Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001371369.1
Sequence Length
2529 nt
GC Content
0.4844
AGGAGCCCAGCUGGCUUCACCCAGUGGAUCACGCACUAGGGCUACAGGUGGAGCUGCUUGCCAGUCCGCCGCCGUGAGCCCACACUCCUCAGCCCUUGGGUGGUUGAUGGGACUGGGCGCUGUGGAGCAGCGGGCGGCGCUCGUCGCGGAGGCUCGGGCAUGGCGGGCUGCAGGUCCCUAGCCCUGCCCUGCAGGAAGACAGCUAAGGCCAGGCGAGAAAUUGAGCACGGCAGCUGCUGGCCCAGGUGCUAAGCCCCUCAACUGCCCGGGGCCGGUGGGGCCGGCAGGCGGCUCCGAGUUGCGAGGUCCGCGGGGCCCACGCCCACCCGGAACUCACGCUGGCCCGCAAGCACCGCGCGCAGCCCCGGUUCCUGCCCGCACCUCUCCCUCCACACCUCCCCGCAAGCUGAGGGAGCCGGCUCCGGCCUCGGCCAGCCCAGGAAGGCGCUCCCACAGCGCAGUGGUGGGCUGAAGGGCUCCUCAAGUGCCGCCAAAGUGGGAGCCCAGGCAGAGGAGGCGCCGAGAGCGAGGGAGGGCUGUGAGGACUGCCAGCACGCUGUCACCUCUCAAUAGCAGCCCAAACAGAUUAAGACAUGGGAGAUGUACAAGGGCAGCCGUGGGGCUGGCAACAGCUUCGUAAUCCUGGCUUCCUGCUUUCUGGGUCAAAGCCCUGGUGGUGUGUUCUUGAUAUCGGUCCAUCUAGUGGCGUUGUUUGAUUCCUCCCACCUUGCUGAUCAUUCGUAGUGUAGCCCCCAAGGUGAAAGACAACUUGAGUGGUUAAAUUACUGUCAUGCAAAGCGACUAGAUGGUUCAGCUGAUUGCACCUUUAGAAGUUAUGUGGAACGAGGCAGCAGAUCUUAAGCCCCUUGCUCUGUCACGCAGGCUGGAAUGCAGUGGUGGAAUCAUGGCUCACUACAGCCCUGACCUCCUGGGCCCAGAGAUGGAGUCUCGCUAUUUUGCCCAGGUUGGUCUUGAACACCUGGCUUCAAGCAGUCCUCCUGCUUUUGGCUUCUUGAAGUGCUUGGAUUACAGUAUUUCAGUUUUAUGCUCUGCAACAAGUUUGGCCAUGUUGGAGGACAAUCCAAAGGUCAGCAAGUUGGCUACUGGCGAUUGGAUGCUCACUCUGAAGCCAAAGUCUAUUACUGUGCCCGUGGAAAUCCCCAGCUCCCCUCUGGAUGAUACACCCCCUGAAGACUCCAUUCCUUUGGUCUUUCCAGAAUUAGACCAGCAGCUACAGCCCCUGCCGCCUUGUCAUGACUCCGAGGAAUCCAUGGAGGUGUUCAAACAGCACUGCCAAAUAGCAGAAGAAUACCAUGAGGUCAAAAAGGAAAUCACCCUGCUUGAGCAAAGGAAGAAGGAGCUCAUUGCCAAGUUAGAUCAGGCAGAAAAGGAGAAGGUGGAUGCUGCUGAGCUGGUUCGGGAAUUCGAGGCUCUGACGGAGGAGAAUCGGACGUUGAGGUUGGCCCAGUCUCAAUGUGUGGAACAACUGGAGAAACUUCGAAUACAGUAUCAGAAGAGGCAGGGCUCGUCCUAACUUUAAAUUUUUCAGUGUGAGCAUACGAGGCUGAUGACUGCCCUGUGCUGGCCAAAAGAUUUUUAUUUUAAAUGAAUAGUGAGUCAGAUCUAUUGCUUCUCUGUAUUACCCACAUGACAACUGUCUAUAAUGAGUUUACUGCUUGCCAGCUUCUAGCUUGAGAGAAGGGAUAUUUUAAAUGAGAUCAUUAACGUGAAACUAUUACUAGUAUAUGUUUUUGGAGAUCAGAAUUCUUUUCCAAAGAUAUAUGUUUUUUUCUUUUUUAGGAAGAUAUGAUCAUGCUGUACAACAGGGUAGAAAAUGAUAAAAAUAGACUAUUGACUGACCCAGCUAAGAAUCGUGGGCUGAGCAGAGUUAAACCAUGGGACAAACCCAUAACAUGUUCACCAUAGUUUCACGUAUGUGUAUUUUUAAAUUUCAUGCCUUUAAUAUUUCAAAUAUGCUCAAAUUUAAACUGUCAGAAACUUCUGUGCAUGUAUUUAUAUUUGCCAGAGUAUAAACUUUUAUACUCUGAUUUUUAUCCUUCAAUGAUUGAUUAUACUAAGAAUAAAUGGUCACAUAUCCUAAAAGCUUCUUCAUGAAAUUAUUAGCAGAAACCAUGUUUGUAACCAAAGCACAUUUGCCAAUGCUAACUGGCUGUUGUAAUAAUAAACAGAUAAGGCUGCAUUUGCUUCAUGCCAUGUGACCUCACAGUAAACAUCUCUGCCUUUGCCUGUGUGUGUUCUGGGGGAGGGGGGACAUGGAAAAAUAUUGUUUGGACAUUACUUGGGUGAGUGCCCAUGAAAACAUCAGUGAACUUGUAACUAUUGUUUUGUUUUGGAUUUAAGGAGAUGUUUUAGAUCAGUAACAGCUAAUAGGAAUAUGCGAGUAAAUUCAGAAUUGAAACAAUUUCUCCUUGUUCUACCUAUCACCACAUUUUCUCAAAUUGAACUCUUUGUUAUAUGUCCAUUUCUAUUCAUGUAACUUCUUUUUCAUUAAACAUGGAUCAAAACUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-853.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -898.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 669.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.....))))))...(((((((.((((((((((((((......(((((((((((((.(.((.((((((((((.........))))(((((.((((((((((.(((.((.((((((.(((....((.(((((((((.(((((((.(((..((((.(((.(((((...)))))))))))).))))))).....))))))....(((..((..........))..))).)))))).))))))))))).))))).)))))))))))))))))))))))).)))))))))))))(((((.((.(((.....((((....))))))))).)))))....(((((((.(((((....((.((((((((....((((((..((.((((((........(((((((..(((.....)))((((.((..((((.(((((((((.....(((((.....))))).....))))))...((((((((....((....))....)))))))).))).)))).)).))))...))).))))(((((((((((..((.(((....))).))))))......)))))))................)))))).))....))))))...))))))))))...((((..........))))...)))))..))))))).))))))))).))))).)))((..(((((((((((((((.((.((((.((((...............((....))(((((.((((((.((((.((.....)).)))).).))))).))))).)))).)))).)).)))))))))....))))))..)).....(((((((((((((((((.(((((((..(((..((((...(((........)))))))))).)))(((((((((.....((((......))))..((((.(((((((...(((((((.......))))))))))))))..)))).........(((((((((((.(((((((.((...(((((..((((((((((.(.....))))))))))).....(((...)))........))))).)).))))))).((((((..(((((..((....)).)))))..))))))))).....))))))))...))))))))).)))))))((....))(((..((((((((..........(((((.((((.(((((((((........((((.(((((((..(((((((..(((...)))(((((((.((((((((((......(((.....(((((((........((((......))))..)))))))....(.((((..(((.......)))..)))).)...)))....)))).))))((((...........))))......)).)))))))..)))))))..))))))).)))).((((..((((......))))..))))((((((((((((...))))))))))))..))))....)))))...))))(((((((....(((.((((((((((.((((.........((((((((..(.((.((((((.(.(((........)))))))))).))).)))))))).........))))...((((..((((...........))))..))))......(((....)))........(((((((((((.(.((((...)))).).)))..((((((((....((((((((((..((((((((((((......((((((((((((((((..........))))))))))))))))...(((((((....)))))))....(((((..(.(((......))).)..))))).......((((.(((.((.(((((...........)))).).))))))))).....(((((.....)))))............))))))))))))..))).........)))))))......)))))))).........(((((.((((((((((((....)))).))).))..))).))))).((((((((((....))))))))))(((((((....((((...))))......)))))))....((((((((.......(((((((.....))).......((((...((.(((((((.........(((...((((........))))...)))........))))))).))))))....))))......))))))))...))))))))..))))))))))..)))..))))))).)))))))))))))..)))............(((((((....(((((....)))))..((((((..(((.........)))..))))))....((((..((((((((((((((((.((.(.....(((..((......))..))).....).)).))))))))...)))))))).)))).........................(((.....)))..)))))))......))))))))))))))..(((((.....))))).....)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((.....))))))...(((((((.((((((((((((((.....{(((((((((((((.(.((.(((((({(((......,,,},},(((({{((((((((((.(((.((.((((((.{((,{((((,{((.(.((((((((({{.(((,.((((,{((,(((((...)))))}}})))},))))}}}.,.....}.||,..,}}|..))}}.....})))).),)).}))))),.}))))))))).))))).)))))))))))))))))))))))).)))))))))))))},,||{.(((.((((.(((((....)))).).)))).))).}},(((((((.(((((....((.((((((((....((((((..((.((((((......,{(((((((..(((.....))}((((.((..((((.(((((((((.....(((((.....))))).....))))))}..((((((((,...({....,,...,)))))))).})).)))).)).))))...))).))))||(((((((((,,{(,{{{...,)}),),,})),,....)))))}}................)))))).))....))))))...))))))))))...((((..,.......))))...)))))..})))))}.)))))))))}})))).)))((..(((((((((((((((.((.((((.((((......{{,,,,{.,(,.,,,|,{{{||,{||{{..{|||}||...,.,..}}}},|,||}},.))))),)))).)))).)).)))))))))....))))))..)).....((((((((((((((..(((({{{,{{,{{,....{(((((.(((,..(({(((((({((,{,((((((((((,,((.((((((((((.{{{{,.((((.(((((((...(((((((.....,.))))))))))))))..))))..,......|||{|,,||||.(((((((.((...(((((..{(((((((({,(.....))))))))))}.....{((...}}}...,,...))))).)).))))))).{((,,,.{((((({{,,..{{{,.,||||..|||,||{{{{{{.{{||||,,|{{({.||..{|,{.({{{,{((......}}}.,...(((((...((((((......(((((.(((((((((,,,,,,,,((((.(((((((..(((((((..{{{...}},(((((((.((....{((((.((...)).))))|((((((........((((......))))..))))))}.,{{,.((.....,|,..,,,.}{{((((({{{{{.,{,.,......})).)}})|........)})))))).....)).)))))))..)))))))..))))))).)))}.{{((..((((......))))..}}},((((((((((((...)))))))))))).,))}}....)))))...)))))......))))))..))))),,)))),}}}..,,}}}}}..,,,||}}}}.||}|||||,}|,{||,.......))),},))))})))..,,)))}|,{{{{....}})},))))))))))))))}}}|||....,,))},,..,.,...(((....)))......|,{{{||||||,,.},||||...,))}}}}}))||||}{{,.,,,,,{,{{{{{(({..{(((((((((({.....,((((((((((((((((..,.....,.))))))))))))))))...(((((({....))))))),{{{{({.|{{(||.....,{{{{{{,.,{{|.,.........,}}}|..||,.||||}|...,.,,}})}||.{(((((..(((,....{((((.....)))))))).)))))}}}})))))))))))..}}}.|}}}}||||,,,.}}.},}},.,,,|},,,}}}}}},.{{{{{.{{{{{(((((((....)))).))).}|..,}}.))})),((((((((((....)))))))))){((((((....((({...,)))......}))))))....((((((((.......,{{{{{,..{.,|||.......((((...((.(((((((.......,,({{...((((.,....,.)))),,,)))........))))))).))))))....}}}},,,)..))))))))..,}}}}}}}|,|,,||,|||||}||}}}}}}....,.))),)))))}|||,|}||,....,,||||,{{{{||{....{((((....))))),}{{{(({..{((.........}}},,||}}||{{{{(((((((({{{,{(((((((,{{(,{({....||}.}}.}}}}}}),..,,)}}}}}}})),})})))))}}.}}))),)))))},,,.......,,},,,,,,.,,,.,}||,....,}},..}})))},.,}}..))))))))))))))..{((((.....))))).....)))).
Back