Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001375611.1
Sequence Length
1785 nt
GC Content
0.5978
AACUCGAACUCCAGGCUGUCAUGGCGGCAGGACGGCGAACUUGCAGUAUCUCCACGACCCGCCCCUGUGAGUCCCCCUCCAGGCAGGUGCCAGUGCCUCCAGAAUGUGGCAGCUCACAAGCCUCCUGCUGUUCGUGGCCACCUGGGGAAUUUCCGGCACACCAGCUCCUCUUGACUCAGUGUUCUCCAGCAGCGAGCGUGCCCACCAGGUGCUGCGGAUCCGCAAACGUGCCAACUCCUUCCUGGAGGAGCUCCGUCACAGCAGCCUGGAGCGGGAGUGCAUAGAGGAGAUCUGUGACUUCGAGGAGGCCAAGGAAAUUUUCCAAAAUGUGGAUGACACACUGGCCUUCUGGUCCAAGCACGUCGACGGUGACCAGUGCUUGGUCUUGCCCUUGGAGCACCCGUGCGCCAGCCUGUGCUGCGGGCACGGCACGUGCAUCGACGGCAUCGGCAGCUUCAGCUGCGACUGCCGCAGCGGCUGGGAGGGCCGCUUCUGCCAGCGCGAGGUGAGCUUCCUCAAUUGCUCGCUGGACAACGGCGGCUGCACGCAUUACUGCCUAGAGGAGGUGGGCUGGCGGCGCUGUAGCUGUGCGCCUGGCUACAAGCUGGGGGACGACCUCCUGCAGUGUCACCCCGCAGUGAAGUUCCCUUGUGGGAGGCCCUGGAAGCGGAUGGAGAAGAAGCGCAGUCACCUGAAACGAGACACAGAAGACCAAGAAGACCAAGUAGAUCCGCGGCUCAUUGAUGGGAAGAUGACCAGGCGGGGAGACAGCCCCUGGCAGGUGGUCCUGCUGGACUCAAAGAAGAAGCUGGCCUGCGGGGCAGUGCUCAUCCACCCCUCCUGGGUGCUGACAGCGGCCCACUGCAUGGAUGAGUCCAAGAAGCUCCUUGUCAGGCUUGGAGAGUAUGACCUGCGGCGCUGGGAGAAGUGGGAGCUGGACCUGGACAUCAAGGAGGUCUUCGUCCACCCCAACUACAGCAAGAGCACCACCGACAAUGACAUCGCACUGCUGCACCUGGCCCAGCCCGCCACCCUCUCGCAGACCAUAGUGCCCAUCUGCCUCCCGGACAGCGGCCUUGCAGAGCGCGAGCUCAAUCAGGCCGGCCAGGAGACCCUCGUGACGGGCUGGGGCUACCACAGCAGCCGAGAGAAGGAGGCCAAGAGAAACCGCACCUUCGUCCUCAACUUCAUCAAGAUUCCCGUGGUCCCGCACAAUGAGUGCAGCGAGGUCAUGAGCAACAUGGUGUCUGAGAACAUGCUGUGUGCGGGCAUCCUCGGGGACCGGCAGGAUGCCUGCGAGGGCGACAGUGGGGGGCCCAUGGUCGCCUCCUUCCACGGCACCUGGUUCCUGGUGGGCCUGGUGAGCUGGGGUGAGGGCUGUGGGCUCCUUCACAACUACGGCGUUUACACCAAAGUCAGCCGCUACCUCGACUGGAUCCAUGGGCACAUCAGAGACAAGGAAGCCCCCCAGAAGAGCUGGGCACCUUAGCGACCCUCCCUGCAGGGCUGGGCUUUUGCAUGGCAAUGGAUGGGACAUUAAAGGGACAUGUAACAAGCACACCGGCCUGCUGUUCUGUCCUUCCAUCCCUCUUUUGGGCUCUUCUGGAGGGAAGUAACAUUUACUGAGCACCUGUUGUAUGUCACAUGCCUUAUGAAUAGAAUCUUAACUCCUAGAGCAACUCUGUGGGGUGGGGAGGAGCAGAUCCAAGUUUUGCGGGGUCUAAAGCUGUGUGUGUUGAGGGGGAUACUCUGUUUAUGAAAAAGAAUAAAAAACACAACCACGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-743.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -775.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 483.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((..(((((((..(((((((((((((((.(((......((...............((((((((.(((.....)))))))..))))....((((..........))))))......))))))))))).)))))))..)))))))......(((((((((((((......(((((...........((((.(((((.((((.((((.((((((((....(((....)))...((((.....))))..((((((...........)))))).(((((.((((((.....))))))))))).(((((((((.((((...))))....((((.....)))).)))))))))((.(((((((((((......)))..)))))))).))((((.((((.((((((((((.(((((....)))).).))))))...)))).)))).))))...(((((....))))).....)))))))).))))..)))))))))))))((((((..(((..((((((((....((.(((((.....))))))).....(((....)))...))))))))..)))....))))))..((((.(.((((((((.....(((((((..((((((((((((((....(((((((.(......).))))))).(((((((..((((((((.......(((((.(((..(((..........)))..)))............((...(((((((.(((((........)))))))..)))))...)).(((((..(((((((((((....)))))..............))))))))))).))))))))))((((.....)))))))..))).))))))))))).))).).)))......((((((((((.((((..(((((..((....((((.((((((...((((((.(.(((((..((((.((...)).))))..))))))))).))).(((....((((....(((........)))...))))....))).))))))))))))..)))))..)).))...((((((((...((...(((..((((((.((((.....))))(((((.(((((((.((((((((.((..........((((((....)).)))).((((.(.(((((((((.........((.(((..((((((((...........(.((((((.((.(((((((.......((((((..((..(.((((......)).)).)..)).)))))))))))))...)).)))))).).(((((...)))))))))))))..))).))((((...)))))))))))))).))))....)))))))))).))))))))))))(((.(((((.(((((((............))))))).))))).)))......))))))..).))...))....))))))))......))))))).))))))))))...)))))))).)..))))...((((((((((((.(((((((((((((((......((((...)))).......))))))).))))...)))))))))((((((.((((((((.(((......)))......)))))))))).)))).....((((...((((((((((...)))))......)))))...))))((((((((((...))))).)))))))))))).(((((.......))))).)))))...))))).))))))))((((.....)))).(((((........)))))...........))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((..(((((((((((..(((((((((({.((((.,,{{({{(...,.....,...|||,,|||}((||..,||||||(({,|{||,.,{({((,{{{,...,||||||||....,)),,,,|||,{(((((((|,(((((((({...}))(((((.(..(((,((,,.(((.....}}},...}).))}|,)|)))))..))))))))))))))}..|||....})),..|,|||,.,}))))).)}}}})}))..}}})))))))),.(((((.((((((.....))))))))))).(((((((((.(({,...,|||,...,{||,,...}}),,)))))))))((.(((((((((((,....,)))..)))))))).))(((({,((({((((((((((.(((((....)))).).))))))...)))).,,|,{|||{{{.{((((....)))))}}.)))))}{|||{||{|.{|((((((({{((((((((,(,..((((....)))).}}}).}))))).....(((((,{(,,,{{{,,,((((..(((((.((((((((((,{,{(.((((((.((((({{({(({...||||{{{(((((((((((({{{((({{.,({{((((|(....{{{{.,,,)))}(((((((..((((((((,......{((((.(((..(((..........)))..)))............((...(((((((.(((((........)))))))..)))))...)).(((((..(((((((((((....)))))..............))))))))))).))))))})))|{(({....)))})))..))).))))))))))..}}.{{{(((({...{(((((((.(((((({{(.((.{,....,)).)))}.)))}.}.....}))))))||||.,}))).)}.}))))))}..,)))).}))}}.},..}||.,}.))......,..........))))).)))))).,}}.)))))))))))..))))).))))....,,)))).||,}}}|}...||}}.||||||}}|{|.....,}.(((((,{(((((((.((((((({,((..,,....}}((((((....)).)))).((((.(.(((((((((.........((.(((..((((((((...........|.((((((.((,((((((({....,,({{{((,{{{({(,,{,,.,,,,})}})}.,...),)})}})))))))).,.)).)))))).,.(((((...)))))))))))))..))).))((((...)))))))))))))).))))....)))))))))).))))))))))))){(,(((((.(((((((............))))))).))))).))....,}})))))).{{......)).}})).)))))..{({.,((({,{|..,((((((((.....}}}|(({({.{{((......(((((((((((((((((((((((((.{....((((...))))....,,.))))))).))))...)))))))||{|.((((((((((((((((.{......(((((...((((..(((...,(((((.{(((((..((,.......}),,))}})))))))).,...)))..)))).)))))......).))))))))))))},))))..,.,}}.,)))))))......)))).)}))))},.))}))...)).)}}||.}}}......................))).
Back