Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376294.1
Sequence Length
3099 nt
GC Content
0.4724
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGCUGGCGGCUGAGCUGCCAGGAGCCCAGCCCAGCUGAAUCGAGCGGAGCCGGUGGAGCAGGGGCCUUGUGGGUACCCGGUUGGGCAGGGAGAGGUGCGGCUCUGCGACGGAAACAAUCGCCAGAGAUGCCGGGGCUAGCCUUCCCCACCAGGAUGGAUAGAAUGGUGCUAUCUGAGCUGUUAUAAUGUUGGCCUCAUGCCUAGCUUUAUAUUGCAGCACGUCUGAGGCAUUGGUUUUUCAUCCUUCCAAACUUUUGGUCUACAGAGACUAUUAGAAGAUUAAGUAGCUGCUGCUGGUGGUGACAAUGUCAAAUAACGGCCUAGACAUUCAAGACAAACCCCCAGCCCCUCCGAUGAGAAAUACCAGCACUAUGAUUGGAGCCGGCAGCAAAGAUGCUGGAACCCUAAACCAUGGUUCUAAACCUCUGCCUCCAAACCCAGAGGAGAAGAAAAAGAAGGACCGAUUUUACCGAUCCAUUUUACCUGGAGAUAAAACAAAUAAAAAGAAAGAGAAAGAGCGGCCAGAGAUUUCUCUCCCUUCAGAUUUUGAACACACAAUUCAUGUCGGUUUUGAUGCUGUCACAGGGGAGUUUACGGGAAUGCCAGAGCAGUGGGCCCGCUUGCUUCAGACAUCAAAUAUCACUAAGUCGGAGCAGAAGAAAAACCCGCAGGCUGUUCUGGAUGUGUUGGAGUUUUACAACUCGAAGAAGACAUCCAACAGCCAGAAAUACAUGAGCUUUACAGAUAAGUCAGCUGAGGAUUACAAUUCUUCUAAUGCCUUGAAUGUGAAGGCUGUGUCUGAGACUCCUGCAGUGCCACCAGUUUCAGAAGAUGAGGAUGAUGAUGAUGAUGAUGCUACCCCACCACCAGUGAUUGCUCCACGCCCAGAGCACACAAAAUCUGUAUACACACGGUCUGUGAUUGAACCACUUCCUGUCACUCCAACUCGGGACGUGGCUACAUCUCCCAUUUCACCUACUGAAAAUAACACCACUCCACCAGAUGCUUUGACCCGGAAUACUGAGAAGCAGAAGAAGAAGCCUAAAAUGUCUGAUGAGGAGAUCUUGGAGAAAUUACUGAGUGUGGGCGAUCCUAAGAAGAAAUAUACACGGUUUGAGAAGAUUGGACAAGGUGCUUCAGGCACCGUGUACACAGCAAUGGAUGUGGCCACAGGACAGGAGGUGGCCAUUAAGCAGAUGAAUCUUCAGCAGCAGCCCAAGAAAGAGCUGAUUAUUAAUGAGAUCCUGGUCAUGAGGGAAAACAAGAACCCAAACAUUGUGAAUUACUUGGACAGUUACCUCGUGGGAGAUGAGCUGUGGGUUGUUAUGGAAUACUUGGCUGGAGGCUCCUUGACAGAUGUGGUGACAGAAACUUGCAUGGAUGAAGGCCAAAUUGCAGCUGUGUGCCGUGAGUGUCUGCAGGCUCUGGAGUUCUUGCAUUCGAACCAGGUCAUUCACAGAGACAUCAAGAGUGACAAUAUUCUGUUGGGAAUGGAUGGCUCUGUCAAGCUAACUGACUUUGGAUUCUGUGCACAGAUAACCCCAGAGCAGAGCAAACGGAGCACCAUGGUAGGAACCCCAUACUGGAUGGCACCAGAGGUUGUGACACGAAAGGCCUAUGGGCCCAAGGUUGACAUCUGGUCCCUGGGCAUCAUGGCCAUCGAAAUGAUUGAAGGGGAGCCUCCAUACCUCAAUGAAAACCCUCUGAGACAUCAAUUCCUGAAGAUUGCCAAGCCCCUCUCCAGCCUCACUCCACUGAUUGCUGCAGCUAAGGAGGCAACAAAGAACAAUCACUAAAACCACACUCACCCCAGCCUCAUUGUGCCAAGCCUUCUGUGAGAUAAAUGCACAUUUCAGAAAUUCCAACUCCUGAUGCCCUCUUCUCCUUGCCUUGCUUCUCCCAUUUCCUGAUCUAGCACUCCUCAAGACUUUGAUCCUUGGAAACCGUGUGUCCAGCAUUGAAGAGAACUGCAACUGAAUGACUAAUCAGAUGAUGGCCAUUUCUAAAUAAGGAAUUUCCUCCCAAUUCAUGGAUAUGAGGGUGGUUUAUGAUUAAGGGUUUAUAUAAAUAAAUGUUUCUAGUCUUCCGUGUGUCAAAAUCCUCACCUCCUUCAUAACCAUCUCCCACAAUUAAUUCUUGACUAUAUAAAUUUAUGGUUUGAUAAUAUUAUCAAUUUGUAAUCAAUUGAGAUUUCUUUAGUGCUUGCUUUUCUGUGACUCAACUGCCCAGACACCUCAUUGUACUUGAAAACUGGAACAGCUUGGGAAUGCCAUGGGGUUUGAUAAUCUGCCAGGGACAUGAAGAGGCUCAGCUUCCUGGACCAUGACUUUGGCUCAGCUGAUCCUGACAUGGGAGAACAACCACAUUUUUCUUUGUGUGUGCUUCUAGCAGCUGUUCGGGAGGACCUUGACCCAAUAGUGUUCCCAUGCUGUUUCUUGUGAAAUGCUCUCGGCUAUGUAGCAGCUUUUGAUUCCCUGCAUACCCUAGGCUGCUGCCCCUAUCCUGUCCCUUGUUUAUAACAUUGAGAGGUUUUCUAGGGCACAUACUGAGUGAGAGCAGUGUUGAGAAGUCGGGGAAAAUGGUGACUACUUUUAGAGCAAGGCUGGGCAUCAGCACCUGUCCAGCUCUACUUGUGUGAUGUUUCAGGAACUCAGCCCCUUUUUCUGCCUAGGAUAAGGAGCUGAAAGAUUAACUUGGAUCUUCUAAUGGUCCAAAUCUUUUGGUCACAAUAAAGAGUCUCCAAAUUAGAGACUGCAUGUUAGUUCUGGAUGGAUUUGGUGGCCUGACAUGAUACCCUGCCAGCUGUGAGGGGACCCCGUUUUUAAGAUGCAUGGCCAAGCUCUCUGCAAAUGGAAAUGCUUACACUGGGUGUUGGGGAUGUUUGCUACCUCCUGCUAUUUUUGUGGUUUUGGUUCUCCCACUAUGGUAGGACCCCUGGCCAGCAUUGUGGCUUGUCAUGUCAGCCCCAUUGACUACCUUCUCAUGCUCUGAGGUACUACUGCCUCUGCAGCACAAAUUUCUAUUUCUGUCAAUAAAAGGAGAUGAAAAUAUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-964.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1024.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 699.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...((((..(((...)))..))))...))((((((((....((...((((((((...))))))))...))((((...))))....((((((((..(((((....(((((((...)))).)))(((.(((.((((..((.(.(((((((((((.(....)..))))...))).)))).).))..))))))).)))((((((((.....(((((((.((.((((((((((((.((((((.....))).))).)))))..)))))...)).)))))))))....)))))))).((((....))))........(((((((((((((((((((.((((((((((((((((.............(((((((..(((((((((.((...(((.(((.((.((..(((.......(((((......(((((((((((((((....)))(((((((.........)))))))..((((((..........))))))........((((.(((.((.......)).))).))))..((((((...................(((((((...(.....)...)))))))..))))))....((((.......))))))))))))))))))))))))..)))).)))...)))..(((....)))(((((....((((((((.(((...............)))))))))..)).....))))).((((((..(((((((.((.(((((....))))).)...).)))))))))))))...........((((..((......)).))))(((((.......)))))...)).)))))))))..))))))).(((((((((..((......))..))))))))).....((.((.((.......)).)).))....))))))))(((..(((((........)))))))).....((((......))))(((((.......((((((((((((..(((......))).((((((((((((....(((((.....))))).........((((..((((((((((...........(((.....))).....))))).......)))))....)))).(((((((....((((.....))))....))).)))).......((((((((.(..(((((((......))).))))..).)))))))).........))))))))))))..)))))))))))).......)))))(((....))))))))))).((((..(((((((.......((((........))))(((((...((((...........))))......((((((((((.......((((.(.((((.(((((((((((.((((...((((((((((((((((((..((.....(((.((((....((((((((.......)))...)))))))))..)))....(((((.((((.((((((.((((........))))...(((((((...((....))..)))))))..((((((....))))))....(((((((...(((..(((.((((((..((((....)))).....))))))))))))..))))))).((((((((((....)).))))..))))..)))))).)))))))))....((((.(((((((((.((..(((.....)))))))))).))))))))(((.....)))))..))))))))))))...((((..(......)..))))...(((.....))).....))))))......))))(((((.((...(((.......)))...))))))).......))))))........)))))))))))))).....))))).))))))))))(.((((((........)))))).)...........(((((((((..........(((((((((.((((((((((((((((((((((..(((((((..(((.....((...))(.(((((..((((((((.((((..(((((((((.((....((((.((((((..((((((.....))))))..)).........((((.((((((((.(((((.((((..(.((....((.((((....)))).)).....)).)..)))).)).....))).)))))))).))))..................(((((((......)))))))(((((....))))).......)))).))))....))))))))...)))..)))).)...)))).)))...)))))))))..)).)))))..((.((((((((.(((((((((.((.(((((..........(((((((..(((......)))..))))))).......((((.(..((((((..((......)).((((..((((((........)))).))..))))..))))))..).))))......))))).)).))))))))).))))))))..)).....(((((((.((..((((((((((...................)))))))(((((....(((.((...((((...))))..)).))).......)))))..)))..))))))))))))))).)))..)))))))..)))).)).........))))))))).)))))))))........))))))).))))(.(((....))).)...(((((.((((.((((....)))).)))).))))).......)))).)))))))))))))))((((((((((((..((((((...((((((.......))))))...)))).)).))))).)))))))((((.(((((((((((....(((((((((.(((((.(((((......((..((((..(((.((.....))...)))..)))).....))......)))))............(((((((((....((((...........)))).)))))))))))))).).))))....)))).)))))))))))..))))...)))))..))).))))).((((((....))))))))))))))...((((.((((((..........))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.,.((((..(((...)))..)))).}.))((((((((....((,..((((((((...)))))))}..,)}|{((||.|||,..,,({(({{{{,,|{{({,||.((({({{...)))).)))(({.(((.((((..((.(.(((((((((((.,....}..)))},))),..)))).).))..)))),))})))((((((((.,((,({(((((.((.((((((((((((.((((((.....))).))).)))))..)))))...)).)))))))),.))})))))))).{{{,....||||,,,...,}|((((((((((((({{(((.((((((((((((((((.............(((((((..(((((((((.{{..,(((,,((,,(((({,({(.......{{{{,...,.|||||||(((((((({....)))|((((((.........)))))),..{{((({,,{,......}})))),},.,....,{{,(((.((.......}}.|||,,}},...||||,..............,,{..(((((((...(.....)...)))))))..)))},|..,,{({,.....,.,}}.}))))))))}}}}))))})}..)))).))}...}}}..{((....))}(((((....{(((((((.(((...............))))))))),.}).....))))).((((((..(((((((.((.(((((....))))).)...}.)))))))))))))...........((((..((......)).))))(((((.......)))))...}).)))))))))..))))))).(((((((((..{(,...,,}}..))))))))).....((.((.((.......)).)).))....))))))),(((..(((((........)))))))).....{(((......}}}|(((((...{{..((((((((((((.,(((......)),.((((((((((({....(((((.....})))}.........((((,.((((((((((....{{{....|||.},,}},......,..}},,.....}))))....)))).{(({(({,...{(((.....))))....))).}))}.......,{{,((((,(..{,|||||}.,,,.|||{||,,.})})))}))),.........)))))))))))).,)))))))))))).,,....)))))},,....,}})))))))).{{{{..(((((({.......(((({,...{,{||||{{(((....{,,...,,}.....}||,|,,,..((((({(({{.....,.((((.{.((((.(((((((((({.{(((...((((((((((((((((((..((,...{(((,((((....((((((((.......)))...))))))))).,)))},..(((((.((((.((((((.((((((((.,{{.{{|,{{(((((((...((....))..)))))))....,,||}}}.)))||{(...(((((((...(((..(((.((((((..((((....)))).....))))))))))))..))))))).))}},||}||}}}.{|{|..,..))))..)))))).)))))))))....((((.(((((((({,((..(((.....)))))))))).)))))))),||,....,,)))..))))))))))))...((((..(......)..))))...{({.....}}}.,...))))))......)))}(((((.({...(((.......)))...))))))).......}}}}}}........)))))))))))))),..,.))))).)))))..|||(.{(((((........)))))),},..,,,,....(((((((((..........(((((((((,((((((((((((((((((((({..(((((((..(((....{((,.,{..,|},|||{((((((((((((.((.(({,(((,,,.....||}|.,|{|{{..{{{{{{.....||||}}..}},........((((.((((((((.(((,,.{(((..{(((,,,,({.{,{{....}}},.,}.....}}.}..))}}.)),,...))).)))))))).))))..................{((((((......))))))}(((((....))))),.,,|...})).))))).))))))))))))}......{{{|.|,|.,,...},})))}....)))..)).)))))..{{.((((((((.(((((((((.{{.(((((......,,.,(((((({{{((,.,{{{,}}},,)))}}}}.,||,,.|||))),.((((((.,{({....,|||(({({,,,((((........)))),)).,)))),.)))))).,}||}},..,,..))))).,}.))))))))).))))))))..}}....,(((((({{((..((((((((((..,.............,..)))))))|({((.,,.(((.((...((({...})))..)).))).....,,))))}..}}}..))))))))))))))),})}.,))))))},,)))).)).........))))))))).)))))))))...,,|,,}||}}}}.}}}}{,(((....})}.}...(((((.((((.((((....)))).)))).))))).......}}}||||))))))))}))))||||||||{{{|..|||{{,...((((((.......)))))),,,}}}},},.})})},))}},|((.((,{((((((((((..{{(({((((((.(((((,(((((......,,..((((..(((.((.....))...)))..)))).,,.,|,,,},,.}}}}}..........,.(((((((((....((((...........)))).}))))))))))))).)}})))...,)))}.)))))))))))))))}.,,.)))))..))),))))).((((((....))))))))))))))...((({,((((((..........)))))))}))......
Back