Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001372066.1
Sequence Length
3143 nt
GC Content
0.4773
GGCAGCCAGCACUUUGCGCUCACCCAGAGAGUAGCUCCACUUGGGUGCGAGACCGAGAGGGGCAUAUCCGUUCACGCCGAUCCAUGAAAAUGCUUUGGAAAUUGACGGAUAAUAUCAAGUACGAGGACUGCGAGGACCGUCACGACGGCACCAGCAACGGGACGGCACGGUUGCCCCAGCUGGGCACUGUAGGUCAAUCUCCCUACACGAGCGCCCCGCCGCUGUCCCACACCCCCAAUGCCGACUUCCAGCCCCCAUACUUCCCCCCACCCUACCAGCCUAUCUACCCCCAGUCGCAAGAUCCUUACUCCCACGUCAACGACCCCUACAGCCUGAACCCCCUGCACGCCCAGCCGCAGCCGCAGCACCCAGGCUGGCCCGGCCAGAGGCAGAGCCAGGAGUCUGGGCUCCUGCACACGCACCGGGGGCUGCCUCACCAGCUGUCGGGCCUGGAUCCUCGCAGGGACUACAGGCGGCACGAGGACCUCCUGCACGGCCCACACGCGCUCAGCUCAGGACUCGGAGACCUCUCGAUCCACUCCUUACCUCACGCCAUCGAGGAGGUCCCGCAUGUAGAAGACCCGGGUAUUAACAUCCCAGAUCAAACUGUAAUUAAGAAAGGCCCCGUGUCCCUGUCCAAGUCCAACAGCAAUGCCGUCUCCGCCAUCCCUAUUAACAAGGACAACCUCUUCGGCGGCGUGGUGAACCCCAACGAAGUCUUCUGUUCAGUUCCGGGUCGCCUCUCGCUCCUCAGCUCCACCUCGAAGUACAAGGUCACGGUGGCGGAAGUGCAGCGGCGGCUCUCACCACCCGAGUGUCUCAACGCGUCGCUGCUGGGCGGAGUGCUCCGGAGGGCGAAGUCUAAAAAUGGAGGAAGAUCUUUAAGAGAAAAACUGGACAAAAUAGGAUUAAAUCUGCCUGCAGGGAGACGUAAAGCUGCCAACGUUACCCUGCUCACAUCACUAGUAGAGGGAGAAGCUGUCCACCUAGCCAGGGACUUUGGGUACGUGUGCGAAACCGAAUUUCCUGCCAAAGCAGUAGCUGAAUUUCUCAACCGACAACAUUCCGAUCCCAAUGAGCAAGUGACAAGAAAAAACAUGCUCCUGGCUACAAAACAGAUAUGCAAAGAGUUCACCGACCUGCUGGCUCAGGACCGAUCUCCCCUGGGGAACUCACGGCCCAACCCCAUCCUGGAGCCCGGCAUCCAGAGCUGCUUGACCCACUUCAACCUCAUCUCCCACGGCUUCGGCAGCCCCGCGGUGUGUGCCGCGGUCACGGCCCUGCAGAACUAUCUCACCGAGGCCCUCAAGGCCAUGGACAAAAUGUACCUCAGCAACAACCCCAACAGCCACACGGACAACAACGCCAAAAGCAGUGACAAAGAGGAGAAGCACAGAAAGUGAGGCUCUCCUCCCGCCCCGCCCCUCCCACGCCUCACCAGCCCCCCGCGCGCCCACCCUCCGGCGGGUGACAGCUCCGGGAUCAGCAACCCUUCCUGCUGCUGCUACUGCUGCUGCUGCUGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCUGCCCUUGGGUCCCCCCGAGUCUCCGGGACUGCCCUCUCGACUGUCAGUGGGGCAGCCUCUCCGACUCUGCACCCGCCUCGACCUCCCCACCCGCUCCCACACCCCUGUGCCCUCAUGUGGAGCCUAAGAGAACAGAACAGGCCGUGAAGCCAGCAGAGAAAAGUUCUGCCAAGUUUGUGAACCCUUUUUUUUUUAAACAAAACAACAAAUCAACAACAGCAACAACAACAACAAAAAUUAAAAACUUUUUUCUAAAAAAAAAGUGAAAAUAAAAAAAAUUAUAUGCGCUUCAUGGGACUGAGUCACCACCUUCCCUUACAUACUUCAGUUCAGAUUGUAGCCAUACUUAAAAAAAAAAAAAAAGCCAAAAGAUGAUGACAACAUUUUUAUCAGUAUUGUGAAUAAACUUGAACACAAAUACACGAAGUUCCAUGUCAUGUCUUCAGUUGUAGAAGUUUUUCCUCUUUAAGGUAAAGCGACCAACUUGAACUUUCUCUGGCAACACGAUUCGCAGUUAUAUAAGGGAAUCAGUGUUCACGUCUCUGUAUAUAUUUAUUUAUGUGUAAUUUAAUGGGAAUUGUAAAUAUGGUGAGUCUGUUUUAAGCCUUUUUUUUUUUAUUUAUCUGAUCUUGUUUACCUCUUGUUUAGUGGGUUUUGAAUCUUCCCUAUUAGUUCUUCAUGUGGUUCAUGGUACUGAUUUAGAAAUCCAGUGUUUGGGGGAUUUUUUUCUCUGGGAUUCAUGAAUUUAGCCCUGUUGUAGCAUGUUAAAGGUGACAAACAGCUGGACAAAUUUUUAAAAAGUAAAAUAAAAUUUUAUCUAUAAUUAGUAUUAUUACAUUUAGCUUUUCAUUGAACCGAAAGAAAAAAAGUGAUAUUGGACCCUGGAAAGAUUUUGAAACUUGAGUGGUUUGAUAACCCUUCUAUGUAUUGUAGGGAGAAAAAAAAAAGUUUAUUUUAUUCCACUGUCCUCCCUUAAAAGCAUCAUUUGAGCAAUAAAUGAAUAUUGUCUUUAAACCAAGGGUUAGGGAAUUUUCCUCUCUCUCUCUCUCUCCUCUCUCUUUCUGUUCAAAGAACUUCAAACAUUUGGGACCACCUGGUAUUCUGUAUUUUCACUGGCCAUAUUGGAAGCAGUUCUAGUUGCAUUGUAUUGAGUUGUGCUGGCAGUAGUUUCCAUGCCUGUCAAUGUAUCAUAGUCCUUUGUUGCCCAGAUAAAUAAAUAUUUGAUACGCUUUAUGUCGAUUUUUUUUUAUUCAGUGGCUGUCUUUACCCAGGCGUAUUUUUGUUCUUGGCAGUAUUUUUUAUUCAGUAUGGUUACAGUAAUUGAGUUUAACUCUCCCUUGGCAAUUGCUCCUUGCAAUAAGCAGCUGAACCCAUUGUUUCCCUCAAGUAUAAUAAAAACUUACUUUCAACUUGGAGUUCAGAGCAGGGUAUCAUUUAGAUAUUCCACUGUGUCUGUAUUCAGACAAAUGACACAAUAAAACCCAAUGUAUUCUUUUGGAUAAAAGAUUGUUUGUACUGCUAAAGGAAUGACAUACUGUCUUUUCCUUACUAGAAACAUUAAUUUUAUUAUUAAAAAUAAAGUUUUAUUUUAUUUAUGUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-864.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -929.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 933.82
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((...(((.(((.....))).)))(((((((.((((((.(((..((((.((((((((((((((....((((..(((....)))..)))).....)))))))).......((((((((.((((((((((((((.(((((((.........((((((((.(((.(((((.....))))).((((((........))))))........)))..))))))))....................((((((((....................((((((..........(((....)))..................(((.(((...(((((...((.(((..((.((((((...((....)).....))))))..))..))).))))).)).))).)))))))))..(((....)))..))))))))........))))))))))..)).)))))))))((((((((((.((((((.((.((((((((..(((........)))..))..)))...(((.(((((((((((...................))))).))))))))).........((.(.(((.........))).).))................))))).)))))))))))...))))).......(((((((((((.................)))..........))))))))(((((.(((.((((((........))).)))..))))))))....(((....)))....))))...))))((((.(((((((((((..(.((.((((((((.(((.......)))..((((..(..(((((((((.((((..((..((((...(((..............((((..((((((......................))))))........((((((((...(((...((((((.......(((((((.........))))).))..((((((((.....((((((((((..(((((....(((.((.....(((.(((((((....)))).....))).))).....)))))....)))))))))...(((((.((...........)).))))).))))))................((.(((....)))))((.(((((.((((((..((((..(((((..............)))))....))))..)))..))).)))))))((((......))))...........)))))))))))))).(((((((....)))))))..))).))))))))..........(((.((((.....)))).)))..........))))................)))...))))..))..))))...)))))))))...)..))))(((((((...(((((((.........((...)).........)))))))........(((.((((........)))).))).((((..(((((...........)))))..))))......))).)))))))))))).))).))))))))).)).))))(((....)))(((((...(((.(((((((((.((...)))).))))))))))....)))))))).)))..))))..)))..))))))....((((....)))).......))))))).....(((((((((.(.(((((((((.((((..((((...))))((.((((((((((((((...............((((((...((((...............................((((((((.....))))))))((((((((((((((......(.(((...((((((.((.((((((..((((((((((..((.......))..))))).......................((((..((((.((((((.....(((....((((((((............))).)))))...))).....))))))))))(((((((.....(((((.(((.....))).)))))...)))).)))........))))((((((((((.(..........).))))).)))))..........(((((((......))))))).......))))).........)))))).)).))))))))))...)))))))))))).)))))).)))))).(((((....((.((((((((...........((((((...(((((.....))))).))))))...)))))))).))...)))))............))).))))))))))).))((.(((((....(((((....))))).))))).))...........((((((.((((..(((..((.(((....)))))..)))..)))).))))))(((((((..((((((((..((((....((((((...(((((((...........(((.((...((((((((((..((((.((..((((((..............................))))))..)).)))).....((((((((......))))).)))......))))))))((((....)))).........))...)).))))))))))))))))...)))).....(((((((.......((.(((.(((((.((.((.(((.....((((((((.(.(((((...(((......)))...))))).).).))))))).))).)).)).))).)).))))).......)))))))..........((((((.......))))))))))))))..))))))))))).))))))...))).)..)))))))))((((((((((((((((((((...((.((((......((((...)))).......((.(((((.....)))))..))..(((((((((..(((......((((.........))))......))).))).)))))).((((((((((.....))))..)).))))(((((....))))).....................)))).))..))))))))))).......)))))))))((((((.((((...))))..))))))....(((((.(((.(((((....))))).))).)))))..........))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,(((((..{((({,{({.{{,,|||,|,.(((((((.{(((((.(((..((((.((((((((((((((,,..((((..(((....)))..)))).....)))))))).......,,,{((((.((((((((((((((.(((((((.........((((((((.,((.,{{{|..,,.||||,{((((((........)))))}...|.},,)})}.))))))))...........,..,.....((((((((....................,({{{,..........((({...|||............},,..,|||.{{,..,(((((...,,.((({.{({{,,{{{,,.|{.,,,),...,,)))))},.})},}}).)))}}.)),||}.}})})))))..{((....))}..))))))))........))))))))))..)).)))))))))((((((((((.((((((.((.(((((((,..(((......}.)))..),.})))|,.(((.(((((((((((...................)))))}}))))))))...,,....{{.,.(((.......,,))}.|.,,...}},..........}))}),)))))))))))...))))).......{(({(({{..,,.....{,,.......})),..........|||||||}(((({,(((.((((((........))).)))..))))))))....(((....)))....|||}|..,,.|,||||,.(((((((((..{,(((((((((((..,,..,....|,({((,...,|||(((((((((.((((..((,.((((,.,(((,..{{,.......{((((....{{{{...|||,....{{{,......,||{,|....}}}.,|{((((((.,{(((...{,,,,,.}}}}}.||||||,.........})),||(({,(({(((((.....((((((((({..(((((...{(((,((.....(((.(((((((....)))).....))).))).....))})).,,.})))}})))...(((((.((...........)).))))),))))))....}}}}....,{,,,,{((({...{|..|(({((((({((({{(..,(((..{((((.......,,.....))))}}}}})))),,)))}})),.))))),,|||,....,,)),.,,,,.,}}}},,,))}}}}|||}||,(((((((....)))))))..,,)})}})))}|,....,,,,.(((.((((.....)))).)))......|||..,,,.}},............)))...))))..})..))))...)))))))))...{(((((|,((.({....,||,,||})))))}..{{...}}.........||},,,}..||....,||}||{{,.|,,...)),))))).((((..((({(..,,,,.....}}})).,)))).....)))))))))))}})})))))))})))))))).)),)))}(((....)))(((((...(((.(((((({{{,{,...,,,).)))))))})),...)))))))).)))..))))..)))..)))))|....((((....}))).......))))))).,...{,,,{({({(((((((((((,((((,(((({{{{{||{|,{{{{((((({{,,............,}}}|,,,..,|,,,||.{,,,,.,,....,...................((((((((.....)))))))),,((((((((((((......(.((({..{(((((.((.((((((..((((({((.,,,,,..,{{,,,{,{{({,{{,,,,,,................{,,,.{((((.((((((.....{{{....((((((((............)))}}})))..,)}}.....))))))))))|{(((((..,..(((({.(((.....))).)))))..,))))),)},.......}))){{{{((((((.{.......,,,),)))}}.)))}},.{|,.....(((((((......))))))).....,.)))))..,......)))))).)).))))))))))...)))))))))))).}}}),}.)))))...}}.}))}}{{.(((({{{{{{{{{....,.{{,{{{...{{{{{.,,..))))).}}})))}}}}})})))).)}.})))})))}}})})))))))),.}}}}}}....,.||}}}|}}.,.,},||||,..})))}))))..))))).,...........(((((((((((((((((((.,.{{{,{{(((..{{|{..,{{,{...{{{.((((((.((((((.....{{.{{,.,,{((({{((((({({,.....,,,,,{{{.((((,...}}}}||},.{(((.{(..((((((.........,,,.....,..,,......,.))))))..)}.)))|{{{{{(,{{{{||,,,,..}}}}))}})},,.}},||||}}{((((....}}}}.,,},,...,,.,,......)))))).)))))).|||,,,,,,,,{,,,(((,{,...,((|,,..{{,......|{.{{{|{...{(((((((,{,({(({{((({{,,,..,||,,}||||||,|,,.}}}}}}}})}),)}}},,|||,||,|},}},.||||{|{,,{{{{{{.{{{.,.{{((((,,,,...}}}}||...,,.}}}}}},.},}}}||||...,,.,)))))},,,.,}}}}}}{||||{{{{{{{{{{{{{{|,|,||.{{||,.....((({...}}})......|||.{{(((.....)))))..}),,(((((((((..({{......((((,........,,,),,,,..})).))).)))))).||,(((((((.....))))}}),.,||((((((....)))))}...,,.,,.......,,}}})))}.}},,})))}})))))}..,..,,}}}}}}}}((((((.((({...})))..)))))).,}}}},,,..}}}).,}}}})})).,.)))))))))))))))))))..,,,..
Back