Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001374307.2
Sequence Length
3975 nt
GC Content
0.5177
AGUCGGUCCCUAGCGCGGCUGCGGGGCGGAGAGCUGCGGCUGGCCCAGCGCGCCCACCUGAGGAGGCGGCGGGGUCCGCAGGCGUCGCGGGACGAGGAGAUCGGAGCCGGGAGACUCGCGCAGCGCCAUGGCCCCCAUUGGCCUCAAAGCUGUUGUCGGAGAGAGAAAGAGGAAGACUACCUAGACAUGUUGCUCCAGAGCAGAAUUUCCAGCAGUAGAUUGAACCUUCGGAGGCCGAGUCCCAGCCCAGUGUAAACUGAGAUUAUGCAUGAUGUGAUAAAGAAGGUCAAGAAGAAGGGGGAAUGGAAGGUGCUGGUGGUGGAUCAGUUAAGCAUGAGGAUGCUGUCCUCCUGCUGCAAGAUGACAGACAUCAUGACCGAGGGCAUAACGAUUGUGGAAGAUAUCAAUAAGCGCAGAGAGCCGCUCCCCAGCCUGGAGGCUGUGUAUCUCAUCACUCCAUCCGAGAAGUCCGUCCACUCUCUCAUCAGUGACUUUAAGGACCCGCCGACUGCUAAAUACCGGGCUGCACACGUCUUCUUCACUGACUCUUGUCCAGAUGCCCUGUUUAAUGAACUGGUAAAAUCCCGAGCAGCCAAAGUCAUCAAAACUCUGACGGAAAUCAAUAUUGCAUUUCUCCCGUAUGAAUCCCAGGUCUAUUCCUUGGACUCUGCUGACUCUUUCCAAAGCUUCUACAGUCCCCACAAGGCUCAGAUGAAGAAUCCUAUACUGGAGCGCCUGGCAGAGCAGAUCGCGACCCUUUGUGCCACCCUGAAGGAGUACCCGGCUGUGCGGUAUCGGGGGGAAUACAAGGACAAUGCCCUGCUGGCUCAGCUAAUCCAGGACAAGCUCGAUGCCUAUAAAGCUGAUGAUCCAACAAUGGGGGAGGGCCCAGACAAGGCACGCUCCCAGCUCCUGAUCCUGGAUCGAGGCUUUGACCCCAGCUCCCCUGUGCUCCAUGAAUUGACUUUUCAGGCUAUGAGUUAUGAUCUGCUGCCUAUCGAAAAUGAUGUAUACAAGUAUGAGACCAGCGGCAUCGGGGAGGCACGGGUGAAGGAGGUGCUCCUGGACGAGGACGACGACCUGUGGAUAGCACUGCGCCACAAGCACAUCGCAGAGGUGUCCCAGGAAGUCACCCGGUCUCUGAAAGAUUUUUCUUCUAGCAAGAGAAUGAAUACUGGAGAGAAGACCACCAUGCGGGACCUGUCCCAGAUGCUGAAGAAGAUGCCUCAGUACCAGAAAGAGCUCAGCAAGUACUCCACCCACCUGCACCUUGCUGAGGACUGUAUGAAGCAUUACCAAGGCACCGUAGACAAACUCUGCCGAGUGGAGCAGGACCUGGCCAUGGGCACAGAUGCUGAGGGAGAGAAGAUCAAGGACCCUAUGCGAGCCAUCGUCCCCAUUCUGCUGGAUGCCAAUGUCAGCACUUAUGACAAAAUCCGCAUCAUCCUUCUCUACAUCUUUUUGAAGAAUGGCAUCACGGAGGAAAACCUGAACAAACUGAUCCAGCACGCCCAGAUACCCCCGGAGGAUAGUGAGAUCAUCACCAACAUGGCUCACCUCGGCGUGCCCAUCGUCACCGAUUCCACGCUGCGUCGCCGGAGCAAGCCGGAGCGGAAGGAACGCAUCAGCGAGCAGACCUACCAGCUCUCACGGUGGACUCCGAUUAUCAAGGACAUCAUGGAGGACACUAUUGAGGACAAACUUGACACCAAACACUACCCUUAUAUCUCUACCCGUUCCUCUGCCUCCUUCAGCACCACCGCCGUCAGCGCCCGCUAUGGGCACUGGCAUAAGAACAAGGCCCCAGGCGAGUACCGCAGUGGCCCCCGCCUCAUCAUUUUCAUCCUUGGGGGUGUGAGCCUGAAUGAGAUGCGCUGCGCCUACGAGGUGACCCAGGCCAACGGAAAGUGGGAGGUGCUGAUAGGUUCUACUCACAUUCUUACUCCCACCAAAUUUCUCAUGGACCUGAGACACCCCGACUUCAGGGAGUCCUCUAGGGUAUCUUUUGAGGAUCAGGCUCCAACAAUGGAGUGAGAGCCAAAGAAACAAAGAUCCACACACAUCCUCACCCCACAGAAACUGCUGGACACACUGAAGAAACUGAAUAAAACAGAUGAAGAAAUAAGCAGUUAAAAAAAUAAGUCGCCCCUCCAAAACACGCCCCCAUCCCACAGCGCUCCGCAGCUUCCCACCACCGCCCGCCUCAGUUCCUUUGCGUCUGUUGCCUCCCCAGCCCUGCACGCCCUGGCUGGCACUGUUGCCGCUGCAUUCUCGUGUUCAGUGAUGCCCUCUUCUUGUUUGAAACAAAAGAAAAUAAUGCAUUGUGUUUUUUAAAAAGAGUAUCUUAUACAUGUAUCCUAAAAAGAGAAGCUCAUGUGCAAUUGGUGCACAGCAGGAGAAAUUUCUGGACUGUUAGGAUGAAUGGACGCCUUCUCCCCGUUAUUUAAGAUUUGUGACCUUGUACAUAACCCUGGGUGACGUGCACAUUGCUUGGGUAUGGAACGGUAGAAAUUUGGGUGUUUUUAAAACCUUGUUUGGGGUUGUUCCUGUCCUUGUUGAGAAUCAUAGAGAUGUCUGUGUUCUUGGAGUAUUUCACACUGAGGACUAAUCUGCUAUCUUCAUUCCAGUCCCUACCCCUCAGUGCCUGCUCUCAUCCAAAUAACCUGGGAGGUGACAAUCAGGAUAUCUCAGGAGGUCCAAGGUGGAACAGACCUCUUUGCCUUUCCCAGCGUCUCAUACCCCCGGUAGUGCAGCUGUGGGUGGAGGCUGGGGUGUCUGCACGAAGUCAGGCCAGCGUCCUCCUCCACAGCCUGUCACUGCCCCCUCCCCAGCCUGUGUCCACAGUGCUGUGAUCCCGAGGGAAGUCCUCCAGUCUAAGUCACAGUGCCCUGACAGGUGAGAAGCAAACUCCCGCUGGAAGCCUCCAUCUCUUUGGAAAAACAGUUAGUCUGGAGCCUGUGGCCCAGGCCCUUCUGUCCCCAGGCAUCAUCCCAACAGCUCAUUUUCCCUAGUCCGCCUUCGUUCAAGGGUCAGGAAUGGACCAGAACAGAUGGGUUCUGGAGGCCCCUGAACAGAGGGCUAUGGCUGUGGAGAAGGUUCUUGGCCCGUUGGACUCACACAGACCCUGUACCCUCUCGGCAAGCAUCUUCAGUCAGAUUAUCCUCAGUUUCAGAUACUUCAUAAUACCUUGUGUUGUGUGGGGUCAUACAUCAUCGUGUUUGUAAGAGAAGAUGGUCAUUUUAUUCUCUGUAUAAAACUUAGCUCUAAAGCAGAAACUAAAGCAGCAAAUGCAGGAAGGCUGUCUCGCCAUCCUCAAGACUCAGCAGCUCUCAUUCUCCAGUGGUGAGCACACCAUUUGUGCUGCUGCUGUUGUCGUGAAAUAUAAUAACAGUGGAAGUCACAAAAAUGUCCCCUGCCCAGCCCCCUCGCCGCCCUUGACCUCCUGCAGGCCAUGUGUGUAUUACUUGUCUAGUGAUGUCCUCUCAAAGUGCUGUACGCGAGCUCGGCGCCACCUCCGCCUCCCUUUCAGAGCCUGCUCCCCGCCCUCUCUGCUCGCUGCAUUGUGGUGUUCUCUUCUCAAGGCUUUGAAAUCUCCCCUUGCACUGAGAUUAGUCGUCAGAUCUCUCCCCGUCUCCCUCCCAACUUAUACGACCUGAUUUCCUUAGGACGGAACCGCAGGCACCUGCGCCGGGCGUCUUACUCCCGCUGCUUGUUCUGUCCCCUCCCUCGGACCAAACAGUGCUCAUGCUUCAGGACCUUGUUUGUCGAAGAUGUUGGUUUCCCUUUCUCUGUUAUUUAUAUAAAAAUAAUUUAUCAAAAGGAUAUUUUAAAAAAGCUAGUCUGUCUUGAAACUUGUUUACCUUAAAAUUAUCAGAAUCUCAGUGUUUGAAAGUACUGAAGCACAAACAUAUAUCAUCUCUGUACCAUUCUGUACUAAAGCACUUGAGUCUAAUAAAUAAAGAAAUCAGCACCCCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1268.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1340.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 1091.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((..((((.((..((((((.(((((.(((((((((((((((((.((........(((((.(((((((...((((((.((..((((.(.((((...((.((((((...((((((((((((...(((.....((((((((.((((((((((.(((((........(((.(((...........)))..))).........))))).))))))).......)))..))))))))......)))((((....))))....((((((((..((.....((.((((((((......(((((((((.((.(((((((.(.((((.((((..((.((((((((((.......(((((((.((((.....)))).))...(((((.(((....(((((..((...(((((..((.((.((((((.((((.((((((((((((((((.(((((((...(((.((((...((.(((...(((((.(((...(((.(...((((...(((.(((((((.....((((((.((.......(((((((((((.((((((.....((((..((((...)))).)))).......(((((((....((((.........))))((((((((....)).)))))).......((.(((.(((......))).))).)).)))).)))........(((.....)))....)))))).)))).)))))))(((......)))))))))))...))))).)))))..))))...).)))..))).)))))...)))))....((((((.(((.(......(((.......)))(((((.((((......((((.....(((((((((..(((((((..(((((((.....(((((((((((.......))).).)))))....))......))))))).))))))).(((((((....((((((.(((((..(((.((((.(.(((...(((((.((.(((((((((((((......)))((((....))))........(((((((((((((((.((.(((.(((((...)))))......((..(((..((((.(((((.(.(((((............))))).).)))))))))..)))..))(((((((...((((((((((.((....)))))).)))).))....)).)))))..))).)).).))).)))).))))))).....(((((.(((.(((.....((..(((((((((..................)))))))))..)))))))).)))))....)))))..)))))))))))).)))..).)))))))........)))))))))))..)))).)))(((((((.....((((...(((.....))).))))......(((.((((.....(((((.......)))))..))))))).....)))))))...((((....))))..))))))...))).....))))......)))).))))).).))).))))))..)))))))..))))))))))..(((...)))((((((((((((((...((((....))))..)))))))......(((((...((((((((((.(((...((........))...))).)).))))...))))...)))))........((((....((((((((......(((((((....((((.(((((((.(((((..((...((((((.(((((...((((..(((.((......)).(((((.((((.....)))).)))))....)))..))))(((((((((((...((((.(((....))).)......((((((((((((((((((....((...(((..(((((.......((.((((.(.(((((((..(((((((((((((((.((((((...))).)))))).....)))))))....)))))..))).)))).).)))).)).((((((...((((.....(((.(((..(((((((..(((((..((......))..)))))...((........)).......)))))))......))).)))...))))...)))))).(((((..((...............))..))))).........)).)))..)))))...))))))))))......((((.((((((((....((.((..(((.(((...........(((((.((((......))))...).))))...))).)))..)).))..))))).(((((.(((.(((((((....((((.(((((...))))))))).....)).))))).............((((.((((..................)))).)))).((((((.....))))))))).)))))......))).)))))))))))).(((.......))).(((((((((.(..(((((........)))))..))))))))))))))).)))))))))...))))))))))).))..)))))............))))))).))))....)))))))...(((((.((((((....)))))))))))((((((.....((((((((......(((..((....))..)))........))))))))..))))))..............(((.((((((.....(((......((((((((...(......).))))))))......)))....)))....))))))(((((((((((((((((.(((.(((((..((.((......)).))..))))).)))...))))))).))).)))))))((((((.((((((((....)))).)))).).....)))))..))))))))))))..((((........))))))))))).(((........)))...))))))))...((..((((((..((((.((..((((((((.((..(((......)))..)))))))....)))..))))))..))))))..))...(((((((((((.(((((.........(((((((......))))))).))))).))))).))))))...))))).))))..))))))))))..))))).))..)))))....))).))))).)))))))))))))))))..)))))))).)((((((.(((.((.((((((((...)))))))).)).)))((((......))))(((((((((((.............)))))).)))))......(((....))).))))))...(((.....)))((((.(((......))).))))....)).))))).)).))))))))).((((((((.(((...((((((((.((((((((((.(((...))).)))))))))).)).))))))..)))...............)))))))).)))))))).))....))))))))))(((((((.....)))))))..........))))))..)))))))))))).))..)))).).)))).....)))))))).))))))).))))))).)))))......)))..((((....(((((.............)))))....)))).)))))).))).)))))))))))..)).............((.(((((.....))))).))....(((((....))))).((((.((...)).))))..(((((((..((((........))))..))))).))...))))...)))))..............(((((((((((((((....(((((((......)))))))......)))))..(((((((..((((.(((.(......).))).))))...)))))))(((.(((..((((((((((...(((((.(((..(((...............)))....))).))))).)))))).))))))).)))......)))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{({{{,..,{{{.((..((((((.(((((.(((((((((({{((({(,((........(((((.(((((((...((((((.({,.((((.(.((((.,.((.((((((...(((((((((((({{{((((....{{|||(((...,(((((,{,{{{{.||...,,(((,......}||,,,,,.,||,||}}..}}}},..,||,|,}},},,},,|,...,,},,))}}))}},.....,},((((....)))).,,,{((((({,.||||,,..{(.((((((((..(.{(((((..((((((((((.(((((((((...,,..((((.((((((...)))))).)))).{{.((((.....)))).}}....(((((((......,((((,(((({{,....{((((.....},|))}...(((((.,,.))}}),}}}}}}..,}}}|},.{((..({(((({....{{{........})})))}}}..))}..(({,(((((((.....((((((.((.......{((((((((((.((((((...{{{{{{{,(({,...}},},||,,.......(((((((....(({{.......,.}}||((((((((....)).)))))}..,,,..||.{((.(((......))).))).)}.)))).))),,,,,....|,...,,}}}}...)))))).)))).))))))}(((......)))))))))))...))))).)))))..,(((((({((.((((((....{(((.,,...}))),,},))))))))..)))))))...}))))))((((((((..,,..(((((({..{,({(...,|,..{((((((..(((((((....,((((((({(((.......))).).)))))....}}......))))))).))))))}((((..{((((((.(((((,{,((..,{{{.,,,|}||{{...||||...,.{|{{{{|}}|,((,....,}}},.....,.,},}},...}}}}))})),)))))},}..))))..,,})).},,))))))}...((..(((..((((.(((((.(.(((((............))))).).)))))))))..)))..)}(((,,((({..(..((((((((.{({{..........,.{{((.{{,,.|.||.......|}|...}.))))}).)))))}})}}}}..}.)))).)}).....)))).))))|,....))))}}}))).)))))))(((((((((((..(((((..,,......,,...||,,.....|,.(((((((.((.(((((..((((((((((((...((((((..((((.(((((..,,,((((...,.({({..||}|||||,,,{{(((((({,((({{,(((((.......))))}......({{.{{{.(((((((...{((({{{((((({{(((((((((((((.....,,.......,{(,((({{({.....((((((((..(((((((.((((.....))))......((.((((((((((((((.((((.(({..,.,..,.((((((((((((((.(,..{{{(((((((,{((((((,....|.((((.,......}.)))).,..((((..(((({,........,,.,,..,))))..))))..{((((......{{(....}}}.......}}}}}..........})))))))))}})))....((......)).(((((.((((,...,)))).)))))..........})),)).)))))....))))))}((,,,,|,{,{,.,,,,,,{{....}))))))}}}}}...}..})})))).)).))))}...)))))))))(((((((..(((((((((((({{(.((({((...,}},))}))}.....)))))))....)))))..))).)))).....,(({.......))).))))))).))))))))..{({((({|.{((((,.{{...,,.))..))}))...,,........,,.......})))))}.......,...,})}}))}},..,||....,,(((.......},,............,))))}.........,...,,.)))))..{{{{((,..........{((((....(((((...........{{,.((,.,,{,......{{{,|,{{{|,.....||||,..},}.}}.,,)))|))|..,)}})}})))),.....}))))}..)))))))).{{((,(((({...}))))}))}...........,,}}))))}}}}}}))}|{{,...}}}}..},,,.......}))))))...}})))).}}})))),.)))))))|{....,{||}|,{||,,,|||,||||||{{{|,,,|,||,{((((({({{(..,((((,,..,|,.|}}}}..,}})))))}),|||,,.}}),,||||||||||||}|}|||||..||||,........}}}},}},}|||||||{{{{.,,|||||..(((((.((((((....)))))))))))((((({.....((((((((..,,..(((..{{....}}..)))....,,..))))))))..}}}}}|,,,,.......{(((((({{{({,...,.{{{..,},}|||{{{{{},,|}.}},,),))))))}},},,.,))}.,.,)),.,,,}}}}..(((((((((((((((((.(((.(((((..((.((......)).))..))))).))).,,}))))))}})).))))))),||||,,{||{{{|{,,,,}}}|{||||{|{{...|||||..,})}))}.}}},..||||}}}}}},,})))})|}})),|}|...}}}}.||||...}},((((......))))....,}},..((((((.(((...))))))))).))))).))))..))))))....(((.((({..((((((.(((((.(((((((((((.(((((.........(((((((......))))))).))))).))))).))))))...))))).)))))))))).))))))))}})).}...,.)))..))))).,)}.))))))).}..,)))))..)))....)))))))).....(({(..(((((,,,.,}))),,)))}((((.(((,{,.....}}}|(((((((((((.,.,......,,.)))))).))))),.,...(((....})).,,..,,...(((.....)))((((.(((......))).)))),,.{{{.{{{{{((,,,{{{,....|||||{|,|,.|}}}}||||||||}||||||,,||},||...,,,.,},,}}||||.,}.))),,..})).))))...))).)))))),..,...)))))))).)),,,,)}))))}}}}{{{{{|{,,,,,))))}}},},,,,....))))))..}))))))))))).)),.)))).).)))).....)})))))).))))))).)))))}).)))}),...,.))),.{(((....(((((....{........)))))....)))).)))))).))).)))))))))))..,),............||,|(((({{,,.|||||{||{{,,,((((,,..}}))}.((((.((...)).)))),,||,{|||}}||||........))}}..|||||,||....))|,,{|||||,.{{{{....{{{,((({{{{{{{(((((....(((((((......)))))))......))))),,|||||{,..||||.||{..,,,,,}),})}.))))...,}}}},|(((.(((..((((((((((...(((((.(((..{{{...............)))....))).))))).))))))},)))))).))),.....))))))))},.....
Back