Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376283.1
Sequence Length
3591 nt
GC Content
0.4976
GUACAAUAGCGCGGCUGUGGGCGGGGGAGGCUGCCCUCCCGCGGCUGCAGCCGGAGCCGAAGGUGGUGGCUGCACAGUAGACGCCCCCUCACGGCUUCCCCCACACGCUCCCGCCCCCUCGCUCGCCCAUCGCGCUUCCCUCACAGGCUCUGCAGUCCUCCCCCACAGACGCCUUCCCCCUUGGACUCUCAUUCCCUUUUCCACGGAGCCCCGCGCUUUCGUGAGCCCCCUCGAGGAACCUGGUCUCCGCAUCCAGUUACCACCUCCUGCCUCAGAGGCCAUCUGAGCCCUUCGCACCUCGCCCCUCAGUCCCCCCUUCCCCCCCCGCCCGCGUCGCCUCGCUCCCUCCCGCCCCCCCAUCAUCCCUUCCCUCGCAGUUCCCCUGUCCUGAGGGGAGCCCCGCCACGGGCAGCGCGGCGGCGGCGGCAGGAGGGAGAAAGUGAAGCGGUAGCUCGCGCACACUCGCGCCCUCACUCCCGGCUAGGCGGCACCCACCGCCGGGAGGAGGAGGAGGAGCCGAGAGGAGCUGAGCGAGCGCGGAAGGAUGGAUAGAAUGGUGCUAUCUGAGCUGUUAUAAUGUUGGCCUCAUGCCUAGCUUUAUAUUGCAGCACGUCUGAGGCAUUGGUUUUUCAUCCUUCCAAACUUUUGGUCUACAGAGACUAUUAGAAGAUUAAGUAGCUGCUGCUGGUGGUGACAAUGUCAAAUAACGGCCUAGACAUUCAAGACAAACCCCCAGCCCCUCCGAUGAGAAAUACCAGCACUAUGAUUGGAGCCGGCAGCAAAGAUGCUGGAACCCUAAACCAUGGUUCUAAACCUCUGCCUCCAAACCCAGAGGAGAAGAAAAAGAAGGACCGAUUUUACCGAUCCAUUUUACCUGGAGAUAAAACAAAUAAAAAGAAAGAGAAAGAGCGGCCAGAGAUUUCUCUCCCUUCAGAUUUUGAACACACAAUUCAUGUCGGUUUUGAUGCUGUCACAGGGGAGUUUACGGGAAUGCCAGAGCAGUGGGCCCGCUUGCUUCAGACAUCAAAUAUCACUAAGUCGGAGCAGAAGAAAAACCCGCAGGCUGUUCUGGAUGUGUUGGAGUUUUACAACUCGAAGAAGACAUCCAACAGCCAGAAAUACAUGAGCUUUACAGAUAAGUCAGCUGAGGAUUACAAUUCUUCUAAUGCCUUGAAUGUGAAGGCUGUGUCUGAGACUCCUGCAGUGCCACCAGUUUCAGAAGAUGAGGAUGAUGAUGAUGAUGAUGCUACCCCACCACCAGUGAUUGCUCCACGCCCAGAGCACACAAAAUCUGUAUACACACGGUCUGUGAUUGAACCACUUCCUGUCACUCCAACUCGGGACGUGGCUACAUCUCCCAUUUCACCUACUGAAAAUAACACCACUCCACCAGAUGCUUUGACCCGGAAUACUGAGAAGCAGAAGAAGAAGCCUAAAAUGUCUGAUGAGGAGAUCUUGGAGAAAUUACGAAGCAUAGUGAGUGUGGGCGAUCCUAAGAAGAAAUAUACACGGUUUGAGAAGAUUGGACAAGGUGCUUCAGGCACCGUGUACACAGCAAUGGAUGUGGCCACAGGACAGGAGGUGGCCAUUAAGCAGAUGAAUCUUCAGCAGCAGCCCAAGAAAGAGCUGAUUAUUAAUGAGAUCCUGGUCAUGAGGGAAAACAAGAACCCAAACAUUGUGAAUUACUUGGACAGUUACCUCGUGGGAGAUGAGCUGUGGGUUGUUAUGGAAUACUUGGCUGGAGGCUCCUUGACAGAUGUGGUGACAGAAACUUGCAUGGAUGAAGGCCAAAUUGCAGCUGUGUGCCGUGAGUGUCUGCAGGCUCUGGAGUUCUUGCAUUCGAACCAGGUCAUUCACAGAGACAUCAAGAGUGACAAUAUUCUGUUGGGAAUGGAUGGCUCUGUCAAGCUAACUGACUUUGGAUUCUGUGCACAGAUAACCCCAGAGCAGAGCAAACGGAGCACCAUGGUAGGAACCCCAUACUGGAUGGCACCAGAGGUUGUGACACGAAAGGCCUAUGGGCCCAAGGUUGACAUCUGGUCCCUGGGCAUCAUGGCCAUCGAAAUGAUUGAAGGGGAGCCUCCAUACCUCAAUGAAAACCCUCUGAGAGCCUUGUACCUCAUUGCCACCAAUGGGACCCCAGAACUUCAGAACCCAGAGAAGCUGUCAGCUAUCUUCCGGGACUUUCUGAACCGCUGUCUCGAGAUGGAUGUGGAGAAGAGAGGUUCAGCUAAAGAGCUGCUACAGCAUCAAUUCCUGAAGAUUGCCAAGCCCCUCUCCAGCCUCACUCCACUGAUUGCUGCAGCUAAGGAGGCAACAAAGAACAAUCACUAAAACCACACUCACCCCAGCCUCAUUGUGCCAAGCCUUCUGUGAGAUAAAUGCACAUUUCAGAAAUUCCAACUCCUGAUGCCCUCUUCUCCUUGCCUUGCUUCUCCCAUUUCCUGAUCUAGCACUCCUCAAGACUUUGAUCCUUGGAAACCGUGUGUCCAGCAUUGAAGAGAACUGCAACUGAAUGACUAAUCAGAUGAUGGCCAUUUCUAAAUAAGGAAUUUCCUCCCAAUUCAUGGAUAUGAGGGUGGUUUAUGAUUAAGGGUUUAUAUAAAUAAAUGUUUCUAGUCUUCCGUGUGUCAAAAUCCUCACCUCCUUCAUAACCAUCUCCCACAAUUAAUUCUUGACUAUAUAAAUUUAUGGUUUGAUAAUAUUAUCAAUUUGUAAUCAAUUGAGAUUUCUUUAGUGCUUGCUUUUCUGUGACUCAACUGCCCAGACACCUCAUUGUACUUGAAAACUGGAACAGCUUGGGAAUGCCAUGGGGUUUGAUAAUCUGCCAGGGACAUGAAGAGGCUCAGCUUCCUGGACCAUGACUUUGGCUCAGCUGAUCCUGACAUGGGAGAACAACCACAUUUUUCUUUGUGUGUGCUUCUAGCAGCUGUUCGGGAGGACCUUGACCCAAUAGUGUUCCCAUGCUGUUUCUUGUGAAAUGCUCUCGGCUAUGUAGCAGCUUUUGAUUCCCUGCAUACCCUAGGCUGCUGCCCCUAUCCUGUCCCUUGUUUAUAACAUUGAGAGGUUUUCUAGGGCACAUACUGAGUGAGAGCAGUGUUGAGAAGUCGGGGAAAAUGGUGACUACUUUUAGAGCAAGGCUGGGCAUCAGCACCUGUCCAGCUCUACUUGUGUGAUGUUUCAGGAACUCAGCCCCUUUUUCUGCCUAGGAUAAGGAGCUGAAAGAUUAACUUGGAUCUUCUAAUGGUCCAAAUCUUUUGGUCACAAUAAAGAGUCUCCAAAUUAGAGACUGCAUGUUAGUUCUGGAUGGAUUUGGUGGCCUGACAUGAUACCCUGCCAGCUGUGAGGGGACCCCGUUUUUAAGAUGCAUGGCCAAGCUCUCUGCAAAUGGAAAUGCUUACACUGGGUGUUGGGGAUGUUUGCUACCUCCUGCUAUUUUUGUGGUUUUGGUUCUCCCACUAUGGUAGGACCCCUGGCCAGCAUUGUGGCUUGUCAUGUCAGCCCCAUUGACUACCUUCUCAUGCUCUGAGGUACUACUGCCUCUGCAGCACAAAUUUCUAUUUCUGUCAAUAAAAGGAGAUGAAAAUAUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1159.74 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1229.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 830.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((..(((((((((((.((((((((......))..))))))(((((((.(((.((((.((((...)))).)))).)))..)))))))........((....)).)))))))))))...)))))))........((((((((.............)))).))))(((.....)))...(((((.((((((.((((((((.....)).))))))............((((((..(((((((((((((((((((((......((((((.....)))))).....(((.(((((((((((.((.((.(((.........((((((.((((....((((((((.(((.........(((((((....((((.....))))...)))))))((((((((.((.....)).))))).)))))).))))))))...)))).))))..))..((((......))))((((.((((((((..((.((...)).))))))))))))))))).)).)).))).)).)).))).).))).(((((((((((.....(((((((.((.((((((((((((.((((((.....))).))).)))))..)))))...)).)))))))))....)))))))))))...((..((((((....))))))..)).......(((((...))))))))))))))((((((.............))))))((.(((((.(((.(((((.((((.(((((......((......))((((((((((((((((....)))(((((((.........)))))))..((((((..........))))))........((((.(((.((.......)).))).))))..((((((...................(((((((...(.....)...)))))))..))))))....((((.......)))))))))))))))))((((((.((((..(((((((((...(((....)))(((((....((((((((.(((...............)))))))))..)).....))))).((((((..(((((((.((.(((((....))))).)...).))))))))))))).......((((..(((((((..((((.((...(((((.......)))))...)).))))..)))))))..))))(((((((((..((......))..))))))))).(((.(((((.....(((((((.(.(((............(((..(((((........)))))))).....((((......))))(((((.......((((((((((((..(((......))).((((((((((((....(((((.....)))))......((((.((((...((((((((..........(((.....)))..........((((.((.(((.....))).)).))))........)))))))).))).).))))...................((((((((.(..(((((((......))).))))..).)))))))).........))))))))))))..)))))))))))).......)))))....((((..((....))..))))...)))).))))))).....))))).)))....(((..........))).....))))))))).))))))))))...))))).))))..).)))).)))))))).))...(((..(((((((((((((((..((.....(((.((((....((((((((.......)))...)))))))))..)))....(((((.((((.((((((.((((........))))...(((((((...((....))..)))))))..((((((....))))))....(((((((...(((..(((.((((((..((((....)))).....))))))))))))..))))))).((((((((((....)).))))..))))..)))))).)))))))))....((((.(((((((((.((..(((.....)))))))))).))))))))(((.....)))))..)))))))))))....((((..(......)..))))))))..))).(((((((....)))))))....(((...((((((((((.((((((((...)))).))))..)))...)))))))...)))........))))))))))))....)))))).(((..((((..(((...(((((..........)).)))..)))..))))..))).(((......))).(((((((......(((((...................................)))))((((((((((......(.((((((........)))))).)...........(((((((((..........(((((((((.((((((((((((((((((((((..(((((((..(((.....((...))(.(((((..((((((((.((((..(((((((((.((....((((.((((((..((((((.....))))))..)).........((((.((((((((.(((((.((((..(.((....((.((((....)))).)).....)).)..)))).)).....))).)))))))).))))..................(((((((......)))))))(((((....))))).......)))).))))....))))))))...)))..)))).)...)))).)))...)))))))))..)).)))))..((.((((((((.(((((((((.((.(((((..........(((((((..(((......)))..))))))).......((((.(..((((((..((......)).((((..((((((........)))).))..))))..))))))..).))))......))))).)).))))))))).))))))))..)).....(((((((.((..((((((((((...................)))))))(((((....(((.((...((((...))))..)).))).......)))))..)))..))))))))))))))).)))..)))))))..)))).)).........))))))))).)))))))))..((((...(((..(((....)))..))).))))...(((((.((((.((((....)))).)))).)))))((((((....((((((.......)))))))))))))))).))))))....((((((.......))))))(((((..((....((.(((...(((.(((.((((((((((....(((((((((.(((((.(((((......((..((((..(((.((.....))...)))..)))).....))......)))))............(((((((((....((((...........)))).)))))))))))))).).))))....)))).))))))))))))))))....)))))..)))))))...((((((....))))))))))))).....................)))))).)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,......(((((((..(((((((((((.((((((((......))..))))))(((((((.(((.((((.((((...)))).)))).)))..)))))))........((....)).)))))))))))...)))))))........((((((((..{..........)))).)))),{{.....))}...(((((.((((({.,{((((((...,.|}||||}||{|....,,,|,||||{{{,,{{{{{((((({{(((((((((....(,((((((.....)))))),.....((..(((((..,(((((,(({,{(({{,({.,.((((((.((((.{..((((((((.(((.........,,,{(((,,,,((((.....))))...)))))))((((((((.((.....)).))))).)))))).))))))))..})))).))))..))..((((......))))((((.((((((((..((.((...)).)))))))))))))).)).)),)..)}).)).)))))))))).)}(((((((((((.,((.({(((((.((.((((((((((((.((((((.....))).))).)))))..)))))...)).)))))))),.))})))))))))))...((..((((((....))))))..)),,,....(((((,..}})))))))))))).,{{{{......,{{{{.,|}}}{(((.((({{{(((.((((,.((((.(((((......{{,..,,.||,(((({{(((((((({....)))||(((((.........)))))},..{{((({,,{,......}})))),,,.,....,{,{(((,((.,.....}}.|||,,,,,...||||,..............,,{..(((((((...(.....)...)))))))..)))},,,.,,{(,,.......,}},,)))))))))}}}((((((.((((..(((((((({...{((....))}(((((....((((((((.(((...............))))))))),.}).....))))).((((((..(((((((.((.(((((....))))).)...}.)))))))))))))......,(({.{((((((((..((((.((...(((((.......)))))...)).))))..)))))))})))))|((((((((..{(,...,,}}..))))))))}.(((.(((((..,..(((((((.{.({{....{{,.....|||..(((((........)))))}}}.....{(((......},,{(((((...{{..((((((((((((.,(((......)),.((((((((((({....(((((.....})))}......{((({({((...((((((((...{({....|||....,|,,.........,({{{.{{.(((.....))).)).))))........)))))))).)))})})))}|....,,,...........,,{{(((({(..{,|||||}.,,,.|||{||,,.,)})))}))),.........)))))))))))).,)))))))))))).,,....))))))...{{{{..||,.,,))..}}},..,}))),))))))).,...))))).))).,,.(((..........))).....,}))))))).))))))))))...))))).))))..).)))).)))))))).))}}.{{|,.|||||((((((((((.,(({,.,{(((,((((...,((((((((.,....,}}}...}))}}})}).}))}|{,,(((((.((((.((((((.((((({{{.{{{.{{{,{{(((((((...((....))..)))))))....,{||,,,.)))|||{.,.(((((((...(((..(((.((((((..((((....)))).....))))))))))))..))))))).))}},|}|||}},,((({..|||,|||,.)))))),}})}})))),...((((.(((((((({,((..(((.....)))))))))).)))))))).||,...,,|}}}..})))}})))))....((({..{......},,))))|}}}..}}}.{|(((((....)))))))....|||,,,|||||{{||{.((({{(((...}||}.|||||.|||...}}|||||,,.||}{{{{.{..,}}})})}))))..||})))))||,,..|{{({{(,,.}}||,||...,,}})}})}},))..}))..))))..}|||||,,,...,||,..|{{|||}...,,|||||......,....................,,......)))))|||||||{||}..|||{,|(((((....,,,,|}}}}|{|...........(((((((((..........(((((((((,((((((((((((((((((((({..(((((((..(((....{((,.,{..,|},|||{((((((((((((.((.(({,(((,,,.....||}|.,|{|{{..{{{{{{.....||||}}..}},........((((.((((((((.(((,,.{(((..{(((,,,,({.{,{{....}}},.,}.....}}.}..))}}.)),,...))).)))))))).))))..................{((((((......))))))}(((((....))))),.,,|...})).))))).))))))))))))}......{{{|.|,|.,,...},})))}....)))..)).)))))..{{.((((((((.(((((((((.{{.(((((......,,.,(((((({{{((,.,{{{,}}},,)))}}}}.,||,,.|||))),.((((((.,{({....,|||(({({,,,((((........)))),)).,)))),.)))))).,}||}},..,,..))))).,}.))))))))).))))))))..}}....,(((((({{((..((((((((((..,.............,..)))))))|({((.,,.(((.((...((({...})))..)).))).....,,))))}..}}}..))))))))))))))),})}.,))))))},,)))).)).........))))))))).)))))))))...{{{,,,{{,,||{{.||||||,,}}}})}}),,.(((((.((((.((((....)))).)))).))))){((((,...{((((((.......))))))))))))}}}).))))},....((((((.......))))))|||{|..||..}}||}|||...(((.((,{((((((((((..{{(({((((((.(((((,(((((......,,..((((..(((.((.....))...)))..)))).,,.,|,,,},,.}}}}}..........,.(((((((((....((((...........)))).}))))))))))))).)}})))...,)))}.)))))))))))))))).,,,},,,,..,}}}|||{,.((((((....)))))),),)))).......,,}},}}})},,..}))))).)))))........
Back