Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376285.1
Sequence Length
3421 nt
GC Content
0.4700
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGCUGGCGGCUGAGCUGCCAGGAGCCCAGCCCAGCUGAAUCGAGCGGAGCCGGUGGAGCAGGGGCCUUGUGGGUACCCGGUUGGGCAGGGAGAGGUGCGGCUCUGCGACGGAAACAAUCGCCAGAGAUGCCGGGGCUAGCCUUCCCCACCAGAUGAAAGGAUAAAGAAAAUGUGGUGUAUAUGCACAAUGGAGUACUAUUCAGCCACAAAAAAGAAUGAGAUCCUGUCAUUUGCAACAACAUGGAUGGAACAUGUACAAUGGAGUACUAUUCAGCCACCAAAAAGAAUGAGAUCCUGUCAUUUGCAACAACGUGGAUGGAACUGGAGGAUGGAUAGAAUGGUGCUAUCUGAGCUGUUAUAAUGUUGGCCUCAUGCCUAGCUUUAUAUUGCAGCACGUCUGAGGCAUUGGUUUUUCAUCCUUCCAAACUUUUGGUCUACAGAGACUAUUAGAAGAUUAAGUAGCUGCUGCUGGUGGUGACAAUGUCAAAUAACGGCCUAGACAUUCAAGACAAACCCCCAGCCCCUCCGAUGAGAAAUACCAGCACUAUGAUUGGAGCCGGCAGCAAAGAUGCUGGAACCCUAAACCAUGGUUCUAAACCUCUGCCUCCAAACCCAGAGGAGAAGAAAAAGAAGGACCGAUUUUACCGAUCCAUUUUACCUGGAGAUAAAACAAAUAAAAAGAAAGAGAAAGAGCGGCCAGAGAUUUCUCUCCCUUCAGAUUUUGAACACACAAUUCAUGUCGGUUUUGAUGCUGUCACAGGGGAGUUUACGGGAAUGCCAGAGCAGUGGGCCCGCUUGCUUCAGACAUCAAAUAUCACUAAGUCGGAGCAGAAGAAAAACCCGCAGGCUGUUCUGGAUGUGUUGGAGUUUUACAACUCGAAGAAGACAUCCAACAGCCAGAAAUACAUGAGCUUUACAGAUAAGUCAGCUGAGGAUUACAAUUCUUCUAAUGCCUUGAAUGUGAAGGCUGUGUCUGAGACUCCUGCAGUGCCACCAGUUUCAGAAGAUGAGGAUGAUGAUGAUGAUGAUGCUACCCCACCACCAGUGAUUGCUCCACGCCCAGAGCACACAAAAUCUGUAUACACACGGUCUGUGAUUGAACCACUUCCUGUCACUCCAACUCGGGACGUGGCUACAUCUCCCAUUUCACCUACUGAAAAUAACACCACUCCACCAGAUGCUUUGACCCGGAAUACUGAGAAGCAGAAGAAGAAGCCUAAAAUGUCUGAUGAGGAGAUCUUGGAGAAAUUACGAAGCAUAGUGAGUGUGGGCGAUCCUAAGAAGAAAUAUACACGGUUUGAGAAGAUUGGACAAGGUGCUUCAGGCACCGUGUACACAGCAAUGGAUGUGGCCACAGGACAGGAGGUGGCCAUUAAGCAGAUGAAUCUUCAGCAGCAGCCCAAGAAAGAGCUGAUUAUUAAUGAGAUCCUGGUCAUGAGGGAAAACAAGAACCCAAACAUUGUGAAUUACUUGGACAGUUACCUCGUGGGAGAUGAGCUGUGGGUUGUUAUGGAAUACUUGGCUGGAGGCUCCUUGACAGAUGUGGUGACAGAAACUUGCAUGGAUGAAGGCCAAAUUGCAGCUGUGUGCCGUGAGUGUCUGCAGGCUCUGGAGUUCUUGCAUUCGAACCAGGUCAUUCACAGAGACAUCAAGAGUGACAAUAUUCUGUUGGGAAUGGAUGGCUCUGUCAAGCUAACUGACUUUGGAUUCUGUGCACAGAUAACCCCAGAGCAGAGCAAACGGAGCACCAUGGUAGGAACCCCAUACUGGAUGGCACCAGAGGUUGUGACACGAAAGGCCUAUGGGCCCAAGGUUGACAUCUGGUCCCUGGGCAUCAUGGCCAUCGAAAUGAUUGAAGGGGAGCCUCCAUACCUCAAUGAAAACCCUCUGAGAGCCUUGUACCUCAUUGCCACCAAUGGGACCCCAGAACUUCAGAACCCAGAGAAGCUGUCAGCUAUCUUCCGGGACUUUCUGAACCGCUGUCUCGAGAUGGAUGUGGAGAAGAGAGGUUCAGCUAAAGAGCUGCUACAGCAUCAAUUCCUGAAGAUUGCCAAGCCCCUCUCCAGCCUCACUCCACUGAUUGCUGCAGCUAAGGAGGCAACAAAGAACAAUCACUAAAACCACACUCACCCCAGCCUCAUUGUGCCAAGCCUUCUGUGAGAUAAAUGCACAUUUCAGAAAUUCCAACUCCUGAUGCCCUCUUCUCCUUGCCUUGCUUCUCCCAUUUCCUGAUCUAGCACUCCUCAAGACUUUGAUCCUUGGAAACCGUGUGUCCAGCAUUGAAGAGAACUGCAACUGAAUGACUAAUCAGAUGAUGGCCAUUUCUAAAUAAGGAAUUUCCUCCCAAUUCAUGGAUAUGAGGGUGGUUUAUGAUUAAGGGUUUAUAUAAAUAAAUGUUUCUAGUCUUCCGUGUGUCAAAAUCCUCACCUCCUUCAUAACCAUCUCCCACAAUUAAUUCUUGACUAUAUAAAUUUAUGGUUUGAUAAUAUUAUCAAUUUGUAAUCAAUUGAGAUUUCUUUAGUGCUUGCUUUUCUGUGACUCAACUGCCCAGACACCUCAUUGUACUUGAAAACUGGAACAGCUUGGGAAUGCCAUGGGGUUUGAUAAUCUGCCAGGGACAUGAAGAGGCUCAGCUUCCUGGACCAUGACUUUGGCUCAGCUGAUCCUGACAUGGGAGAACAACCACAUUUUUCUUUGUGUGUGCUUCUAGCAGCUGUUCGGGAGGACCUUGACCCAAUAGUGUUCCCAUGCUGUUUCUUGUGAAAUGCUCUCGGCUAUGUAGCAGCUUUUGAUUCCCUGCAUACCCUAGGCUGCUGCCCCUAUCCUGUCCCUUGUUUAUAACAUUGAGAGGUUUUCUAGGGCACAUACUGAGUGAGAGCAGUGUUGAGAAGUCGGGGAAAAUGGUGACUACUUUUAGAGCAAGGCUGGGCAUCAGCACCUGUCCAGCUCUACUUGUGUGAUGUUUCAGGAACUCAGCCCCUUUUUCUGCCUAGGAUAAGGAGCUGAAAGAUUAACUUGGAUCUUCUAAUGGUCCAAAUCUUUUGGUCACAAUAAAGAGUCUCCAAAUUAGAGACUGCAUGUUAGUUCUGGAUGGAUUUGGUGGCCUGACAUGAUACCCUGCCAGCUGUGAGGGGACCCCGUUUUUAAGAUGCAUGGCCAAGCUCUCUGCAAAUGGAAAUGCUUACACUGGGUGUUGGGGAUGUUUGCUACCUCCUGCUAUUUUUGUGGUUUUGGUUCUCCCACUAUGGUAGGACCCCUGGCCAGCAUUGUGGCUUGUCAUGUCAGCCCCAUUGACUACCUUCUCAUGCUCUGAGGUACUACUGCCUCUGCAGCACAAAUUUCUAUUUCUGUCAAUAAAAGGAGAUGAAAAUAUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1059.54 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1127.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 841.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...((((..(((...)))..))))...))((((((((....(((..((((((((...))))))))...)))(((.((((..((((.((.((((..(((((((.((((((.(((..((((((((((.(((.((((..((.(.(((((((((((.(....)..))))...))).)))).).))..))))))).)))((((((.(((((........((((((..((((((........))).)))...))))))............))))).))))))......(((((.......))))).....)).))))).((((.((((......((((((.......))))))........)))).))))..(((((((((((.....(((((((.((.((((((((((((.((((((.....))).))).)))))..)))))...)).)))))))))....))))))).))))..((..((((((....))))))..)).....((((((((((((((((((((((.............(((((((..(((((((((.((...(((.(((.((.((..(((.......(((((......(((((((((((((((....)))(((((((.........)))))))..((((((..........))))))........((((.(((.((.......)).))).))))..((((((...................(((((((...(.....)...)))))))..))))))....((((.......))))))))))))))))))))))))..)))).)))...)))..(((....)))(((((....((((((((.(((...............)))))))))..)).....))))).((((((..(((((((.((.(((((....))))).)...).)))))))))))))...........((((..((......)).))))(((((.......)))))...)).)))))))))..))))))).(((((((((..((......))..))))))))).....((.((.((.......)).)).))....))))))))(((..(((((........)))))))).....((((......))))(((((.......((((((((((((..(((......))).((((((((((((....(((((.....)))))......((((.((((...((((((((..........(((.....)))..........((((.((.(((.....))).)).))))........)))))))).))).).))))...................((((((((.(..(((((((......))).))))..).)))))))).........))))))))))))..)))))))))))).......)))))(((....)))))))))))........((.(.((((........))))..).))....(((..........))).............))))))(((((((..(((.((((...(((((((.((((..........(((..(((((((((((((((..((.....(((.((((....((((((((.......)))...)))))))))..)))....(((((.((((.((((((.((((........))))...(((((((...((....))..)))))))..((((((....))))))....(((((((...(((..(((.((((((..((((....)))).....))))))))))))..))))))).((((((((((....)).))))..))))..)))))).)))))))))....((((.(((((((((.((..(((.....)))))))))).))))))))(((.....)))))..)))))))))))....((((..(......)..))))))))..))).(((((((....))))))))))))))...))))...))))))).))))))).((.((((((.(((((((((((((((.((.((((.(........).))))..)).)))))))..)))).((((...)))).....)))).)))))).)))))))))))))))).))...)))).))))))))))..)))...(((((...................................)))))((((((((((......(.((((((........)))))).)...........(((((((((..........(((((((((.((((((((((((((((((((((..(((((((..(((.....((...))(.(((((..((((((((.((((..(((((((((.((....((((.((((((..((((((.....))))))..)).........((((.((((((((.(((((.((((..(.((....((.((((....)))).)).....)).)..)))).)).....))).)))))))).))))..................(((((((......)))))))(((((....))))).......)))).))))....))))))))...)))..)))).)...)))).)))...)))))))))..)).)))))..((.((((((((.(((((((((.((.(((((..........(((((((..(((......)))..))))))).......((((.(..((((((..((......)).((((..((((((........)))).))..))))..))))))..).))))......))))).)).))))))))).))))))))..)).....(((((((.((..((((((((((...................)))))))(((((....(((.((...((((...))))..)).))).......)))))..)))..))))))))))))))).)))..)))))))..)))).)).........))))))))).)))))))))..((((...(((..(((....)))..))).))))...(((((.((((.((((....)))).)))).)))))((((((....((((((.......)))))))))))))))).))))))....((((((.......))))))(((((..((....((.(((...(((.(((.((((((((((....(((((((((.(((((.(((((......((..((((..(((.((.....))...)))..)))).....))......)))))............(((((((((....((((...........)))).)))))))))))))).).))))....)))).))))))))))))))))....)))))..)))))))...((((((....))))))))))))))...((((.((((((..........))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.,.((((..(((...)))..)))).}.))((((((((....(({..((((((((...)))))))}...))|(((.{{||},.,,,((({((((..((((({{.{(((((,{,,.|{({.{{{{{{{(((,(({{.,((,(,(((((((((((.{,...}..)))}|||}|..}}}|,|,}}..}}}}})))},|((((((.(((((........((((((,.((((((........))).))).,.))))))............))))).))))))}.....(((((.......))))).,.,{||.}},},.,,,,{((((({,...,,,{,(,{..,,.||||}|{,......||||{{,|{{.(((((((((((.,((.({(((((.((.((((((((((((.((((((.....))).))).)))))..)))))...)).)))))))),.))})))))))}})))..,,}}|,||||}}..,|||||{{||{{{{{{{(((.(({{{{{|||||||((,,...,,,.....{((((({..{{{(((({(,({,,{((,({((,,((((,{(((,......{{{,,...,.,{{(({{(((((((({....)))|((((((.........)))))),..{{((({,,{,......}})))),},.,....,{{,(((.((.,.....}}.|||,,,,,...||||,..............,,{..(((((((...(.....)...)))))))..)))},|..,,{({,.......,}}.})))))))))}}}||||||,{{||}},|||{,,||}..{((....))}(((((....{(((((((.(((...............))))))))),.}).....))))).((((((..(((((((.((.(((((....))))).)...}.))))))))))))).......,,,.(((({,((,..,,,|,,|}}}(((((.......)))))...)).))))}}))),,))))))),(((((((((..{(,...,,}}..))))))))).,,,.((,((.{(..,,,{,||.}}.||....}}}}}}}.(((..(((((........)))))))).....{(((......}}}|(((((...{{..((((((((((((.,(((......)),.((((((((((({....(((((.....})))}......{((({({((...((((((((...{({....|||....,|,,.........,({{{.{{.(((.....))).)).))))........)))))))).)))})})))}|....,,,...........,,{{(((({(..{,|||||}.,,,.|||{||,,.,)})))}))),.........)))))))))))).,)))))))))))).,,....)))))},.....|,,))))}})).{|{{..,{||||{,,,,,||,{{{{,,,||{|,,.,({(((....,,,,..,}|.....,}}}},,}}.))))||||||,..|||,|{||,,.{|{||||.|||||,},.,||,.{{|..|||{(((((((((((..((,...{(((,((((....((((((((.......)))...))))))))).,)))}...(((((.((((.((((((.(((({(((.,{{.{{|,{{(((((((...((....))..)))))))....,,||}}}.)))||((...(((((((...(((..(((.((((((..((((....)))).....))))))))))))..))))))).))}},|}}}}}}}.{{{|..,..))))..)))))).)))))))))....((((.(((((((({,((..(((.....)))))))))).)))))))),||.....,,)))..)))))))))))....{{{{..{......)}}))))))))..)))}|||{|||,...)))))))))))))}..{||||,..|||}|||,||||}}}.||,,||{{{.|||{{((,(((((((.((.((((.(........).))))..)).)))))))..}}}},((((...))))......}}))))))}}.}}...|||||}}|}||||}|{,}}}}.|})),.}))).,)},.,,|{|||......,....................,,...,,,)})))||||{{{,,|},.{||{,{(({{{....,,,,|,,,,|||...........(((((((((..........(((((((((,((((((((((((((((((((({..(((((((..(((....{((,.,{..,|},|||{((((((((((((.((.(({,(((,,,.....||}|.,|{|{{..{{{{{{.....||||}}..}},........((((.((((((((.(((,,.{(((..{(((,,,,({.{,{{....}}},.,}.....}}.}..))}}.)),,...))).)))))))).))))..................{((((((......))))))}(((((....))))),.,,|...})).))))).))))))))))))}......{{{|.|,|.,,...},})))}....)))..)).)))))..{{.((((((((.(((((((((.{{.(((((......,,.,(((((({{{((,.,{{{,}}},,)))}}}}.,||,,.|||))),.((((((.,{({....,|||(({({,,,((((........)))),)).,)))),.)))))).,}||}},..,,..))))).,}.))))))))).))))))))..}}....,(((((({{((..((((((((((..,.............,..)))))))|({((.,,.(((.((...((({...})))..)).))).....,,))))}..}}}..))))))))))))))),})}.,))))))},,)))).)).........))))))))).)))))))))....||..,}|}))}.|,))|}||,.}}}})),)...(((((.((((.((((....)))).)))).))))).,,,,..}}}||||||}}}}}}}))))),}}|||||||}.,}))}}...,((((((.......))))))|||||,,||,,,}||.|||,}}|||}||}{((((((((((..{{(({((((((.(((((,(((((......,,..((((..(((.((.....))...)))..)))).,,.,|,,,},,.}}}}}..........,.(((((((((....((((...........)))).}))))))))))))).)}})))...,)))}.)))))))))))))))}.,,.)))))..))),)))}}.((((((....))))))))))))))...((({,((((((..........)))))))}))......
Back