Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001371370.1
Sequence Length
1816 nt
GC Content
0.4157
AGCAUGGGGAGGAGGAACUCAAACCAAGUGUACACUACAGAAUGUGUCCCAUGUUCAUGUUUGUGCACCUGUUUGGUUUCUGGAAAGUGCUCCCUCAUGUUAAAUUUAUGUAGUUAAGUUGUAAAACAGGAAAUCUUCCUUGACCCUUUGCAGGAUUUGUGAAAGGGGUGGCUUGUUUACUGAGCCCGCAGCACUCAAUCCCUUACGGGAUGGGGAACAUGCAGAUUGUCAGUGGCUGCUAUGCAGCAGGUGCAGCCUGGUCUCUCACUGAGUCUCUACUCCACAAAGGCAACGACUGGCCAAGGCAGUGGCUGGCUCUGGGUUACACAAGUGCAGACACUCAACUAAGUGAGCUGGAAGACCCAGGAGAAGGCGGAGGCUCAGGUGCCCACAUGAUCAGCACAGCCAGGGUACCUGCUGACAAGCCUGUACGCAUCGCCUUUAGCCUCAAUGACGCCUCAGAUGAUACACCCCCUGAAGACUCCAUUCCUUUGGUCUUUCCAGAAUUAGACCAGCAGCUACAGCCCCUGCCGCCUUGUCAUGACUCCGAGGAAUCCAUGGAGGUGUUCAAACAGCACUGCCAAAUAGCAGAAGAAUACCAUGAGGUCAAAAAGGAAAUCACCCUGCUUGAGCAAAGGAAGAAGGAGCUCAUUGCCAAGUUAGAUCAGGCAGAAAAGGAGAAGGUGGAUGCUGCUGAGCUGGUUCGGGAAUUCGAGGCUCUGACGGAGGAGAAUCGGACGUUGAGGUUGGCCCAGUCUCAAUGUGUGGAACAACUGGAGAAACUUCGAAUACAGUAUCAGAAGAGGCAGGGCUCGUCCUAACUUUAAAUUUUUCAGUGUGAGCAUACGAGGCUGAUGACUGCCCUGUGCUGGCCAAAAGAUUUUUAUUUUAAAUGAAUAGUGAGUCAGAUCUAUUGCUUCUCUGUAUUACCCACAUGACAACUGUCUAUAAUGAGUUUACUGCUUGCCAGCUUCUAGCUUGAGAGAAGGGAUAUUUUAAAUGAGAUCAUUAACGUGAAACUAUUACUAGUAUAUGUUUUUGGAGAUCAGAAUUCUUUUCCAAAGAUAUAUGUUUUUUUCUUUUUUAGGAAGAUAUGAUCAUGCUGUACAACAGGGUAGAAAAUGAUAAAAAUAGACUAUUGACUGACCCAGCUAAGAAUCGUGGGCUGAGCAGAGUUAAACCAUGGGACAAACCCAUAACAUGUUCACCAUAGUUUCACGUAUGUGUAUUUUUAAAUUUCAUGCCUUUAAUAUUUCAAAUAUGCUCAAAUUUAAACUGUCAGAAACUUCUGUGCAUGUAUUUAUAUUUGCCAGAGUAUAAACUUUUAUACUCUGAUUUUUAUCCUUCAAUGAUUGAUUAUACUAAGAAUAAAUGGUCACAUAUCCUAAAAGCUUCUUCAUGAAAUUAUUAGCAGAAACCAUGUUUGUAACCAAAGCACAUUUGCCAAUGCUAACUGGCUGUUGUAAUAAUAAACAGAUAAGGCUGCAUUUGCUUCAUGCCAUGUGACCUCACAGUAAACAUCUCUGCCUUUGCCUGUGUGUGUUCUGGGGGAGGGGGGACAUGGAAAAAUAUUGUUUGGACAUUACUUGGGUGAGUGCCCAUGAAAACAUCAGUGAACUUGUAACUAUUGUUUUGUUUUGGAUUUAAGGAGAUGUUUUAGAUCAGUAACAGCUAAUAGGAAUAUGCGAGUAAAUUCAGAAUUGAAACAAUUUCUCCUUGUUCUACCUAUCACCACAUUUUCUCAAAUUGAACUCUUUGUUAUAUGUCCAUUUCUAUUCAUGUAACUUCUUUUUCAUUAAACAUGGAUCAAAACUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-511.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -548.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 513.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((.((((((.(((((...(((((((..((((((((((...))))))).))).)))))))..)))))))))).......).))))).))))))..((((((((......(((....)))(((((...)))))...(((((((((.....))).))))))((((..(((((((((.....(((...(((.(((((....))))).)))....))).((..(((((((((....(((.((((((((((((((.((((......((((....))))..........(((((.(((((.((((.(((((((((...(((((((.((((...(((.((((......))))((((.....))))..((((((((((((((((((((((...((.......))....)))))))))......))))).......))))))))(((((.......(((((...((((((......(((((.(((((((((........((((.(((((((..(((((((..(((...)))(((((((.((((((((((......(((.....(((((((........((((......))))..)))))))....(.((((..(((.......)))..)))).)...)))....)))).))))((((...........))))......)).)))))))..)))))))..))))))).)))).((((..((((......))))..))))((((((((((((...))))))))))))..))))....)))))...)))))......))))))...))))).))))).)))...)))).((((((((..(.((.((((((.(.(((........)))))))))).))).)))))))).(((((.....)))))((((..((((...........))))..))))......(((....)))....(((.((((.(((((....((((...))))(((.((((((((((.......((.(((((((.((((((((((((......((((((((((((((((..........))))))))))))))))...(((((((....)))))))....(((((..(.(((......))).)..))))).......((((.(((.((.(((((...........)))).).))))))))).....(((((.....)))))............))))))))))))..((((((((..((((..............)))).)))))))).(((((.((((((((((((....)))).))).))..))).))))).((((((((((....))))))))))(((((((....((((...))))......))))))).))))))).)))))))......))))))))..........))))))))))))...)))))))..))).))...)))).))))...))))))))))..........)))).)))))))))))))).)))))))).)))).)).))))))))).((((.((...(((.....).))...)).))))((((((((.(((.....(((((((.(........(((((....)))))..((((((..(((.........)))..))))))((((((((((((.....(((((((..((.(((....))).)).))))))).....))))))))))))).)))))))...))).)))))).)).....))))............((((......((((((((............))))))))......))))....)))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((.((((((.(((((,{.(((((((..((((((((((...))))))).))).))))))).,)))))))))),......}.))))).))))))..((((((((...,..(((,,..,,}(((({...}))))..,(((((({((,....)})}})))))||((((({.....}))))),|||},.(((,{((((....)))))))){{((({(({,,..(((((((((....(((.(((((((((((((({(((((.....(((((({{.{{{,....,{((.,.{{({(((,,,(((((((({{{((((((((({,,...{({(({{,{{((,,....,})),}||((,.|||||||{.((((((((((((((((((((((...{{.......}}....)))))))))......))))).......)))))))),,}}|.......(((((...((((((......(((((.(((((((((,,,,,,,,((((.(((((((..(((((((..{{{...}},(((((((.((....{((((.((...)).))))|((((((........((((......))))..))))))}.,{{,.((.....,|,..,,,.}{{((((({{{{{.,{,.,......})).)}})|........)})))))).....)).)))))))..)))))))..))))))).)))}.{{((..((((......))))..}}},((((((((((((...)))))))))))).,))}}....)))))...)))))......))))))...))))).|||,}|.}}},......,,{{{{{{..|.((.((((((.(.(((........)))))))))).))}.,}}|||||,{(({{.....}}}}}|{|||||{{,.....||,...}))))}}))},,,..,(((....)))......}}}|}}}}})))}))))),},.,.))))}.))),}||}}|..,,.....|}||||{,..((((((((((((......((((((((((((((((..,.....,.))))))))))))))))...(((((({....))))))),{{{(((,{{(({,....,,{{||{{..,|||.,.........,}}}}..}}}.||||}}...,.,}})))||.((((((..((({....,((((.....)))))))).))))))}})))))))))))).,||{{,,,|,,|{|{{{,,|{|...,.,,{||,,|}}}}}||.{{{({.{{{({(((((((....)))).))).)}..}}}.))))).((((((((((....)))))))))){{{{{{{....({{,...,}}}......}}}}}}}..||||}},,}}.,,},...,|,{{{....,))},}},|}|||||,..,|,}||||||,,.,,.}}}|}}...||||.}}},...))))||||}}.......,}})),,.)))))))))))))).)))))))},})))..}|||{{{{,,,....,},,,}))},}}))})))))){(((({((({({{((({(((.,,,.{,,{{,({({{,,..,.(((((....))))).}{{{{({..{((..,,.....}}}.,||}}}|{{({((((((((,,,,,(((((((,,{{,{({....}}}.}}.}}}}}}),,.,,)}}}}}}})),}),))))))),},))).)))))}.}},.,,.,},,,..,,,..,,,.|||{......||{{{|||,,,}......,,)))))}}),,,,,,))))....)))))))).........
Back