Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001371420.1

Sequence Length

2100 nt

GC Content

0.4533

GGGACCCGCGCCGCGCGGCUGGGCAGGAAGCGCCAGACGCCUGGGGCCCACGCCGUCCGCGGGAAAAGGGCAAGGCGCUGGGUUUUCCAGCAGCAACCUUUGGACCCCGCGAUCCAGUAGCUCCGGUAACUCCACGCGGGGCGUCUGGGUGGAGGAGCCGGUCCUGGAGCACGGCUGCGAGGAGCACCCGGACCGGAGGGUCCCCAGACCGGGACCUCCGAGUCAGGGAGGAUUCUACGCCAGGGAGCGCCCCAGACUGAGAGCGCCCCAGACCGCUACACUCCCGGACCCGGAGCUUCGCCCGACCGCGGGCAGUGCCCACCUGCAGCCUCCACCGGCCGGGGUUAGCAGCCAGGAGCUGCCAGACGCCUGACAUUCUUCUUUCUGUUCCUACUUUUUUUCCUUCUUCUUCUUUUUUUUUUUUUUUGUAGCCCUCUCUGGGUGCCUUAUCUCUUUAAUCACACCUCUCUUUCACUUUCCACGGUAGUCAGGAGGCGGAGAUCGCUGCUUCUCACCUACUUUCUGAACUUGGCCUCCGCAGUCGCGACCUGGCGUGAAGGAGGAGCUGCCGCCCCCGCCCCAGCCUCGGGGACGCCUCUCUGAAGAGAAGCCAUUUGAAGCAGAAUCCAAACCAUGAAUUGUAGAGAAUUACCCUUGACCCUUUGGGUGCUUAUAUCUGUAAGCACUGCAGAAUCUUGUACUUCACGUCCCCACAUUACUGUGGUUGAAGGGGAACCUUUCUAUCUGAAACAUUGCUCGUGUUCACUUGCACAUGAGAUUGAAACAACCACCAAAAGCUGGUACAAAAGCAGUGGAUCACAGGAACAUGUGGAGCUGAACCCAAGGAGUUCCUCGAGAAUUGCUUUGCAUGAUUGUGUUUUGGAGUUUUGGCCAGUUGAGUUGAAUGACACAGGAUCUUACUUUUUCCAAAUGAAAAAUUAUACUCAGAAAUGGAAAUUAAAUGUCAUCAGAAGAAAUAAACACAGCUGUUUCACUGAAAGACAAGUAACUAGUAAAAUUGUGGAAGUUAAAAAAUUUUUUCAGAUAACCUGUGAAAACAGUUACUAUCAAACACUGGUCAACAGCACAUCAUUGUAUAAGAACUGUAAAAAGCUACUACUGGAGAACAAUAAAAACCCAACGAUAAAGAAGAACGCCGAGUUUGAAGAUCAGGGGUAUUACUCCUGCGUGCAUUUCCUUCAUCAUAAUGGAAAACUAUUUAAUAUCACCAAAACCUUCAAUAUAACAAUAGUGGAAGAUCGCAGUAAUAUAGUUCCGGUUCUUCUUGGACCAAAGCUUAACCAUGUUGCAGUGGAAUUAGGAAAAAACGUAAGGCUCAACUGCUCUGCUUUGCUGAAUGAAGAGGAUGUAAUUUAUUGGAUGUUCGGGGAAGAAAAUGGAUCGGAUCCUAAUAUACAUGAAGAGAAAGAAAUGAGAAUUAUGACUCCAGAAGGCAAAUGGCAUGCUUCAAAAGUAUUGAGAAUUGAAAAUAUUGGUGAAAGCAAUCUAAAUGUUUUAUAUAAUUGCACUGUGGCCAGCACGGGAGGCACAGACACCAAAAGCUUCAUCUUGGUGAGAAAAGACAUGGCUGAUAUCCCAGGCCACGUCUUCACAAGAGGAAUGAUCAUAGCUGUUUUGAUCUUGGUGGCAGUAGUGUGCCUAGUGACUGUGUGUGUCAUUUAUAGAGUUGACUUGGUUCUAUUUUAUAGACAUUUAACGAGAAGAGAUGAAACAUUAACAGGUAACACAUAUAAUGCUGGAAUUUCUUACCUUAUGUUCUCAUUAAGAAAUCAGAUAAAUAGGCAUUAAUCUUCAUCUUAUUGUGAUGAUAUUGUAGAAUUAAUCUGUGGGAGAGGUUUUCUAUGGGAAAUAUUGUUCUGCCUGUACCAUCCAUUAUGAAUGUUGUCUAUGUCUUCUUUUCUUGUGCUUACUUAUGUGUUGCCCAAAAUUGUUCUGAUUGUCUCGUGUAUGUAUGUCAUAGCUUCCUAAAUGCCCUGGGAGAUGCUCGGGCCCAGGAACUGUAUAUCUGGGUGUCUUUGUGCAUGCAUCACUUAGGUAUCUUUAUAGUACAUACACUCAAUAAAGUUGCUUUAAGUUAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-619.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -661.52

Frequency: 0.0000

Diversity: 721.52

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.......((.((.(((((((((((.((..((.((((....)))).))))..)))...((((((..(((((....(((((((.....))))).))..)))))....)))))).(((((.....(((((..((((((.(((.....))).))))))..)))))..)))))...)))))))).)).)).(((.(((((((((.((((......)))))))))).))).))).((.((((.(..((((((((((((((((.((((.((((((.(((..((((((.((((((.((.((((((..(((((....)))))...((......)))).))))...))))))))..(((((..(((((.((.(((....))).))..)))))..))))).....................................))))))..)))..)))))))))))))..............(((((((((...(((.(((.((..((((((.(((.(((...................))).))).))))))......)).)))))).)))))))))((((((..((....))..))).))))))).)).)))))))..))))).))(((((((((((..........(((.((((((((((..((((....((((...))))((((((....))))))..(((((..((((((((.........(((((....)))))..((((((...))))))..((((((((((..(((((((.(....).))))))).........((((........))))...((((((((...((..((((((...(((........)))....)))))).))..))))))))........))))))))))(((((((((((((((....(((..((((((((((.....((((((..(((..........)))....)))))).....((((.((((..((((((........)))))).))))..))))................(.(((((((....))))))).)))))..))))))......)))....)))...))))))))).)))........)))))))).))))).............((((...(((....((((...(((......((((.....))))....)))..))))))).))))(((((((((((((...........)))).((((((..((((..............))))...)))))).(((((((.(((..(((((((((((((((.....))))).............(((((((((.((((((((.....(((((..((((.((.((((.((((.((((((......((((.....))))....)))))).)))).....((((...))))............))))..))...))))..)))))..)))..((((((..(((..(((((((..((((((..........))))))..)).)))))..)))..))))))...))))).)))))))))..(((.(((((((...((((((((....(((.(((((.(((....((((.(((((.........))))).)))))))))))).))).(((((.........))))))))))((((......))))..(((((.......)))))(((((((((.((......)).)))))))))((((...((((((.((...(((.((......(((((((((((....((.(((((............)))))...(((((((..((((..(((((((.((...(((((.....((.((((.(((.(((((((...((((((((((....)))))))))).......)))))))..))).))))))..))))))).)))))))))))...))))))).)).....)))))))))))......)))))...)).))))))..))))..)))...)))))))...)))((((((.....))))))....))))))))))..))).).))))))))))))))).......)))))))))))))).))).............)))))))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

{((.((((,(({.{{{{{{{((((,{{,,((,({((.,,,}}}}{||,,..}}}{{,((((({..(((((....((((((({...,))))).))..)))))....))}))).{{{{(.,((((((((..{{{{{{.||||,...))),))))})..))}||{{|,{({(..,{((,((({(((,(.(((.((((((((((((((......)))))))))).))).))).,,.}}}}.}}}..(((.((((,{(,...,).).))))))).,..,),}...)))),))))),)),})},,||||{.,,,))))),|,||,{{{{(((.(((.(({..((((,(((,,,.((((((((((((((((...((((...,,,,((((((((.(((.....{{{{{(((({{((((((,,,...........,({,{(((.....)))),,,.,.{((((((((({(({...(((((((((...(((.(((.({..((((((.(((.{{,.....,,............})).))).)))))).,....)).}))))).))))))))){{(({(..((....}}..}})}.,}||||{{({.{(({...,)))).|}....{{{{({{{,.,{{{{{...,,{{.,((({,{..,|||,,||,{..,|||||((((((((....)))))))){((({..,,|}|}||}}}|,}}}}||,,,....}))))}}|||||}...}}||||....,|||,(({{,(((((((.,....}.))))))}...,.....{{{(,{....,.))))....,||||||}..|||,{(,((({{{{{({{{{....|||{{|,|,,||}.|},,||||}}||||{{,{{{{||{,|||||(({((((((((({(({({{{,{,.((((((,{,{{{,,.((((((..(((..........)))....)))))).,,..((((.((((..((((((........)))))).))))..))))..}},..,,,,...,{{,{(((({{....}}}}))}.))}},..})))})...||||||,,|,|}|,..}|||}}},,,}),,||,.,,})}}}}}}),))))....,}}}.}.,}}||,,..........,,||...{,,...,..{{{{.....)}}}...,,}|||||||,..,))))||,|,,|.{((((,,,,,....,,))),,.,||||..,,.,..,,,,,,.,}}}}}.}}.,,))),))}}}}}..|}}}||,,,,|||||},||{{|,,,,,))}}}..}}|},...,}})))||{||||,,,,|}|,,,...,{|||{{|....,,}},,,)))))}}|}}}.)}}))))||||,..,||||||,},|||})}))))}},..{{{|.,.))))........,.))).)))))))}..|||,.......,}}....))))...))))).))))).....((((((({..{(((..{.((((((...((({{.,,.,||,,,,...,.})))).(((({,((..|...}..))))))).)))))}.,..}))})))))))}..........}))))).,}.))).))))...{((((....)))))..(((((.........))))).))).))).)))),)})}},{(((((,.,,,,.}}}}},{(((((({.{{,..,,,}}.}}}}})))(((((...((((((.{{...({((((......(((((((((((....((.(((((,{{{{,....{,|,,,.}}}|||||||,.((({,.,((((((.,,,..(((((..,{.((.((((.(((.(((((((.,.((((((((({....}))))))))).......)))))))..))).)))))).,)))))}).)))))))))))..,}}))),,.)).....)))))))))))......)))))...)}.))))))..,,,.})))){{{|,|{(({....{{{{.{{|....,)}})))),,}}}}}}}}},{.,}|||||||},.|||||,||}..,{{{{{{|||.{{{{{|{||,,,.,,))),.)))})),)))),,}}}}....