Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001374321.1
Sequence Length
3756 nt
GC Content
0.4137
GAGACCCUCCCUCAGCACCUGCAGUGCAGCCAGAGCCGGUGCGGCGGCCGCGACUUCCCCGACGCGGGGCGCUGAGAAGCAGUGAGUGCCUCUAUGACCACCAAAGAUUAUCCAUCAUUGUGGGGCUUUGGAACAACAAAAACAUUCAAAAUUCCCAUUGAACAUCUAGAUUUCAAAUACAUUGAAAAAUGUUCAGAUGUUAAACAUCUGGAAAAAAUUCUUUGCGUGCUCAGAUCUGGUGAGGAAGGAUAUUAUCCUGAACUUACAGAAUUUUGUGAAAAGCAUCUUCAAGCCUUGGCCCCUGAAAGCAGAGCUUUGAGGAAAGAUAAACCAGCAGCAACAGCAGCCAGUUUUACAGCUGAAGAAUGGGAAAAAAUUGAUGGUGAUAUAAAGAGUUGGGUAUCAGAAAUUAAAAAAGAAGAAGAUAAAAUGCACUUUCAUGAAACUGAGACAUUUCCAGCAAUGAAAGAUAAUUUGCCUCCAGUUCGUGGUUCAAACAGCUGUCUUCAUGUAGGCAAGGAAAAAUAUUCUAAAAGACCAACUAAAAAGAAAACUCCAAGGGAUUACGCGGAAUGGGAUAAAUUUGACGUGGAGAAGGAAUGUUUAAAAAUUGAUGAAGAUUACAAAGAAAAGACGGUAAUAGACAAGUCACACUUGUCUAAAAUUGAGACAAGAAUAGAUACAGCAGGUCUAACUGAGAAAGAAAAGGAUUUUCUUGCCACUCGUGAAAAGGAGAAAGGAAAUGAAGCUUUCAACUCAGGAGAUUAUGAAGAAGCAGUGAUGUAUUAUACCAGGAGCAUAUCAGCGCUUCCCACUGUAGUUGCCUAUAACAAUCGAGCUCAAGCAGAAAUCAAAUUACAGAACUGGAAUAGUGCUUUUCAGGAUUGUGAAAAGGUCUUGGAGUUAGAACCUGGAAACGUAAAGGCUCUUCUGCGUCGUGCUACUACAUAUAAACAUCAAAACAAGCUCCGGGAAGCUACAGAAGAUUUGAGUAAAGUACUAGAUGUUGAGCCUGAUAAUGAUUUGGCCAAGAAAACCUUGUCAGAGGUUGAAAGAGAUCUGAAAAAUUCUGAAGCUGCAUCUGAGACUCAAACCAAAGGGAAAAGGAUGGUUAUUCAGGAAAUAGAAAACUCCGAAGAUGAAGAAGGAAAAAGCGGAAGAAAACAUGAAGAUGGCGGUGGAGAUAAGAAGCCCGCGGAGCCGGCGGGAGCCGCGCGCGCCGCCCAGCCGUGCGUCAUGGGCAACAUCCAGAAGAAGCUGACUGGCAAAGCCGAAGGCGGCAAGCGGCCGGCAAGGGGCGCGCCGCAGCGGGGCCAGACCCCGGAGGCCGGCGCGGACAAGCGGAGCCCACGGCGGGCCUCUGCGGCGGCGGCGGCGGGCGGCGGCGCCACCGGGCAUCCGGGCGGCGGGCAGGGCGCGGAGAACCCUGCCGGCCUGAAGAGCCAGGGCAACGAGCUGUUCCGAAGCGGGCAGUUCGCCGAGGCGGCCGGCAAGUACUCGGCGGCAAUCGCGCUCCUGGAGCCAGCAGGAAGUGAAAUUGCAGAUGAUCUAAGUAUCUUAUAUUCAAAUAGAGCAGCAUGUUACCUAAAAGAAGGAAACUGCAGUGGCUGCAUUCAAGAUUGUAACAGGGCUCUGGAACUUCAUCCAUUCUCUAUGAAACCUCUUCUGAGGCGGGCGAUGGCCUAUGAAACUCUAGAGCAGUAUGGGAAAGCUUAUGUGGAUUAUAAAACAGUGUUGCAGAUAGACUGUGGACUCCAGCUAGCAAAUGACAGUGUUAACAGGCUAUCAAGAAUUUUAAUGGAGCUGGAUGGACCAAAUUGGCGGGAGAAGCUGUCACCUAUUCCUGCUGUGCCUGCUUCUGUGCCACUGCAAGCUUGGCAUCCGGCAAAAGAGAUGAUCUCAAAACAAGCAGGAGACUCCAGCAGCCAUCGCCAGCAGGGCAUCACAGAUGAAAAAACAUUUAAAGCCCUUAAGGAAGAAGGAAAUCAAUGUGUAAAUGACAAAAACUAUAAAGACGCCCUCAGUAAAUACAGCGAAUGCUUAAAGAUUAACAAUAAGGAAUGUGCCAUAUAUACAAACAGAGCUCUCUGUUACUUGAAGCUGUGCCAGUUUGAAGAAGCAAAGCAGGACUGUGAUCAGGCACUUCAGCUAGCUGAUGGGAACGUGAAAGCCUUCUAUAGACGAGCUCUGGCUCAUAAAGGACUCAAGAAUUAUCAGAAAAGCUUAAUUGAUCUCAAUAAAGUUAUCCUACUAGAUCCAAGUAUUAUUGAGGCAAAGAUGGAACUGGAAGAGGUAACUAGACUCCUUAAUCUUAAGGAUAAGACAGCACCAUUCAACAAAGAAAAGGAGAGAAGGAAAAUUGAGAUUCAAGAGGUGAAUGAAGGCAAGGAGGAGCCUGGAAGACCUGCAGGGGAGGUCUCCAUGGGAUGCCUUGCUUCUGAGAAGGGAGGCAAAAGCAGCAGGUCACCAGAAGACCCUGAGAAACUUCCGAUAGCCAAGCCUAAUAAUGCCUAUGAAUUUGGUCAGAUUAUAAAUGCUCUCAGUACCAGGAAGGAUAAAGAAGCCUGUGCACAUCUUUUAGCCAUCACUGCACCAAAAGAUUUGCCGAUGUUUUUAAGUAACAAACUUGAAGGGGAUACAUUCCUUCUCCUCAUUCAGUCUCUGAAAAAUAAUCUUAUUGAAAAAGAUCCCUCAUUGGUGUAUCAGCAUCUUUUAUACCUGAGUAAAGCAGAAAGGUUUAAGAUGAUGUUGACACUAAUUAGCAAGGGCCAAAAGGAGCUAAUUGAACAGCUGUUUGAGGACCUUUCGGACACACCAAACAACCAUUUUACUUUAGAAGAUAUACAGGCCCUAAAAAGGCAGUAUGAGCUUUAAAUCAAGAUAAUUGUUAGAUUUCUUCCAUGCAUGUAUGUGUUCCAGGAAUGUUAAUGAGAUGGUAUUGUAAAAGAGUUGCAUGGAUAAAACUUGGCCUAGAAAAGUUUGGUCUGCACUAUAAAACAUUUUACUUAUUUUCCUACAUAGAACAUGUAUAUUCUACAAUCUGCUUUUUAUUAGUUGUAAAUAUUUUCUUAUGUACCAGAACCAAAUAAGUAUAUUUAGAACUUGUUAAAAAUACAUUUUAAUUUAUGAUAUACAUAUUAUUUUAAUUACUUGUUAAAAUUUUGAGUUAAGUUGCAUUUCUUUGGGCUAUGAAGGAGUCCUCUUAAGUUUGAUAGAAAUGAAUUUCUUGUAACAUUCUUUUUUAAAAGUGGAAGUCAUUAACAGUGAUUAUUAUAUCACUUAUAUCCUGCUAAGAUACACAUAAAUCCCAUUUUGUACUAGUACCUGUGGAUUACAGUCAGUUAAAAUGAAAUGCAACACUGAAGUCUAUAACAUGAAAUGAUUAUUAAAUUGUUUAUUAAUUUAGAGCUAUAAGAGGAACUUAUUUUUUCUAAUACGGAAGCAUUGCCUAAUAAUUAAGAACAAAAAUUGCCAAAAAUUUCUACCACUUUUUACUAGAUUUUAAAAAGCUACUUUCUUUUAUAUUGCCUAUAUAAGCAAAAAACCAACCACUGUAUUAAAGCAAACUAAGCCUGCAUUUAUAUCUGAAUUAUUACCUCCAUAUUUUACCAAACAUUUGAAUGUCCCCCUUCCCCCUUUUUUGUUUUCUGCUUUUAUGACUGUAUUUAUUCCUUUACUGUAAAAGAAUAUGAAGAACUCAUACAUGUUGAAAGCUCCUUUGUUGACUGGGUCAAAGUGAAGGAAUUUCAAUCUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1014.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1084.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 1050.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.......))).((((.....)))).((((((((((...))))..(((((.(......).)))))((((((.(.......).))))))(((.((.....)).))).......(((((((.((((((.((((..................)))).....(((((((((.((((((.....))))))....(((((((((...)))))))))..........(((.(((((((((((.(((((..(((((...)))))...))))).......(((.....)))((((((.((.......(((.(((((...))))).)))......((((..((.((....)).))..))))....)))))))).((((((....((((((.((((((..........))))))......................((((...(((((((....(((.((....)))))..)))))))...)))).......((((.((((....(((((((((((((((..((((((((((....((((...(((((..............(((((..(((((.(.(.....).)...)))))....)))))..(..((.((((........)))).))..)..........((((..(((((((((...)))))))))..))))....................))))).....)))).........)))))))))).(((.(((...(..(((((.........)))))..)))).)))..)))))))..)))))..))).....)))).)))).))))))...))))))((((((((.(((.........(((((...((((((......((((((..((((((.......))))))..))))))...((((((...(((..........)))...)))))).))))))...(((......)))...............))))).))).)))))))).)))))))))))..)))))))))))))))))).)))))))))))))((((.....))))...(((((((((((((.((((.....(((((((....(((((....(((........)))....)))))....)))))))..))))...))).((((((((((((((.....(.(((((...((((..(((((..(((((((.......((((((...((((.(.((((((((((.((((((((.(((((.((((.(.(((.....((((.((...))..))))....))).).))))....((.((((.((.(((((.(((((...(((((.....)))))..((((.((........)).).)))..))))).))))))))))).)).))))))))))))))))).....))).))).).))))..)).))))((.(((.((..((((((((......(((..(((...(((((((.(((...)))))))))))))..))))))))))).)).))).)).(((((..((((((((.......)))).))))..)))))(((((.......)))))...(((((.(((((((((...(((.(((......))).)))((((((((.((((........)))).....((((((((..(((((...(((.....))).((((....)))).((((....)))))))))..))))))))....(((....((((((((((..((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((((..((((((.((((..(((((((.((.....((((..(((.((((((..(((((((((((((((....((((((.......((((((((...((((((.(((((.((((..((.((((...........((((...)))).......((.(((...))).)).))))..))..)))))))))...(((((......))))).....((((.......)))).......(((.......)))............(((((((((((......(((....))).................(((.(((((..........((((..((((.((((.(((.((((((...)))))).))).)))).)).))..)))).....)))))))).....))))).)))..))).....((((((.((((.((((....))))...................(((.....((((..(((((((((((..(((((((((.((((.((((...................)))).)))).)).)))))))...((((((..((((...((..............))....)))).)))))).........))))))).)))).))))...))).(((((((.....((((((.(((((.(...).))))))))).))....)))))))))))))))))))))))...))))))))....(((......)))..........))))))....)))......)))....))))))))).............)).)))).)))..)))).....))))))))))))).............((((.....((((((.((((.((.((((.....((.(((((((((.((((((....((((((..(((((((((...))))).....(((((.......)))))..((.(((((((..(((((((((((((.((((.............)))).))))).))))))))))))))).)).(((((((..(((.((((........)))).)))..)).))))).((.....)).(((((..(((((..((((((...(((((..(((.......))).)))))...))))))..)))))..)))))(((((......((((((((.(((((...(((((.((...(((((((...((((.....(((.(((..(((.((((((.........)))))).)))))))))))))..)))))))...)).))))))))))..)))))))).......)))))..((((((..((((.(((((((...(((((.............))))).))))))).))))...))))))..((.(((((((((.............((((((((.....))))))))..))))))))).))........))))....))))))))))))))))))))).)).....)))).))..))))...)))))).....))))...))))))...((((((......))))))..((((.......))))...(((((......))))).))))).....)))))))))))).))).........))))))))))...((........))..(((((((((...(((((......((((((..(((((.....)))))...)))))).....))))).....))))))))).......(((((......)))))......(((((((........)))))))........)))))))....))))))))))......))).)))))))).....((.......)))))).)))))...)))))......)))).......)))...)))))..))))....)))))))))))))))))))).((((((..((((((((...(((.((((.(((......))))))))))...))))).)))))))))((((((.(((((...)))))...)))))).))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{(...,.,,{||.(((((.((.,((,.,,|}..||,|}}})|}}}}(((((.{......}.)))))((((((.{.......}.))))))|{{.{{.....}}.}},......((((((((.(((((({(,,....,,.......,{,,...,,,..,},(((((((((.{(({{{...,,|}}}},..,.{((((((((...))))))))}..........{((.(((((((((((.(((((..(((((...)))))...))))).......{{(.....}}}((((({{((.,{,,,.(((.(((((...))))).)))......,,{{..((.((....)).)),,}}},....)))))))}.{(((((....{(((({.((((((.......,..}))))}....,,............,...{{{{...(((((((....(((.((....)))))..)))))))...}))),,,}...((((.((((..,,(((((((((((((((..((((((((((....((((...{{{{{..,,..........(((((..{{{((,{.(....,,,,...}))))..,.)))))..{.{((.((((........)))).))}.}..........({({..(((((((({...}))))))))..}}}}...,..,.............}))))..||.....,}...,...)))))))))).(((.(({..,(..(((((.........)))))..)))).)))..}))))))}.}))))..))).,,..)))).)))).}}}}),.,,)))))}((((((({,(({...,,,,,{{{({,...{(({{..,,...{{{{{{..{{{{{{....,,,)}))}},,))))},..}|||(({{{{{{{||,.|||,...,|.,.,})},}}}}}}|},,.{{|,.....,.................))))),))).}))))))).)))))))))))..))}))))))))}}))))).)))))))).||||{(((.....))))}},||||{{{{,,(((.({((.....(((((((....(((((....(((........)))....)))))....)))))))..}}}}...})).((((((((((((((.....(.(((((...((((..(((((..(((((((,{{....((((({{{.((({{,.((.(((((((.((((((({.((((({({((.(,(({.....|{{{..,...}}..}})),...|||,,.}}))})..((,|((|,{..{{|{||{(((({..(((((.....))))}..{(({,|(||......||||.||||.}}}})}))))))))}))}))))))))),)))))))),)}.,}.))).)))})})|||.{||,||||((.(((.{{,.{(((((((......(((..(((...(((((({{(((...)))))))))))))..))))))))))}.)}.))).)),(((((..((((((((.......))))}})))..))))){((((.......}})))...{((((.((((((((({..(((.(((......))).)))((((((((.((((........)))}.,,..((((((((..(((((.,,({{.....),,.((((....)))).((((....)))))))))..))))))))....(((....((((((((((..(((((({(((((((((((((,({(((({(,{{({,,{({{{,...|,.,||}}}.||||{}||||..........,{{{.((((((({..((({.,((((({,{({{((,{,{{{.....,,,|,,}|},|.|||}}}.|||}}..,,..,.})))))))))))....((((...))))......{(({(({{{{{{{,||.|{,.,,}||.},(((((.....(((((......)))))...))))),,,||,{||{||...,,..{{(,,.....}},.....,........(((({,((,{{{(.((((....|||{{,,,.{{,{{{,,..,(((.(((({..........((((..((((.((((.(((.((((((...)))))).))).)))).)).))..)))),.,..}))))))){{{{.,|{{{{{(,..,,({{..||{||,|{{....((((....))))}}}}}||..}||....|||||}}...||||,..{{({{(({{{{..(((((((((.((((.((({..|.||.||,...,....,)))).)))).)).))))))}..,((((((..,(((|||{{...,.,,,,...,{||,...,.||{|||,||,...{{,..}}}|||||{{|{(((((((((({,((..(((((((,{((((,,(((((.(...|,))))))))}.}}..((((((.((((...)))).))))))....|,|||||||.,,,,..},||||}.....{{{{{..,,{{..{{{.,.(({,{{{{.,.....,,))),..}))},....}}),,,.}}..,.}}}})......,,,||}||.(((.(((((((.({.......))...))))))).))),,,,,||{((((((.....)))))))}}|,.....,)))))))))))))))).))))))},.....{{({{.......}}}}}..{{.(((((((,.{((((((((((((.((((.............)))).))))).))))))))))))))).}}.{((((((..(((.((((........)))).)))..)).))))}.{{.....,}.{{{{{..{((((..{{{{{{,,.{((((..(((.......))).)))))..})))}}}..}})))..))})).|,,},,,},.((((((((.(((((...(((((.{{.,.(((((((...((((,....{(,{(({.,(((.((((((..,...,..)))))).)))))))))))))..))))))).,.)}.))))))))))..))))))))..,,,..,.})),}}}}}}...((((.(((((((...(((((.............))))).))))))).)))).{{{{{{{.....}}}}}}}.,{{|||,..},}},,||{{{{{{...,,)))))},)}))))))...)))),})}))),})))}..,,,}))))))}}}}}.}}}}},}}||{{,,|,.}}))),....,.}}}})}}}},..,,})),,))),,,...((((((......))))))....})))))}..{,{........}}},|||||||,{||.|},,|||||}},))))))),})),,,,,,...))))))))))..,{{........,,..(((((((({.,.(((((......((((({..(((((.....))))}...}))))).....))))).....))))))))),,,....,{(((......)))))......(((((((........)))))))........)))))))...,))))))))))......))}.)))))))).....,,.......)})))).)))))...)))))...,..)))),,.,,,,}))...)))))..))))....)))))))))))))))))))).(((((({.{({(((((...{{,{((((.{{{......}}})))))},...))))).)})))))))((((((,(((((...)))))..,)))))).))))))))))..
Back