Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001372190.1
Sequence Length
2951 nt
GC Content
0.4155
AGUCUAGUGAGAGGCAGUCCUGCGUUCUGCCUGGUGGGAGUCAGAGUCUUAAGAUUUGCCAAGUCCUGAUGCCAUCAGCAUUCACAUUGCCUUACAGAGGUCUCCUCCCCACUCCAAGAUAGUGAUAACAAUCCAUAUUCCUCAUUUGGAGCAACUCUGGUGAGGGAUGAUGAGAAGAAUUUAUGGAGUAUGCCCCAUGAUGUGUCCCACACAGAGGCAGACGACGACAGAACCCUGUACAAUUUGAUAGUCAUUCGUAAUCAGCAGGCCAAAGACUCAGAGGAGUGGCAGAAGCUCAACUAUGAUAUCCAUACCCUGCGGCAGGUUCGAAGGGAAGUAAGAAACAGAUGGAAGUGCAUCUUAGAAGAUUUAGGUUUUCAAAAGGAAGCUGACUCUUUGUUGUCAGUGACUAAACUCAGCACCAUCAGUGAUUCUAAAAACACAAGGAAAGCUCGAGAGAUGUUGUUAAAACUGGCUGAAGAAACCAAUAUUUUCCCAACAAGUUGGGAGCUCUCAGAGAGAUAUCUCUUUGUUGUGGACCGUCUCAUUGCACUUGAUGCUGCAGAAGAGUUCUUUAAGCUUGCUCGUCGAACUUACCCCAAGAAGCCUGGGGUUCCAUGCCUGGCAGAUGGCCAGAAAGAACUGCACUACCUUCCGUUUCCAAGUCCCUAAAGGAGAGGCUCAGGGGCAGAAUGGGAAUUCUUCCAUGAGGACUCAGCAGUCAACCAAAGUUGGACAAUUACAUGUAGAAGAGAGUGAGCAAAUAGAGUUUGCUUAGUGAAAAAUGAUACUGAAUUCUACAUAAAUGUAAAGUCUUUAAUCUGAGGACCCUGCCCCAUGAAUUGUGCAGGCUGCAUUGAAACGCCUUGGUGAUCUCAUAUUUAGGAAGAAAGUUAAAGAGUUGGUCAGAUGGAUAGUUCAUAAUGGGUGGUUCCAUUCUGAGAGCCCAUUGCCCCAGCUUUGGUUUUAGUUGUGUCAUAAUCUCUGAUCAUUAAUCCUACUGACUGAGUGGACUAUUUCAGUUAAUAAAACAAUAUGAUUAAUAGAGAGAGCUGUCAUUGAGUCCCAAAAUGGAUUGCCAGUUUUAAAAUAAUUAUUAUAAAAUGUAUGCUAACCCCAAAAUAAUACUAGGCAUGAGGUGACCUCUCUGAUUUGGUCACCUUGUAGAACCUUGGAGGGUGUCAGGGCAUCUCUUUGAGUAUCAGUUAUGAUUAUUCAGAAGUAUAGAUGUAUCAAAUGAUAGAAAUGACAAGGAAUGGCUGGGCGUGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGUGGAUCAUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGACCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGUGUGAUGGCACGCGCUUGUAAUCCCAGCUACCCAGGAGGCUGAGGUAGGAGAAUCGCUUGAGCCCGGGCAGUGGAGGUUACAGUGAGCCGAGAUUGCACCAUUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGUUAUGUAUUCAUGUGUUGUACUUGCAUUUUAAAUUCCCAACAUUAUUGAUAUCUGGUUCUCUCAUCUUUGUAUAUUGUCCAUUUCUAUUCCAAAAGCCUUUCGCUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAUGGACUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUUCCGGUUUCAAGUGAUUCCCCUGCCUCAGCCUCUGGAGUAGCUGGAACUACAGGCGCGUGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUAGCCACGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCGUCAUCCGCCUGCCCCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGUCACCGCGCCCGGCCAAGCCCUUGGCAUUUUAUCUGGAAUAGCAUCUGUAAACUGAAGUGUUUGACCUCUGUUUUCUUCUCUCCUCUUUCAUCUGUUUCUGAUUCGUUGGCUGGCAGCUGCACCUGUGGGGGGACCUCUCAUGCAGACUUGCACAUAUGCAGGGAGUAUUGCACUGAAGAUCUUUGCUGGACCUUCUUCUCUUCAGAAGAUAAUUUUCAAAAGGGAGCAAUGCUGUGAAUGCAGCUUGCUUCUCUCUACAGAUUGAGAAGUCCAGCUUCAAAAGUUACUUGCCACUUAAGCAAGGAACUUGUCAAGAGAUCAUGGUUCAUGUUACUGAAAAGACUUUAAGGAUUUGUAAGGUUAAUCCAUAGAUUGCUGAGAAAAAUGGAAAUAUUUUUAUUUUUACAGAUUUUGCACUUCUGAAUUCAGGUUAAAAACUAACUUGUAUUUAGUCUGCUUAGAGGACUGUGACUUGAAAAUUUUUAUAUACCAAUGAGCUUUUUGGUAGCGUCCACAAUGUUUAAAAUAUUUCAUAGGCGAGAUCCGUGUUCUCCAUUUAUUAAUGCAUUGUAGACCAAUUUAACUGCUGUGUUUCAGGAAAAUUCUUCCUAGUUUAAUAAGCAAGCUAAAAGUUUUAUUUUUUAUAUUUAGUGCUUAAUCUUUGCCUCAUGUUAUGUAAAAUUAGCCUGCAGAUAUUUUCUCUCAAUUCUGUAGACUCUCGCAAGAUAAACAUUCAAACAGUGAAACAAACAAUAAAAUAAAUAAACCUAAGGAUGUCGUAUUGUUUUACUCUCGGUCUCAGAAUUUGUAUUUUGCCUUUCUGCCUUUUUUAUGUCAAAAUAGAUGAGAUUGUGUGCAUCUAUAAAUUGUUACCACAGUAUUUUUGAUAAUGAAUAAGGAUAGGACUAUCUCUGUGAUUAUUAAAAUACAUGGAAUUAUCCAGGAAAUUUUCCUUACAAGGAAUUAAAAGACUCCUGUAUUUACUUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1130.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1183.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 743.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((.((((((.........))))))(((((..(((((.(.(((..........))).)))))).))))).(((.......))).((((((((((.((((..((..((.(((((((((.(((((((...(((((((((((.((((...)))))))))))))))((((((.....((((((........)))))).((.((((.(((((..((((......((((....)))).....(((.((((((..((.((((((((((..(((((...(((((((.((((((.((((((....(((.((((((((((.((..((((((..(((((.....(((((.((.((.((((((((((.((((((....))))))....((..((((((........))))))..))....((.(((.((((((((..........(((((....(((((..((..(((((..((((.(((.........)))...))))..)))))..))..)))))..(((((((....)))))))))))).............))).))))).))).)).((((((....((....))....))))))((((((.......)))))).......(((((.....))))).))))..)))))).)).)).)))))....)))))........(((((((.(((((.((((((....))))))...(((.((((....((((((((((((....((((((((((((...(((((((((((...)))))))).............)))...)))))))....))))).(((((((...)))))))(((((..((.....)).)))))......((((...((....(((((.....(((((........))))).....)))))...))....))))((((((((..(((......))).))))))))..))))))))))))...)))).)))....(((((((((((.........((((((((........))))))))..........))))))...)))))...))))).)))))))(((...)))...((((((.(((......(((.((((.....)))).)))........))).))).)))(((((((((((..........))))))))))).)))))))).)))))))..))).)))...))))))....((((.(((..(((((...(((((((((.......(((((((.((.(((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((((((((.(((((((((((((.((.((((((.(.((.(.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((...((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((.(((((..(((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((.((((((......(((((((((((((((((((((((((((...(((((...((((((...................))))))....))))).(((......((....))........))).....................))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).)))))))))..))))).)))))))))))).))))))))))))))))).))))))))...))))))))))))))).))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).).)).).)))))).)).))))))))))))).)))))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))...))))).))))))))).......)))))))))..)))))..))))))).))))))..)))))))..)))))..))))...)))))))).)))))).)))))))..))))))))).)).))))))..(((..((((((((.(((((((.....((((((((((((((((((((((..((((((....)))))).............(((((((.(((((....))))))))))))((((........)))).))))))).....((((..(((((.......)))))..))))....))))))).........((((((((((((.((((((((((((...((((((.(((........(((..((((((((((....)))))))))).))).....(((...((((((.(((((((.....))))))).))))))..))).....)))...))))))..))))))))).........)))))))))))))))(((.(((((((((((..........(.(((.....))).)..........)))).))))))).))).........((((......((((((.....))))).).......))))...((((((......))))))..))))))))....))))))).....((((........))))(((((((..............)))))))......((((((((...((((..((((((((((((((.(((...................))).)).))))))))))....))....))))...))))))))........(((.(((((......))))).)))..)))))))))))....))))))).)))..)))))).))..........))..))))..))))))))))..............(((....)))(((((...)))))((((.(((.((....)).))))))).))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{,,,{((((((((((({..{{.{,..{(||((((((..(((((.(.(((..,.......))).)))))).))))))))}.....,,})}}}|,,{(((({{{||||..{{{{,...,,,,|||...,,.,||(((((((((((({,((((...))))))))))))))},)).||..,,,((((((,{,.,{{.,|||||.({{{{{{,|((((..((((.,...,((((....))))......{(.{(((((..((.((((((((((..(((((...(((((((.((((({.({((({....(((.{(({((((((.({..{(((((..(((((.....(((((.((.((.((((((((((.((((((....))))))...,({..((((((........))))))..)}....{(,(((.((((((((...,......{{{{{,{{.,{{{{{{(({.{((({..,,{|,(((.,.......)))...,,||{{|||,,..})}}))}}}|}|{(((({...,))))))}}}}}|,...,..,},,,,}}},})})).))},},.{((({{....,|,,.,}},.,.}}}}},((((((.{....})))))).......(((((.....))))).))))..)))))).)).)).)))))....)))))...,,.,.(((((((,(((((.((((((....}))))}...(((,((((,,,.{(((((((((((.,,.{{{,((((((((...(((((((((((...)))))))),............}))...)))))))}...})}||.(((((({...})))))){{,{({{{({{,,,||{|||||{{{,.....,,,||||,,,{((({.....{{{((,.......}}}}}.,,..|||}},,||,,}|}||}|,{{{||||,,{|||},,.,}|)}}})|}}}|,,)))))))))))}.,.}))}.}}}....(((((((((((......,,.((((((((........)))))))).,,.......))))))...}))))...))))).}))))))({....,)),.|(({|((,{{{.......,|,|,||.....}|||.|..........,,,.}}}.)))|{(((((((((..........)))))))))}}.))))))}).)))))))..))).))),.,||||||{{{{,,,.}|||.,|||||...(((((((((.{,....((((((((((.(((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((((((((.(((((((((((((.((.((((((.,.((.(.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.,.((((((((((({{(((((((((((((.((((((((((((.(((((..(((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((.((((((......(((((((((((((((((((((((((((...((({(,{,((((((...,,........,,....)))))).,,.))))}.{((,.....,,....||........,,,.............,,......))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).)))))))))..))))).)))))))))))).))))))))))))))))).))))))))...))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).).)).}.)))))).)).))))))))))))).)))))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))...))))).)))))))))..,,...)))))))))..))))}.,))))))),))))))..)))))))..)))))..))))}..)))))))).))))),,)))))))..))))))))))))}}}}|}}|||||||{{((,{{,.{{{((((.,...((((((({(((((({(((((((..((((((....}))))}............{(((((((.(((((....))))))))))))|(((........)))}.))))))).....((((..(((((.......)))))..))))....})))))).,{,,,,,,((({{((((({{.{(({{,(((({{,,,{{{{{{|{|{.,,|},,,{{{,,((((((((((....}))))))))).|||,{{..(((...((((((.(((((((.....))))))).))))))..})),,|,.||||||}}},}}|,}}}}}})}}..,,||,,.}}}}}}}))))))}}(((.(((((((,{,,,,,,......{.({(,,,..}}}.,,,,,....,,}}},.))))))).)))........,{{{{,{,,,.|(((((.....))))).}....,}})))).|,{{{{{{......,}}},}..})))))))..,.)))}})),,,}}||,,.,,.....,||,(((((((..............))))))).}},,,||,||||,...,,,,..,.((((((((((((.{{{...,...............})).}),))))))))))...,|}..,|))}},,.}))))))),.,}},}|{{{.{{{{{|,|,,,|||||||}}..,}}}}})}})))),,}}}|},..}}},{{{{{{||((((({.||,{.{((({....})))).}}).))))))))))))).|(({....)))|(((,...})))}{{{.|(({.,,....}).))))))).)))))...,.
Back