Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001375581.1
Sequence Length
1853 nt
GC Content
0.3314
ACACAGCAUUUUAAUAUCAGUGAGGUCCACAGCUAGCAGUAAGAGCUGGUGUAAUUGAAAGACGUUUAGGUGCAAUCAUUCUGCUGUUUGCUCCUUGCCAGGUUCAACAUGGGAUUGUCACGCAAAUCAUCAGAUGCAUCUGCUUGCUCCUCUUCAGAAAUAUCUGAUUCCUUUGUGAAAGAGUUUCUAGCCAAAGCCAAAGAAGACUUUUUGAAAAAAUGGGAGAAUCCAACUCAGAAUAAUGCCGGACUUGAAGAUUUUGAAAGGAAAAAAACCCUUGGAACAGGUUCAUUUGGAAGAGUCAUGUUGGUAAAACACAAAGCCACUGAACAGUAUUAUGCCAUGAAGAUCUUAGAUAAGCAGAAGGUUGUUAAACUGAAGCAAAUAGAGCAUACUUUGAAUGAGAAAAGAAUAUUACAGGCAGUGAAUUUUCCUUUCCUUGUUCGACUGGAGUAUGCUUUUAAGGAUAAUUCUAAUUUAUACAUGGUUAUGGAAUAUGUCCCUGGGGGUGAAAUGUUUUCACAUCUAAGAAGAAUUGGAAGGUUCAGUGAGCCCCAUGCACGGUUCUAUGCAGCUCAGAUAGUGCUAACAUUCGAGUACCUCCAUUCACUAGACCUCAUCUACAGAGAUCUAAAACCUGAAAAUCUCUUAAUUGACCAUCAAGGCUAUAUCCAGGUCACAGACUUUGGGUUUGCCAAAAGAGUUAAAGGCAGAACUUGGACAUUAUGUGGAACUCCAGAGUAUUUGGCUCCAGAAAUAAUUCUCAGCAAGGGCUACAAUAAGGCAGUGGAUUGGUGGGCAUUAGGAGUGCUAAUCUAUGAAAUGGCAGCUGGCUAUCCCCCAUUCUUUGCAGACCAACCAAUUCAGAUUUAUGAAAAGAUUGUUUCUGGAAAGCAGAACUUUUGAUAUGAACAAAACAAAACUUUGAGAAAAAUUAACAGACAAGGCAGUGAUUUAUUUUUGAAGAAUUUGAGAAGUGUAGACUCUCAAGAGGACUAAAGGUCAUAUGAAGAAUGAUGAGAGAACCAAAAUACAUUAAAAUCACAAAUGGAAGAAGAAUAUUUUACUAAUACAAAAACUAAGAAUGUAAAUGUUAUAAUAAUUGUUUCAAAUCAUUUAAUUGACAGUAAUUAUAAAGUUCUUGAAUCUUUACUAUAUUACUUUUAUUUAUAUUCAUAUAAGAAAUCCAAUUUUCUAACAAGGAUACUGUCAUAACUAAAUUUACAUUUAUUAAGAAAAACUGCUUUAGUUAAAAUUAAUGUGUCUUCAUUUUUAUGCAUUGGCCUCGAUUUGCCAAUCAUUCUCUAUUGGUUAAAUUUUAUAUUCAGCUGUUUAUGAAUAUAUAUUCAUUUUAUAUCAAACUUUAAAAUUUUGUAUCUAAUAAUCAGCAUAUAUUCUAAAAUCAUAACAGUCUAAAUCCUGGGCACCUUAGAAGAAUGACACCAGAAAACCUUAUUAUAUCACAAUAUUCUGUUUUCCCCUUCAUUUAUUUAGAAAUAUGACAGGAUAUUUGGUGUACUUUUGUUUUUUAACUAAAAGUACCAGAUUAUCUCUCCCCAUGUGGGAUAUAAAAUUAUCCCCAUCUCUUACUCCCUUUACUCAUCUAAAGUAGAAGUCAUGAAAGUGGAAUUUUUGCCAUUAAAAGGCUCUGUAUUAUGUGAAGUUAGAUUGUAUUAACCAUUUCCCAAUAAAUCAUCUGUUUCAAAACUCAAAUUCAAACUAGAAUGUGUCUCUAUUCACAUUGCAAAAAUAUUAUUGUCUCUCUGGUUAGUGGCUAAAAGCCAAAUUGGAAACUAACUAGUUUUUUAAAUUUUUUAAAUUGUGCAAAUUAUUAAAAAUCCAAUUUGGUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-392.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -433.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 638.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((..............(((.((((((((.(((((((.(((.(((((((.(((((.....))))).))).)))))))))))))).)))...((((((((((..((((((((((((.((((((..((((((((..((((............))))..))))))))...))))))(((((((((((.((....))...)).)))))))))......(((((.....(((((...((......(((((..((((........((((........))))........))))))))).....))..)))))...........((((((((((.........(((......((((((((..((....((((....))))...))....((((((((((((((((((((((.(((.(((.((.....))))).))).))).))))))))....)))))))))))...(((((((((((...............)))))).)))))......((((((...)))))))))))))).....)))...)))))))).)))))))).)))))))))))..((((.((..((....))..))))))............((((.(((.......))).))))...(((......(((((..((((...))))(((...(((((((((...))).))))))..)))..)))))....)))..)))))))).))....))))).)))((((((.(((((((((((((((((((...(((....)))........((((.(((.(((.(((...(((.(((((((..........))))).))..))).)))))).)))))))...........((((......))))..)))))))))))))..)).....(((((.......)))))))))))))))......(((((((((..(((((((((..((((((((..(((((((((...((.((((......(((((((((((((.(((((..(((.(((..((((((.....((((((...........(((.((((.....)))).)))..............))))))....(((((((.((((((...............)))))).))))))).))))))..))))))..))))).)))))))....(((((.....(((((......))))).....)))))......................((((((....(((((...)))))....)))))).))))))......(((.((((((........))))))))).......((((((.............((((.((((....(((((...((((((..........))))))..)))))...)))).))))(((((.(((((..(((((((((.....((((((......(((((.((((((.....((((((.....(((......)))....))))))....)))))).)))))........))))))(((((((..(((((((((....))).)))))))))))))...........(((.((((((......))))))))).......(((((((...(.((((...)))).).....)))).)))......(((.......))).))))....)))))..))))).)))))))))))..................))))))...))))))))).......((((((........)))))).))))))))))))))))).))).)))))).)))..(((((((((((((.......((((((....(((((...)))))....)))))).......)))))))))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{{......,{{{{{{.(((.{(((((((,((({{,..,,|}|||{{((,((((.,{{..|||{{{||{{{||,||||||||||||}.,,,.,|,{{{{{{..{,{(({(({{{,.,{{||{,|,|{{|{|{,.,|||,,}}},.{{{{((|||..,|||||,{{{{|||,|,{{(((((({{(.((....||,,.}}}}|||}}}}|.|.,,..{(({,...|}}|..{(({{{{..,.,.{,,,,{|...}}|||}}((((........))))})))))))),,.}}},}}}}||{{,,{|{(((,.,.......}|||||}}.,,,....,},}|||||.}}||||||||.}|}}}}}||||||.....,..,,,....{(((((((((((((((((({((,(((.{((((.....))))}}.))).))).)))))))),...})))))))))}...(((((((((((,,,.......}},,.}))))).))))).{(((((((,((({((,,(({{(((.{,..,,,{{{{,.((({{,.,|{{||,..{{,,.}}}}},.)),}||||,||}.||}..}))))}..,,)))))))}.....((((.(((.......))).))))..,}||}}}..}}},}}},||||,..,,,.(((.,.(((((((((...)))}}})))).,)))...,},|{|.{{|,..,,,))),)}}.,..}))))}.)))|{((((.{(({|,((((((((((({{,{.{((....))).......,{{{,,(((,(((,(((.,.,((,(((((({..........}))}}.}}.,)))})))))),)))})))...,,..,},,||||......)))}.,))))))))))))}.,})}}}}}}||||}}}},,.,,,.......,||||,,....{(({{((((..((((((((({.{(((((((..(((((((((..,(,.,,|||||||,,,,(({(,,,|||},{,{{,,{{,.((({,((((,,...,,{{(({(,,..,,,,,,,{{{.{{{,....,||||,|||,,,,,........{{{||||{{{{{((((((.((((({..............,)))))).)))))}|,||},}}..,,},}}..}},}}.}}},,))}}}}}}}}}.,,,.(((((......)))))....,|||||{|||||{{{{{{{{,..,,,|,,,,,,{....,{{||.,}))))),...}}}}}}}}}}},{|{,,,,|||.{(((((........)))))|(((((((((..(((,...,..{{{{{...((((.((((..,.(((((...((((((..........))))))..)))))...)))).)))),,}}}...,,,,,,.......(((((.....)))))}}}.)))},)))))|.....({{{{{....,|||,,...,}}}||,,))))))....||,,...}}}})...,}}))}))|{{({(((({,{(((((((((....))).)))))))))))),,})),......{((.((((((......))))))))).......,.,{{(({{{..,,||,})}}}},}}}}}}}}))})),.....,{||,......)))}})))}))}))))),,))}}},}}}}}}.....}))}.,,.....}}}}},})))))...))))))))).......((((((........)))))).))))))})))))))))).)))))))})),}))..{{(((((((((((...,...((((((....(((({...}))))....)))))),,,....)))))))))),}}}.
Back