Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001375436.1
Sequence Length
4421 nt
GC Content
0.3800
AGACGCAGAGUAGAUUGUGAUUGGCUCGGGCUGCGGAACCUCGGAAACCCGAAUGUGAGGACCUUAAGGGAUCCACAGCUGCCGCCCCCCGCAGCCAUCCAGAGCGCGGUCACAGUCCGACUGGCGGCACGGAGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCUGUAGCUGCAGCAGCAGGUAAAGAGAGCGUUUUCCCAAAGAAAAUAACAUAGCACAGAAGGAAAAAUAAAAAGAAAUUGCUGCAGAUUUUACUUUAUGUGAGAAAAUCUACAAUUUCUUCGAGACACUCAUAUAAAGGAAGCAGUCAUGUUUCAUGAGUCCUCAAAACUGAGACAAGAGAAUGUAGUAGAGUGAGGCCAGAAGUCCUUACUGGUUCAAAGAACUCCGGGGAAACUGGGAUAGAACAUUUUACAUUAUAAGUAGAACCCUGGGAGCCAGAGGUGAAUACAAGUUUAUCUGCAGAGCUCCGCUGCAGGGCUGAUCUGGGUCUGGAAGAAAUGGAUGAGAGCCAGUGGAUGAAAUUCACUAAUACUAGACAUCUGAGUCCUCUAGUAAUAUAUUGGUGAAUGAACUUUGCUAAGUAUGGAUUCAGGCGGUGGAAGUCUUGGAUUGCACACGCCAGACUCUAGAAUGGCCCAUACCAUGAUUAUGCAAGAUUUUGUGGCUGGAAUGGCUGGUACUGCACAUAUCGAUGGAGACCAUAUUGUUGUUUCAGUUCCUGAAGCUGUUUUAGUUUCUGAUGUUGUCACAGAUGAUGGGAUAACUCUUGAUCAUGGCCUUGCAGCUGAAGUUGUCCAUGGACCUGAUAUCAUCACAGAGACUGAUGUAGUAACAGAAGGUGUGAUUGUUCCUGAAGCGGUACUUGAAGCUGAUGUUGCCAUUGAAGAGGAUUUAGAGGAAGAUGAUGGUGAUCACAUCUUGACUUCUGAACUAAUUACAGAAACCGUUAGGGUACCAGAGCAGGUUUUCGUGGCUGACCUUGUUACUGGUCCUAAUGGACACUUAGAACAUGUGGUCCAAGAUUGUGUUUCAGGAGUCGACUCUCCCACAAUGGUAUCAGAGGAGGUUCUUGUAACUAAUUCAGAUACAGAAACUGUGAUUCAAGCAGCUGGAGGUGUUCCUGGUUCUACAGUUACUAUAAAAACCGAAGAUGAUGAUGAUGAUGAUGUCAAGAGCACUUCUGAAGACUACUUAAUGAUAUCUUUGGAUGAUGUUGGAGAAAAAUUAGAGCAUAUGGGGAAUACACCAUUAAAAAUUGGCAGUGAUGGUUCACAAGAAGAUGCUAAAGAAGAUGGGUUUGGUUCUGAAGUUAUAAAAGUGUAUAUAUUUAAAGCGGAGGCUGAAGAUGAUGUUGAAAUAGGUGGAACAGAAAUUGUCACAGAGAGUGAGUACACCAGUGGACAUUCAGUAGCUGGAGUGCUUGACCAGAGCCGAAUGCAGCGGGAGAAGAUGGUUUACAUGGCAGUUAAAGAUUCUUCUCAAGAAGAAGAUGAUAUCAGAGAUGAAAGAAGAGUUUCCCGAAGGUAUGAAGAUUGUCAAGCAUCAGGAAAUACUUUGGACUCAGCAUUAGAAAGCAGAAGUAGUACAGCAGCACAGUACCUUCAAAUUUGUGACGGCAUUAAUACAAAUAAAGUACUUAAACAAAAAGCCAAAAAGAGGAGAAGGGGAGAAACCAGGCAGUGGCAAACAGCUGUUAUAAUAGGUCCUGAUGGACAGCCCCUCACAGUGUACCCUUGCCAUAUUUGCACAAAAAAGUUUAAAUCCAGGGGAUUCUUAAAAAGACACAUGAAGAAUCAUCCUGAUCAUUUAAUGAGAAAAAAAUAUCAGUGUACAGAUUGUGACUUUACAACUAACAAGAAAGUGAGUUUCCAUAACCACUUAGAAAGCCAUAAGCUCAUAAACAAAGUCGACAAAACCCAUGAAUUUACAGAAUACACACGAAGAUACAGAGAGGCUAGUCCACUGAGUUCCAAUAAACUUAUUUUAAGAGACAAGGAGCCGAAGAUGCACAAGUGCAAAUACUGUGACUAUGAAACUGCAGAACAAGGACUGUUAAACAGGCAUUUGUUGGCCGUUCACAGCAAGAAUUUUCCUCAUGUUUGUGUUGAGUGUGGGAAGGGUUUUCGACAUCCUUCUGAACUCAAGAAACAUAUGAGAACCCAUACUGGUGAGAAGCCAUAUCAGUGUCAGUAUUGUAUUUUCAGGUGUGCAGAUCAAUCAAAUCUGAAAACUCACAUUAAGUCUAAACAUGGUAACAAUUUGCCAUAUAAAUGUGAGCAUUGUCCCCAAGCAUUUGGUGAUGAGAGGGAGCUUCAACGCCAUCUGGAUUUGUUUCAAGGACAUAAGACACACCAGUGUCCUCAUUGUGACCAUAAGAGCACCAAUUCAAGUGACCUUAAGCGGCACAUCAUAUCUGUCCAUACUAAGGAUUUUCCUCACAAAUGUGAGGUCUGUGAUAAAGGUUUUCAUCGUCCUUCUGAGCUCAAAAAGCAUAGUGAUAUCCAUAAGGGUAGGAAGAUUCAUCAGUGCAGGCACUGUGACUUUAAAACAUCCGAUCCAUUUAUUCUUAGUGGCCAUAUCCUUUCAGUUCAUACUAAAGAUCAGCCAUUGAAAUGUAAAAGGUGCAAGAGAGGAUUCAGACAACAAAAUGAGCUAAAAAAACAUAUGAAGACCCAUACUGGAAGGAAGAUUUACCAAUGUGAGUAUUGUGAAUACAGCACUACAGAUGCAUCUGGCUUUAAACGACAUGUGAUAUCAAUACAUACAAAAGACUAUCCACACAGGUGUGAAUUCUGCAAGAAGGGAUUCCGAAGACCAUCAGAAAAAAAUCAGCAUAUUAUGAGGCACCACAAAGAGGCUCUUAUGUAAUAAGAUCAAUAUAAAGAAAGAAGCUAUUUAGGAGAUAUGAUAUGCUACUUGGGAGAAAACUCUCACUAACUGUCUCACCGGGUUUCAAAGCUUGAUACUAAACCAUGACUUUACAUUCUUUGUAUUAAAGAUCUUAAAAUAUUUGAAUUCACAGGGGAUCCCAUAGCCCUUUGAAAAUUACUUAAAGAAUUUAAGAAGCACUAUAGAAUGGUUACAGAAAAACUUCUUAAGUAUCUGUGUAAUAGUAUUAUAUGCAUACUUAAACUACAGAGGGGAAAAGCAAAGACAAAUACUUUAUUUGGCUGAUUAUGUUAGAUACAAAUGUUUCUGAGAAGAGAAUACAUAAUUGAGUUUAGUGAUGCUUUGCUAUAGCAAGCAAACCCACUUUUAUGCAAUUUUAGAAAUGGGGCAGGGAAACAAAAUGUGGUCAUUCAUCAGUCACUUAGUCAUUGAGCCUUUUAUAUUGUACCUGGAAAUUAAAUUCCAGCAAUGACAAAAGUUUUGUGUAUUCAUUAAAAGAAAACUAACUGGAAAACAGGUUAGAUUAAUUCAGUACUAUUAAAAAAGAAUUCAGAGCUGUUAAUAUUUUAUCACAGGAUAGGAUACUUAAAAUAUAGCAUUCUGUGCUGAGAUCUAAGGUGAAGUCUAUAAAGAUUAAAGUUCCCUUUUUUCUGAUGUUCAAGUUGAUUGUUGUUCAGUAUGGCAUAUAUGACAAAAGUAUAUUUGAGUCAAAUGUGGCUUUCUAAAAUGGAUGCAACAUUAGCGUUGCAAACAAAAUCAGCACUAUAUUUCUUAAUGAUCUAAAGAUUAAUUUGAGAGAACACAGUUUUCUUAAAUAUUAUAAUGUCUAGAGUUUUUUUAGGACAGUCUUAGCAAGUAUGAUUGUUCUAGUCUUACUUGCUCUAAUGUUUAAAGGUGCAAUUUUAUGCCAUUAUUGAAAUUGAUUUUUAAAAUCUAUAUACCAUAUGAUUAACAUGCAUUUUCAAUAUGAGGCAGUGUUUAUGCAGUAUUUAACAGAGCAAUCUGCUGCCAAUAGAGUUUGGAGGUGGAUAUUUAGUUUACAGUGUAUAAACUUAAAAUAUGCAUCCCUUUAACAACGCUUUGUGUUAGCAUGCUGCAAAUCAAAAUGGCACUUAAUAUUAAAAGCUGGUUUAGGGAAAUUUUAUGAAAAUCCUGUUCAUAAAUGUAAUGCAUAUGAUAUGUACUUUUAAGUUUUAGUUGCUUCAUGUUUACAUUCAGCUGUUCAACAUAAUUAAAAUGUAAUUUUACUUCAUGCUAUAUUGUGGCUUUGUGUUUCAAAUAAUGUUCACCUUUCUGUUUUUGCACCAGAUAAGAAUCAGUUCCUUGAGAAUAAAUUUUUUAUCUUUCUUAACUUCAGAAUAUUAAAUUUGGAAUAUCUACUAAAAUUGUGUGUUAUGUGGCUGUAAAUGAUGUACACGCUGUAAAAUAAGAUCGCUACUGUUAUGUGGGAUUAUUAUUUCUAAAUGUUACUCAUUGAAAUGAGCAUACAAUAAAAAGCAUUUAUUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1155.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1240.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 1208.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((((..(.((((((((..(((((......((((....)))).((((.((.(((...))).))))))(((((((((((((((.(((.(((....(((((((.......)))).)))....)))))).)))).)).))))))))).))))).(((((.(((((.((....)).))))).))))).(((((((............((((((........................))))))...........)))))))(((((((.(((.....))))))))))...((((((((.((((((((((......((((((....))))))))))))(((((...(((..(((......)))..)))..)))))(((((((((((..(((((((..((...(((.((....)).))).......((((((.......))))))..))..)))))))((((((((....))))))))((((.......))))))))))..))))))))).))))))))......)))))))).).....((((((((((((((((...........))))))).....)))))))))..((((....)))).((((.((.(((((((.((........)).))).)))).)).))))....(((((((.......(((.(((...((((((((((((((((((((((.((.((........)).))))))....)))))))))))((((.(...(((((((((((((((.((((((.((.....)).)))))))).....(((((....(((((....))))))))))...(((((((((((.((((((.....(((((..((((((.(((..((((..(((((..(((((..(((.((..((.((((((((..(.(((....(((.((((((.((.....))))))))((((((((((((((((.......((((((((..(((((((((((((.........)))).)))).))))))))))))).(((.........)))......))))).).))))))))))..))))))).)))))))).))....)).)))..)).)))..)))))..))((.((((((((.(((((((.(....).))))..))).)).)))))).))............(((.((.((....)).)))))))..)))))))))...))))).........))))))))))))))))))))..))))))))))..).))))....(((((((...........))))))).)))))))...)))))).....)))))))..((((((((((((.....(((((.......((((((((((.((((.((....((((((((..((..(((.....)))..))....((((((((.(((((..((.....)).))))).)))))).))((((((((((((.(((((((((((((....((((((((((((.....((((((....)))))).((((...(((.(((......((((((((((.(((.((..(((((((((........(((((.(((((((((...((.(((.(((...((((..((((.........))))))))...))).)))..)).(((((((.......))).))))........((.......)).....((......))..(((((((((((((.((((........((((....))))........)))))))....)))))))...)))..........((((((.((((((((((((.............))))))).)))))...))))))((((((....((((.(((((..((.(((((....)))))))........((((.(((.....)))))))((((((((((((.((.((((((((((((((((........(((((.(.((((((((((..(((((((((.....(((.(..(((((((((((......((((...))))......)))))......((((....))))....((((((.......((.((..((((((..((((...))))...)))))).)).))))))))...........(((((((...(.((((((.(.((((((((.......)))))))).))))))).)...))))))).........((((.....))))..)))))).))))..)))))))))..)))))(((((.......)))))....((((((((..........(((((((....)))))))...))))))))....(((.((((....)))).)))((((((((((((......(((.(((((((((((...((.((((((((((....)))))....))))).))....)))))..)))))).)))((((((..((((((.........((((.......))))...((((((....))))))((((((((((((((....(((.(((((((.((((((..........(((.((((....((((..((((..(((.(((((....)))))))))))).....))))(..((.(((((..((((((((...(((.(((.(((....)))))))))..))))))))...))))).))..)......)))))))..........)))))).........((((......))))..))))))).)))..)))..((((.((((((..(.((((...........((.....))...........)))).)..)))))).)))).............((((.(.((((((((.......((((((((........(((((...............((((((((..(.....)..)).))))))...((((((((((((((((((.(((((..(((((((((((.(.........((((((((....)))).)))))))))))..((((((....))))))...)))))....).))))...)))))))))))...))))))).....)))))........))))))))....(((((((...(((((....(((((((((((((.(((((...)))))..........)))))))))).)))..)))))(((((.......))))).......)))))))............((((((...))))))(((((...(.(((((.((....)).))))).)...((((((((((....((((((((((((((.((....))))))...((((.(((((........))))).))))...............((((.(........)))))...))))))))))(((((.(((((...((((((......)))))))))))..)))))..))))))))))............((((((........))))))......)))))...........)))))))).).))))......)))))))))))..(((((.((........)).))))))))))).....))))))..(((((....))))).)))))))))))))))))).))))).))))))).)))))...)))))).....((((.(((.....)))..))))..))))))))))))...((..((((((......))))))..))......))))))))))))))).(((((....)))))((((((((((((...))))))))))))........))))))))).)))))..)))))))))((((((((.(((((...))))).)))))))).(((((((...((((((.(((((.((((..((((((((.((........((((.((((...))))))))......)).))))))))...)))).......((((((((((((((((((.(((((((.((((......)))).)))))))............(((((((.........)))))))............))))..)))))).))))))))....))))).))))))))))))).....)).))).))))))))))......)))))).)))).(((((((...((((((.....(((..........)))....))))))))))))).))))))).............)))))))))).)))).)))).)))).))))))))))))))))...)).))))))..))))))))))))).(((((((((...((((.....))))....)))))))))....))))))))))))..............)))))))...(((((((((.....(((((((.......)))).))).........((((.((((......)))))))).(((((((..((((.....)))))))))))))))))))).....(((.....))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,((({{(({{({,,{.{{{(((((..(((((......((((....)))).,{({.(({(((...))).)))})}(((((((((((((((.(((.(((...,(((((((.......))))}}))....)))))).)))).)).))))))))).|||||.(((((.(((((.((.||.)).))))).))))).{{{(({{...........,((((({....,,,,,,.,,,,,,,,,,.,.}}}}},...........}||||||({{((((.(((,,,{{|||},,}|||.,.,{{{{{{,,|{{,,|||||,,,,,,((((((....))))))}}}}||{((((...,||}}||{.,,...))),,))}{{|||||{(,,,,|,|||}}||(((((...|,,,|((,((....)),)},.......{(((((.......)))))},,}},{||||}}}((((((((....)))))))){|{|.}}}}}{||||||||||,.|||||||||,|,,,,,}|{,....}}}})|||{{{,...|||||||{{{{{{{{{,.,{,,,{{{,,||||||,...,||}}}}))}..,,|}}}}}},},.,|||}||,|((((((.((.,,...,,)).))).))))})),})))},.}}}}||,,.(({({{(({.(((,..,,||||{(((((((((((((((.((.((,.......)).))))))....)))))))))))|{{,,{{{{(({{{|||||||.{{.((((((.((.....)).))))))}).,}}}|||||...,|||||....|||}||||||,.,(((((((((((.((((((.,.{.(((((..(((((({(((..((((..(((((..(((((..(((.((..((.((((((((..{.((,...,(((.{(((((.((,...,)))))))|(((((((((({{{{{{.......((((((((..(((((((((((((.........))))}}))).))))))))))))).(((.........))),}}...))))),)}))))))))))..)))))),.)))))))).))....)).)))..))},))..)))))..))|{.((((((((.((({(((.(....).))))..))).)).)))))).},.............,{.{{.,{.,,.}}.}}})))}..)))))))))...)))))...,.....))))))))))))))))).,....,,,,},}},}})})),),,...(((((.....{{{{{{{{{|,,..)))),......))))))....}))))|||,,((((((((((((..{,.(((((.......((((((((((.((((.((....((((((((.,((..(((,...,)))}}),....{{((((((.(((((..((.....)).))))).)))))).,}((((((((((((.(((((((({(((,.,,,{(((({{{(((({,,..{(((((,...}}))))}|,,...|{{{,{.|,,..{{{(.((((((.((.,((.(((.....,|}}.}).}).)}}}}},||||{{{|||,((,,,,{,,,{{,{{(({{({{{.,,.,,...|}||{{{|...{(({{|..{{{.,,..|||.......}},.},,........}||.....,,},.,,,||(,.....}}.{((((((((({{{,{((((........((((....))))........)))))}}....))))))}.,,||},|......},,|||||.((((((((((((.............))))))).))))),{{|||,,.{((((,...,{(((.(((((...{,(((((....}}}},,,........{(((.(((.....))))))}{(((((((((({.((.(((((((({(((((((........(((((.{.((((({,((({{(((((((({,...{({{.{,{{,{(({((({{......{{{|...,}})......)})))|..,,,((((..,,|||,..,,(((((,,,.{{.,{(.((..((((((..((((...))))...)))))).)).)))))})).........,,(((((((...(.((((((.,.((((((((.......)))))))).,)))))).)...))))))).,...{((((((((.{....).)))))))))}})).})))))))))..))))}(((((.......)))))....((((((((..,,......(((((({....})))))).,.))))))))...{(((.((({....}))).))){(((({{{{{||...|||||,.{{{{{{{|||,..,(({(({..({{{{....)))))},...{(((.((.((((..(((........)))..))))...)))))}........((((.......)))}...((((((....)))))),((((({{{{,(((((((((..,..,,...((((((..........(((.((((....((((.,((((,.(((.(((((....))))))))}))).....}))){..((.(((((..((((((((...{(,{(((.(((....))))))))}..))))))))...))))}.))..)......)))))))..........))))))..........)))))))))||||.{|||||,..,,}}}.)),.||||.((((((..,.{{|{,,,,..,,{{.||.}}}})),,,........}|}|.}..}}}))).)}},...,,.,,,}}..{{{{.(,({{{((((,......((((((((...,,...(((((.........,,.,,.{(((((((..(.....)..)).)))))),..((((((((((((((((((.(((({{,(({{{{{{{{{.|....|,,.,{((((((,...})))),,,,..}}))))..{{(((,,,,.,}}})),..))}},....).))))...)))))))))))...))))))).....}})))..,,....))))))))....(((((((....,,.({{{{{...|}||||,,{,{{{{{...||}}|,,,{,{....||}}|{||||{|.|{{|||||.,,}))))))).})))))},....)))))))............((((({...}))))){||{{{{.{.(((((.{(....}}.|||}}.}...((((((((({..,.(({{(((((((({((((....))))))}..((((.(((((........))))).))))...,,,...,....|{|{{.|.,,,,,..,}}}},,.}))))))))){{{{{.{{(((...((((((......))))))))))),,}}}})..}))))))))).........,..(((((({.....)})})))).,|.,,|}}}}...........}))))))).).)))|,..,,,||||||}}}})|||||||,{|,......,)),}))))))))))))}))))})))}.(((((....))))).}})))))))))))))))),))))}.))))))).}))))...))))))...,.((((.,((,....}))..))))..)))))))))))}...{(..((((((......))))))..)).,,}}.))))))))))))))),||||{....}}}}}((((((((((((...)))))))))))).......|||||,|||,.,}))),})))}}}},}((((((((.(((({...))))).))))))))|{{{,|{(((((((((((,,,...((((..((((((((.((..{.{{,.,(((.(({,...}))}))))}}.}..)).))))))))...))))..(((((((((.(....(((,{(,..(((((((.((((......)))).))))))).}}}.)))...,.))))))))).....{{(((({{((((..{{(...(((({(((((({..((((,..........,)))).)))))))..})))),,})}.))))}...{(((((({.......)))))))}..,.,})))))},,,.))))))))))}},,))))})))},}})))}}}).,},.}}}}},..,,,|,,,,...))))})}}}}.)))).)))).)))).))))))))))))))))...)).))))})},})))))))))))).(((((((((,..((((.....))))..,,)))))))))}}..))))))))))))...,,,,,,,,...,}))}))....|}|})}|||}|||{{{{{{,.,,,,.,||}|,}}},,.{(((({((((.((((......)))))))).)))))}...,,||,,,||}}}}...}})))),}})}}}.....{{{,,,,,))).
Back