Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001375296.1
Sequence Length
2523 nt
GC Content
0.4487
ACAGUGCUGGGAUGACUAUGGAGACCCAAAUGUCUCAGAAUGUAUGUCCCAGAAACCUGUGGCUGCUUCAACCAUUGACAGUUUUGCUGCUGCUGGCUUCUGCAGACAGUCAAGCUGCAGCUCCCCCAAAGGCUGUGCUGAAACUUGAGCCCCCGUGGAUCAACGUGCUCCAGGAGGACUCUGUGACUCUGACAUGCCAGGGGGCUCGCAGCCCUGAGAGCGACUCCAUUCAGUGGUUCCACAAUGGGAAUCUCAUUCCCACCCACACGCAGCCCAGCUACAGGUUCAAGGCCAACAACAAUGACAGCGGGGAGUACACGUGCCAGACUGGCCAGACCAGCCUCAGCGACCCUGUGCAUCUGACUGUGCUUUCCGAAUGGCUGGUGCUCCAGACCCCUCACCUGGAGUUCCAGGAGGGAGAAACCAUCAUGCUGAGGUGCCACAGCUGGAAGGACAAGCCUCUGGUCAAGGUCACAUUCUUCCAGAAUGGAAAAUCCCAGAAAUUCUCCCAUUUGGAUCCCACCUUCUCCAUCCCACAAGCAAACCACAGUCACAGUGGUGAUUACCACUGCACAGGAAACAUAGGCUACACGCUGUUCUCAUCCAAGCCUGUGACCAUCACUGUCCAAGCCAAUUCCACUGAUCCUGUGAAGGCUGCCCAAUUUGAGCCACCUGGACGUCAAAUGAUUGCCAUCAGAAAGAGACAACUUGAAGAAACCAACAAUGACUAUGAAACAGCUGACGGCGGCUACAUGACUCUGAACCCCAGGGCACCUACUGACGAUGAUAAAAACAUCUACCUGACUCUUCCUCCCAACGACCAUGUCAACAGUAAUAACUAAAGAGUAACGUUAUGCCAUGUGGUCAUACUCUCAGCUUGCUGAGUGGAUGACAAAAAGAGGGGAAUUGUUAAAGGAAAAUUUAAAUGGAGACUGGAAAAAUCCUGAGCAAACAAAACCACCUGGCCCUUAGAAAUAGCUUUAACUUUGCUUAAACUACAAACACAAGCAAAACUUCACGGGGUCAUACUACAUACAAGCAUAAGCAAAACUUAACUUGGAUCAUUUCUGGUAAAUGCUUAUGUUAGAAAUAAGACAACCCCAGCCAAUCACAAGCAGCCUACUAACAUAUAAUUAGGUGACUAGGGACUUUCUAAGAAGAUACCUACCCCCAAAAAACAAUUAUGUAAUUGAAAACCAACCGAUUGCCUUUAUUUUGCUUCCACAUUUUCCCAAUAAAUACUUGCCUGUGACAUUUUGCCACUGGAACACUAAACUUCAUGAAUUGCGCCUCAGAUUUUUCCUUUAACAUCUUUUUUUUUUUUGACAGAGUCUCAAUCUGUUACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGCUAUCUUGGCUCACUGCAAACCCGCCUCCCAGGUUUAAGCGAUUCUCAUGCCUCAGCCUCCCAGUAGCUGGGAUUAGAGGCAUGUGCCAUCAUACCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUUAUUUUUUUUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCGCAAUGUUGGCCAGGCCGAUCUCGAACUUCUGGCCUCUAGCGAUCUGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUGACCAGCAUCAGCCCCAAUGUCCAGCCUCUUUAACAUCUUCUUUCCUAUGCCCUCUCUGUGGAUCCCUACUGCUGGUUUCUGCCUUCUCCAUGCUGAGAACAAAAUCACCUAUUCACUGCUUAUGCAGUCGGAAGCUCCAGAAGAACAAAGAGCCCAAUUACCAGAACCACAUUAAGUCUCCAUUGUUUUGCCUUGGGAUUUGAGAAGAGAAUUAGAGAGGUGAGGAUCUGGUAUUUCCUGGACUAAAUUCCCCUUGGGGAAGACGAAGGGAUGCUGCAGUUCCAAAAGAGAAGGACUCUUCCAGAGUCAUCUACCUGAGUCCCAAAGCUCCCUGUCCUGAAAGCCACAGACAAUAUGGUCCCAAAUGACUGACUGCACCUUCUGUGCCUCAGCCGUUCUUGACAUCAAGAAUCUUCUGUUCCACAUCCACACAGCCAAUACAAUUAGUCAAACCACUGUUAUUAACAGAUGUAGCAACAUGAGAAACGCUUAUGUUACAGGUUACAUGAGAGCAAUCAUGUAAGUCUAUAUGACUUCAGAAAUGUUAAAAUAGACUAACCUCUAACAACAAAUUAAAAGUGAUUGUUUCAAGGUGAUGCAAUUAUUGAUGACCUAUUUUAUUUUUCUAUAAUGAUCAUAUAUUACCUUUGUAAUAAAACAUUAUAACCAAAACAUUCUGUUUACCUUUUCAGGGCUGUAUUGAUUGGGGUGUAGACUGAACUAUCCGGGGUCUGUUUCUUUUCGGUGAUGAAAGUCUUGAGAAGGUAGUAAUGGAUAAGAUGUGAGGGAGAGGAGAGAGGGAGAUUUGGAGUGUAGGGUGAGUGCCCCUCUUCUUAGAACUGAAUACUCUUCUUCUAAUGAACUUGUAUUCUUGUUUCCAUGUCUUCUUCCCUUUCCUUCUAUAGCAAAUAAAGCAUUCACUUUGUUUUGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-720.27 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -767.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 524.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((.((....(((((......))))).....))..)))))))..((((((((((((.((......((((((((((((((.((.(((((..(((((.(((((((((((((((((((.....((((((((((.....(((((((((.(((.....((((.((..((((..........))))))))))))))))))))))((((.(((((((.(((((((....(((((((.....(((((((...))))))).......((((((....((((((.(((.((...........(((((.((((......(((...((.((((.....)))).))..)))..(((((((...((((((((.(((.(...(((((((.(((((((.........))))))).))))..(((((((.((.((..((((........))))..)).)).......(((((......((.((((((...)))))))).....)))))..)))))))...((((..........))))..)))...).))).)))))))).((((((....)))))))))))))...((((((((..................)))))))).)).)).)))))..........))..))).))))))..)))))).......))))))).)))).)))........(((.((((.........................................)))).)))(((((((((.(((((.....)))))....(((((..((((.......))))....((((...((........))....)))).)))))(((((...........)))))..)))))))))...)))))))...)))).........(((((((((((((..(((((((((((((.....((((((...((((((.....(((((((..........((((..(((((......))))).(((((((.............))))))).......(((((.............((((((((((....((.(((.(((....))).))).))))))))))))............))))).))))......((..(((((............)))))..)).(((....(((....)))......)))...............(((((((.........)))))))......))))))).....)))))).............((.(((.((...)).))).)).........))))))................)))))))))))))..)))))))))))))..((((((.(((((((......((((.((..((((((((.((((...))))))))))))..)).))))..))))))...).))))))((((((((....((((((...))))))...)))))))).....((((.((((((............((((((((..........))))))))..((((.((((......(((((((.((....))....)))))))....))))...))))((....))..........)))))))))).))))).)))))(((..((((.((((((((((..((((((((((((.((.....(.(((((..(.((.((.(((((.(((..(((((......)))))............((((((((....))))).))).((((............))))........)))))))))).)).)..))))).)....))..)))))...)))))))...))))))))))..)))).)))..(((((((((......)))....))))))......)))).)))))))))...........((((((....(((....)))....))))))....(((..(......)..)))....(((......))).....)))))).))))).....((((...(((..(((((((....)))))))...)))...)))).......)))))...))..))).))))..)))))))......)).))))).(((((((.....))))))))))))))(((((((......)))))))(((((((.((((.........))))..)))))))............((((...(((((((.(((((..((((.((.(((...))))).))))............(((((((......((((((....))))))...)))))))......(((((((((((((((((((((((((.((((((..((((..((((((...........)))))).))))..)))))).....)))))))))))))))..))))))....))))((((((((((...(((((((((.(((((....((((....)))).(((....)))...((((((..(((.......)))...))))))....))))).)))))))))))))))))))...........))))).)))))))..))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((((((((,((....(((((......))))).....)).,))))))).,(((((((((((...,,,...{{(|((((((.((((((((........)))).)))).))))))||{{,,.......(((((((,((.....{((((((((.(((.....((((.((..((((..,.......)))))})))))))))))))))),||||,{(,({({.,||....}}))}}))),,....(((((((...)))))))......,)))))}))))))))))}|{,{(({..........((((((({{,,,,...,{,{{{{,.,|||},...,}||{||..},,..(((((((...((((((((,(({.{..,((({(((.(((((((.........))))))).||||,.(((((((.{{.{{..,(((.||,.,,.,,,|{{{{((({...{{{(,,,,...}}}|,...|}))})))),.})}.....,)))}...))))))).,,||||....,,,...,))),.)},..,),}},.}))))))).((((((....)))))))))))))...,,,|||||...}}}))}}........,))))})).....)))))|{{{,,,,...,,(({.,.....))),,(({{,,.......,))))....((.(((({{{(((((({{((((....(((((((,{{,.......,.....((((((......((((((.((.(((((((((.(((((.....)))))....{{{{{..((((.......))))....((((...{{........}}....)))).}}))}{{{((.......,...)))))..)))))))))...)).)))))).((((.(((((((.{((((((((((((..(((((((((((((,{{..{{((((..,((((((.....(((((((......,...{({{.,{{{({.....,|},,..(((((((.............))))))).......(((((..,.{{.....,.((((((((((....({.(((.(((....})).))).},)))))))))).,.....}},..))))).}}},......{(..(((((.,..........)))))..}}{((,.,{{{|,..},))...}}}...................(((((((.........)))))))......))))))).....}))))).............((.(((.(,...}).))).)).........}}}}}},,........,,,}}.))))))))))))),,)))))))))),||(((((.......)))))},...((((.((..((((((((.((({...})))))))))))..)).)))).(((((.....,,{{{,{,((((((((....((((((...))))))...)))))))),|{..|{{{.{{{{((..,..,,,{...,{{{{{{{..........)))))))}..((((.((((...,..(((((((.{{....}}....)))))))....))))...))))((....))....,,,,|||||||}}}}},}})))}..,,.,,,..((((.((((((((((..((((((((((((.((.....,.(((((..{.((.((.(((({((((..(((((......)))))............,{{(((((....))))).|}}.((((............))))........)))))))))).)}.)..))))).}....))..)))))...)))))))...))))))))))..)))),})},....)))))......{((((....))))}{{{..{((((.(((...,..{,.....(({.,((((({...|))))).)))....},),,,...))))))))))){(({..{,{({{({.....,((((......}.,,}}}}|,,,..})})))}.))))..(((((((....)))))))...,,,.....))))))).)))).........))))))...,.(((((...,)))).,}|,|,{(((((((.....)))))))),,||||(((((((......))))))}(((((((.((((.........))))..))))))).,}}}...............,,}},.}))))))....))))))))))))))))).)).....,,,,....(((((((......((((((....))))))...))))))}......{({,{{{{{((((((((((((((((.{{{(,({{((((.,{(((((,..,.......)))))),}))},,))))).}....))))))))))))))),..})))),,.}))}}((((((((((...(((((((((.(((({...,((({....}))),||,.,..}||{{.((((((..,{{,,,....)))...))))))..}}))))).)))))))))))))))))))....,,,{{{{{{|......)})))))))))}.
Back