Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001374263.2
Sequence Length
1792 nt
GC Content
0.4420
CAAAGAAGUGCCCUGCUAGACACAAGCAGAUGCUUCUCUUACCAAGAGAAGAUAAUAUAAGGAAGGAUAAAGAACUGAAACAGAUUUGAAAGAAGCCAACACUAAACCACAAAUAUACAACAAGGCCAUUUUCUCAAACGAGAGUCAGCCUUUAACGAAAUGACCAUGGUUGACACAGAGAUGCCAUUCUGGCCCACCAACUUUGGGAUCAGCUCCGUGGAUCUCUCCGUAAUGGAAGACCACUCCCACUCCUUUGAUAUCAAGCCCUUCACUACUGUUGACUUCUCCAGCAUUUCUACUCCACAUUACGAAGACAUUCCAUUCACAAGAACAGAUCCAGUGGUUGCAGAUUACAAGUAUGACCUGAAACUUCAAGAGUACCAAAGUGCAAUCAAAGUGGAGCCUGCAUCUCCACCUUAUUAUUCUGAGAAGACUCAGCUCUACAAUAAGCCUCAUGAAGAGCCUUCCAACUCCCUCAUGGCAAUUGAAUGUCGUGUCUGUGGAGAUAAAGCUUCUGGAUUUCACUAUGGAGUUCAUGCUUGUGAAGGAUGCAAGGGUUUCUUCCGGAGAACAAUCAGAUUGAAGCUUAUCUAUGACAGAUGUGAUCUUAACUGUCGGAUCCACAAAAAAAGUAGAAAUAAAUGUCAGUACUGUCGGUUUCAGAAAUGCCUUGCAGUGGGGAUGUCUCAUAAUGCCAUCAGGUUUGGGCGGAUGCCACAGGCCGAGAAGGAGAAGCUGUUGGCGGAGAUCUCCAGUGAUAUCGACCAGCUGAAUCCAGAGUCCGCUGACCUCCGGGCCCUGGCAAAACAUUUGUAUGACUCAUACAUAAAGUCCUUCCCGCUGACCAAAGCAAAGGCGAGGGCGAUCUUGACAGGAAAGACAACAGACAAAUCACCAUUCGUUAUCUAUGACAUGAAUUCCUUAAUGAUGGGAGAAGAUAAAAUCAAGUUCAAACACAUCACCCCCCUGCAGGAGCAGAGCAAAGAGGUGGCCAUCCGCAUCUUUCAGGGCUGCCAGUUUCGCUCCGUGGAGGCUGUGCAGGAGAUCACAGAGUAUGCCAAAAGCAUUCCUGGUUUUGUAAAUCUUGACUUGAACGACCAAGUAACUCUCCUCAAAUAUGGAGUCCACGAGAUCAUUUACACAAUGCUGGCCUCCUUGAUGAAUAAAGAUGGGGUUCUCAUAUCCGAGGGCCAAGGCUUCAUGACAAGGGAGUUUCUAAAGAGCCUGCGAAAGCCUUUUGGUGACUUUAUGGAGCCCAAGUUUGAGUUUGCUGUGAAGUUCAAUGCACUGGAAUUAGAUGACAGCGACUUGGCAAUAUUUAUUGCUGUCAUUAUUCUCAGUGGAGACCGCCCAGGUUUGCUGAAUGUGAAGCCCAUUGAAGACAUUCAAGACAACCUGCUACAAGCCCUGGAGCUCCAGCUGAAGCUGAACCACCCUGAGUCCUCACAGCUGUUUGCCAAGCUGCUCCAGAAAAUGACAGACCUCAGACAGAUUGUCACGGAACACGUGCAGCUACUGCAGGUGAUCAAGAAGACGGAGACAGACAUGAGUCUUCACCCGCUCCUGCAGGAGAUCUACAAGGACUUGUACUAGCAGAGAGUCCUGAGCCACUGCCAACAUUUCCCUUCUUCCAGUUGCACUAUUCUGAGGGAAAAUCUGACACCUAAGAAAUUUACUGUGAAAAAGCAUUUUAAAAAGAAAAGGUUUUAGAAUAUGAUCUAUUUUAUGCAUAUUGUUUAUAAAGACACAUUUACAAUUUACUUUUAAUAUUAAAAAUUACCAUAUUAUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-499.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -532.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 360.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((..(((((.......)))))...((((((((...)))))))).........((((((((..(((.(((...))).))).......(((..........................))).....((((....))))(((((((.................))))))).......(((((....(((((....((((((((.((((((..((((.(((.(((.....))))))))))..........((((((((............((((..((((((.(((((((((((......(((((.((.((((((((.((((((((..(((.((((.((((((((........((((..(.(((....))).).)))).....))))))))...))))..))).((((((((..........((((....))))(((((.((..........)).))))).............(((((((......)))))))...))))))))........(((((((((...)))))))))..))))))))...(((((((((((((....((((.(...((((((((...((((((((......((((((((........)))).))))......)))))..)))...))))).)))...))))))))))).)))))))...)))))))))).)))))((.((.(((((((((....))).))))))..)).))))))).)))))).)))).))..))))))))))))..)))))).))))))))............))))).))))).......((((((...))))))....)))))))).(((......)))...((((..((((((((....((((((((.(((.((...........))))).)))..........)))))...((((((..(((............)))...).)))))....(((((((((((......((((.((((....)))).))))((((((.((.((((((((((((..((.(((((((((((...(((((............((((..(((((...((((((((((((((((......)))))....((((........))))....))))))...)))))....((.((.((((((((.((((........(((((((......)))))))..((((((((((......((((.((((((.((........)).)))))).))))))))))))))..(((((.(((..((..(((...)))..))))).))))).(((((((((((..............))))))))))))))))))).)))).)))))))))..))))...)))))......(((((....))))).....))))).)).))))))))))).......)))))))...))))))))(((.(((((((((((((.....(((.((........)))))....))))))).))))....((.(((.(((((...))))).))).))..)).)))((((((........))))))....))))))))))))))))....(((((((...........)))))))..)))..))))....((((((((.....(((...))).....)))))))).(((((.((((......((((..(((......)))..))))......)))).)))))(((((............)))))(((((....)))))...........)))))))...........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{((((((..(((((.......)))))...((((((((...)))))))).........((((((((...,,.(((...))).}}|.......(((..........................)))..,,,((((....))))(((((((.................))))))).......(((((....(((((....((((((((.((((((..((((.(((.(((,...,))))))))))..........((((((((,...........{(((..((((((.((((((,,,((.((((.(((((.(,{((((((((.,{(((,,(,.....||,.,|||{{{{,..(({{{{(((({{,,({,.,,,|},.),)),|{{.{{||,||||....,((((,,{..((((((((,,,,.....,((((....))))|{{{{.{{,,.,,.....}|.}))),.......,.....(((((((......)))))))...))))))))..,)))}),,||||,|}}}.))))),)))}))))))))....(((((((((((((....((({{(...((((((((...((((((((......((((((((........))))}})))......)))))..))}...))))).)))...))))))))))).))))))),,.)))))))))).))))).,.((.(((((((((....))).))))))..}}.)))),)).)))))).)))).))..))))))))))))..)))))).))))))))..,..,......))))).))))).......((((((...))))))....)))))))).(((......)))...((({,{(((((((({,...,,.,.,......,.....||.{{{{{{(({,...,|},.,,}..,|||,,,,|||||}},{,.,,,....,,..,}}}.....,,,,.....(((((((((((.,....{(((.((((....)))).)))}((((((.((.((((((((((((,.((.(((((((((((...{{,{{,....,,,....{(((..{((((...((((((((((((((((......)))))....((((........))))....))))),..,)))))....{{,((.((((((((.(((({,.,,,..(((((((......)))))))..(((((((((,.....{((((.((((((.((.,......)),)))))).))))))))))))))..,((((,(({.{((,,({{.,,||}..}||||,}}})}.{{(((((((({..,{,........,))))))))))))))))))).)))).))}}}}}))..)}}|{{{|||,.......,{{,,.}}})))},}....))))).))}})))))))))).......)))))))...)))))))},{({,.{((((((((((....,(((.{{.......,)})))....))))))).))))...}||.(((.(((((...))))).))).}}..||,|||{{(({{........))))))..,.))))))))))),}}}}....(((((((,,....,,,..}))))))..))).,))))....((((((((.....(({...})).....)))))))).(((((.((((......{(((..(({......))}..)))}......)))).))))),{((({......,}}}}}}}}|(((({....})))}...........))))))}...........................
Back