Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001371726.1
Sequence Length
2459 nt
GC Content
0.5222
AGAUUCUCCCGGACCCACGUGGAAGCGGCACUCAAGAUGCUGCGCCGCGAGGCCCGCCUGCGCCGCGAGUACCUGUACCGCAAGGCCCGGGAGGAGGCGCAGCGCUCAGCCCAGGAGAGGAAGGAGCGGCUGCGGCGCGCGCUGGAAGAAAACCGCCUGAUUCCCACUGAGUUACGCCGAGAGGCUCUGGCCUUACAGGGGUCCCUGGAGUUUGAUGAUGCUGGAGGUGAAGGUGUGACCAGCCACGUGGAUGAUGAAUACCGAUGGGCAGGAGUCGAGGAUCCCAAGGUUAUGAUCACUACCUCCCGAGACCCCAGUUCCCGCCUCAAGAUGUUUGCAAAGGAGCUGAAGCUGGUGUUCCCGGGCGCCCAGCGAAUGAACCGAGGUCGACAUGAAGUGGGGGCACUGGUGCGAGCCUGCAAAGCCAACGGCGUCACCGAUCUGCUGGUCGUUCACGAGCAUCGGGGCACACCUGUGGGGCUCAUCGUCAGCCACCUGCCCUUUGGUCCUACUGCCUACUUCACGCUGUGCAAUGUGGUCAUGCGGCAUGACAUCCCAGACCUGGGCACCAUGUCGGAGGCCAAGCCCCACCUCAUCACACACGGCUUCUCCUCCCGCCUGGGCAAGCGGAUGACAGCCACCGGGUCAUCACCUUCGCAAACCAGGACGACUACAUAUCAUUCCGGUGGGUCCACGGGCCAUGCCCCAGGAAAGCAUCCCCACCCUGUGUACCUCGUGCUGCUUGCCGUUGACCCACAGCUGUUCCCUCCCAGGCACCAUGUGUAUAAGAAGACAGACCACCGCAACGUGGAGCUCACUGAGGUCGGGCCCCGCUUUGAGCUGAAGCUGUACAUGAUCCGUCUGGGCACGCUGGAGCAGGAGGCCACAGCAGACGUGGAGUGGCGCUGGCACCCUUACACCAAUACCGCACGCAAGAGAGUCUUCCUGAGCACCGAGUGAGCACACUCACCACUCAGUCAGGACAUGGACUUGGAACUCAGGAUGGGGCUGUCAUAGACAGACCCACCAGUAGGAACUGUCACAGAAUGGCCUGCUGAACUGGGAUGUGGAACUGUGGCGGGUGGAGAGGUCUGAAUAAACCGUCUGUGUCAUGGCCCCGCCUGCCUCUGAGUGGUCAGGCCAAGUCUGCAGGGCAAAGCCCAUGGGAUCCCUUUGGGUGGGGACCUGAUGGCUGUGGGACGUGCUUGGGCCUGGAGUCAGUGUGGGGGUUAACAGAGAGAGAGAUUUGAUGCUAACGUCCCCUCAAGAGUGAGGGUCAUAUGAGCUCUUCAGCAGGCAGAUGUGGGUAGCAGGGCCAGCCUGUGUCAGGGGCAGCCCACCAAGUUAACUCACUGAGUGGAAGCCGCCAGUGUGCCAACGCGGAGGGGACAGGCCACACCCAGUGCUCAGCAGCUGAUUCCUCAUGUAAGUGGCAUCAUGUGGUAUUUGUUUUGUGUCUGGCUUAUUUCUAUUAACAUAAUGUUCUCCAGGUUCCUCCAUGUUAUUGCAAAUGAUAGGAUUUCUUUCCUUGUAAAAAAUAACAUGCCACAUUUUCUUACCAAUCCGUCCACCAAUAGACACUUAGGUCGUUUUCAUAGUUUGGCAGUUGUGGAAAUGCUGCAGUAAACAUGGGAGUAUAGCUAUCUUUUGAAGAUAAUGAUUUCAUCUCUUUUUUAUAUGUAUACCCAGAAGUGGGAUUGCUGCAUCAAAUGGUGGUUCUAUUUUUAAUUUUUUGAGGAACCGCCAUACUGUUUUCCAUAAAGGCUGUACUAAUUUCCAUUCUCACCAACAGUUCACUAGGGUUCCCUUUUCUCCACAUUGUUGCCAACAUUCUUUAUCUUGUGUUUUUUAAUAACAGCUAUCCUAACAGGUAUGAGGUGAUCUCUCUCAUUGCGGUUUUGAUUUGCAUUUCCCUAACGGUUGGUGAUACUGAGCAUUUUUGCAUACACCGGGUCAUUUGUUCUUUGUUGUUGACUUGAGUCCCUUAUAUAGUUUGGAUACUGCUGUGGCCUGAAUGUUUGUGUCCCCCAAAAAUUCGUAUAUUGAACUCUCAUCCCUAAGGUCAACAGUUUAGGGAAGCGAUUAGGUCCUGAGGACUCUGCCCUCUUGCAUAGAAUUAGUGCUCUUAUAAAAGAUGCCCGAGGGAGCUCUUUUGCCCCUCCUGCCAUGUGAGGACACAGCUAGAAGCUACCAUCUGUGAACCAGGAAGCCCCCCUCACCAGACACUGAAUCUGCUGGAGCCACCAUCUUGGACUUCCCAGCCUCCAGAGCUGUGAGAAAUAAAUGCCUGUUGUUUAAGCUACCCAGUCUGUGGUAUUUUGUUAGAACAGCCCAAGUUGAGACAGAUAGUAACCCUUUACCAGAUACAUGGUUUGCAAAUAGUUUUUCCCACUCUGUAGAUAUAGCCAUUGAGAAGCUCCUCAAGAUAGACAUUAAAUACAAAGAAGCAUGGUGUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-831.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -872.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 521.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((..((.(((((..((((((.......)))))).))))).))...(((((((..(((......)))..))).)))))))))))))(.((((((((((...((......))...)))).)))))).).((((((.........((((((((((((..((((((.(((((.(.((.(((.(((((((((((((((((.(((.(((..((.(((.((.((((((((.(((.(((((..(((.....)))...(((((.(((((((.((.((.(((....((((..........))))...(((.(((((((((((((.(((...((((.((...((..(....(((((((((....)))).)))))....)..))...)).))))))).))))))))..(((((...(((............)))..)))))...((((.((.....)).)))).((((.....))))))))))))))).)).))..))))))).)))))......(((.((((((((((((....(((((((.(((((((((....((((....))))...))))))(((((..(((((................)))))..))))).(((((((..((.(((..(((((....((((((..((....((((..(((.((((.((((((.......(((((((((..((((...))))..))).......)))))).))))))..)))).))).)))).))))))))...))))))))))))))))).((((((((......((((.((.((..(((.(....((((((...(((.(((...))))))))))))...).)))...)).)).))))..))))).))).)))...))))))))))).))))))))))))))))))))))).))))....)))))..))..))).)))(((((((..(((((((((....))).(((.((......))..)))))))))..)))))))((((.(((((...))))).)))).((((....))))...((((.(((((((((..(((.(((...........(((((((((...((((((((((.......))).))).)))))))))))))))).))))).)))))))..))))..((((...))))..)))))))))....)))))).)).)).).)).).)).)))))))))....)))))))).)))).(((((((((((.((((((((...(((.......((((((....))))))........(((....)))..((((((.((((((((.((((..((((.......)))).)))).((..(((..(.(((((.((((...))))))))).)..)))..))(((.(((((((((((....(((((....(((((..(((((((....((((((....(.((((((..(((((((...((((((.((((((.........((((((.(((..(((.(((((((((.........((((......)))).......)))))))))............................(((((((.((((((((...........(((((((((((((((((((.(((((...((((((((((((((.......((((((((((....))).............(((..((((....))))..)))........(((((((((((....((((....)))))))))))))))..)))))))......)))))))))....)))))..((((((((.((....(((((................((((((..(((((..........)))))...))))))..((.(((..(((.(..((((((.......))))))..).)))..)))..))....))))))).))))))))))))))))))))))))).....(((((((...............))))))).((((............))))))))))))))))))).)))))))............((((.....)))).((.(.((((((((........)))))))).).))..))).)))))))))...((......)))))))).))).)))..))))))))))))))(((((.((......))))))).)))))))))))))..)))))...))).))....)))).....((......))(((((.((.(.(((.....((((((((((......))).))..)))))...))).))))))))........))))))).)))..))))))))))))))(((..((((((..(((.......)))..)))))).....)))....((((......))))..)))...))))))))...)))))).....))))).(((((......)))))..........................))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((((..((.(((((..((((((,....,.)))))).))))).))...(((((((..(({......}))..))),,))))))))))))(.((((((((((...((......))...))))}}))))).).((((((,........((((((((((((..((((({,(((((.(.((.(((.(((((((((((((((((,(({,(((..{{.(((.((.((((((((.(((.(((((...(({{.....,...(((((.(((((((.((.((.(((....((((..........))))...(((.(((((((((({((.((,..,((((.({...{{..{....(((((((({....})))}}}))),,,,|..||.,,||,|}}}|||.||}}}|||..,{{(({,.,,,,}},..}}}..,|}),||}{|||},|{{{,||,,,,,}).))))))))))}.,,)).,))))))))))).)).))..))))))).))))).}.,,.(((.(((((((({({(,,..(((((((.((({{(({(....(((({{,.,|||...|||||}(((((..(((((................)))))..))))).(((((((..((.(((..(((((....((((((..,,....((((..(((.((((.((((((.......(((((((((..((((...))))..))).......)))))).))))))..)))).))).)))).),))))))...))))))))))))))))).{{{((({(......,.||,,.{{{,..,..,))))((((((..,(((.(((...))))))))))})},,}))}}}}})).}}})))))})}},}})),.)))...))))))))))},))))))))))))))))))))))).))))....)}))),.}}..}}|,|||(((((((..((((((({(....))),|,,.,,,{|{,,,,..,}))))}))..))))))}{(((.(((((...))))).)))},{{{{..,.,}}|,..((((.((((((({{..(((.(((...........(((((((((...(((((((,{{.......}}}.))).)))))))))))))))).))),}.)))))))..))))..{{{|...)))),.)))))))))....)))))).)).)).).)).).)).)))))))))....)))))))).)))).(((((((((((.((((((((...(((.......((((((....)))))).,....,,(((....)))..((((((.((((((((.((((..((((.,...,.)))).)))).((..(((..(.(((((.((((...))))))))).)..)))..)){((.(((((((((((....(((((,...(((((..(((((((....((((((....{.((((((,.{((((((...((({((.((((({.........(((((,{(((..(((.(((((((((.........((((......)))),,}....)))))))))....................,.......(((((((.(((((((,........,..((((((,(((((((({((({(((({...((((((((((((((.,,,,..((((({{,{(....,}}...........,,(((..((((....))))..))},},,....(((((((((((....((({....}))))))))))))))..})))))).,.,,.})))))))}...,)))))..,,{{{{{|,|{.....((({...,,,....,,,,,}.,|||},,||{{{..........}}}}}.....,,,|{{((,((({.(((..((((((((.({.,{{.,,,,.{{{{|,,..,,,,})),...}||,,,,,)}|||||,,,,||,|||,,,,))),,,}}}||(((((...............)))))))}))}}}}}}}}}.)},.))))),,)))))))))))).))))))),...........{{{{.....}}},.{{.{.((((((((.,....,.)))))))).).))..))).)))))))))..,||......)})))))).})).)))..)))))))))))))}(((((.((......))))))).}))))))))))))..))))).}.})).))....)))).....((.....}},(((({{((.(.(((.....((((((((((......))).))..)))))...))).))))))))........))))))).)))..))))))))))))))((({{((((((..(((.......)))..))))))..}},,))....((((......))))..)))...))))))))...)))))).....))))).(((((......))))).......................,..))))))...
Back