Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001375575.1
Sequence Length
2043 nt
GC Content
0.3338
GCCAUUUUGAGUUGUUCUAGUGGUAUAUGAAGGAGGCUGGGAUAACUAGCUUGAAAGAAAUUCAGUCUAGUUAUAGACAUCUUUGGCAUUAAUCUGAUGUUUACUAGUGAUAUCUCAUGCUAGGCAGUUAUGCUUUGCUUCUAGGGGCUUCUCUUUUUAAAACAAAAGAAAGCUCUUUUCGUUUUCUGUGUGCUGCAUGCUCCAGUGUGUGUGUUUACACCAUCGGUUCUUCUCCCUCUAGAGAUUAGCAUAACUCCCUUUGCUGUUGGAUUGUUAUUUUGAGCAAUAUGUUUUGGAAAGGUUGGUUUUCAUCAUGAGUGCACGCAAAUCAUCAGAUGCAUCUGCUUGCUCCUCUUCAGAAAUAUCUGUGAAAGAGUUUCUAGCCAAAGCCAAAGAAGACUUUUUGAAAAAAUGGGAGAAUCCAACUCAGAAUAAUGCCGGACUUGAAGAUUUUGAAAGGAAAAAAACCCUUGGAACAGGUUCAUUUGGAAGAGUCAUGUUGGUAAAACACAAAGCCACUGAACAGUAUUAUGCCAUGAAGAUCUUAGAUAAGCAGAAGGUUGUUAAACUGAAGCAAAUAGAGCAUACUUUGAAUGAGAAAAGAAUAUUACAGGCAGUGAAUUUUCCUUUCCUUGUUCGACUGGAGUAUGCUUUUAAGGAUAAUUCUAAUUUAUACAUGGUUAUGGAAUAUGUCCCUGGGGGUGAAAUGUUUUCACAUCUAAGAAGAAUUGGAAGGUUCAGUGAGCCCCAUGCACGGUUCUAUGCAGCUCAGAUAGUGCUAACAUUCGAGUACCUCCAUUCACUAGACCUCAUCUACAGAGAUCUAAAACCUGAAAAUCUCUUAAUUGACCAUCAAGGCUAUAUCCAGGUCACAGACUUUGGGUUUGCCAAAAGAGUUAAAGGCAGAACUUGGACAUUAUGUGGAACUCCAGAGUAUUUGGCUCCAGAAAUAAUUCUCAGCAAGGGCUACAAUAAGGCAGUGGAUUGGUGGGCAUUAGGAGUGCUAAUCUAUGAAAUGGCAGCUGGCUAUCCCCCAUUCUUUGCAGACCAACCAAUUCAGAUUUAUGAAAAGAUUGUUUCUGGAAAGAACUUUUGAUAUGAACAAAACAAAACUUUGAGAAAAAUUAACAGACAAGGCAGUGAUUUAUUUUUGAAGAAUUUGAGAAGUGUAGACUCUCAAGAGGACUAAAGGUCAUAUGAAGAAUGAUGAGAGAACCAAAAUACAUUAAAAUCACAAAUGGAAGAAGAAUAUUUUACUAAUACAAAAACUAAGAAUGUAAAUGUUAUAAUAAUUGUUUCAAAUCAUUUAAUUGACAGUAAUUAUAAAGUUCUUGAAUCUUUACUAUAUUACUUUUAUUUAUAUUCAUAUAAGAAAUCCAAUUUUCUAACAAGGAUACUGUCAUAACUAAAUUUACAUUUAUUAAGAAAAACUGCUUUAGUUAAAAUUAAUGUGUCUUCAUUUUUAUGCAUUGGCCUCGAUUUGCCAAUCAUUCUCUAUUGGUUAAAUUUUAUAUUCAGCUGUUUAUGAAUAUAUAUUCAUUUUAUAUCAAACUUUAAAAUUUUGUAUCUAAUAAUCAGCAUAUAUUCUAAAAUCAUAACAGUCUAAAUCCUGGGCACCUUAGAAGAAUGACACCAGAAAACCUUAUUAUAUCACAAUAUUCUGUUUUCCCCUUCAUUUAUUUAGAAAUAUGACAGGAUAUUUGGUGUACUUUUGUUUUUUAACUAAAAGUACCAGAUUAUCUCUCCCCAUGUGGGAUAUAAAAUUAUCCCCAUCUCUUACUCCCUUUACUCAUCUAAAGUAGAAGUCAUGAAAGUGGAAUUUUUGCCAUUAAAAGGCUCUGUAUUAUGUGAAGUUAGAUUGUAUUAACCAUUUCCCAAUAAAUCAUCUGUUUCAAAACUCAAAUUCAAACUAGAAUGUGUCUCUAUUCACAUUGCAAAAAUAUUAUUGUCUCUCUGGUUAGUGGCUAAAAGCCAAAUUGGAAACUAACUAGUUUUUUAAAUUUUUUAAAUUGUGCAAAUUAUUAAAAAUCCAAUUUGGUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-459.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -502.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 578.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((......((((...(((((((((..((((((.((((((((((.....))))(((...(((((((.....((((((((..((((((((((((((.....((((..((((.((.(((((((((....(((((((((..............(((..(((((((.......))))))).)))((.....)).((.(((.((((....))))))).))........)))))))))...)))))))))))((((((((..((((((((.(((.((((...((((((((((..(((((((((((.(((((((.(((.(((.(((((...))).)).))).)))..)))..((((....))))(.(((((((((((.((....))...)).))))))))).)....))))))))).))))))((..(((((((((((((((.....(((..((((........)))).))))))))))...((((.((.(((((((((((.........((((((((((.........(((......((((((((..((....((((....))))...))....((((((((((((((((((((((.(((.(((.((.....))))).))).))).))))))))....)))))))))))...(((((((((((...............)))))).)))))......((((((...)))))))))))))).....)))...)))))))).))....((((........))))..........)))))))))..)).).).)))).....((((.(((.......))).))))...(((......(((((..((((...))))(((...(((((((((...))).))))))..)))..)))))....)))........)).)))))).))....))))))))))...)))).))))))))))).))))))))..........))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))...))))))))).)))))))).)))))))...))))..)))))))))..........((((.(((((.(((.....(((((.......)))))......))).)))))))))..((((..(((((((((..((((((((..(((((((((...((.((((......(((((((((((((.(((((..(((.(((..((((((.....((((((...........(((.((((.....)))).)))..............))))))....(((((((.((((((...............)))))).))))))).))))))..))))))..))))).)))))))....(((((.....(((((......))))).....)))))......................((((((....(((((...)))))....)))))).))))))......(((.((((((........))))))))).......((((((.............((((.((((....(((((...((((((..........))))))..)))))...)))).))))(((((.(((((..(((((((((.....((((((......(((((.((((((.....((((((.....(((......)))....))))))....)))))).)))))........))))))(((((((..(((((((((....))).)))))))))))))...........(((.((((((......))))))))).......(((((((...(.((((...)))).).....)))).)))......(((.......))).))))....)))))..))))).)))))))))))..................))))))...))))))))).......((((((........)))))).))))))))))))))))).))))....)))))...(((((((((((((.......((((((....(((((...)))))....)))))).......)))))))))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((((......((((...,((((((((..((((((.((((((((((.....))))(((...(((((((.....((((((((..(((((((((((((({,...,{{{,.((((.{{.(((((((((...{{((((((((......,,,.....,,|||{({||||,},,...))))},|((({(,.((((((....,.|,))}}}}.})))),...||........)))))))))...)))))))))}|((((((((..((((((((.(((.((((...((((((((((..{((((((((((.(((((((.(((.(((.{(({{...))).}}.))).)))..)))..((((....)))){.(((((((((((.((....))...))}}}})))))).}....)))}))))).)))))}{{..{({{({(((((((((....,(((..((((........)))).}}))))))))..,{{{{.|{|{{.{{{((((,.........{|{{{{{{{{........,(({,,,.,.{((((({{..((....((((....}}))...))....{(((((((((((((((((({((,(((.{((((.....))))}}.))).))).)))))))),...})))))))))}...(((((((((((,,,.......}},,.)))))).))))).|{{{,((({((,,,|}}|||||||}}},....,|||..{|||||}}|{|||...,{,,.,,,,,..)),}||||,||,.||},.}))))}.}},)})})))}.....{(((.{{{.......})).}))}...,|||....}|||||..,{||.,.})),|||...{{(((((((...)))}}}))}},|)))...,}}},,..,}}}},,.}}})).)})))).}}},..))))))))))...)))).))))))))))).))))))))}.........)))),,)))))))))))))))))))))))))))))))))...))))))))).)))))))).)))))),...)))),.))))))))}..,,{.{{,{{.||.,(({{..||}}}}}}}}|.}}}....}}},.,,....}}},,.....,,|{{((((..(((((((((,.{(((((((..(((((((((...({.{{{({{{,,.,,,((((...}))).,.||,|||,.((({{((((.....,{(((({{,,..{{{{{,,{{{,{{{,....,||||,|{{{{{{,........(((((((((({{((((((.(((({{..............,)))}||.}}}}}}|{{|,.,,....,,,,,.,,,},.}}}..})}}}}}}}}}.....(((((......))))).....|||||({{{{{((,(((({{..,,{{,,,{{{{....{{{{{..,))))),...}}}}})}}},||{{{,,,,{{{.{(((((........)))))|(((((((((..(((....,,,{{{{{...((((.((((..,.(((((...((((((..........))))))..)))))...)))).)))),,}}}...,,,,,,.......(((((.....)))))}}}.)))},)))))|.....((({{{.....,,,.....,}}}|,,,)}}}}}....,,....,}}}})...}}})))))|||{{{{{{|{{(((((((((....))).)))))))))}}},.}}).......(((.((((((......))))))))).......,..,(((({{....,,.))}))},},|,}})}))})}}......(((.......))),,)}}}})}})))),.))}},.)))))}.....}))}........))))).})))))...))))))))).......((((((........)))))).))))))))))))))))).)))).,,})))))...{{(((((((((((...,...((((((....(((({...}))))....)))))),,,....)))))))))),})}.
Back