Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001371728.1
Sequence Length
2408 nt
GC Content
0.5174
AGAUUCUCCCGGACCCACGUGGAAGCGGCACUCAAGAUGCUGCGCCGCGAGGCCCGCCUGCGCCGCGAGUACCUGUACCGCAAGGCCCGGGAGGAGGCGCAGCGCUCAGCCCAGGAGAGGAAGGAGCGGCUGCGGCGCGCGCUGGAAGAAAACCGCCUGAUUCCCACUGAGUUACGCCGAGAGGCUCUGGCCUUACAGGGGUCCCUGGAGUUUGAUGAUGCUGGAGGUGAAGGUGUGACCAGCCACGUGGAUGAUGAAUACCGAUGGGCAGGAGUCGAGGAUCCCAAGGUUAUGAUCACUACCUCCCGAGACCCCAGUUCCCGCCUCAAGAUGUUUGCAAAGCUGAAGCUGGUGUUCCCGGGCGCCCAGCGAAUGAACCGAGGUCGACAUGAAGUGGGGGCACUGGUGCGAGCCUGCAAAGCCAACGGCGUCACCGAUCUGCUGGUCGUUCACGAGCAUCGGGGCACACCUGUGGGGCUCAUCGUCAGCCACCUGCCCUUUGGUCCUACUGCCUACUUCACGCUGUGCAAUGUGGUCAUGCGGCAUGACAUCCCAGACCUGGGCACCAUGUCGGAGGCCAAGCCCCACCUCAUCACACACGGCUUCUCCUCCCGCCUGGGCAAGCGGGUCUCUGACAUCCUCCGAUACCUAUUUCCCGUGCCCAAAGAUGACAGCCACCGGGUCAUCACCUUCGCAAACCAGGACGACUACAUAUCAUUCCGGCACCAUGUGUAUAAGAAGACAGACCACCGCAACGUGGAGCUCACUGAGGUCGGGCCCCGCUUUGAGCUGAAGCUGUACAUGAUCCGUCUGGGCACGCUGGAGCAGGAGGCCACAGCAGACGUGGAGUGGCGCUGGCACCCUUACACCAAUACCGCACGCAAGAGAGUCUUCCUGAGCACCGAGUGAGCACACUCACCACUCAGUCAGGACAUGGACUUGGAACUCAGGAUGGGGCUGUCAUAGACAGACCCACCAGUAGGAACUGUCACAGAAUGGCCUGCUGAACUGGGAUGUGGAACUGUGGCGGGUGGAGAGGUCUGAAUAAACCGUCUGUGUCAUGGCCCCGCCUGCCUCUGAGUGGUCAGGCCAAGUCUGCAGGGCAAAGCCCAUGGGAUCCCUUUGGGUGGGGACCUGAUGGCUGUGGGACGUGCUUGGGCCUGGAGUCAGUGUGGGGGUUAACAGAGAGAGAGAUUUGAUGCUAACGUCCCCUCAAGAGUGAGGGUCAUAUGAGCUCUUCAGCAGGCAGAUGUGGGUAGCAGGGCCAGCCUGUGUCAGGGGCAGCCCACCAAGUUAACUCACUGAGUGGAAGCCGCCAGUGUGCCAACGCGGAGGGGACAGGCCACACCCAGUGCUCAGCAGCUGAUUCCUCAUGUAAGUGGCAUCAUGUGGUAUUUGUUUUGUGUCUGGCUUAUUUCUAUUAACAUAAUGUUCUCCAGGUUCCUCCAUGUUAUUGCAAAUGAUAGGAUUUCUUUCCUUGUAAAAAAUAACAUGCCACAUUUUCUUACCAAUCCGUCCACCAAUAGACACUUAGGUCGUUUUCAUAGUUUGGCAGUUGUGGAAAUGCUGCAGUAAACAUGGGAGUAUAGCUAUCUUUUGAAGAUAAUGAUUUCAUCUCUUUUUUAUAUGUAUACCCAGAAGUGGGAUUGCUGCAUCAAAUGGUGGUUCUAUUUUUAAUUUUUUGAGGAACCGCCAUACUGUUUUCCAUAAAGGCUGUACUAAUUUCCAUUCUCACCAACAGUUCACUAGGGUUCCCUUUUCUCCACAUUGUUGCCAACAUUCUUUAUCUUGUGUUUUUUAAUAACAGCUAUCCUAACAGGUAUGAGGUGAUCUCUCUCAUUGCGGUUUUGAUUUGCAUUUCCCUAACGGUUGGUGAUACUGAGCAUUUUUGCAUACACCGGGUCAUUUGUUCUUUGUUGUUGACUUGAGUCCCUUAUAUAGUUUGGAUACUGCUGUGGCCUGAAUGUUUGUGUCCCCCAAAAAUUCGUAUAUUGAACUCUCAUCCCUAAGGUCAACAGUUUAGGGAAGCGAUUAGGUCCUGAGGACUCUGCCCUCUUGCAUAGAAUUAGUGCUCUUAUAAAAGAUGCCCGAGGGAGCUCUUUUGCCCCUCCUGCCAUGUGAGGACACAGCUAGAAGCUACCAUCUGUGAACCAGGAAGCCCCCCUCACCAGACACUGAAUCUGCUGGAGCCACCAUCUUGGACUUCCCAGCCUCCAGAGCUGUGAGAAAUAAAUGCCUGUUGUUUAAGCUACCCAGUCUGUGGUAUUUUGUUAGAACAGCCCAAGUUGAGACAGAUAGUAACCCUUUACCAGAUACAUGGUUUGCAAAUAGUUUUUCCCACUCUGUAGAUAUAGCCAUUGAGAAGCUCCUCAAGAUAGACAUUAAAUACAAAGAAGCAUGGUGUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-795.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -837.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 475.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((..((.(((((..((((((.......)))))).))))).))...(((((((..(((......)))..))).)))))))))))))(.((((((((((...((......))...)))).)))))).).((((((.........((((((((((((..((((((.(((((.(.((.(((.(((((((((((((((((.(((.(((..((.(((.((.((((((((.(((.(((((..(((.....)))...(((((.(((((((.((.((.(((....((((..........))))...(((.(((((......(((((..((((((((..........(((((((((....)))).)))))((((((.(((((((((...(((.((.(.(((.....((((....))))..)))..).)).))).))))))..))))))))).))))))))))))).......))))))))))).)).))..))))))).)))))......(((.((((((((((((....(((((((...(((.(.((..((..(((((((.((.(((.((.(((((..(((((................)))))..))))).)).)))))...)))))))..))..)).))))...(((..((((((((((((..((..........((((((((((.((((........(((.((.......))..))).((((...)))).............((((......))))((((((...(((.(((...)))))))))))))))).))...))))))))))))))))))..)))).))).))))))))))).))))))))))))))))))))))).))))....)))))..))..))).)))(((((((..(((((((((....))).(((.((......))..)))))))))..)))))))((((.(((((...))))).)))).((((....))))...((((.(((((((((..(((.(((...........(((((((((...((((((((((.......))).))).)))))))))))))))).))))).)))))))..))))..((((...))))..)))))))))....)))))).)).)).).)).).)).)))))))))....)))))))).)))).(((((((((((.((((((((...(((.......((((((....))))))........(((....)))..((((((.((((((((.((((..((((.......)))).)))).((..(((..(.(((((.((((...))))))))).)..)))..))(((.(((((((((((....(((((....(((((..(((((((....((((((....(.((((((..(((((((...((((((.((((((.........((((((.(((..(((.(((((((((.........((((......)))).......)))))))))............................(((((((.((((((((...........(((((((((((((((((((.(((((...((((((((((((((.......((((((((((....))).............(((..((((....))))..)))........(((((((((((....((((....)))))))))))))))..)))))))......)))))))))....)))))..((((((((.((....(((((................((((((..(((((..........)))))...))))))..((.(((..(((.(..((((((.......))))))..).)))..)))..))....))))))).))))))))))))))))))))))))).....(((((((...............))))))).((((............))))))))))))))))))).)))))))............((((.....)))).((.(.((((((((........)))))))).).))..))).)))))))))...((......)))))))).))).)))..))))))))))))))(((((.((......))))))).)))))))))))))..)))))...))).))....)))).....((......))(((((.((.(.(((.....((((((((((......))).))..)))))...))).))))))))........))))))).)))..))))))))))))))(((..((((((..(((.......)))..)))))).....)))....((((......))))..)))...))))))))...)))))).....))))).(((((......)))))..........................))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((((..((.(((((..((((((,....,.)))))).))))).))...(((((((..(({......}))..))),,))))))))))))(.((((((((((...((......))...))))}}))))).).((((((,........((((((((((((..((((({,(((((.(.((.(((.(((((((((((((((((,(({,(((..{{.(((.((.((((((((.(((.(((((...(({{.....,...(((((.(((((((.((.((.(((....((((..........))))...(((.(((((......(((((..((((((((....,,,,..((((((((,....})))}}))))(((((,,(((((((((...(((.((,(.(((...,,(((,....,))}..)))..).)).))).))))))..})))))))).))))))))))))).......))))))))))).)).))..))))))).))))).}.,,.(((.(((((((({({(,,..(((((((...(((.{,({..((..(((((((.((.(((.((.(((((..(((((................)))))..))))).)).)))))...)))))))..))..)}.,)))...(((..{(({((((((({..(((({{..,...,{{||||||,.{{{{.....,,.||{.{{.......||.,}}|||{.{{,{{(|{........,,,..{{{{..,..,))))((((((..{{((.{{{...)))))))))))),,,)})),..)))}),})))))))))))..)))).))).))))))))))},))))))))))))))))))))))).))))....)}))),.}}..}}|,|||(((((((..((((((({(....))),|,,.,,,{|{,,,,..,}))))}))..))))))}{(((.(((((...))))).)))},{{{{..,.,}}|,..((((.((((((({{..(((.(((...........(((((((((...((((((({{{.......}}}.))).)))))))))))))))).))),}.)))))))..))))..{{{|...)))),.)))))))))....)))))).)).)).).)).).)).)))))))))....)))))))).)))).(((((((((((.((((((((...(((.......((((((....)))))).,....,,(((....)))..((((((.((((((((.((((..((((.,...,.)))).)))).((..(((..(.(((((.((((...))))))))).)..)))..)){((.(((((((((((....(((((,...(((((..(((((((....((((((....{.((((((,.{((((((...((({((.((((({.........(((((,{(((..(((.(((((((((.........((((......)))),,}....)))))))))....................,.......(((((((.(((((((,........,..((((((,(((((((((((({(((({...((((((((((((((.,,,,..((((({{,{(....,}}...........,,(((..((((....))))..))),},,....(((((((((((....((({....}))))))))))))))..})))))).,.,,.})))))))}...,)))))..,,{{{{{|,|{.....((({...,,,....,,,,,}.,|||},,||{{{..........}}}}}.....,,,|{{((,((({.(((..((((((((.({.,{{.,,,}.{{|{|,,..,,,,})),...}||,,,,,)}|||||,,,,||,|||,,,,))),,,}}}||(((((...............)))))))}))}}}}}}}}}.)},.))))),,)))))))))))).))))))),...........{{{{.....}}},.{{.{.((((((((.,....,.)))))))).).))..))).)))))))))..,||......)})))))).})).)))..)))))))))))))}(((((.((......))))))).}))))))))))))..))))).}.})).))....)))).....((.....}},(((({{((.(.(((.....((((((((((......))).))..)))))...))).))))))))........))))))).)))..))))))))))))))((({{((((((..(((.......)))..))))))..}},,))....((((......))))..)))...))))))))...)))))).....))))).(((((......))))).......................,..))))))...
Back