Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001371407.1
Sequence Length
3960 nt
GC Content
0.4321
GUAGCCGGCGGCCGUGGUUCCGGAGCGGGAGUCGGAGGUGAGUGUGCGAACUGGACCGGGGCCCCAGAGACUUCGGACUCGCUCUCGGGGAGAACGGUGACCGAGGGAUGGUGCCUUGAGUGAAUGACCCCCUUGGAGAACAUUCUUCCGCAUCCCUCGCCUCAAGCCAGCCUCAGACAGAAAACUGAAGAUUCAGCAGAUCCAGUGCUUCCUGCUCCUCUUCUGCCCAGGAACACGCUUGCCUUCCCCAAGGCUUCCAGAAGCUCUGAGGCAGGAGGCACCAAGUUCUACCUCAUGUUUGGAGGAUCUUGCUAGCUAUGGCCCUCGUACUCGGCUCCCUGUUGCUGCUGGGGCUGUGCGGGAACUCCUUUUCAGGAGGGCAGCCUUCAUCCACAGAUGCUCCUAAGGCUUGGAAUUAUGAAUUGCCUGCAACAAAUUAUGAGACCCAAGACUCCCAUAAAGCUGGACCCAUUGGCAUUCUCUUUGAACUAGUGCAUAUCUUUCUCUAUGUGGUACAGCCGCGUGAUUUCCCAGAAGAUACUUUGAGAAAAUUCUUACAGAAGGCAUAUGAAUCCAAAAUUGAUUAUGACAAGAUUGUCUACUAUGAAGCAGGGAUUAUUCUAUGCUGUGUCCUGGGGCUGCUGUUUAUUAUUCUGAUGCCUCUGGUGGGGUAUUUCUUUUGUAUGUGUCGUUGCUGUAACAAAUGUGGUGGAGAAAUGCACCAGCGACAGAAGGAAAAUGGGCCCUUCCUGAGGAAAUGCUUUGCAAUCUCCCUGUUGGUGAUUUGUAUAAUAAUAAGCAUUGGCAUCUUCUAUGGUUUUGUGGCAAAUCACCAGGUAAGAACCCGGAUCAAAAGGAGUCGGAAACUGGCAGAUAGCAAUUUCAAGGACUUGCGAACUCUCUUGAAUGAAACUCCAGAGCAAAUCAAAUAUAUAUUGGCCCAGUACAACACUACCAAGGACAAGGCGUUCACAGAUCUGAACAGUAUCAAUUCAGUGCUAGGAGGCGGAAUUCUUGACCGACUGAGACCCAACAUCAUCCCUGUUCUUGAUGAGAUUAAGUCCAUGGCAACAGCGAUCAAGGAGACCAAAGAGGCGUUGGAGAACAUGAACAGCACCUUGAAGAGCUUGCACCAACAAAGUACACAGCUUAGCAGCAGUCUGACCAGCGUGAAAACUAGCCUGCGGUCAUCUCUCAAUGACCCUCUGUGCUUGGUGCAUCCAUCAAGUGAAACCUGCAACAGCAUCAGAUUGUCUCUAAGCCAGCUGAAUAGCAACCCUGAACUGAGGCAGCUUCCACCCGUGGAUGCAGAACUUGACAACGUUAAUAACGUUCUUAGGACAGAUUUGGAUGGCCUGGUCCAACAGGGCUAUCAAUCCCUUAAUGAUAUACCUGACAGAGUACAACGCCAAACCACGACUGUCGUAGCAGGUAUCAAAAGGGUCUUGAAUUCCAUUGGUUCAGAUAUCGACAAUGUAACUCAGCGUCUUCCUAUUCAGGAUAUACUCUCAGCAUUCUCUGUUUAUGUUAAUAACACUGAAAGUUACAUCCACAGAAAUUUACCUACAUUGGAAGAGUAUGAUUCAUACUGGUGGCUGGGUGGCCUGGUCAUCUGCUCUCUGCUGACCCUCAUCGUGAUUUUUUACUACCUGGGCUUACUGUGUGGCGUGUGCGGCUAUGACAGGCAUGCCACCCCGACCACCCGAGGCUGUGUCUCCAACACCGGAGGCGUCUUCCUCAUGGUUGGAGUUGGAUUAAGUUUCCUCUUUUGCUGGAUAUUGAUGAUCAUUGUGGUUCUUACCUUUGUCUUUGGUGCAAAUGUGGAAAAACUGAUCUGUGAACCUUACACGAGCAAGGAAUUAUUCCGGGUUUUGGAUACACCCUACUUACUAAAUGAAGACUGGGAAUACUAUCUCUCUGGGAAGCUAUUUAAUAAAUCAAAAAUGAAGCUCACUUUUGAACAAGUUUACAGUGACUGCAAAAAAAAUAGAGGCACUUACGGCACUCUUCACCUGCAGAACAGCUUCAAUAUCAGUGAACAUCUCAACAUUAAUGAGCAUACUGGAAGCAUAAGCAGUGAAUUGGAAAGUCUGAAGGUAAAUCUUAAUAUCUUUCUGUUGGGUGCAGCAGGAAGAAAAAACCUUCAGGAUUUUGCUGCUUGUGGAAUAGACAGAAUGAAUUAUGACAGCUACUUGGCUCAGACUGGUAAAUCCCCCGCAGGAGUGAAUCUUUUAUCAUUUGCAUAUGAUCUAGAAGCAAAAGCAAACAGUUUGCCCCCAGGAAAUUUGAGGAACUCCCUGAAAAGAGAUGCACAAACUAUUAAAACAAUUCACCAGCAACGAGUCCUUCCUAUAGAACAAUCACUGAGCACUCUAUACCAAAGCGUCAAGAUACUUCAACGCACAGGGAAUGGAUUGUUGGAGAGAGUAACUAGGAUUCUAGCUUCUCUGGAUUUUGCUCAGAACUUCAUCACAAACAAUACUUCCUCUGUUAUUAUUGAGGAAACUAAGAAGUAUGGGAGAACAAUAAUAGGAUAUUUUGAACAUUAUCUGCAGUGGAUCGAGUUCUCUAUCAGUGAGAAAGUGGCAUCGUGCAAACCUGUGGCCACCGCUCUAGAUACUGCUGUUGAUGUCUUUCUGUGUAGCUACAUUAUCGACCCCUUGAAUUUGUUUUGGUUUGGCAUAGGAAAAGCUACUGUAUUUUUACUUCCGGCUCUAAUUUUUGCGGUAAAACUGGCUAAGUACUAUCGUCGAAUGGAUUCGGAGGACGUGUACGAUGACCCAUCACAACAUUGAUAGCUGAUGUUGAAACUGCUUGAGCAUCAGGAUACUCAAAGUGGAAAGGAUCACAGAUUUUUGGUAGUUUCUGGGUCUACAAGGACUUUCCAAAUCCAGGAGCAACGCCAGUGGCAACGUAGUGACUCAGGCGGGCACCAAGGCAACGGCACCAUUGGUCUCUGGGUAGUGCUUUAAGAAUGAACACAAUCACGUUAUAGUCCAUGGUCCAUCACUAUUCAAGGAUGACUCCCUCCCUUCCUGUCUAUUUUUGUUUUUUACUUUUUUACACUGAGUUUCUAUUUAGACACUACAACAUAUGGGGUGUUUGUUCCCAUUGGAUGCAUUUCUAUCAAAACUCUAUCAAAUGUGAUGGCUAGAUUCUAACAUAUUGCCAUGUGUGGAGUGUGCUGAACACACACCAGUUUACAGGAAAGAUGCAUUUUGUGUACAGUAAACGGUGUAUAUACCUUUUGUUACCACAGAGUUUUUUAAACAAAUGAGUAUUAUAGGACUUUCUUCUAAAUGAGCUAAAUAAGUCACCAUUGACUUCUUGGUGCUGUUGAAAAUAAUCCAUUUUCACUAAAAGUGUGUGAAACCUACAGCAUAUUCUUCACGCAGAGAUUUUCAUCUAUUAUACUUUAUCAAAGAUUGGCCAUGUUCCACUUGGAAAUGGCAUGCAAAAGCAAUCAUAGAGAAACCUGCGUAACUCCAUCUGACAAAUUCAAAAGAGAGAGAGAGAUCUUGAGAGAGAAAUGCUGUUCGUUCAAAAGUGGAGUUGUUUUAACAGAUGCCAAUUACGGUGUACAGUUUAACAGAGUUUUCUGUUGCAUUACGAUAAACAUUAAUUGGAGUGCAGCUAACAUGAGUAUCAUCAGACUAGUAUCAAGUGUUCUAAAAUGAAAUAUGAGAAGAUCCUGUCACAAUUCUUAGAUCUGGUGUCCAGCAUGGAUGAAACCUUUGAGUUUGGUCCCUAAAUUUGCAUGAAAGCACAAGGUAAAUAUUCAUUUGCUUCAGGAGUUUCAUGUUGGAUCUGUCAUUAUCAAAAGUGAUCAGCAAUGAAGAACUGGUCGGACAAAAUUUAACGUUGAUGUAAUGAAAUUCCAGAUGUAGGCAUUCCCCCCAGGUCUUUUCAUGUGCAGAUUGCAGUUCUGAUUCAUUUGAAUAAAAAGGAACUUGGAAAACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1119.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1198.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 967.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((..(((((..((((.(((.(.(((((.(((((...((.(.(..(((...)))..).)))...))))).))))).).))).))))..)))))..))((((((((.((....(((.(((((..(((...)).)..))))))))))))))))))(((((......((((((((.......((((....))))........(((.((((((...(......)..)))))))))(((((((((....)))))......))))))))))))..))))).(((((((((.((((.((...((((..((((((.....((((((((.(((..((((.....)))).))).)))))))))))))).))))....)).))))..((((((((((....)))).....))))))..((((((.(((((((((((.......((((.((........)).))))((((((.(((((((((((((((((((((((....((((.((((((((((((((((...))))))))...((((((..(((((..(((((....))))).....((((((..(((((....((.((...((((....))))....)).))....)))))....))))))))))))))))).................((((((((....))))))))(((((((....((((((((((...........((((.(....).)))))))))).((((((((((((((((..((((((..(.(((.((((..(((..((..(((((((((((....((..((((..(((......)))..))))..)))))))))))))))..)))..((((.((.....)).))))...((((.((....((..((((((((.........)).))))))))...))))))...............(((((((.((((....(((((((((((((((((.(((((((((((....(((((((....(((((..((((((.((..(((((((.((.(((.(((..((..(((((.........)))))..))..)))........))))).)))))))..))...((((.((((...........)))).))))...(((((((..(((((........((((..((.(((((..(((((((...........((((.((((((((..((((.((((((.((((((((.(((((((((...(((.((.((((..(((..((((.((((.....((....)).....))))..)))).)))..)))).)).)))..))))))))).........((((((...)))))).(((.(((((...(((.((((.((.((...((((..(((((.........)))))..))))...)).))....))))..)))...))))).))))))))).))..)))))))))).(((((..(((..((((.((....(((((((((((.((..((((....)))).........(((((.........)))))....)).))))..))))))).....)).))))))).....))))).((((((...)))))))))))))).).)))))))))).)))))))..)))).(((.....((((....)))).....)))........(((((((((..(.......)..))))))))).(((((((...((((..((((((((......))))))).)..)))).))))))).)))))..))))))))))))).))))))))))))..))))..))))).....)))))))))))))))).....))).....))))((((((((.((((.((((((((((....((((((.((((((.......................)))))).))))))........(((((((....(((((((.........(((((((((((..((((....)))).)))).(((((........((((((.......)).)))).....)))))...)))))))......(((..((((((.......((((.(((.(((....(((((((((((((........(((((((((...........(((((((((((....)))))))))))....)))))))))..))))))))))))).......))).)))..))))........(((((..(((((((.....(((......))).....(((...(((((......)))))..))).((....))...)))))))...)))))...(((.(((.....))).))).)))))))))....)))))))....))).))))((((.(((((((((((((((....((...))....)))))......((((...((....)).))))...))))).))))))))).((((((...((((....)))).))))))....)))))))(((((((.(((((.........((((((..........))))))(((....))).((......))......(((((..........)))))...)).))).)))))))(((((((((.....(((((((((((((..((((((.((((((...(((((.(....(((((((.......((((....))))))))))).....).)))))...))))..))))))))....((....)).......(((((((.((((..(((.((((((..(((.....)))..)))))).))))))).)))))))...)))))))))..)))).....)))))))))((((((((.((.....)).))))))))..........)))..)))).)))))))).....((.((((((((((......(((...)))..)))))))))).))))))))))))).))).)..)))))).)))).......(((((((((((..((((..((((((((((((...((.((....)).))..((((.((((..(((.(((((((....((((((((((.............))).)))))))...................((((((.....((((.....((.(..((((((.......))))))..).))....))))...))))))........)))))))))))))).))))......((.(((((((.(((((.....))))).)))...))))))........((((((((.((((.....((((....))))..))))...)))))))).............)))))))))..(((((..(((.....)))......))))).)))..))))...)))))))))))........))))))))......(((((((..........)))))))))))((((((.(..((((.(((((....((((...))))....(((((.((((....))))))))).(((....)))...))))))))))))))))..........))))....)))))))((((......)))))))))))).)))).....))))))....))))...........)))))))))...)).)).)))))).(((((....)))))(((((..((((........))))..)))))((((...(((......)))...))))........(((......)))(((((((((((.((((....(((.((((.((((((..((..((((.((((......((((((((.((((.......(((......)))..((((((((....))))))))(((...((((((((((.....((((((......)))))))))).))))))..)))...)))).)))))))))))).))))...))....)))))).)))).))).....)))))))))))))))))))...))))))))))))).............)))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,,...,,{({.((((((((,{.((((((((....((((((.(.((..((((((((((((((((((((({((..(((.((...)).)))..))}{((.(((((((({,((....(((.(((((.,((,...)).}..)))))}))}))))))))))..))}(({{(((((((({((,....|||,.,,,,|||,({{.,..((((((((((((,,,(((((({,,,(({,.......(((({....})))),,,},}}}),.,,),))))))))))))...|.|||.,,{{{{{..,||{,||{|||({{,{,..||({{(((((({..(((,(({.((....)).)))))))))))))..(((((....)))))}}}{(((((((((....)))).....)))))|((((.(((((...((((((((.....|{{.((((.((((...,.(({......))).....))))...))))..,}}.....))),((((((({(.{(((((((...)))))))).......|}))))}}{{.(((({....})))}.)).)))))))))).))))...........{,||}}}}),))}}.,))))||||.|||.,..)}}.)))),,))})))))))))))...,,,......((((((((....))))))))......},,.(((((((((((.........,(((((.{....}.))))).}.............(((((((..((((((..,.(((.((((..{((.,{,.,(((((((((((...{{{,.(({(,,{((......)}),,})))))).))))))))))))}..})}..((({.((.....)).})))..{(((((,{...,{,..{(((((({.,,......}},)))))}.{{,{{||{||{{....,,........,||||,.((((....(((((((((((((((((.(((((((((((....(((((((....(((({..((((((.((..{{(((((,((,(((.,.,,,{...{{{,,........|}}}}}..,,..}||,,,}|...}}))).)))})))..))...((((.((((...........)))).))))...{{(((((..(((((...,....((((..((.(((((..(((((((.((.,...((((((.,(((((((......}}))}},({((((,,((.(((((((((...(((.((.((((..(((..((((.((((.,,..{{....}},....))))..)))).)))..)))).)).)))..)))))))))...{((((.((((((...}))))).))))|,{{{...,,({(((((((......||||}}}}||,..{{{{{..{||||,{||{(.,.|,{,,,,.,|,,...,.,},.})))).,..))))))))).}))))||||||,(({{,..|||}}|||{.,,,,,.{(({{{{{|{{.||..((((....)))).........{({,,....||,,,||,,..,,,)),)))).,))))))}.}}}})).,,},.||.....,))}}.((((((...)))))),}})))))).,.))))))))).)))))))..)))).(((.....((((....)))).....))),.,...,.(((((((((..(.......)..))))))))).(((((((...((((..((((((((......))))))).)..)))).))))))).))))).,))))))))))))).})))))))))))..))))..))))).....)))))))))))))))).....))).....})))((((((((.((((.(((((((({(({..{{{{||.(((({(,{.....,}|.............)))))),))}}}}.,,||{{{((((({({{{.{{{,,,,.........(((((((((((,,{({.....|}}}.}))),(((((........((((((.,....,)).)))).....)))))...,)))))}....,{(((..,,{(((,.......|}}}{{|,|||....(((((((((({{{....,,,.(((((((((...........(((((((((((....)))))))))))....))))))))),}))))))))))))).......}}}.}}}..,}}}...,{{,.,,{||}}{{{{||(,,...|{{....,.))}|||,.,(({{,{((((......))))}..})},||....||,,.,,}))))}.}))))}...{((.(((.....))).))},)))))}}}}....},,,,},....|||.||||(({,,{{(((((((((((((....((...}}....)))))......((((...({....)).))))...})))).)))))))))}{|{(({...{(((....)))),)))))),,..,})))))(((((((.{((,{.........((((((.,{....},.)))))},,,....})),||,.....,.......{({({..........})))).,,|}}}}}.))))))}(((((((((.....(((((((((((((..((((({{({((({...{((((.{.|..(((((((.......{{{{....}}},))))))).....).)))))...)))}.,)))))))){{,.({....)).,},,..(((((((.((((..{((.((((((..(((.....)))..)))))).))))))).)))))))...))))))))).,)))).....)))))))))((((((((.((.....)).))))))))..........)))..)))).)))))))),}}}}|,,|||||{{((({{....|}}},,|||...,}},)))))..,)))))).)))).))).}..)))))).)))).))).)))))))))))....))))))))))..(((.((({....}))))))............)))).))))))))).)))))))....)))))))),))}(((((((..{{,..,{{.....,,......,,,{,((((,{...,,||||,||,.{,.(,.((((((.......}}}}}},||{,|,,..||}}...,,}|||{{{{,....})}|||,..,,..,,.,{|{|,.,}}))))))||}||{|{.....))))),}})))..))))))}......{{(((((({({{,,{{{.((({....)))),}}}}}.,.}))))))}((((((..(((((((((....(((((((.,,.,,.....))|,.....((((((....)))))).{((((((((((((((,,{,(((((((((((,...,,,),,{({({(..(((((((.(((((,((((((.(..((((.(((((.,..,,,,...,,,}....(((((.((((....))))))))).(((....)))...))))))))})))))))..(((..(((.......,,....}}}}}}},,,,.,,....},))))))))))))..))))})))))))).,,,))))))))).}))))}..,,,,,||,,,||,.,(((((....)))))|((((..((((........))))..))))}{{{{...(((......))),,,)})),,...,,,{((......))}(((((((((((.((((....{((.((((.((((((.{({{,((((.((((...,..{(((((({.({{{.......{((......))}..{(((((((....)))))))}{{{...||||||||{{|,,..,(((((......,}}))}}}}},,}}}}}..)))},.)))).,}}))))})))).))))..})}....)))))).)))).))}.....)))))))))))))))(({...}))))))))))))))))))..))))))))))))}))......
Back