAUGCCCUCUGCAGUAACCUGUCCGUGGAGAACGCUGCAGAAAUUCUCAUCCUGGCCGACCUCCACAGUGCAGAUCAGUUGAAAACUCAGGCAGUGGAUUUCAUCAACUAUCAUGCUUCGGAUGUCUUGGAGACCUCUGGGUGGAAGUCAAUGGUGGUGUCACAUCCCCACUUGGUGGCUGAGGCAUACCGCUCUCUGGCUUCAGCACAGUGCCCUUUUCUGGGACCCCCACGCAAACGCCUGAAGCAAUCCUAAGAUCCUGCUUGUUGUAAGACUCCGUUUAAUUUCCAGAAGCAGCAGCCACUGUUGCUGCCACUGACCACCAGGUAGACAGCGCAAUCUGUGGAGCUUUUACUCUGUUGUGAGGGGAAGAGACUGCAUUGUGGCCCCAGACUUUUAAAACAGCACUAAAUAACUUGGGGGAAACGGGGGGAGGGAAAAUGAAAUGAAAACCCUGUUGCUGCGUCACUGUGUUCCCUUUGGCCUGGCUGAGUUUGAUACUGUGGGGAUUCAGUUUAGGCGCUGGCCCGAGGAUAUCCCAGCGGUGGUACUUCGGAGACACCUGUCUGCAUCUGACUGAGCAGAACAAAUCGUCAGGUGCCUGGAGCAAAAAGGAAAAAAAAAAAAGAAAGGACAUUGAGUUUUAACAGAAGGGAAAAGGAAAGAAGAAAAGAUUUUUGCAGAAUUUCUCAAAAAUCAGUUUGUGGAUUCCAGUAGUAUUUAUAUUGAGAGAAACAAAUUUUAGUCCUUCUAACUGUGCUAAAACUUGGAUAUUUGUGAAAACUCCUUACCACCAUACAAGCAUCAGAAGAGCUCUCUUGUUGUUAGCACUUAUUGUUUGCAAGAACAGAAUACAUCCUUUUAUCCUUUUAUGAAAAAUGACAAGUGAAGGCAAAAGGGGAAGGUUAUUUGAUCUGGAAGAUGAGUGUUCUGAUGUGGUGGCUUUUGCAAAAAUCUUUAUUGGUGUUGAAAACUGGAAAAAAUAACUCAUCCAGAAUUCAUAUUGUCUUGACAAGAACUAUGGUUCUCUGUUUUUAGAUAUUGUGGAAAAUGUUUUUGGGCAUUUUUCUCUGAUUUUAUUUCUUCUCCCCCACCCCUUUUUCUAAAAAACAAACAAAAAAAAAAACACACAAAACAAAAACAGAACAAAAGAAGAGAGAAGGAAAUUUUAUCAAUUAAAAAUGCUGUGUGAUAAAAUCCCAGCCCAGAUUGCUCAGCUGUUUGUACCUGACUUGCCGCCUGCAUAGGAGCCAGUUCUGUUCCUUCUGACUAGCCCCUCUUCCUCCAGGGGAGAACUUCCAAAUGUUAAUUUUUUUUUUUUUGAAAAUAUAAAUAAUUACUAUUUUGUACUGUGUGGUAUCUCUGGUCUUUUGUUUCACUCACCUGCCUUGUCUCUUGGGUCUGAGUCCCUUGCUUAAGGGAUUUUGAAGUCCUAGUUUUCAGCUUGCAGAGAUUAUGUCUGAAAUGCCUAAUGAGUCGCAGGGAUUUGUUGAGACUCCGUAAUCUCAAGUUCUCUUUGUGAGCUAUCAGCAUCUGCCAGUCUCUUGUCCUCCCUGAGUAUCUCACAGUCCAUAUCCUGAUGAGGGAUCAGGCCCCUACCUCUGCCAAGGCAAGUAAUGGUAGUGGGCUUUUAAACUGCCCCCCGUAUGUUUUAAGACCUAAUCCCCACCUCCCUUCUUCUAACUAAAUAUAAAAAGAUCCAGGGGACAUAAAUGUGGAGAUUAAAUAAAGGGAAAUUAUUGUCUCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-936.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -993.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 800.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((..(((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((...))))......))))))))))))))).(((....))).((((((((((((((((((((((........(((((((((((....((((.((((..((((((((..((((..((((((((((((..........((((.(((((((((......)))))....((((.((......)).)))))))).)))).(((((......).)))))))))))))).)).)))))))))((((((((.....))))))))((((..........))))........)))..)))).))))...(((((((((((((((..(((((........((((((....)))))).........(((((((((...........)))))))))...(((((.((((.(((((((...((........)).))))...))).)))))))))..((((...(((((....))))).))))....(((.(........).)))..(((((((..(((((((((((.........((((.((((..............((.((((.((.(((((((..((((..(((((.((((((((((((.((((((((....((((((.....(((.....))))))))).....(((((....))))).))))))))......(((((.((((((....((((((....(((((((.(((((.((........)).))))).........((((.(.((((........)))).).)))).........((((((...(((((((((..((((.((((...((((...(..(((((.(((.(((((.(((((((.(((((...))))))))))))(((((..((((((.((......)).))))))..((((......)))).((((((((.(((......))))))))))).)))))....((((((....))))))..((((((((...((((((.((((.((((((.((.((..((((((((....)))).....)))).)).)))))))).))))))))))))))))))..((((((.((((((.((((.((((((((.(((((((..(((((((..((....)).)).))))))))))))))))...........((((((.......(((.((..((((((.(((((((((.((((.((..((..(((((...(((((...........)))))...)))))))..)).)))).))((((..((((....))))))))((((.(((((...(((((..(.((.((((((...((((((((...((........))...))))))))......)))))).))))))))....)))))...)))).)))))))))))))..)).)))...))))))....))))..))))))))))))).)))(((.((.(((((((..(((((((((.((.((((....)).)).))..).))))))).)..))))))).)).)))......))))).))).)))))..)....))))...)))).))))......))))))))).....)))))).............((((((((....))))))))..))))))).))))))))))).).)))))))))))))))))(((......)))(((((.(((((((...))))((((((...((((.........))))....))))))((..(((.((.((((...............)))).)).)))..))((((.(((((.....((((((((((((((..........)))))))).))))))((.(((((((((.((((((...)).)))))))))).......(((((((.((.....)))))).)))....((((((((((((.(((((...((.....................(((..(((((..(((((((....((..((((((((((((((((((((((((((.((((.(((.((((((...((((((((.......))))).)))..))))))((((((.(........).)))))).....))).)))).))))........(((((......(((((((((..((((((((.((((.((((.....)))).)))(((.((((..((.(((((((...(((((((............)))))))...)))))))..))..)))).)))).)))).)))).)))))))))))))).)))))))))))))))).........(((..(((((............)))))..)))(((.(((((.(((((((((....))))).))))...))))).)))((((((((((....))))))))))............))))))..))...)))))))..)))))..)))......................................((.((((........)))).))..........((((.(.(((...))))))))))...))))))))......))))))))).....))).))...)))))))))))).)))))..))))).))))...))))))).)).)))).)))))).))))..((((((........))))))........)))))))))))..))))))).)))))..)))))))))))))))......)))))))))))((((.(((((((((((....)))))))))...)).))))..........))))))))))).))))....)))...)))).(((((((((....((((((........))))))....))))))))))))))..))).))).))))))..........((((...((((((((........))).)))))..))))(((((((((..(((........)))..))))).))))(((((((((((.....))).).)))))))..(((((.((((.((((((..(((..............)))...)))))).......)))).)))))......))).....)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((({,,,,,((((((((((((.(((((((((((((((((.((({(((...}}}}......))))))))))))))).(((....))).,{{{|{{(((((((((((((((........(((((((((((....((((.{(((..((((((({.,((((..((((((((((((..........((((.(((((((((......)))))....((((.((......)).)))))))).)))).|{{{,......}.))},)))))))))).)).)))))))))((((((((.....))))))))((((..........))))........)))..)))}.))))...(((((((((((((((..(((((........((((((....}))))}....,,,,,((((,.(((((({{((((,,{{||||{,||,,(((,{((({{.{(({(({...((........)),))}),,.,))}}))))}}}},,(({{|{,(((((....))))),||||{.,,({(({,{{{{{{{,,,||||(,({,,,..,,,{|||||{,,,}}}}}}}}|,{|{||{,,,,..,,.,,|||{||{{{{,|{.||||||,..||{||,|||,|.{,,,{{{||{||,{(((((((....((((((,.,..,,,....,},})))))).....(((((....))))).)))))))}..}}}}|||||.((((,,{{{{(((((,,,..(((,(,,.,|,||,||.,}}}}}}),}))),,.........((((((..{((........}}))))))}},.........((((((..,(((((((((,.((((.((((...((((...{..(((((.(((.{((({.(((((((.(((((...)))))))))))){{{{,..{(({|,.{({{{{.,|{{{|{(((({((((......))))))))|,|||},||...,{{|||||,,,....)))})}}}}{(((((....)))))}..((((((((...((((((.{(((.((((({,((.((..((((((((....))))....,)))).)).)))))))).)))})))))))))))))},{((((((.(({{((.({{{.{{({((((.(((((({,{(({,.,,..(({,,.,,.})})))}))))))))))))........,{||{{{{....},,,,,},|||||||||..,{{{,,..{.{(((((......)))))}.}.|||||}||||||||,,|}|||{,,..{(((.(((((({{((({(,(,{{((((....)))),)),((((.(((((...(((((..(.((.((((((...((((((((...((......,.))...))))))))......)))))).))))))))....)))))...)))).|||.,,,)))),)}})))),.}))))).))}}..))}},,))}}))})))))).))){{{,((.(((((((..(((((((((.((.({((....)).)).)).}),)}))))),}..))))))).}).)}}.,|||.}}))},))).)))))..}....))))...)))).))))......))))))))).....))))))....,,,.{{{..((((((((....))))))))..))),,,,.|||||||||||{|{||||||||||||||||,((({.....,))||{,|}||,||,|,.,((,,({{(((...,{{,.........}}},....}}})}|{,.|,{((((({((({,{({(((((,(,..,{(({(((.,{(.(((.,({((({(({{{.((((((((((((((..........))))))))}}})))),,.,}.((((((.((((((...)).))))))))))((((....))))(((((((((.((..........))))))))))),,,.}}},...}}}...............,}}}}}}}}}}},,}}}}}}.{||{,,,,,.........((((((((((((((({{((({((({.{{{,{{{(((,,.{{|||{{{.......)}))),))),.}|||,|{(((((.(........).))))))}.}}|||,.||||,|}},........(((((,.....{((((((((.,(({{{{{{,||{{.{(((,,,,,|}}|,}|}{((.((((..((.(((((((..(((((,,(,........,..,,))))).,.)))))))..)}..)))).)))}.)))),)))),)))))))))))))).))))))))))))))))....,{,,{{{{..(((((............)))))..||||{{.(((((.(((((((((....))))).))))...))))).}}}|||{((((({....}))))))))),}}.}))))))))}))})))))).}}|||{||||{.................................................,}}}}}},||..,((((({{{..,,,....,,||.,}||}}}}))))},,),)))}))))...)))))),.}}}))),{{.||,,|{{,,..})).)}.))})))))))))}}),,,,.)))).{{|||||,,.))})))).|,...,.,|}},.{{{{{({,......))))),...,,...,}}}}}}}})),,)}}}}},.)))))..)))))))))))))))......)))))))))))((((.(((((((((((....)))))))))...)).)))),.....,|},})))))))))).))))....}))...,}}}.(((((((((....((((((........))))))....))))))))))))))..))).)))}})))))...,.,,.,{((((...((((((((........))).)))))..))))(((((((((..(((....,,,.)}}..))))).))))|{{{(((((((.....))).)))),))),..(((((.((((.((((({..(((..............)))...}))))).......)))).))))).....,))),....,}}))))....
Back