Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001374797.1
Sequence Length
5110 nt
GC Content
0.4571
GUCUACCCGCGCGCCCGAGCGCGGAAACCGAGGGGCAGGCUCGCGCUCUGCCUGCUUCGUGGCGCUUGGUUCGUCCCUCGCCCGAGGAGCGCGGUGGCGGCGUGGGAGGGAGCCUCUGACGGCGUCUGGAACUCUAUUUUAAGAACCUCUCAAAACGAAACAAGCAAAUCAUGGAGAAGAAUGGAAAUAACCGAAAGCUGCGGGUUUGUGUUGCUACUUGUAACCGUGCAGAUUAUUCUAAACUUGCCCCGAUCAUGUUUGGCAUUAAAACCGAACCUGAGUUCUUUGAACUUGAUGUUGUGGUACUUGGCUCUCACCUGAUAGAUGACUAUGGAAAUACAUAUCGAAUGAUUGAACAAGAUGACUUUGACAUUAACACCAGGCUACACACAAUUGUGAGGGGAGAAGAUGAGGCAGCCAUGGUGGAGUCAGUAGGCCUGGCCCUAGUGAAGCUGCCAGAUGUCCUUAAUCGCCUGAAGCCUGAUAUCAUGAUUGUUCAUGGAGACAGGUUUGAUGCCCUGGCUCUGGCCACAUCUGCUGCCUUGAUGAACAUCCGAAUCCUUCACAUUGAAGGUGGGGAAGUCAGUGGGACCAUUGAUGACUCUAUCAGACAUGCCAUAACAAAACUGGCUCAUUAUCAUGUGUGCUGCACCCGCAGUGCAGAGCAGCACCUGAUAUCCAUGUGUGAGGACCAUGAUCGCAUCCUUUUGGCAGGCUGCCCUUCCUAUGACAAACUUCUCUCAGCCAAGAACAAAGACUACAUGAGCAUCAUUCGCAUGUGGCUAGGGAGCAAAGAGAUGGUUCGAGUGAUGCGGAAGAAGGGCAUUGAGCAUCAUCCCAACUUUCGUGCAGUUAAACACGUCCCAUUUGACCAGUUUAUACAGUUGGUUGCCCAUGCUGGCUGUAUGAUUGGGAACAGCAGCUGUGGGGUUCGAGAAGUUGGAGCUUUUGGAACACCUGUGAUCAACCUGGGAACACGUCAGAUUGGAAGAGAAACAGGGGAGAAUGUUCUUCAUGUCCGGGAUGCUGACACCCAAGACAAAAUAUUGCAAGCACUGCACCUUCAGUUUGGUAAACAGUACCCUUGUUCAAAGAUAUAUGGGGAUGGAAAUGCUGUUCCAAGGAUUUUGAAGUUUCUCAAAUCUAUCGAUCUUCAAGAGCCACUGCAAAAGAAAUUCUGCUUUCCUCCUGUGAAGGAGAAUAUCUCUCAAGAUAUUGACCAUAUUCUUGAAACUCUAAGUGCCUUGGCCGUUGAUCUUGGCGGGACGAACCUCCGAGUUGCAAUAGUCAGCAUGAAGGGUGAAAUAGUUAAGAAGUAUACUCAGUUCAAUCCUAAAACCUAUGAAGAGAGGAUUAAUUUAAUCCUACAGAUGUGUGUGGAAGCUGCAGCAGAAGCUGUAAAACUGAACUGCAGAAUUUUGGGAGUAGGCAUUUCCACAGGUGGCCGUGUAAAUCCUCGGGAAGGAAUUGUGCUGCAUUCAACCAAACUGAUCCAAGAGUGGAACUCUGUGGACCUUAGGACCCCCCUUUCUGACACUUUGCAUCUCCCUGUGUGGGUAGACAAUGAUGGCAACUGUGCUGCCCUGGCGGAAAGGAAAUUUGGCCAAGGAAAGGGACUGGAAAACUUUGUUACACUUAUCACAGGCACAGGAAUCGGUGGUGGAAUUAUCCAUCAGCAUGAAUUGAUCCACGGAAGCUCCUUCUGUGCUGCAGAACUGGGCCACCUUGUUGUGUCUCUGGAUGGGCCUGAUUGUUCCUGUGGAAGCCAUGGGUGCAUUGAAGCAUACGCCUCUGGAAUGGCCUUGCAGAGGGAGGCAAAAAAGCUCCAUGAUGAGGACCUGCUCUUGGUGGAAGGGAUGUCAGUGCCAAAAGAUGAGGCUGUGGGUGCGCUCCAUCUCAUCCAAGCUGCGAAACUUGGCAAUGCGAAGGCCCAGAGCAUCCUAAGAACAGCUGGAACAGCUUUGGGUCUUGGGGUUGUGAACAUCCUCCAUACCAUGAAUCCCUCCCUUGUGAUCCUCUCCGGAGUCCUGGCCAGUCACUAUAUCCACAUUGUCAAAGACGUCAUUCGCCAGCAGGCCUUGUCCUCCGUGCAGGACGUGGAUGUGGUGGUUUCGGAUUUGGUUGACCCCGCCCUGCUGGGUGCUGCCAGCAUGGUUCUGGACUACACAACACGCAGGAUCUACUAGACCUCCAGGAACAGACAUGGACCUUCUCUCCAGAGCUCCUGAGUGGAAUCAAGUUCUUGUCUUUAGGAUGACCGUUUCUUAACAAUCAAAUCUGGUAUUGAACUGCAGGUGACUUUGGCAGAGAAAUGUUUUCACUUUUGGUCUCCUCUUCCAGAGUCACCUUUCCCCACUCCUAUUUUUGUAGAUGCUAUUCUUUCUGAUGUCUUCUUACUAGGGGUCAUUUUAGCUCAAACCCUGUAAGUUACAGUCACAAUUUUCUGUGCCAAAGCAGCUACAAUAAUAGAGAGGAAGCCUUCUUAGAACUCUGCUUACUAAUGUAUUAAUACCACUGAGACCUUCAGGCCUUGCCUGGGAUAUCACUUCAUCCUGAAGUUUGCAUUAAUAAUCCUUCCAGGCCGGGCACAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCGGGCGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCGCCCUGGCUAACAUGGUGAAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGCGGGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCAUGAACCAGGGAGGCGGAGCUGGCAGUGAACUGAGACCGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGCAAGACUCCAUCUCAAAAAUAAUAAUAAUAAAUAAUAAUAAUAAUAAUAAUAAUAAUAAUAAUCCUUCCAGCUGGGCGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAACAUUUUGGGAGGCCGAGAUGGGCGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGCGUGGUGGCAUGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAACCCGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCAUGCCACUGCACUCCACCCUGGGUGACAGAGCGAGACUCCGUCUACACACACACACACACACACACACACAUCCUUCCUCCUCUAACCCCAAACUAAGAUCACAGAAGGUGAUCCAGUCAGAGAACAGAGGGAAAUCUUACCAGGAAGGGCUUAAGUACACUUUUUUUUAAAACAGCUUUAUUGUUUUUAAAGCCUACAAUUUGAUAAGCCUUGACAUAUGUAUACCUGUGAAAGCAUCACCACAAUCAAGACACUGGACAUAUCUAUCACUCCCCCAUCUCAGAUAUCCCCCCUAAUCCUGGAUACCAUUUGUUGAAAGAUGUUAUUACUCUAGCUGAACUUACAAGAGACUUUAGACCAGGGAUCUAAAUUACAGUGGCCUUAGUGACCUUGUCCUUAUCUUCUUAGGACAGCUGAGAAGCCACUGGGACUUAGAGCCUUUAAAAGGAGAUUAACUGUCCCAAAAGGAUCUUUGCUACUGACCAGCAGACACUUCUUCCUUCAGUAGCCUUUCAUACUGUGUUGAGUAACACCCUAGGGUGUCCAUUAAAGUUUUGAGUUUUACCUAGAGCCCAGAGCCAUGAAUCAGGAUUCUGUCUACAUGAUUCGUGUUUUCAUUGGUGUCAAAAUACAAAAGCCAAAGUUCUGGCUAUGAAUUGUUAACUUGGAAGAAAUACUAACUGCCACCACUUAUUAAGUGCCUACUGUGUGCCAGGCUCUGAACUAGGUGCUUCAUAUACAUUAUCCUAAAUUAUCUCAACAUAUGAGGUAGGUGUUUUAAUUUUUAUUUUAUAGAACUUGGUGUGUUUGACUGUUAAGCUAUGGGGCUAGAGAGAGGGUUUGAUCCCAGGUCCCUCUGUGCUUUUGCUGCUGAGCCACACAACCUCUCAUUUCAAAAACACUUUCAAAAUGCUAACAUAUUCUAAUUCACUCUAGGCCACCAAAAACUUUAAUACUAAUAUCUGAUUUGUAAAUGACUUAAUGUAUCCUUGACCCUAUCAGCUGAAUUUAAUGAAAUAUUCCUCUCUGCUGUGAAAUUUUACCAGUAUAGUAUUUGGUCUAGUGACAGGUGUUCUAUUUUUUUGAGACGGGUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCUCAAUGCAACCUCUGCCCCCCAAGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCUUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCACAUGCACCACGCCCGGCUGAUUUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCGCCCGCCUCUGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUAAGCCAUCACACCUGGCCCUAGUGACAGGUUUUUAUGGGUACUUUUAGAUGAUCUAAGAAAUCAUGUGCAUAUAUCUUUCAGAUUUCUAUUUUGGGAAAAUGAAGGUUUCUACAACAUAUUGUUUCAGUGUUCAAAUAAACUGAAGGACUCAACAUUACAUUUGAACUAUAUCCUUCCUAGUGGGUUAGUGUGAAAAAGAGUUUGGCUGAUUCCUAAAACUCUGCCAGCCCUGCAGUAAUCUCCAGGGCCUGGUUAUUGUUCAGACAUUCCAUGGUGAUUCCUGGGAAGGAAGCUUGGCUGCUCAGUUUCUGAGUCUGGGGUGAGAUAAUGUUCUGGGAAGGGACAUCUGUUCUUUGGUGUAAUCUCUCAUGGUGAAAUCUGCUCUGUACAUCAGACAAUUGCAUUGCUACCAAGUUUCAUACCAAAUAUUUGAAAGGAUGGUAUUGAAUCUAAAACCAAAUAUUAGUUUUUAUUAAACUCAUGGGAAGGCUAAUAUAUUCCAACGUAAAUUAUUACAUAUGGUUAAGUAAUUGCAUGUUAAUUUAUUUUAAUGUAAAUAUUUUUGUUACUGUUCUGAGCCAAAUUCUAAAGAAAAAAUAAAUACAUUUCCUUGUUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1844.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1939.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 1044.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((..((((((......))))))...(((.(((((((((.........))))))))).))).(((((..((((.((.((((....).))).)).((((.(((.(((((...))))).))).)))).((...(((......))).)).......))))..)))))......(((...(((((((.(((((........(((((((..(.(((((.....))))))((..(((....)))..)).........(((.((((((........)))))).)))((((...))))(((((((((.(((.((((.(..(((..(((((..................)))))..)))..)..))))...))).)))))))))......((..((((((..(((((((((....(((((((((((..((((((..(((.((((......)))).)))..))))))(((.......)))((.(.(((((((...((((((....))))))...))))))).).))..((((....)))).....))))))).......))))....))))))))).....(((((((..(((((((....)))))))..)))))))......((((.........)))).........))))))..)))))))))(((((((((((..(((.((((....)))).)))(((((((..(((.((....((((((.(((((((((((.((((...((.(((((.((.(((....(((..((.((((((...(((((((...(((((((((....((.(((((((((((((((..((....((((((.((((((..((((...((((.(.(((((..((...(((((.((((((((((.(((((((((((.......)))))))))))))))))..((((...))))(((((((.((((((....)))))).)))).)))....))))..)))))....))..))))).).)))).....))))..))))))...))))))(((.((....)))))............((((.....))))(((((((((((...((((.(.(((.(((........))).)))..((((((((((.((((..((.((((((((..((...........)).)))))))).)).........((((((((((.((((((((....)))))(((((((....))))))).......(((((((.(((((..((((..((((.(((((.(((((.((......)).))))).).)))).))))))))..))))).......))))))).....(((..((((.............))))..)))(((((...)))))(((((......)))))....((((((....)))))).....)))..)))))))))).))))..)))))))))).(((((((((((((((...(((((((((....((.(((...(((.......)))(((((((((...))))).))))...))).))...)))))))))...)))))))...((((((((((((((((.((....))..))).))))))((((.(((......))).))))((.((((...........)))).)).............)))))))....(.(((((((....))))))).)......((...((((((((...))))))))...))......)))))))).((.(((((((.((..((((((((..(((.(.((((..((((.((((((......))))....(((((((..((..(((((.(((((((.........(((((.(.(((......))).).))))).(((((((((..(((((....((.((((.((((((.(......).)))))))))).))....)))))(((.(.((((((((((((.(((...........)))...)))))))))))).).))).)).)))))))..............)))))))))))).))..))))))).))))))...(((((((((((((...(((...))).......(((....)))...(((((......))))))))))))))))))...((((((((((((.....(((.((((((......)))))).)))...(((((......(((.(((((.((.((.((.....(((..((....))..)))....)).)))).))))).)))......)))))......((((((........))))))))))))))))))(((......)))((((((((((((.((((......................)))).)))))))))))).......((((((((.((((((.((((..((.....))(((...(((((.((((................)))))))))..)))(.((((......)))).)..)))).)))))).))))).))).((((..............))))...............)))).).)))..))))))))..)).))))))).)).(((((..(((((.(.(((....((.((((((.(((((((....((((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((..(((((((.(..((....))))))))))..((((......))))((((..(((((((((........................(((((((((.(((.(.(((((((....((((((.(((((..((((....((.((.(((....((((((((...((((((...((......)).)))))).)))).)))).)))..))..))....)))).)))))......((........))..............................)))))))))))))).).)).)).)))))))((..((((((....)))))).)).)))))))).)..))))((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..(((.(((((((((((((.((((((...........(((((((((((.((((((((((((((.(((((.((((((............((((....................(((((.(((((......((((((.....))))))((((((((.(.(((.((....((((.(((((.((((((((.............(((((...((((((.......))))))......)))))))))))))......((.(((((.((((((((((......((((((((((..((..((((((................))))))..))...(((((((((((.(((((......))))).)))).((((((..((((((....(((((((((....((((.(((((.(..(((((((((((((.....((((((.........))))))))))))..)))))))..).))))).)))).....(((((((..((........)))))))))((((((((.....(((....)))....))))))))......((((......))))(((((....)))))....)))))))))))))))...))))))..((......))...))))))).)))))...))))).)))))))))).))))))).........(((((......)))))............)))))))))....))..))).(((((..........((((((((((((..((((.((......)).))))..))))))..............((((.....))))))))))((((((............)))))).)))))).))))))))........))))).)))))((((((((((....)))).))))))(((.(((((....((((...........))))...))))).))).......(((....)))........(((((..((((((...........(((((((....(((((..((.....((.....)).......))...)))))..((((..........)))).....((((((((....))).)))))))))))))))))))))))...))))............))))))))))).)))))))))))))).))))))))))))))))).))))))))))))).)))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))....))))))).))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))).))))))....)))))))...).)).))).))..))).).)))))..))))).....(((((.(((((.......((((((..((((((...))))))..)))))).........))))).)))))).))))....)))))))))))..))..))))))..))))))))).)))))))))))......)))))))..(((((((((......))..)))))))((((((((((.((....)).))))).)))))....(((.((...((((..((.....))..)))).....)).))))))))))).)))...))).)).))))).)))))).))))))))).))))))))....)))))......))))))).....)))))))))))....((((..(((((((((((((((.(((((((((..............))))).)))).))........((((((((((((.............))))))))))))........((((....))))...))))..))))).)))))))).((((((......))))))....))))).)))))))...)))........)))..........(((......))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{...((((((......))))))...(((.(((((((((.........))))))))).))).(((((.,((((.((,({{{.,,,).)}).)}.((((.(((.(((((...))))).))).)))).((...{{{......})}.,,,,.....)))),.)))))......(((...(((((((.,,(((,.,,,.,,(((((((..{.(((((.....)))))}{,{{((,,,..,,,..},,}}}.....{((.((((((........)))))).))|((((...))))|{{{((((({(((,((((.,,,(((..(((({..,,..{{({......)}))))}..}}}..}..}}}),}.}}}.}))))))},...,,|((..((((({..{((((((((....(((((((((((..{(((((.,(((,{((({,,,||}}}}.}}}.,))))))|,{,.,.....,}{{.{.(((((((...((((((....))))))...))))))).}.))..||||,,,.))))}}}}.))))))),......))))....})))))))}.,}..(((((((..(((((((....)))))))..))))))).,....||||,..,.....}}||.,,,.....})))}),,)})))))))|((((((((((..(((.((((....)))).)))(((((((,.(((,({....((((((.(((((((((((.((((...{{.(((((.((.(({.{..(((..((.((((((,,,{((((((.,.(((((((((....((.(((((((((((((((..((....((((((.((((((..((((...((((.{.(((((..((..,(((((.(((((((({({(((((((((((.......)))))))))))))))))..((((...))))(((((((.((((((....)))))).)))).)))....))))..)))))....))..))))).}.}})),,...))))..))))))...))))))(((.((....)))))............((((.....))))(((((((((((...((((.(.(((.(((........))).))),.((((((((((.((((..((.((((((((..{{...........)).)))))))).)).........{(((((((((....(((((....)))))(((((((....))))))),,..{{{(((((({.(((((..((((..((((.(((({.(((((.((......)).))))).}.)))).))))))))..))))).......}))))}},}}}..||(((({({((({.....,,........))||||.......||({(((....,})),))}...((((((....))))))...,}))),,)))))))))),)))}..)))))))))).(((((,(((((,(((.{,({{((((((,.{{((..(({{.{(({{{{{{((({(((((((((...))))).))))...,,},.,..,|||||||||{{,,,,|},,...,,,||||(((((((((.,{....,,..})).)))))){(((.(({......})).)))}.||||||||,,.||....,..,|},...||,,,|.,|{|||||||{...(.(((((((....))))))).)......{{...((((((((...))))))))...}},....||}}}}))}.||,||||{{{.||,,||{{{{{{.,((,{({((((...}}}}}||,||}.....||,...||(((((((..((..(((({{(((((((.......{.((({{.,.{{|,,....)||.|,|||},.(((((((({.,(((({....{(.((((.((((((.{......).)))))})))}.,,....))))||((.(.((((((((((((.(((...........)))...)))))))))))).).))},)),})))))).,.},}}}.),...)))))))))))).))..)))))))}))))))},,{((((((((((((..,(((...)))}......(((....)))...(((((......)))))))))))))))))}..}|||,||||||||}....(((.((((((......)))))).)))...(((((......(((.(((((.((.((,((.....(((..((....))..))}....)}.)))).))))).)))......)))))....{{(((((({{{..,,,,,,,)}),,,,,,,,,||((({{{{..,|,((((((((((((.((((....,...........,,....)))).)))))))))))).,,,...((((((((.((((((.((((..,,.....||{({...(((((.((((................)))))))))..})}{.((((......)))).,..)))).)))))).))))),)})}|{{,..,,..,|.....,}},|,,....)))}}}}}}))),,||}},.,||||||,,.}))}))),,,),},.|||||}}||||,.|}||...}}}|}|}}|||.(((((((....((((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((..(((((((.(..,,....),,)))))))..((((......))))((((..(((((((((..{{...............,.|..(((((((((.(({.(.(((((((....((((((.(((((..((((....((.((.(((,...{(((((((...((((((...((......,,.)))))).)))).)))).)})..))..))....)))).)))))................................................)))))))))))))}.).)).)).)))))))||..((((({....}))))).}..)))))))).)..))))((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((((((((((((((((((((((((((((,{(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..(((.(((((((((((((.((({{,........,,{(((((((((((.((((((((((((((.(((((.((((((.,,.........,{{{.,..........,{{{({{{((((..,{,{..{({..((((((.....)))))).|||,,|,,...}}}}},....,,,.,,|||}|||(((((,,.........,{{,{{{{{{({,,,,.,},,,,))))),........,,.}}})}}||,,{...{{.({({(.((((((((({......,{{{{{(({{..((,.((((((................})))}}..,,...,{{{{{|{(((.(((((......))))).}}}}.((((((.,((((((,...{((((((((,...{(((.(((((.{..(((((((((((((.....((((((.........))))))))))))..))))))).,}.))))).)))}.....{(,{({....,}}}},...,}}}}}}},((((((((...{.(((....)))....))))))))......((((......)))}(((((....)))))...,))))))))))))))),,.))))))..{{,,,.,,||,,,||||||,.,))))...))))),))))))))}}.))}||||.,,,,{,..{((((......})))}.,|,,,|||,,,,,||||||,,,,,|,..||{,||,(({{{...}||}|,,,,.,|||{|,.||||,||,...,,))})))},,})}}}}...........(((((((.....))))))))}}|,,,||,..,,,||...,})))}},}}))))})}))}}|||,.,|{{.|||||{|||||((((((((((....)))).))))))(((,(({{{....,{||,..........},}}...}}}}}.}}}.....,,{{|....,,,.........,,|}}||||||{,,.........{{{{{{{,,,.|{{{{..||,,,.,{{.....}}.....,,,,...}}|}||.{{,,....,.,,,,}},,.....,||||{||....}}},})))})))))))))))))))))).}}))))..........}}))))))))))).)))))))))))))).))))))))))))))))).))))))))))))).)))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))},..,}))))))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))).))))))....))))))).....},.}))})),))))}.}))))|{{||,,,,}}},(((((.(((((.......((((((..(((((,...,)))))..)))))).........))))}.)))))).))))....)))))))))))..))..)))}}),,))))))))).))))))))))).,....))))))}..(((((((((......})..)))))))((((((((((.((....)).)))))}}))))...,{{....,},,{((|.((,..,,))|,))))}}},,},})),)))))))).)))..}))).)).))))).}})))).))))))))).))))))))....))))).,....))))))).....))))))))))}....((((..(((((((((((((((.(((((((((...........,..)))))},))).))........((((((((((((..,,......,}.))))))))))))........((({....})))...))))..))))),}))))))).((((((......))))))..,})}))),)))))))...)))...,,...,}},...........,.,,..,}},.,,..
Back