Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001374811.1
Sequence Length
3029 nt
GC Content
0.4331
GACUCCCGCGCGCGCUCGGCUGGUCCCAGUCCCCGGGAGAAGAAGCGGAGGAGGGAGAGAGCCAGCGAGGCGGCCCAGGGGAGCGGGCGCGAGUGGCGGCUGCCGGAGCCGCCUGUGCACGGGCGGCGGCGAGGCGAGGGUGGCGGUCGCCUGAGCAGCUAGAGCCGGGGCGGCGCGGAAUCCGCAUCCGCCGCGAGUGUGAUGAAGCUACCCUGCCUCGCUGCUCCGCUUGCCGCCAGCUGACACCGCCUGCACCCAGCCCGCCCGGGAGGGGAGACGCCGCGGGGCCGUGACCUUGGCGGAGGAGGGCACACUGAUAAUUCUUGUAUCUUGAGAGUGGACCAAGUUUUGGGUGACAUGGCCCAGGGGAAUAAUUAUGGGCAGACCAGCAACGGGGUGGCCGAUGAAUCACCCAACAUGCUGGUGUACAGAAAGAUGGAAGACGUCAUAGCACGGAUGCAAGAUGAAAAAAAUGGAAUUCCUAUUCGUACGGUCAAAAGCUUUCUUUCCAAGAUACCUAGCGUCUUCUCUGGUUCAGACAUUGUUCAAUGGUUGAUAAAGAACUUAACUAUAGAAGAUCCAGCCGUUUACCUCUGCAAGAGAACAAUGCAAAACAAGGCACGACUGGAGCUCGCAGACUAUGAGGCUGAGAGCCUGGCCAGGCUGCAGAGAGCAUUUGCCCGGAAGUGGGAGUUCAUUUUCAUGCAAGCAGAAGCACAAGCAAAAGUGGACAAGAAGAGAGACAAGAUUGAAAGGAAGAUCCUUGACAGCCAAGAGAGAGCGUUCUGGGACGUGCACAGGCCCGUGCCUGGAUGUGUAAAUACAACUGAAGUGGACAUUAAGAAGUCAUCCAGAAUGAGAAACCCCCACAAAACACGGAAGUCUGUCUAUGGUUUACAAAAUGAUAUUAGAAGUCACAGUCCUACCCACACACCCACACCAGAAACUAAACCUCCAACAGAAGAUGAGUUACAACAACAGAUAAAAUAUUGGCAAAUACAGUUAGAUAGACAUCGGUUAAAAAUGUCAAAAGUCGCUGACAGUCUACUAAGUUACACGGAACAGUAUUUAGAAUACGACCCGUUUCUUUUGCCACCUGACCCUUCUAACCCAUGGCUGUCCGAUGACACCACUUUCUGGGAACUUGAGGCAAGCAAAGAACCGAGCCAGCAGAGGGUAAAACGAUGGGGUUUUGGCAUGGACGAGGCAUUGAAAGACCCAGUUGGGAGAGAACAGUUCCUUAAAUUUCUAGAGUCAGAAUUCAGCUCGGAAAAUUUAAGAUUCUGGCUGGCAGUGGAGGACCUGAAAAAGAGGCCUAUUAAAGAAGUACCCUCAAGAGUUCAGGAAAUAUGGCAAGAGUUUCUGGCUCCCGGAGCCCCCAGUGCUAUUAACUUGGAUUCCAAGAGUUAUGACAAAACCACACAGAACGUGAAGGAACCUGGACGAUACACAUUUGAAGAUGCUCAGGAGCACAUUUACAAACUGAUGAAAAGUGAUUCAUACCCACGUUUUAUAAGAUCCAGUGCCUAUCAGGAGCUUCUACAGGCAAAGAAAAAGGGGAAAUCUCUCACGUCCAAGAGGUUAACAAGCCUUGCUCAGUCUUACUAAACGGAUCAUCUUGUAGCAUGAAUGCAGACUGGAGUCACUGCACACACUUUGUAGCUCAAUGUUGUGACCUGGAGCAGAGGACAUUAGAACAAGAUGUUGCAUGAGCAAAGGACCUAAAUUGUUAUUUUUGUGUGUACAUUCCAUCUCCAAUGGACUCUUCCGUCUCAAUGCCUCCAUUCCAAACUGUUGUCUGCUUUCUUUCUCCUUCUACUAUGCUGGAUCUGUGUCUCUUCCUUUUUAACAAGUUCAAGUGAAGUAAAACCUUUUCUUUUUUUCCUUCUUUCUCUCUCUCUCUCUCUCAAAGCUUCAGUUAGACACACAGUUCACUGAAAAUUCAGUCAGUCAAAAACUGGAAGAACUGUAAAAGAAAAAAGUAUAUAUCAAUAAGUAUACAUGUGGCUUCACAUUUAUUAAACAAUAAAUUCCGCACAGAAAGUUUCAUUUCACCAAUGUGUCACAGUCAGAAACAAACUCAUGUCUUCGUCUGUUGUCUGUACAUUCUCCGUUAAUGUUUCUCGCAUUUAUUUUUAUACCAUAUUUAAAGAAGAAACACCUUUUACUCCAAAUGUAUUAAAGUUGAUCCCUUCUCUGUAAAUUUGUGUAUGUUUAUAUUGUUGUUUUAUCUUUCAUUAAAAGAUGCAGAAUCUCAUUGCUUUUGUAACUUUUGACUUCCAUGCUAACUAAAAAGGAAAAUGCUGAGAAAUCCACAACCCACUACCGCAGAGUUAAAUUUAGGUUGUCACCUUGAAAUUUAUUUCAAGGUUUCAAGACAAGCUUGGAUAGUACGGAAGCCAGGGGCAGAUGGAAAUAUUUUUUGGAGGCUUACCUGAGACUUAGUAAUCCUUUUUCUCCCAUGGAAGAACAACACAAAUUGAUGUUCCACAUUUUCAAAGCUAUUUAAAAGGCCUUUCUGCCUCAUGAUGAAUAUGCAUCUGUAUAUUUUGCAAAUUAAUAUUUCUGUUUGAAUUAAGCUUGAGUGUGACUUAUUAAAUCAGGUACUGAUUUGUUCUUUAAAACACAAUUCUAAAAAUAUCAUAGCUCAGUGUCUCUUAACUUUUUGGAGGUUACAGAUUAUUUUGAGAAUACAGUCACCUCUUGGCAUCCCUGGGAAAUAAUUGGUUCCUGGACCUCCUCAGAUACCAAAAUCCACAGAUGCUCAAGUCACUAAUAUAAAAUGGUGUAGUGUUUGCAUAUAAACUACGUAAAUCCUCCCACAUACUAAGUCAUCUCUAGAUUAUUGUAAUAUCUGAUACAAUGUAAAUGCUAUUAGUUGUUAUACCGUAUUUUUAAUUAAUACAACUUUAAUUGUUGCAUUAUUAUUUUUAUUGUUGGAAGGUUGCUUGAAUCUAAAGCUAUGGAACCUGUGGACGAGGAGGGCCGACUGUGUGAUGUAAUUAGUAAAAUUUAGUGACGCUUACUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-840.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -901.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 941.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........(((((((.(((((....)))))....((((((((((((((((((((((((((((((.(..(((((((.(.((.(((((((..(((((((((...((((((((((((....)))))))(((((((((.((((((((.(((((((..((.......))((.(((((.((((...))))..))))).)))).)))))...))))))))))))))))))))))...))))))).)).....))))))).(((..(((....)))..))).....)).).)))))))..).)))))(((((((((...((((....((((.(((((......((((((((.((((((((((((...(((((............)))))(.(((((((...((((((........))))))....))))))).).......((((.....))))...(((((..(((...(((((((.....(((((((((((....(((.((((.(((((((....(((((.......))))).((((((.(((....(.(((.((((((((........)))))))).))).)(((((.(((...(((.((((.........)))).....))).))).)))))((((.(((.((....))))).)))))))))))))....))))))).)))).)))..))))))))))).)))))))....)))....(((........)))...................(((.(((((...)))))..)))((.((((......)))).)).))))).(((((....)))))(((((.((.............)).))))).....))))))))))))((.(.((..((.........))..)).).))..)))))))).....))))).))))....))))....)))...........(((((((.............(((((....(((.....)))...........(((((((...(.((((.(((((.(((((.................)))))..))))))))).)...((((....(((((...)))))...))))....))))))).......)))))......(((.((((....))))))).)))))))((((((((((.(((...(((((.((.(((((((((((((..(((((((...(((((.(((((...((((((((..(((......(((((((..(((...(((((((((((.((((.........)))))).)))))))))...)))..(((((.(((.((..(((.....((((..((((.....)))).))))..((((.((((((...(....)...)))))))))).)))..)).))).)))))....(((((...)))))..............(((((((((.(((((((((((((((((.......((((.(((.((((..((((((.........((.((((((.(((.........))).)))))).)).....))))...))..)))).))).))))...........((((....)))).)))))...)))))......(((((((((((((........))))((((((((.(((....)))...((((.(((.((((.(.((..(((((((.....)))))))..))).))))..))).)))).)))))))).....))))).)))).)))......))))))))))))).....(((((.....)))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))).)))))))...............)))))).)).)).)))))))))......)))))))(((.((((......)))).)))....))))))....)))))))))).))))....))))).((((((((.((((((((((((....)))))((((.....))))...)))))))...........((((((........))))))(((((....)))))(((((....))))).....(((((((((......)))).....))))).((((.(.((((((......))).)))).)))))))))).)).)))))).....(((((((........((((((.........)))))))))))))..(((((((....((((.....(((((..((((((((....(((((((((.((((......................(((((((.(((((((.(.....).))))))).)))))))((((((((......((((((((...(((((((...(((((..(((.((...((...((...(((((((((((((((((((((....))))))))).....))).)))))))))...))....)).)))))..).))))............(((....)))....))))))).))))))))....))))))))))))))))))))).....((((((.(((((.((((((((((..((((((((.((.....(((((..(((((.(((((.....))))......((.(((.....))).))..((.(((.((((((((.((((((((...)))))))).........((((....(((.........)))....)))).............(((((((((((.((((..((.((((((...((((.(((((((((..((((......(((((..((((......))))..)))))..))))..))))).))))...............))))..)))))).)).)))).))..))))..))))).......))))))))))).)).....(((((((.((((((..((....))..)))))).)))))))..(((((.......)))))..........).)))))..)))))......)).))))))))..))))))....)))).)))))..)))))).)))))))).))))).....))))....)))))))...)))).))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,,,,{,({((({(,((((,.,,{}}}|||,||{{||,,((((({((((((((((((((...,((.((((({,,.(((,.(((((((.,(((((((((.{.((((((((((((....)))))))(((((((((.((((((((.(((((((..,,..,....))((.(((((.((((...))))..))))).))}).)))))...)))))))))))))))))))))),..))))))).)).....))))))).))).}|||))}})||{{|||{{,{{||{,{|}},,,,,,}}|||}}|((((((((.((((,(({...{((({((((({,...(({.,(({,,,.||||{|,|}...(((((.,{......},.))))),.(((((((...((((({........))))))....))))))).}||....,((((.,,,,|||}...,||.}}}|}|},}|((({,,,{((,(((((((((((....(((.((((.(((((((....,{{,,.....,.||||{{(,(((((,((...{(.,(({(,,,||||..,,...}),))))),})))})|((((.(((...{{(,((({.,.......|||}.....}}),))).)))),{||{,(((.({....))))).})))}},}},)))}},.))))))).)))).)))..)))))))))))))))))}}{|..,{....)}.,.{(({..((((((..(({(((((((.{{({..{.(((((.,.}}}}}{,{{({{{,{{{{{,{((((({((,{{(,({.{{{||.,}}}))|||||||{{....,..{{{...{{{(((........|||,|||,,.,}}........,........,{}|,.||||{|{{{,{|||,......{({{.......)))},.}}...,...,..........,,,}.|,{{....|{{.....,,.,.,.,|||....,|||,,......,,{((,,......|.{|||,|||||.||{||......{{{{{......,,)))}})))))))}),}...{{{{..,.(({{|...}}}}}..,||}},,,||||(({,.{{(,,,{{||...{{{,{((.((((....))))))}...,.|}}|..{{{{.({,..{.......,}|,)||,|}}},|)))}}}|.}},}))}}}{|||,{((((.{(((((((({.,(((......(((((((..(((,,,(((((((((({.((((,.,......})))}}}}}}))))))..,))),.{((((.(((.((.(((({{...((((.,({{{.....))}}.))))..,,,}}||||,....,.......,}||||||}}},)))}})),))).))))}....(((((...))))).||,..........((((({{{{.||||||||||{(((({{.,.,,,,,,{(.(({,((((,,({((((,{{{,,,,,,(,{(({{,,(((,,,,.....}}|,|||}}|,||,,...}|||{,.}},,}}}}.))).}))}}...,....,{(({...,|}}},.}}}}}..||||||....,,||||{{{{{||||.,....,,},,.((((((((.{{{....)))...{{{|,|||,||{{.|,||.,|||||{,..,,,))}))},,,)),.)))}..}}|,}|}}.}}}})))),|||.}}}))},,}}.}}}....,})},,})))))))),....{((({.....))))))))))))))))))))))))),,,}))),.})))))),}}))))))))}},}})))}}}.))))},})).)))),)))))))}.....,,,,.,,{{{.{(((......}})}.))),)))))))))),,)))))))))))})})),...))))).{{{{{((({((((((((((((....)))))((((.....)))),..))))))}...........((((((........)))))),((((....)})||(((({....}))))},...|{{{{((((......)))).....})))),{(((.{.((,{{{......})).)))},))))}})))}})),}))))),,,,,{(({{{{,...,,,,,,,,,{.........}}}||||}}}}}}.,|||{{{,....,,}|},.,,||||{..{{{{{{{{,||.(((((((((.((((.........,............(((((((.(((((((.(.....).))))))).)))))))((((((((......((((((((...(((((((...(((((..(((.((...({...((...(((((((((((((((((((({....})))))))).....)))))})))))))...))....)}.}))))..}.))))......,{{{,,,({....)))}}}}))))))).))))))))....)))))))))))))))))))))..,{,{(((((.(((((.((((((((((..((((((((.{{....,(,.((((((((....|||}}}}},,)}.........,{,..,,,))}.|||,|{.(((.((((((((.{{{{{{((,,,|||}}}||{,....,,,||{{....{{,.........}}|.,.,|}}}.,,,{{{{{,,..{|||||||{||,{{{|,,||,||||||,},,|||,(((((((((..(((({.....(((((..((((......})))..)))))..))),,,))))).)))).,,,,,........})))).,|}||||,|,.},,,.}}..)))),,}))}}.......)))))))}))).}).,,,.(((((((.(((((({,{{....})}.)))))).))))))}..{{{,,..,,,.,|||,|{{{.......)}))}))}}}}},,......)).))))))))..))))))....)))).))))}..))))))})))))))).)))))}}))),},},,,,}}},,,..,,{|||,,,,,}}}}}.
Back