Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001372188.1
Sequence Length
3298 nt
GC Content
0.4509
AAAACUCACGCCCCAAACAAAACGCAAGGAGAGGAGGGCGCGCGGCCUGCAGCCCUCGCCCGCGUCCCCGGCCGCGGCGUGAUGCGCGCGGACCAGCCCGCGACGCCCGGGCUGCCGCUGUCCCCGCACCUGGACGCUGGCGCGGUGGCCGCGCCCCAGCCUCGAUCGCUCGCCGCGGCGACUCGGCCCCAGGCUUCCGGCGCCGGUGGGGGCCCUCGCUCUCCAUGGGGCUGAGGGACUGGCUGAGAACCGUGUGCUGCUGCUGCGGGUGCGAGUGCUUGGAGGAGCGCGCCCUGCCUGAGAAGGAGCCCCUCGUCAGUGAUAACAAUCCAUAUUCCUCAUUUGGAGCAACUCUGGUGAGGGAUGAUGAGAAGAAUUUAUGGAGUAUGCCCCAUGAUGUGUCCCACACAGAGGCAGACGACGACAGAACCCUGUACAAUUUGAUAGUCAUUCGUAAUCAGCAGGCCAAAGACUCAGAGGGAGUGCUCCAGAGUGGUGAGACAUCCAAGCUAAAGCAUAAAGCCAACCAUUGUUGGGAGUUAUUGACGGCCCCUCUAAGUCUUGAAGGUGCCAGACCGCUGGGCACAGGCCUCUCCUGGCCUCCACCCCCUGCCAACCGCUACUCCAAGGAGUGGCAGAAGCUCAACUAUGAUAUCCAUACCCUGCGGCAGGUUCGAAGGGAAGUAAGAAACAGAUGGAAGUGCAUCUUAGAAGAUUUAGGUUUUCAAAAGGAAGCUGACUCUUUGUUGUCAGUGACUAAACUCAGCACCAUCAGUGAUUCUAAAAACACAAGGAAAGCUCGAGAGAUGUUGUUAAAACUGGCUGAAGAAACCAAUAUUUUCCCAACAAGUUGGGAGCUCUCAGAGAGAUAUCUCUUUGUUGUGGACCGUCUCAUUGCACUUGAUGCUGCAGAAGAGUUCUUUAAGCUUGCUCGUCGAACUUACCCCAAGAAGCCUGGGGUUCCAUGCCUGGCAGAUGGCCAGAAAGAACUGCACUACCUUCCGUUUCCAAGUCCCUAAAGGAGAGGCUCAGGGGCAGAAUGGGAAUUCUUCCAUGAGGACUCAGCAGUCAACCAAAGUUGGACAAUUACAUGUAGAAGAGAGUGAGCAAAUAGAGUUUGCUUAGUGAAAAAUGAUACUGAAUUCUACAUAAAUGUAAAGUCUUUAAUCUGAGGACCCUGCCCCAUGAAUUGUGCAGGCUGCAUUGAAACGCCUUGGUGAUCUCAUAUUUAGGAAGAAAGUUAAAGAGUUGGUCAGAUGGAUAGUUCAUAAUGGGUGGUUCCAUUCUGAGAGCCCAUUGCCCCAGCUUUGGUUUUAGUUGUGUCAUAAUCUCUGAUCAUUAAUCCUACUGACUGAGUGGACUAUUUCAGUUAAUAAAACAAUAUGAUUAAUAGAGAGAGCUGUCAUUGAGUCCCAAAAUGGAUUGCCAGUUUUAAAAUAAUUAUUAUAAAAUGUAUGCUAACCCCAAAAUAAUACUAGGCAUGAGGUGACCUCUCUGAUUUGGUCACCUUGUAGAACCUUGGAGGGUGUCAGGGCAUCUCUUUGAGUAUCAGUUAUGAUUAUUCAGAAGUAUAGAUGUAUCAAAUGAUAGAAAUGACAAGGAAUGGCUGGGCGUGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGUGGAUCAUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGACCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGUGUGAUGGCACGCGCUUGUAAUCCCAGCUACCCAGGAGGCUGAGGUAGGAGAAUCGCUUGAGCCCGGGCAGUGGAGGUUACAGUGAGCCGAGAUUGCACCAUUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGUUAUGUAUUCAUGUGUUGUACUUGCAUUUUAAAUUCCCAACAUUAUUGAUAUCUGGUUCUCUCAUCUUUGUAUAUUGUCCAUUUCUAUUCCAAAAGCCUUUCGCUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAUGGACUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUUCCGGUUUCAAGUGAUUCCCCUGCCUCAGCCUCUGGAGUAGCUGGAACUACAGGCGCGUGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUAGCCACGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCGUCAUCCGCCUGCCCCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGUCACCGCGCCCGGCCAAGCCCUUGGCAUUUUAUCUGGAAUAGCAUCUGUAAACUGAAGUGUUUGACCUCUGUUUUCUUCUCUCCUCUUUCAUCUGUUUCUGAUUCGUUGGCUGGCAGCUGCACCUGUGGGGGGACCUCUCAUGCAGACUUGCACAUAUGCAGGGAGUAUUGCACUGAAGAUCUUUGCUGGACCUUCUUCUCUUCAGAAGAUAAUUUUCAAAAGGGAGCAAUGCUGUGAAUGCAGCUUGCUUCUCUCUACAGAUUGAGAAGUCCAGCUUCAAAAGUUACUUGCCACUUAAGCAAGGAACUUGUCAAGAGAUCAUGGUUCAUGUUACUGAAAAGACUUUAAGGAUUUGUAAGGUUAAUCCAUAGAUUGCUGAGAAAAAUGGAAAUAUUUUUAUUUUUACAGAUUUUGCACUUCUGAAUUCAGGUUAAAAACUAACUUGUAUUUAGUCUGCUUAGAGGACUGUGACUUGAAAAUUUUUAUAUACCAAUGAGCUUUUUGGUAGCGUCCACAAUGUUUAAAAUAUUUCAUAGGCGAGAUCCGUGUUCUCCAUUUAUUAAUGCAUUGUAGACCAAUUUAACUGCUGUGUUUCAGGAAAAUUCUUCCUAGUUUAAUAAGCAAGCUAAAAGUUUUAUUUUUUAUAUUUAGUGCUUAAUCUUUGCCUCAUGUUAUGUAAAAUUAGCCUGCAGAUAUUUUCUCUCAAUUCUGUAGACUCUCGCAAGAUAAACAUUCAAACAGUGAAACAAACAAUAAAAUAAAUAAACCUAAGGAUGUCGUAUUGUUUUACUCUCGGUCUCAGAAUUUGUAUUUUGCCUUUCUGCCUUUUUUAUGUCAAAAUAGAUGAGAUUGUGUGCAUCUAUAAAUUGUUACCACAGUAUUUUUGAUAAUGAAUAAGGAUAGGACUAUCUCUGUGAUUAUUAAAAUACAUGGAAUUAUCCAGGAAAUUUUCCUUACAAGGAAUUAAAAGACUCCUGUAUUUACUUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1321.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1380.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 800.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((.((((((............((((((((((((..(((((..((((((((((((((((........))))).)))).((((((((......))))).)))..))))))).))))).(((.((((.((.((((((.((((.(((((((((...((..(((....)))..))))))...)))))))..))..))))))))))))))))))))).)))))).))))))))))...((((.(((...((((((((....)).(((((.((..((((((....)))))))))))))((((..(((....)))..)))).(((....)))..(((((((((((.((((...)))))))))))))))..((((((((.((((((........)))))).(((...)))((((((((((((.((........(((((......(((.......)))......)))))......(((((((((((.(((((........(((.((.((((((.....(((((((((((((((((.((((((.(((.((((((((.(((((..........(((((((....)).)))))..(((((((((((......)).((((((....(((((((....)))))))....((.....((((.....))))....)))))))).....(((((.....(((((.((.((.((((((((((.((((((....))))))....((..((((((........))))))..))....((.(((.((((((((..........(((((....(((((..((..(((((..((((.(((.........)))...))))..)))))..))..)))))..(((((((....)))))))))))).............))).))))).))).)).((((((....((....))....))))))((((((.......)))))).......(((((.....))))).))))..)))))).)).)).)))))....)))))..)))))))))((((((((((.((((((....))))))...((((....))))..(((....)))....((((((((((((...(((((((((((...)))))))).............)))...)))))))....))))).(((((((...))))))).))))))).)))((((((.(.((...((((((((.(((..(((....)))....)))...........((((((((...(((((....((((.((((((....)))))).))))...)))))...)))))))).)))))))).)).)))))))...(((((((.........((((((((........))))))))..........))))))).))))).).))))))).))).))))))))))).)))...))))))...................((((((..................))))))((((((((..........))))))))))).....))))))..)).)))))))))))))))))))((((....))))..(((((...(((((((((.......(((((((.((.(((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((((((((.(((((((((((((.((.((((((.(.((.(.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((...((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((.(((((..(((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((.((((((......(((((((((((((((((((((((((((...(((((...((((((...................))))))....))))).(((......((....))........))).....................))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).)))))))))..))))).)))))))))))).))))))))))))))))).))))))))...))))))))))))))).))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).).)).).)))))).)).))))))))))))).)))))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))...))))).))))))))).......)))))))))..)))))))))))).))))))).))))))))......(((((((((((.((((.........((((((((((..((.((((...)))).)))))))..((((((((..(((((((.....((((((((((((((((((((((..((((((....)))))).............(((((((.(((((....))))))))))))((((........)))).))))))).....((((..(((((.......)))))..))))....))))))).........((((((((((((.((((((((((((...((((((.(((........(((..((((((((((....)))))))))).))).....(((...((((((.(((((((.....))))))).))))))..))).....)))...))))))..))))))))).........)))))))))))))))(((.(((((((((((..........(.(((.....))).)..........)))).))))))).))).........((((......((((((.....))))).).......))))...((((((......))))))..))))))))....)))))))...))))...))))....((.(((((((..............))))))).))...((((((((...((((..((((((((((((((.(((...................))).)).))))))))))....))....))))...))))))))....)))))........)))))))))))))))((((((.(((.........)))...))))))..((((((((((..(((.(((((....))))).))).)))))))))).))))))..))).))))((((.......((((.(((.((....)).)))))))......)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......................{{..(((((({(((((((((..(((,((((,((((((((((,{...,{{|||||{||||,((((((((......))))).))).|||||||}{((.((({{{{{.{{.}}}}}}.||{||||.}})})))}},|||||{||,}|||,|||}|||||,.((((((({{{(,({{,{(((.((.{{{||{||,...))}),))})}))))))}))},}}}}}}}}}..|||,|,{{,,},)).)))))}))))).))}}),))).))))))))).}{(((..(((....)))..)))|,(,{{{..,{{{{{((((((((({,((((...))))))))))))))|,.((((((({.((((((.,......)))))).(((...)))|(((((((((((,,{.,{{{...,||||......{((.......}}},,||,,}}}||,.....(((((((((({,(((((,,...,,,{{,.((.(((|,{|,..|{{|{,..{{{{{(((((.{(((((.(((.((((((({{(((((.{{{,,....(((((((....))}}}))).{(((((((((((...,..,}.((((((....(((((((....)))))))....((.....((((.....))))....)))))))).....(((((.....(((((.((.((.((((((((((.((((((....))))))...,({..((((((........))))))..)}....{(,(((.((((((((...,......{{{{{,{{.,{{{{{{(({.{((({..,,||,(((.{.......)))...},||{{|||,,..})}}))}}}|}|{(((({...,))))))}}}}}},...,..,,,,,,}}}.})})).))),},.{((({{....,|...,}}..,.}}}}},((((((.{....,)))))).......(((((.....))))).))))..)))))).)).)).)))))....)))))..)))))))))||{{((((((.((((({..,,}}))}}{,{((({{{{{||||{{(({..|||||,,..{{{,((((((((...(((((((((((...)))))))),............}))...)))))))}...}))},.(((((({...})))))),}}}|||},||,.,||{||{|{{,|,,,,,.,,{}|||,,{{({{,.,,,.,{,|||,......,,,,{{{{{{((,,,(((({.,..(({{.((((((....}))))}.)))),},))))),..))))))))|}}}}},}}}},}}},...,,,,{((((((......,,.((((((((........)))))))).,,.......)))))),.))))).).))))))).))).)))))}))))).}}||{,{({{{{.,,,....|}|.}},,,,.}}|}||..............,,,.}}}|{(((((((((..........)))))))))}).,..,))})),}})),))})))))))))))))))){{{{....)))),,|{(({...(((((((((.{,....((((((((((.(((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((((((((.(((((((((((((.((.((((((.,.((.(.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.,.((((((((((({{(((((((((((((.((((((((((((.(((((..(((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((.((((((......(((((((((((((((((((((((((((...((({(,{,((((((...,,........,,....)))))).,,.))))}.{((,.....,,....||........,,,.............,,......))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).)))))))))..))))).)))))))))))).))))))))))))))))).))))))))...))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).).)).}.)))))).)).))))))))))))).)))))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))...))))).)))))))))..,,...)))))))))..)))),})))))).))))))).)))))))),},,.{(((((((((((.((((.....,...((((((((({..{{,((((,..)))),))))))).,{(((({{{,,(((((((.,...((((((({((((((((((((((..((((((....}))))}............{(((((((.(((((....))))))))))))|(((........)))).))))))).....((((..(((((.......)))))..))))....))))))).,{,.,,,,((((((((((((.((({{{(((({(,,,((({{{,{{{.,,|,,,.(({,,((((((((((....}))))))))).|||,,{..(((...((((((.(((((((.....))))))).))))))..))),,},.}}}}}}))}}})},}}}}}))))....||...))))))))))))))){{{.(((((((,{,,,,,,......{.({(,,,..}}}.,,,,,....,,}}},.))))))).)))........,{(((,{,,,.{(((((.....))))).}....,}})))),|,{{{{{{......}}}},,..})))))))..,.))))))).,.)))}..,}}},....||.(((((((..............))))))).},...((((((((...{(((..{{((((((((((((.{{{...,...............})).}).))))))))))....}}....))))...))))))))....)))))........)))))))))))))))}.{(((,{{{.........))),,.)))}((((((((((((((.,,{{.(((((....))))).)}).))))))))))))).||||....)))|{{{....|||||,,,.||||.........,)))))),....,,,,,,.
Back