Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001372031.1
Sequence Length
3896 nt
GC Content
0.4025
GCUGCUCUUGGAGAGGUCACUCCGGAGACGGCGUUGGUUUUGGGGUGUGGGGGGUUGGUGGCACUAUGUGGCGCGUCUGUGCGCGACGGGCUCAGAAUGUAGCCCCAUGGGCGGGACUCGAGGCUCGGUGGACGGCCUUGCAGGAGGUACCCGGAACUCCACGAGUGACCUCGCGAUCUGGCCCGGCUCCCGCUCGUCGCAACAGCGUGACUACAGGGUAUGGCGGGGUCCGGGCACUGUGCGGCUGGACCCCCAGUUCUGGGGCCACGCCGCGGAACCGCUUACUGCUGCAGCUUUUGGGGUCGCCCGGCCGCCGCUAUUACAGUCUUCCCCCGCAUCAGAAGGUUCCAUUGCCUUCUCUUUCCCCCACAAUGCAGGCAGGCACCAUAGCCCGUUGGGAAAAAAAAGAGGGGGACAAAAUCAAUGAAGGUGACCUAAUUGCAGAGGUUGAAACUGAUAAAGCCACUGUUGGAUUUGAGAGCCUGGAGGAGUGUUAUAUGGCAAAGAUACUUGUUGCUGAAGGUACCAGGGAUGUUCCCAUCGGAGCGAUCAUCUGUAUCACAGUUGGCAAGCCUGAGGAUAUUGAGGCCUUUAAAAAUUAUACACUGGAUUCCUCAGCAGCACCUACCCCACAAGCGGCCCCAGCACCAACCCCUGCUGCCACUGCUUCGCCACCUACACCUUCUGCUCAGGCUCCUGGUAGCUCAUAUCCCCCUCACAUGCAGGUACUUCUUCCUGCCCUCUCUCCCACCAUGACCAUGGGCACAGUUCAGAGAUGGGAAAAAAAAGUGGGUGAGAAGCUAAGUGAAGGAGACUUACUGGCAGAGAUAGAAACUGACAAAGCCACUAUAGGUUUUGAAGUACAGGAAGAAGGUUAUCUGGCAAAAAUCCUGGUCCCUGAAGGCACAAGAGAUGUCCCUCUAGGAACCCCACUCUGUAUCAUUGUAGAAAAAGAGGCAGAUAUAUCAGCAUUUGCUGACUAUAGGCCAACCGAAGUAACAGAUUUAAAACCACAAGUGCCACCACCUACCCCACCCCCGGUGGCCGCUGUUCCUCCAACUCCCCAGCCUUUAGCUCCUACACCUUCAGCACCCUGCCCAGCUACUCCUGCUGGACCAAAGGGAAGGGUGUUUGUUAGCCCUCUUGCAAAGAAGUUGGCAGUAGAGAAAGGGAUUGAUCUUACACAAGUAAAAGGGACAGGACCAGAUGGUAGAAUCACCAAGAAGGAUAUCGACUCUUUUGUGCCUAGUAAAGUUGCUCCUGCUCCGGCAGCUGUUGUGCCUCCCACAGGUCCUGGAAUGGCACCAGUUCCUACAGGUGUCUUCACAGAUAUCCCAAUCAGCAACAUUCGUCGGGUUAUUGCACAGCGAUUAAUGCAAUCAAAGCAAACCAUACCUCAUUAUUACCUUUCUAUCGAUGUAAAUAUGGGAGAAGUUUUGUUGGUACGGAAAGAACUUAAUAAGUUCUUCUUGUCUUUCCAGAUAUUAGAAGGGAGAAGCAAAAUUUCUGUCAAUGACUUCAUCAUAAAAGCUUCAGCUUUGGCAUGUUUAAAAGUUCCCGAAGCAAAUUCUUCUUGGAUGGACACAGUUAUAAGACAAAAUCAUGUUGUUGAUGUCAGUGUUGCGGUCAGUACUCCUGCAGGACUCAUCACACCUAUUGUGUUUAAUGCACAUAUAAAAGGAGUGGAAACCAUUGCUAAUGAUGUUGUUUCUUUAGCAACCAAAGCAAGAGAGGGUAAACUACAGCCACAUGAAUUCCAGGGUGGCACUUUUACGAUCUCCAAUUUAGGAAUGUUUGGAAUUAAGAAUUUCUCUGCUAUUAUUAACCCACCUCAAGCAUGUAUUUUGGCAAUUGGUGCUUCAGAGGAUAAACUGGUCCCUGCAGAUAAUGAAAAAGGGUUUGAUGUGGCUAGCAUGAUGUCUGUUACACUCAGUUGUGAUCACCGGGUGGUGGAUGGAGCAGUUGGAGCCCAGUGGCUUGCUGAGUUUAGAAAGUACCUUGAAAAACCUAUCACUAUGUUGUUGUAACUAACUCAAGAAUUUCUAAACUCUCCCAGGUCACACUGAUUCAUUCUUAACAAGAUAUUUAUAUGUUAUUAAACAGGUGGUUCUUUUUAUUUUAACCAGUUAUUUUUAUUAUUGAGUCUGUCCAGAUAAGUUAUUUAUAAUGGGCAUUACUGAAUUUUUAAAAUGCCGAUUACACCCAAAUAUUGUGCACAUUUAAUAAUCAGACACCAGAUUUUUAGCUCUGUACUCCUAAUUAAGGGACAUGUAUGUGGCCUUGCCUAGCCCUUUGGUGAUAAGUACUUCCUCUAGGAAAUGUACGAUAGGUAGAAUUGUGGUUCCCUAAAGACAAGUACAUAAAGGUGACCCUGAUGAAACCUUGAAGUUCUGAAAUUUAACUGCCUAAAAUGUUCUCCUUAGAUGUGAGAGAAAGAGAAAUCAGAAAAAUUAAUUCUCUUGGGGGAAGGGCUUGAAUUGAAGCUUUACUUUAGAAUUUAGCCCUGGUUUGAAAUUUUCCAUUACAUGAUCUUGGUUUAUCAUCGAUGGGAAGGGUAGAAAACUUCAAGGAAAAUAAGUGAAAUUUUAAAAGUCAGCAUUUUCUUAGACCUCUUCAGCUGAUUGUUUAUUUUUCUAUGAAUUCCUACACAUGGUUAUUCCCCCCUACUUGAGAUAAUCUAAAUAUAAACCAGCUACUUGAUGUAACUGAGAAUUUGUGUGGAUAUUUAUUUAAACAAAUGUGUAAUUUUGAGUACAGAAUUCAACAGUUACCUCCAAAAAAGAAACAUUGUUAAUAUAAUUUAACAGAAGUUGUGAAACUAAAAUUUUCUAAGAUUAACUGGUAGUUCAUUGUAAAUGAACAUAAUGAACAGAAUUUAUGACUCCACUGUGGAAAAUGCUAUCAAAUAACUAAGGAAUAUAUAUGGAAUAAGUGUACAUAUGUAAAAUAUUGUUACUAGAGUUAGAUAUGUGCCAAAGUCCAUUUAUCCCAAAUCCUGUCUGAAAAGGAGGGGUACAUUGGUAAACAUUUUGGAGUGCUUAAAAAUGCCAAAAACAAAAUGGUAAUUUCUACUUUGAUAAAGUAAAAAAGUUAAAUGUGUGUAAAAAAGUGUUCUGUGUCCUUCUACUCCAGCAUCGUCUCAUGUAAAAUAAGAAAGCCCUAAAAUACUAUUGGAGAGAAAAAAUUAACUAGGUUGCUACUUUAUUUGCCUAAAUACUUUUUUCUAUUUUGUUAGAUUUUGCCUUUCUUUUGGAAGGAAGGAGGCGAUAUUCUGGAUUAUAAAAAUGAAUUGGGAACAUUAUCACAAUUCCAGACUUUCUAUUAAUAUUUAUGUGUUUUAAUAAACGUUUGAAAUUAUUUAUGACUACUUAAAAUGAAUCUGACCAGUGCUUCCUGGUAUAUGUAAUAUGUGGAGUUAGCCCCUGAAAUUUGCUUUAAGUGUUUCAGUGUUGAAUCUGUUUCUAAAUAUUCAUUAUUACAUGGUACACAAGUGACACUCCAUAUAUUCCACACAGACUUUUACCUUGCUGUAUUAUUAUGAAAACAAUACAUUAAUUUGAUUUUUCAGUAAUUAGUAAUUUUAGGUUGAAGAUUAUCCAAAAGAAACAAGCUUAUCACAAGGGACCAUCAUCAAUAUGAUCCAAAUCUGGUUCAAACAUUCAAAACUUCAAAGAUAAUUCAUCUUUCGCUAAUGCUUGUGGUUCUGUUGUUCCCUUGAAAAAAAAUAAAAACAGUUGCCUUCUAAUAAACAUUGUUGAGUUAAAAAUUAAUCUGAGCUAUAAUCUAAAUCGAUUCAGUCUCUUACCAGAACUGAAAGAAAAAAGUUAGAAAUAGUGUUUUUGGUUCAUAUGAUUAUUUAAAAAUUAAAGUAUAAAUCUUCAAUAUGUCUGGUUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1058.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1138.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 1036.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.((((......)))))))).))))..(((((((((((.(((((((((.(((((((((.(((((((((.((((..(((((((((.........((((....((((.((((.(((((((((.(((((((((((....))))...)))....))))))))...))))).).))).))))))))...))))))))).))))))))..((((((((...((((((...(((.(((((((((((((..(((((((((((.(((...))).)))))).((........))......)))))....)))))))).......)))))))).))))))...(((((((......))))))).((((((..........(((.(((......))).))))))))).....((((((((((((.((((((..((((((((........)))))............)))..)))))).)))).((((((((((((((((....((((.......(((((.((((..(((((.(((((((((((....))))).))).)))))))).))))..))))).(((((((.(((.((..................)).))))))))))...............((((((...(((((........)))))...)))))).))))...))).))))).).))))))).............))))))))...((((((((((((((((((...((((.(((((.....((((((((...)))))....))).........))))).)))).((((.((((.(....)))))))))..........(((..(((((((......))))))).))).))))))))))..))))).)))........(((.((((.(((.(((.....))).))).)))).)))..))))))))................(((..(((..(((((....))))).)))..)))......................)))))))))))))))))..)))))))))))).)))))((((((((.(((.((((.(((.....))).((((......((((((((.(((......(((....))).....))).)))))))).....(((..(((......)))..))).)))).....)))))))...((((....)))).))))))))(((((((((((......))))((.((((...(((((...(((....)))...))))).)))).))..((((((((((..((((.....)))).((((((.((((((.((....)).))))))))).)))............(((....((((.(.((....)).).))))....)))......(((((((((((.(((((..((((...((....)).))))..))))).(((((((((((((..((((((((((((...))))))))(((((((((............((((((..((((....((((((((((((((.(((......(((((((((((..........))))))...)))))..........(((((((((.((((.((((((..............(((((..(((.((((((.........)))))).))))))))(((((.....((((((((.(((((((((((.(((((...))))).))......((((((.....))))))........((((..(((((.....(((((.((.....))..)))))...)))))..))))....(((((((((..(((((........))))(((((.(((((...((((((.............(.((((((((((...((((.(.((..((((((....(((((...........)))))....))))))..)).).))))...))).))))))).).....))))))..)))))))))).(((...)))((((((((..(((((((((((....(((((......(((.((......)).)))......)))))..)))))))))))...))))))))....)..))))))))).......))))))))))))))))))))))........................)))))).)))).))))))))))))))))))))..((((.((((((.............)))))).))))((((........(((((...((((.((((........)))).))))...)))))........(((((....(((........)))....))))).))))....((((((((....))))..)))))))))).....))))..)))))))))))))))..((((..(((((((((..(((((.((((...((((.....................((((((......).))))).(((((((..............)))))))((((((((((((....((((((.....)))))).....))))))(((((....(((((((((..(((((........))))).)))))))))......)))))(((((((((((((.............(((((((...................)))))))..)))))))))).)))...((.......))....))))))....(((.((((((((..........(((.(((.....))).)))(((((((((((((((((((((((.......((((((((..((((((((((.(((((((..((((........(((((...((((((......))))))..((((....)))).....)))))..........))))(((((((((........)))))))))........(((((((((.(((((...................((((.....(((((((((....(((((((((..(((.((.((((((((((.(((....(((((....(((..((((((...((((........))))))))))...)))......((((((.((........)).))))))......)))))...)))))))).....))))).)).)))..)))))))))......))))))))))))))))))(((((.((((((((.........(((((((...((((((.(((.(((((((((((((.((..(((((.............)))))..)).)))))))).))))).))))))))).)))))))...........))))))))...)))))..........((((((.((......)).))))))(((((.((.((((((.((......)).)))))))).))))).....((((((...........))))))...(((((......)))))...........)))))))))....(((((((..(((...))))))))))))))))))))))........)))))..))))))))......))))))........))).)))))))))).))))(((((((((.(((((..(((((((((.........)))..)))))))))))))))).....))))...))))))))))).)))).)))).)).)))..))))....)))))..)))).......))))..)))).....)))))))))((((((.....)))))).((....)).))))))).)))).....................))))))))))..((((.((((((((((..............(((((.((....(((.......((((((.(((....))))))))))))....)))))))))))))))))))))..(((((((..(((((............)))))..)).))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((({{((((......)))))))).))))..{(((({(((((.((((((((,{(((((((((.(((((((((.((((..(((((((((,......|.||||,...((((.((((.(((((((({{(((((((((((....))))...}}}....)))}))))...))))).).))).))))))})}},))))))))).))))))))..((((((((,,,((((((...(((.(((((((((((((.{((({{((((((.(((...))).)))))).{(.....|,.,,.,,...,))))}.,.)))))))).......)))))))}.))))))...(((((((......))))))).{(((((..........(((.(((......))).))))))))}.....((((((((......,.{({..({(,{((,....{(((.((((...........)))).)))).,},},.|.((((((((((((((((....((((.........((((((((,,((.,((((,{,{(((((....))))),.||,.{(({,,.}))).}}},,.((((.((....}).))))..............,.)))).,.))))))))))}..........((((((...(((((........)))))...)))))).))))...)))}})))).,.)))))))..}}}..}})}}.))))))))...((((((((((((((((((...((((.(((((..{..((((((((...))))}...}))).........))))).)))).(((,{((({{(....)))))))))..........(((..(((((((......))))))).))).))))))))))..)))))},))........(((.((((.(((.(((.....))).))).)))).)))..})))))))||.,|,,.,.......(((..{((..(((((....))))).)))..))).......,,......,......)))))))))))))))))..)))))))))))}.))))}((((((((.{{{.({((.,,,((((.,{(,{{((..,,,,,(((((((.{((,,,...,{{.,,,)),.....))).})))))),.,...(({.,({{.....,)))..))),))))))...)))})))...((((....)))).))))))))(((((((((((......)))}{(,((((...(((((.{,{{{.....}}.,.}}})),)}}}.}}..((((((((((,,({{{..,..}}}}.((((((.((((((.((....)).))))))))).)))....,,..,,,{(({{,,,{{{{.||{{.,,,||.,.})}},...|||.......|||{{{{{{{.{{(((..{(((.,,{{....)),)}}}.,))))),(((((({{{||||,,,{{|((((((({...))))))))||{|{{({({,,,,,....,,{{||||,||||},||||}|(((.((((((({(((..,.{((..{..(((((((.,,........,,..)))))))..}..))).},,)))))|...||}}}}..||||,.|{,,||||{,{((((..(((.((((((........,)})))).))))))))}}{{{,,(((((.....))))).|,,..||}{((((...}}}||{|{,{.{{.,,{{,,}}.}})))}||{,,{||,.((((..(((((.....(((((.((.....))..)))))...)))))..)))),..,{{,,({{{{{{{{{{,,,.{{{,,||||||{,,....,,....,,((({{(((((..,,,...,,}}|.,)))))},,))))......{(((({{{.{|,....,...{(((((({.|....((({{|((({((((({,(({(({.,...,))),.,,..{{{{|,,(((((((.((({{((...))}((((((((..(((((((((((....(((((......(((.((......)).)))......)))))..)))))))))))...))))))))}))).))))))).|{{.,,,{,,,,.,,,)})},.,,}},|{,((({{...........})))}.}|,,{{|,|..|||,{||,{{{|||,|{{{,...,}},|,,|}||||,,,}|.}}}..},}}))))}}.}}},}}}}}.......(((((.,.{(((.{(((........)))}.)))).,.))))).,,,...,})})))))).}))))})))....,.}))))))).||{{{{{(({{((((..,,||}}..,||||,({{{,{{.,|||}||||,}}}}.,,,,}||,}|...,{(((,.,,....,|..}}}}||,,|||}|..,.}}},,}}}}}}},,.,,{((((({,,...,,))))},(((((((..............)))))))((((({((((({,(((((((((.....))))},.}))))))))),{{{{....{((((((((..(((((........))))).))))))))).,,,,.|}}}|{{{((((({{{{(,.{,,,.......(((((((...................))))))).})))}}))))}.)}},}}|}},,....,}....)))))),...{((.((((((((..........(((.(((.....))).))),{{,(((((((((({{{,{,{,,.......{(((((((..((((((((({{(((((((..(({(........,{,,,..,((((((......)))))),.((((....)))}.....|}}},..,.,,....)))}(((((((((........)))))))))........(((((((((,(({,...,{{||,...........{((({.....(((((....,.((((((((.(({..,.,,.....,|,,,})).))))))))}....))))}.((((((...((((........)))))))))){{(((({...((((((({{(({.,,,.,,,{{|||.........))))}.|||.{(((({...,}))))..,|,|||..,|||||||,....,{{({{{{,,,{{,||.{{.(((((.((((((((.........(((((((...((((((.(((.{((((((((((((.((..(((((.............)))))..)).)))))))).))))}.))))))))).))))))).,....,,...))))))))...))))).,,.......||,,,,}}}}}}}}.,)}))}}},(((({,|{.{{((((,((.....,}},|}}}})}}.))))).,,,,,|||,}}}.}}}})})))))......})))))}.,}))))))}}.,...,}}.)))))))))....(((((((..(({...}))))))))))))))))))))}.......,)))))..)))))))|...,..,,})},......,.}}}.)))))))))).}}},{{{((((((.(((((,.{(((({{((.........})).,)))))))))))))))),....))))...))))))))))}.,}......}}))})))}.))))}}}|||{{,...,|||,{{{....))),)))}}},,,),,}},,,,{(((((.....)))))).{{....)),)}))))}.}}}},,},,,}},............))))))))))..{{({.{{{(({{(((,{{{{,,...,,,,{|{,||{{....(({...,,..((((((,({{....))))))))),}}....,})))))}})))))))))))),,{{({(((..(((((............)))))..)),,)))))))))))...
Back