Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001372047.1
Sequence Length
2143 nt
GC Content
0.4984
GUUCUUGGACAUCAAAGCUGGGGCUUAGGCGCUGUGCUGGGGUCGCGGCGGCGCGGGCGCUGGGGGAGAGGAGUGUGGUCUUCAGCAUAGAGUGAGCUUCUAGUGACACGAGCUGGAGGGAAAGAGGAAGUGCAUCAGGACGGCUCGUCCAAUGGACAAGAAGGGCUGAACUGAUGGAAGGAAUGCUGUUAGCCUGAGACUCAGGAAGACAACUUCUGCAGGGUCACUCCCUGGCUUCUGGAGGAAAGAGAAGGAGGGCAGUGCUCCAGUGGUACAGAAGUGAGACAUAAUGGAAUCAGGCUUCACCUCCAAGGACACCUAUCUAAGCCAUUUUAACCCUCGGGAUUACCUAGAAAAAUAUUACAAGUUUGGUUCUAGGCACUCUGCAGAAAGCCAGAUUCUUAAGCACCUUCUGAAAAAUCUUUUCAAGAUAUUCUGCCUAGACGGUGUGAAGGGAGACCUGCUGAUUGACAUCGGCUCUGGCCCCACUAUCUAUCAGCUCCUCUCUGCUUGUGAAUCCUUUAAGGAGAUCGUCGUCACUGACUACUCAGACCAGAACCUGCAGGAGCUGGAGAAGUGGCUGAAGAAAGAGCCAGAGGCCUUUGACUGGUCCCCAGUGGUGACCUAUGUGUGUGAUCUUGAAGGGAACAGAGUCAAGGGUCCAGAGAAGGAGGAGAAGUUGAGACAGGCGGUCAAGCAGGUGCUGAAGUGUGAUGUGACUCAGAGCCAGCCACUGGGGGCCGUCCCCUUACCCCCGGCUGACUGCGUGCUCAGCACACUGUGUCUGGAUGCCGCCUGCCCAGACCUCCCCACCUACUGCAGGGCGCUCAGGAACCUCGGCAGCCUACUGAAGCCAGGGGGCUUCCUGGUGAUCAUGGAUGCGCUCAAGAGCAGCUACUACAUGAUUGGUGAGCAGAAGUUCUCCAGCCUCCCCCUGGGCCGGGAGGCAGUAGAGGCUGCUGUGAAAGAGGCUGGCUACACAAUCGAAUGGUUUGAGGUGAUCUCGCAAAGUUAUUCUUCCACCAUGGCCAACAACGAAGGACUUUUCUCCCUGGUGGCGAGGAAGCUGAGCAGACCCCUGUGAUGCCUGUGACCUCAAUUAAAGCAAUUCCUUUGACCUGUCCAGUUGACUUUAGUCCUUGUUUCUAACUGCCAAGUCAUGUGCUGAGUAGAGGCUCAGUGGUUGGGGCCCAAUGGUUCAUCUAGGACGGGACUAGAGAGGUCAGUCUACAAGCAAUCCAUUGACCACUUACUUGGUGCUGCACACAAAUGUUGGUGCUAUGGGACCCAAAGAUGAGCAAUUAGUAUUCCAGUCUUCAUUGCCUGUGCUUACAAAAGAAGACCUCACUUCCCUAAACAUCUAGUUAUGGCGGCUCAAGCCCGUACCUGCCUACAGAGAAGUGUCUGCAGUUACUCACUAUUAGUUUCCUAAGGGGGCACUGCUGGCUCCUUCUCUCCCAGGAAUGGGCUUCUCCUAUUCUUUAACUCUUGCCUUCUCCCUGGAGAGGCUACCAAACCCUGGCCUCUGCCGCUGUUCAGGCUGCCAUGUGGGUAUAGCUGUUUGCUAGACUCCACUCUGGCCUCAGGGGCCAGAGAACAGCUGUCCAGCAUUUCUGUUCAUCCCAGCAAUCCAAAAAAAAAUUUUUUUAAGCUACAAAGAUCACUCCAUUUUCAAAUUCAGACUCUGCCACUUAUUAGCUGUUUCUCAUUAGGCAAGUUAUAUAACCUUGCAGUGCCUCACUUUCCUCAUCUAUAAAAUGAGAUUAAAAUAGUCUUUUUAUUAAGAGAAUUAAAGUGAAUUGUGGCCAGGCACUGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCGCUUUGGGAGGCUGAGGCAGACAGAUUGCUUGAGCUCAGAAGUUCGAGACUGGCCUGGGGAACAUGCAAAAACCCUGUCUGUAUUAAAAAUACAAAAAAAUUAGCUAGGUGUGGCGGCAUAUGCCUGUGGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAAGUGGGAGGAUGGCUUGAGCCCGGGAGGCGGAGGUUGCAAUGAACUGAGAUCGCACCACUGUGUUCCAGACAGAGUGCGAUGCUGUCUCGAAAAAAGUAAAAUAAUAAAUAAAUAAUAAAUAAAAUAAAAUAAAGUGAAUUGUUACAUGUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-740.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -779.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 442.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((.((....((.((((((((((....(((((((((.(((((((((.(((.(((((((.((.((((((.(((((((((((((((.((((((((((.(.((((.((((((((((..(((((((.((((((((..((((((((((...)))).....))))))..)))))...........((((..(((((...)))))..))))((((((((((((.....)))))(((.((((((....................)))))).))).)))))))..........((...(((((.((((.....(((.(((((...((((((((((...((....))....(((((((((((.......))))..)))))))............((((((..((((..(((((.((((((..(((((...))))).))).....))).)))))..(((....)))((((((....))))))((((((((((((.(((.(((((((((.(((.((((.........)))).)))..(((......)))....(((........))).))))))))))))))))).........).))))))(((((((((((..(((((((.(((.(((.....).)).))))))..))))....)))))))))))(((((..((.((((..(((..(.(((((((.((..(((((((...((((((.((.(((.(((...(((((...(((((...........)))))))))).))).)).).)).)))))))))))))..))))))))).)..)))))))))..)).)))..((((((((..(((((..((.(((((.(((....))).))))).)).)))..))...)).)))))).(.(((((((.((((.....(((.((((....)))).)))(((((((........))))))).)))).))))))).)..))))..))))))........))))))))))))))).(((.((..((((.(((((((((((.((((.........))........)).)))))).)))))))))..)))))..))))))).)))))...)).........))).)))))))..))).)))))))(((((((((...........))))..)))))..))).).).)))))))))).)..(((((.((((...((((.....))))((.(((((((.(((((((.............))))))).)))...)))).))((((.(((...)))))))..)))).)))))......(((((.((.........))..)))))))))))).......))))))).)))))).))........(((((.((.((...((((((((.((((.....(((((((.(((.(((((..(((.((..(((....))))))))..))))).)))..)))))))..)))).))))))))...))...)).)))))...((((.(((....))))))).......)))))))))))))))))))...((...))..((((((.((((.....)))).)).))))((((((((...))))))))((((((.(((...)))...)))))))))))))))....((((((....))))))..................(((((((...(((((.(((((((((...((((((((((((((...(((.(((...........(((((((((((((((.....((((((((..(((((((...))))))))))))..))).....)))))))..........))))))))(.((((.(((.....((((((....))))))))))))).)..........((((((((....))))))))))).)))))))))))................((((((...))))))........))))))..)))))(((....))).(((((....)))))...)))).)))))....))))))))))))))))).)).....)).))).))).))))((((((.((((((((.((((...)))).)))).).))).))))))............................................((((....)))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((({((.((....((.((((((((((,,,.(((((((((.(((((((({.(((,((((((({((,((((((.(((((((((((((({.((((((((((.(.((((,,(((((({((..(((((((.({((((((..((((((((((...)))).....))))))..)))))}...,.....,((((..(((((...)))))..)))}((((((((((((.,,,,||||}{((,(({{{{.....,},,,.,,,,.,,),})))}}.)}}.)))))))..........((...(((((.((((.....{((.(((((...((((((((((...,{,,..||....(((((((.,{.,,.....}},}..)))))))...}}},.,}..((((((.,((((..(((((.(((({(,.{{{{|,,.})))}.,||,...,})).)))))..{((....)))((((((....))))))((((((.(((((.(((.(((((((((,((({({{,{(,.{{{{...))}),,..{({{....||}}...}|}|..,,},..,,),)))))))))))))))))||......,).))))))(((((((((((.,(((((({.(((.(((.....).)).)))}))..)))).}..)))))))))))(((((..((.((((..(((,.(.(((((((,((..(((({((...((((((.{(.{((.(((...(((((...(((((...........)))))))))).))).)).).)).))))))))}))))..))))))))).},,)))))))))..)).)))..(((((((({,{{(((..((.(((({.(((....))).})))).)).)))..)).}}),.)))))).,.(((((((.((((.....(((.((((....)))).)))(((((((........))))))).)))).))))))).)..)))),.))))))........))))))))))))))).{((.((..((((.(((((((((((.((..........,{|....,}},)).)))))).)))))))))..))))}..})))))).)))))...)).........))).)))))))..})).))))))|(((((((((...........}}}}..})))),,))).).).)))))))))).)..{((((.((({.,,({{{.....}))}{{,((({{{{.(((((({.............))))))).}}}...)))).)}((((.((,...}))))))..}))).))))}.,,,..({(((.{{.,,....,,))..)))))))))))).......))))))).)))))),|}...,....{|||{.{(.((...((((((((.((((.....(((((((.(((.(((((..(((.({.,(((....))))))))..))))).)))..)))))))..)))).))))))))..}),...,,.,},},...{{{,||||,,.,}||||||,,.....}}}))))))))}))))})).,.||},,}}..((((((.((((.....)))).)).))))((((((((...))))))))((((((.(((...)))...)))))))))))))))....,{((({....}))))}..,,......,,....,,({{{{{(...(((((.(((((((((...(((((((((((((,..,(((,(((,.......,,,||{{{(({(((((((..{,.((({((((,.(((((((...)))))))}))})..))),....))))))).....,,,,||}}}||||{,((((.(((,....((((({....})))))))))))),)|.,,,,..,,|(((((((....))))))))})),)))))))))))..,,,.......},,.((((({...})))))........))))))..)))))(((....))).(((((....)))))...)))).))))),}.,))))))})))))))))).)).....)).))).))).)))){(((((.((((((((.((((...)))).)))).).))).)))))}............................................{{,,.,,,))}}.......
Back