Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001371084.1
Sequence Length
3686 nt
GC Content
0.4523
GCGCUCGGCGCUCUGACUGGGCGUGCGGCGGCAGGAUUUUAAAGCGCUCUGCCUCGGAUCGUCUGCCCUGGGUGACCUCCCGGACCUGCCCUGGUGGAAUCCGGACUUGCCCCGCCGAGAUGACGAGGAAUAAUUCUGCUACAAGGCUGAUUUCAAGGACAUGAAUUGUUGACCUCAUCCCAACAUCAGAACCUCAGAUGUUCUAAUUUUUGCACCAUUCCAGGCAAGUUGAUCUUAUAAGGAAAUAAAAUUGAACCUUAGGGGUCUGAUGGAAAUUCACUGUGACAUUCAAAUCAAGAAAACUUGCUAAUGCCCACAGAGCCUUUUCCCCAUGGGCCCUGAUGGUAGCCUCCAGAAGGUGCAGCCUCAGGUGGUGCCCUUUCUUCUGUGGCAAGAAUAAACUUUGGGUCUUGGAUUGCAAUACCACCUGUGGAGAAAAUGGUAUGCGAGGGAAAGCGAUCAGCCUCUUGCCCUUGUUUCUUCCUCUUGACCGCCAAGUUCUACUGGAUCCUCACAAUGAUGCAAAGAACUCACAGCCAGGAGUAUGCCCAUUCCAUACGGGUGGAUGGGGACAUUAUUUUGGGGGGUCUCUUCCCUGUCCACGCAAAGGGAGAGAGAGGGGUGCCUUGUGGGGAGCUGAAGAAGGAAAAGGGGAUUCACAGACUGGAGGCCAUGCUUUAUGCAAUUGACCAGAUUAACAAGGACCCUGAUCUCCUUUCCAACAUCACUCUGGGUGUCCGCAUCCUCGACACGUGCUCUAGGGACACCUAUGCUUUGGAGCAGUCUCUAACAUUCGUGCAGGCAUUAAUAGAGAAAGAUGCUUCGGAUGUGAAGUGUGCUAAUGGAGAUCCACCCAUUUUCACCAAGCCCGACAAGAUUUCUGGCGUCAUAGGUGCUGCAGCAAGCUCCGUGUCCAUCAUGGUUGCUAACAUUUUAAGACUUUUUAAGAUACCUCAAAUCAGCUAUGCAUCCACAGCCCCAGAGCUAAGUGAUAACACCAGGUAUGACUUUUUCUCUCGAGUGGUUCCGCCUGACUCCUACCAAGCCCAAGCCAUGGUGGACAUCGUGACAGCACUGGGAUGGAAUUAUGUUUCGACACUGGCUUCUGAGGGGAACUAUGGUGAGAGCGGUGUGGAGGCCUUCACCCAGAUCUCGAGGGAGAUUGGUGGUGUUUGCAUUGCUCAGUCACAGAAAAUCCCACGUGAACCAAGACCUGGAGAAUUUGAAAAAAUUAUCAAACGCCUGCUAGAAACACCUAAUGCUCGAGCAGUGAUUAUGUUUGCCAAUGAGGAUGACAUCAGGAGGAUAUUGGAAGCAGCAAAAAAACUAAACCAAAGUGGGCAUUUUCUCUGGAUUGGCUCAGAUAGUUGGGGAUCCAAAAUAGCACCUGUCUAUCAGCAAGAGGAGAUUGCAGAAGGGGCUGUGACAAUUUUGCCCAAACGAGCAUCAAUUGAUGGAUUUGAUCGAUACUUUAGAAGCCGAACUCUUGCCAAUAAUCGAAGAAAUGUGUGGUUUGCAGAAUUCUGGGAGGAGAAUUUUGGCUGCAAGUUAGGAUCACAUGGGAAAAGGAACAGUCAUAUAAAGAAAUGCACAGGGCUGGAGCGAAUUGCUCGGGAUUCAUCUUAUGAACAGGAAGGAAAGGUCCAAUUUGUAAUUGAUGCUGUAUAUUCCAUGGCUUACGCCCUGCACAAUAUGCACAAAGAUCUCUGCCCUGGAUACAUUGGCCUUUGUCCACGAAUGAGUACCAUUGAUGGGAAAGAGCUACUUGGUUAUAUUCGGGCUGUAAAUUUUAAUGGCAGUGCUGGCACUCCUGUCACUUUUAAUGAAAACGGAGAUGCUCCUGGACGUUAUGAUAUCUUCCAGUAUCAAAUAACCAACAAAAGCACAGAGUACAAAGUCAUCGGCCACUGGACCAAUCAGCUUCAUCUAAAAGUGGAAGACAUGCAGUGGGCUCAUAGAGAACAUACUCACCCGGCGUCUGUCUGCAGCCUGCCGUGUAAGCCAGGGGAGAGGAAGAAAACGGUGAAAGGGGUCCCUUGCUGCUGGCACUGUGAACGCUGUGAAGGUUACAACUACCAGGUGGAUGAGCUGUCCUGUGAACUUUGCCCUCUGGAUCAGAGACCCAACAUGAACCGCACAGGCUGCCAGCUUAUCCCCAUCAUCAAAUUGGAGUGGCAUUCUCCCUGGGCUGUGGUGCCUGUGUUUGUUGCAAUAUUGGGAAUCAUCGCCACCACCUUUGUGAUCGUGACCUUUGUCCGCUAUAAUGACACACCUAUCGUGAGGGCUUCAGGACGCGAACUUAGUUACGUGCUCCUAACGGGGAUUUUUCUCUGUUAUUCAAUCACGUUUUUAAUGAUUGCAGCACCAGAUACAAUCAUAUGCUCCUUCCGACGGGUCUUCCUAGGACUUGGCAUGUGUUUCAGCUAUGCAGCCCUUCUGACCAAAACAAACCGUAUCCACCGAAUAUUUGAGCAGGGGAAGAAAUCUGUCACAGCGCCCAAGUUCAUUAGUCCAGCAUCUCAGCUGGUGAUCACCUUCAGCCUCAUCUCCGUCCAGCUCCUUGGAGUGUUUGUCUGGUUUGUUGUGGAUCCCCCCCACAUCAUCAUUGACUAUGGAGAGCAGCGGACACUAGAUCCAGAGAAGGCCAGGGGAGUGCUCAAGUGUGACAUUUCUGAUCUCUCACUCAUUUGUUCACUUGGAUACAGUAUCCUCUUGAUGGUCACUUGUACUGUUUAUGCCAUUAAAACGAGAGGUGUCCCAGAGACUUUCAAUGAAGCCAAACCUAUUGGAUUUACCAUGUAUACCACCUGCAUCAUUUGGUUAGCUUUCAUCCCCAUCUUUUUUGGUACAGCCCAGUCAGCAGAAAAGAUGUACAUCCAGACAACAACACUUACUGUCUCCAUGAGUUUAAGUGCUUCAGUAUCUCUGGGCAUGCUCUAUAUGCCCAAGGUUUAUAUUAUAAUUUUUCAUCCAGAACAGAAUGUUCAAAAACGCAAGAGGAGCUUCAAGGCUGUGGUGACAGCUGCCACCAUGCAAAGCAAACUGAUCCAAAAAGGAAAUGACAGACCAAAUGGCGAGGUGAAAAGUGAACUCUGUGAGAGUCUUGAAACCAACACUUCCUCUACCAAGACAACAUAUAUCAGUUACAGCAAUCAUUCAAUCUGAAACAGGGAAAUGGCACAAUCUGAAGAGAUGUGGUAUAUGAUCUUAAAUGAUGAACAUGAGACCGCAAAAAUUCACUCCUGGAGAUCUCCGUAGACUACAAUCAAUCAAAUCAAUAGUCAGUCUUGUAAGGAACAAAAAUUAGCCAUGAGCCAAAAGUAUCAAUAAACGGGGAGUGAAGAAACCCGUUUUAUACAAUAAAACCAAUGAGUGUCAAGCUAAAGUAUUGCUUAUUCAUGAGCAGUUAAAACAAAUCACAAAAGGAAAACUAAUGUUAGCUCGUGAAAAAAAAUGCUGUUGAAAUAAAUAAUGUCUGAUGUUAUUCUUGUAUUUUUCUGUGAUUGUGAGAACUCCCGUUCCUGUCCCACAUUGUUUAACUUGUAUAAGACAAUGAGUCUGUUUCUUGUAAUGGCUGACCAGAUUGAAGCCCUGGGUUGUGCUAAAAAUAAAUGCAAUGAUUGAUGCAUGCAAUUUUUUAUACAAAUAAUUUAUUUCUAAUAAUAAAGGAAUGUUUUGCAAAUGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1070.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1139.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 1048.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((..((((((.....))))))..))))((((((((.............(((((..((((((((...((((((....(((((.((((....))))..)))))..)))))).))..)))))))))))...)))))))).....((.(((..((((.((......)).))))..))).)).((((((.((...)).))))))..(((.((((((.((((((.(((((((((((((..(((((.............))))).)))))((((.(((..(((...)))..)))..))))....)))))))).....((((((.((((.........)))).))).)))(((((((((.(((((((..((.(((((((((........(((..(((..(((.....)))..)))..)))......))))))))).))(((((..((...(((((((...((.....))))))))).))..)))))(((((((((((.((.((((((..((.(((........))).)).)))))).....((((((..((((((..(((((....)))))..))).)))..))))))))))))(((.((((..........))))))))))))))))))))).))))).))))...........((((.((((....((((.((((((......(((((..(((.(((((..((((.(((((((((((((((..........(((((((((((((((((((((((((.(((((..((.(((((((((..(((((....)))))(((((((...(((((((..........))))))))))))))...(.(((..(((((........)))))..))))..(((.((.......)).)))).))))))))))..))..)))..))))))((((((((((.(....((((((((....)))))))).(((((....(((((.(((((((....(((((.(((..(((....)))(((((..((((..(((....))).))))..)))))....((((((.((....))..))))))..........))).))))).))))....)))........)))))..)))))).)))))))))).))).))))))))......))))))))....)))))))))))).))).)))).....(.(((((((((((((..(((.((........)).)))..(((((....)))))..((((((((((((.((............)).))))).)....))))))...(((((((((((((((((....((((...(((((((.....(((.......))).(((((((....(((.(((((((((((((..(((..............)))..))))).((((.......))))......(((((......(((((.((..(((((.....((((((.((((((((.(((................((((...........))))....(((((((((((((.(((((((((..((((((((((((((((((.(((.(((((((((..((((...(.(((((........(((((((.((.((((.....)))).))...((((....(..((((.((((..(.(((((((((..(((..((.((((((((.((.(((....))).))...))))))))))..)))((((.((((((...((.((((((((.((((..((((.....))))..)))))))).))))..)).((((((.(((((((((.........(((((((((((..((((..(((.......)))....)))).((((..((...((((((((((......))))))..))))...))..))))..(((((.....((((.((((((((.(....((.((((.......)))).)).....).)))).)))).)).)).....)))))..)))))).))))))))))))))..)))))).)))))).)))).......((((((..((.(((.....))).))..))))))............(((.......))).((.((((((((((.((((((....(((..(((((...)))))...))).........))))))....)))))))))))).....))))))))).)....)))).))))..)...))))))))))).((((((((((((((((((....(((..(((...((((.(((((((....))).......))))))))......)))..)))...(((((((((((...))).)))).))))((((((((....))))))))..........))))))))).)))))))))............)))))))))))))..((((((((...)))))))).)))))).))))))).)))))))....((((((...(((((.(((((((..(((((..((((..((((((((((..(((((((((((((............(((((......)))))......(((...((((..((((...((((....))))((((((((.(((.((((.(((((.......))))).)..(((.....))).))).))))))))))).......)))))))).))))).)))).....))))))))))))..)))))..))))..)))))...))))))).))......))).)))))).((((((((..((((..........(((((((((....((((((((((..((..((((.....))))......(((......(((((.(.(((((((((...((.((((...(((((((((((.(((......)).).)))))))))))................((((((...((.....))...))))))..(((((((((.((((((((.....))))))))))))......................(((((...)))))......(((.(..(.((.....((((((....)))))))))..).))).......)))))(((.....))).)))).))))))))))).))))))....)))...))..)))))))))).......)))))).)))...........))))...))).)))))...(((((...((((...))))..)))))....((((....))))(((((.((((.((.........)).))))..))))).))))))).))))))))).)))..))))))))))))).))))))))....)))))))))))..))..)))))..))))).))))))))..((((....(((((((...........))))))).)))).......)))..)))))))((((.........)))).(((((((((..............(((..((.....))..)))..)))))))))......)))))))..)))).......)))))))))))))))))..))))))))))))).).((((....))))........((((((((..........))))))))))))))))..)))))))))))..))))..)))).))))...(((((..((((((..(((((........)))))...))))))..)))))....((((((......))))))))))))...)))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((({{((({{{....,)))))){{||,((((((,,,.....{,.....}|{((({{(,,((((({..(((((.{{..,,||,.,|}}}}.)))))}}))))).}))))))})),,}}}}||,||||,,,||||||||,....({.{{{..{{{{,{{...,,,)),))},,,))}.)}.{{((((,{{.,.}}.}}}))}..,{{.((((((.((((((.(((((((((((((,.(((((.........,...)))))})))))((((.(((..(({...}))..)))..)))}....))))))))...{{(({{{{.{{({.,,,,,...}}}},||},}}}(((((((((.(((((((..(({((((((((({{,,,{,{(((,.(((,|{|{.,,.,||||||||,{||,..,|.,|})))))}}.}|{{{{,..||...(((((((..{(,,....},),))},)}))}})|}}|{({(({{{{((.({.((((((..((.(((........))).)).)))))).....((((((..((((((..(((((....)))))..))).)))..))))))}||}||((((({((.{,,......,))))}))}))))}))))))).))))).))))..,.,}},..,{(((.((({....((((.((((((,,....{((({..{{,{(((({..((((.(((((((((((((((..........((((((((,,,({,,((((,((((.{(((((.,((,(((,,,,((||{(,|({{{{,||||(((((((...(((((((..........))))))))))))))...{.(((..(((((........)))))..)))}..(((.((.......)).))),.|,})))|)})}}..,,)))..,)))))|(((((((((,(,...((((((({....}))))))).{{{{{....{((({,{{..,,,.,,|(((((,(((..(((,...},,(((((..((((..{{{....))).)))}..)))))...,(,((((.((....))..))))))},},,}|,..))),))}}),}}|{{...,}})}},,},}))))},,))}))),}}))})))))})))}))))),))}}....))))))))....)))))))))))).))).)))).....{.((((((((((({{||(((.((........)).))).)|.{(({{........}||||{{{(((((.((..,,.....,,.)).))))),)....},}}}},,.{{(((((((((((((((,,,,((((,..{((((({......,,...,,..|||,((((({({{,,(((.((((((({,,({({{(((,,,,{,..{{{(,,{{|,,{|,,,.(({(.....,,|}||,||.||||||||,,,..,,|||}||..,,,,{{{({.{,,|||}((((((((,{{{.,,,....,|.,,..,{(((.{,.....,,,,,},....(((((((((({((.(((((({((.,({{{{{{(((((((((((.(((.(((((((((..{(({.,{(,({{,,........{{{{{{{,((.((((,...,)))).)).,{((({..|,|,.((((.((((..(.(((((((((..,,{{{({.((((((((.((.(((....))).))...)))))))),.....,((((.((((((.{{((,((((((((.((((..((((.....))))..)))))))).}|}}..,|||{,,,,.{((((((((.........(((((((((((..((((..({{.......}))..,.)))).((((..((...((((((((((......))))))..))))...))..))))..(((((.....(({{.((((((((.{....{{.{(((,......,))),)).,...}.))))))})}.}}.)).....)))))..)))))).))))))))))))))}})))))..)))))).)))),......((((((..((.(((.....))).))..))))))..,,.{{{,{.,({{,......,}}.((.((((((((((,((((((...,{({..(((((...)))))...,,....},....))))))..,.)))))))))))),}},.))))))))).)....)))).)))),{|,,,|}}}}}|||||{((((((((((((((((((....(((..(((..,((((.(((({{{....}}}.......))))))))......)))..)))...{((((((((((...))).)))).)))|((((((((....)))))))),.........)))))))))}}))))))))...}}}}},,,}}}}})})))))))..(((((((,...,))))))).)))))).))))))).)))))))....{({(((...{{{{{.(((((({..{{{{{..{{{{.,{||{{{{{{{,.|{{{{{|||{{{{..,.||{,,,..(((((......)))))}}},,.|{|}..||{{..|{{{,,,(({|,,..,))}|(((((((.(((.({{|,(((((.......))))}.|,.,,,.,,..}}}.,)).)))))))))),..,,}}})))))))}.}}}}),}})},.,,,|})))))))))}..}))))..))))..))))),,,)))})}).)),,,,,,))),)))))).,(((((((..((((..........(((((((((....((((((((((..((..((((.....})))...,..,,.......(((((.(.((((((((({..{{.(({{...(((((((((((.(((......)).).))))))))))).......,,,,.....,,,,,,.|||{,,.||}|{{,|}}|||{{(({{{{{((.((((((((.....))))))))})}}......................(((({...}))))......,,..|.}},||,....||||{{||,|}}}},}||},,},})}..,}}..,}}},{((.....))).,})}.,)))))))))).))))))....}}}..,})..)))))))))).......))))))}}))...........)))).,.)))},)))}....{{{{,..{{{|...)))),,))}))}...{{{{,...})}|(((((.((((.((......,,.}}.))))..))))),}}))))).))))))))).))),.)))))))))}}}}.}}}}}}}}..,.|||||||||||.,||,,|,....,,,.,..})))))},..{{{{....(((((((...........))))))),}}}}.......}}}..)}))))}{{{{.......,,})}}.{((((((((.|,.....,...{,,{,..,{,,.,,|,..,}},.))))))))}......)))))))....,,,,},.,.}))))))))))))))))..))))))))))))).}.((((....))))........((((((({........,.))))))))}))))))),,)))))))))))..)))).,)))}.)))),}}|((((.,((((({..(((((........)))))...}})))),,))))}....{(((((......))))))))))))...)))))).,}.
Back