Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376695.1
Sequence Length
4185 nt
GC Content
0.4487
AGUGCGUGCCGGGUGCGGCGCCAGCAGCGGAGGGGCGGCCCGGCGCCCAGCGGAGAGCCGCUGGCUGGAAGAGGAGGCGGUAGACGCGACCACAGAAGAUGUCGGGCCAAACGCUCACGGAUCGGAUCGCCGCCGCUCAGUACAGCGUUACAGGCUCUGCUGUAGCAAGAGCGGUCUGCAAAGCCACUACUCAUGAAGUAAUGGGCCCCAAGAAAAAGCACCUGGACUAUUUGAUCCAGGCUACCAACGAGACCAAUGUUAAUAUUCCUCAGAUGGCCGACACUCUCUUUGAGCGGGCAACAAACAGUAGCUGGGUGGUUGUGUUUAAGGCUUUAGUGACAACACAUCAUCUCAUGGUGCAUGGAAAUGAGAGAUUUAUUCAAUAUUUGGCUUCUAGAAAUACACUAUUCAAUCUCAGCAAUUUUUUGGACAAAAGUGGAUCCCAUGGUUAUGAUAUGUCUACCUUCAUAAGGCGCUAUAGUAGAUAUUUGAAUGAAAAGGCUUUUUCUUACAGACAGAUGGCCUUUGAUUUUGCCAGGGUGAAGAAAGGGGCCGAUGGUGUAAUGAGGACAAUGGCUCCCGAAAAGCUGCUAAAGAGUAUGCCAAUACUACAGGGACAAAUUGAUGCACUGCUUGAAUUUGAUGUGCAUCCAAAUGAACUAACAAAUGGUGUCAUAAAUGCAGCAUUUAUGCUUCUUUUCAAAGAUCUUAUCAAACUUUUUGCUUGCUACAAUGAUGGUGUUAUUAACUUACUCGAAAAGUUUUUUGAAAUGAAGAAAGGACAAUGUAAAGAUGCUCUAGAAAUUUACAAACGAUUUCUAACUAGAAUGACACGAGUGUCUGAAUUUCUCAAGGUUGCAGAGGCUCCCAGCAGUCUUAUGGAGACGCUUGAACAGCAUCUAAAUACAUUAGAAGGAAAGAAACCUGGAAACAAAUCUGGUGCUCCCUCUCCAUUAAGUAAGUCUUCUCCAGCCACAACUGUUACGUCUCCUAAUUCUACACCAGCUAAAACUAUUGACACAUCCCCACCGGUUGAUUUAUUUGCAACUGCAUCUGCGGCUGUCCCAGUCAGCACUUCUAAACCAUCUAGUGAUCUCCUGGACCUCCAGCCAGACUUUUCCUCUGGAGGGGCAGCAGCAGCCGCAGCACCAGCACCACCACCACCUGCUGGAGGAGCCACUGCAUGGGGAGACCUUUUGGGAGAGGAUUCUUUGGCUGCACUUUCCUCUGUUCCCUCUGAAGCACAGAUUUCAGAUCCAUUUGCACCAGAACCUACCCCUCCUACUACAACUGCUGAAAUUGCAACUGCCUCAGCUUCUGCCUCCACUACUACAACUGUUACUGCUGUCACUGCUGAAGUGGAUCUCUUUGGAGAUGCCUUUGCAGCUUCUCCUGGGGAGGCCCCUGCAGCAUCCGAAGGGGCCGCCGCACCAGCUACCCCAACCCCUGUAGCAGCAGCACUUGAUGCAUGUUCAGGAAAUGACCCCUUUGCCCCGUCUGAAGGUAGUGCAGAGGCUGCACCUGAGCUGGACCUCUUUGCAAUGAAGCCACCUGAGACCAGUGUUCCUGUAGUUACCCCUACAGCUAGCACAGCCCCUCCAGUUCCCGCAACUGCUCCUUCUCCUGCUCCUGCCGUUGCAGCUGCUGCUGCUGCCACUACUGCUGCCACCGCCGCUGCCACCACCACUACCACCACCUCCGCUGCCACCGCCACCACUGCUCCUCCUGCUCUAGAUAUCUUUGGUGAUUUAUUUGAGUCCACUCCUGAAGUUGCUGCAGCGCCUAAGCCAGAUGCUGCUCCUAGCAUAGACCUGUUUAGUACAGAUGCUUUCUCCUCUCCACCACAAGGGGCCUCUCCUGUGCCUGAGAGUUCUCUCACUGCUGACCUCUUAUCUGUGGAUGCAUUUGCAGCACCAUCUCCUGCAACCACUGCCUCGCCAGCAAAGGUGGAUUCUUCAGGUGUCAUAGACCUUUUUGGGGAUGCAUUUGGAAGUAGUGCUUCUGAACCCCAACCUGCAUCUCAGGCUGCUUCUAGUUCAUCAGCAUCGGCAGACCUACUAGCUGGAUUUGGGGGUUCUUUCAUGGCGCCUUCCCCAUCUCCAGUGACUCCAGCUCAGAAUAACCUGCUACAGCCCAAUUUUGAGGCAGCUUUUGGGACAACGCCUUCAACUUCCAGCAGCAGCUCCUUUGAUCCAUCAGUGUUUGAUGGUCUAGGUGAUCUUUUGAUGCCAACCAUGGCACCAGCUGGGCAGCCUGCACCUGUCUCAAUGGUACCACCCAGUCCUGCAAUGGCAGCCAGCAAAGCCCUUGGAAGUGAUCUUGAUUCAUCUCUUGCCAGCUUAGUAGGCAAUCUUGGAAUUUCUGGUACCACAACAAAAAAGGGAGAUCUUCAGUGGAAUGCUGGAGAGAAAAAGUUGACUGGUGGAGCCAACUGGCAGCCUAAAGUAGCUCCAGCAACCUGGUCAGCAGGCGUUCCACCAAGUGCACCUUUGCAAGGAGCUGUACCUCCAACCAGUUCAGUUCCUCCUGUUGCCGGGGCCCCAUCGGUUGGACAACCUGGAGCAGGAUUUGGAAUGCCUCCUGCUGGGACAGGCAUGCCCAUGAUGCCUCAGCAGCCGGUCAUGUUUGCACAGCCCAUGAUGAGGCCCCCCUUUGGAGCUGCCGCUGUACCUGGCACGCAGCUUUCUCCAAGCCCUACACCUGCCAGUCAGAGUCCCAAGAAACCUCCAGCAAAGGACCCAUUAGCGGAUCUUAACAUCAAGGAUUUCUUGUAAACAAUUUAAGCUGCAAUAUUUGUGACUGAAUAGGAAAAUAAAUGAGUUUGGAGACUUCAAAUAAGAUUGAUGCUGAGUUUCAAAGGGAGCCACCAGUACCAAACCCAAUACUUACUCAUAACUUCUCUUCCAAAAUGUGUAACACAGCCGUGAAAGUGAACAUUAGGAAUAUGUACUACCUUAGCUGUUAUCCCUACUCUUGAAAUUGUAGUGUAUUUGGAUUAUUUGUGUAUUGUACGAUGUAAACAAUGAAUGGAUGUUACUGAUGCCGUUAGUGCUUUUUUGGACUUCACCUGAGGACAGAUGAUGCAGCUGUUGUGUGGCGAGCUAUUUGGAAAGACGUCUGUGUUUUUGAAGGUUUCAAUGUACAUAUAACUUUUGAACAAACCCCAAACUCUUCCCAUAAAUUAUCUUUUCUUCUGUAUCUCUGUUACAAGCGUAGUGUGAUAAUACCAGAUAAUAAGGAAAACACUCAUAAAUAUACAAAACUUUUUCAGUGUGGAGUACAUUUUUCCAAUCACAGGAACUUCAACUGUUGUGAGAAAUGUUUAUUUUUGUGGCACUGUAUAUGUUAAGAAAUUUUAUUUUAAAAAAUAUAAAGGUUAACGUCCAUAAUAAAUACUUCUCUUUGAAGCUACCUUAUCAAGAACGAAAAAUCGUAUGGGAAGAAUCCCCUAUUUAUCACUGCUAUAUUAAAAUAUAUAUAUUUUAAUUAUAUUUGACAGGUUUUGCAUCUAAAUUGACCUAUUUAUUCAUUCUUGAUUAAAUGCACUGAAAAGUAAAGGGUCUGUUUGUGUCAUGUUCAUGAAAAUGCGGUUAGAGAGGUGCUAUUCAAGUGAUUCUGAAGGCACCCCAAGGUAUAUCUGUAAUUUAAAGAUUACUGCAAAUAUCUUUACUUUACUGUGGGUUUUUAGUACAUCUGUUAAUUUAGUGUUUCUUUGUGUGUUUUGUAGACUAGUGUUCUUCCAUCCUUCAACUGAGCUCAAAGUAGGUUUUGUUGUAACAUUGUGAUUAGGAUUUAAACUAAUUCAGAGAAUUGUAUCUUUUACUGUACAUACUGUAUUCUUUAAGUUUUAAUUUGUUGUCAUACUGUCUGUGCUGAUGGCUUGGCUUAAGAUUUUGAUGCAUAAAUGAGGUCACUGUUGAUCAGUGUUGCUAGUAGCUUGGCAGCUCUUCAUAAAAGCAUAUUGGGUUGGAAAGGUGUUUGCCUAUUUUUCAAAUUAUUUAAUAGAUGUAUGGUACCAUUUAAAAGUGGUUGUAUCUGAAUUUACUGUGGGGAUAACAUACACUGUAAUGGGGAAAAAUUACCUAAAACCAAUUUCAAAAUGGCUUUCUUUGUAUUUCAGUUUAAAAACCCAGUGCAUGUACGCCCUCUGAGAUGCAAUAAACACCUUGAACAAAGAAAUGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1199.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1277.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 1139.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((((((((((((.((((.((((.(((((((.((((((((((((.(((.((((((((((.((((((((.((((((.((.((.(((.......))).)).))..))))))...)))))((((((((((((((.((.((.((((.(((.((((.....)))).)))((...........)).(((((((.....).))))))........(((................)))((((.(((((.....(((..(((((((.......((((.(..(((((((.(((.....((...(((((......(((((((....)))).)))....(((((((((((....(((((((((((((((....((((((((.......((((.((((((((......((((...))))..((((...((((((((.................))))))))....))))...((((((((((((((..((..((((((((..((((((....))))))..)))))))).)).))))).)))))....)))).)))))))).))))....(((((....)))))...((..((....(((((((..............)))))))....))..))....)))))))).........(((((((.(((.(((((((....((.(((..((((((((((........((((((...))))))........))))))))))..))).))...)))))))....))).))))))).((((((((.......)))))))).)))))).).).))))))).))))))))))).(((.((((.(((...(((((((((((((((((.(((.....))).(((((.....))))).(((.....(((.(((......))))))..))).)))))).))))...........(((((.((..((....(((............................)))..........((((((.........))))))))..)).)))))..((((....((((............)))).....)))).(((((((...((....))..)))))))((((((((((((.((.(((((((((...........))))))((((((.........((((((.....((((((.((....(((((.((((......((((.....((((.....))))...))))......))))))))).....)).))))))...((..(((.......)))..))...((((((((((....(((((....((.((....)).))..((((.((((.(.(((((....))))).)))))))))((((...(((((.(((((((...........)))))))...((....))..........((((.(((((((........))).))))))))..............)))))...))))))))))))))))))).....((((((((.(((...((......)).....)))....(((((.((((((......))))))..)))))......))))))))..((....))....)))))))))))).....))).)).))))))))))))...))))))).....))).)))).)))..)))))...)).....))).)))))).)..).)))).....))))))).))).....))))).)))).)))))).)).)))......))))))))))).((((((.((((((((....))))))....))))))))..(((.((.......(((((...((((.((((...))))))))...)))))......)))))..))).)))..))))))).))).))))).(((........)))..((((((((((((.((((..(((..(((((.(.((.(((((.........((((((((.....(((((..(((((...(((((((..((.((.....((((((((....(((....)))...))))).)))....)).)).....)))))))......)))))))))).))))))))))))).)).)...))))).)))))))...))........)))))))....))).....)))))))..))))))))))).))))(((.((.((((((.....)))))))).)))..(((....)))((((....)))).)).))))))).)))....(((.......((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....)))))))).........)))....((((((((.....))))))))......(((((((((((((((..(((..........))).)))))).....)))))))))((((((((((.....((((....))))((((((((.((.........)).))))))))((((((.(((((...(((.....)))....)))))))))))...)))))))))).((((((....((((((.......))))))))))))...((((((...((...)).))))))).))))))))))))..)))).))))))))))))))))))((..(((((((((.(....((((.((((((.((...((((((((((.......((((.((......)).)))).......))).)))))))......................)).))))))..)))).........).)))))))))..((((......)))).((((((...((((((((((((......((((.(((((((..(((.(((...............))).)))(((..((((((((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............((....((.(((((.(((..((((((((.(((((((...............(((((((.......)).)))))(((.(......).))).((((((.(((((((.(((((((..(...(((((.(((...(((((((((((......))))))...((((((((.((.......))..))))...)))))))))...))))))))...........)..))))))))))))).....).))).))))))))))))))))))..)))..)))))))....)).............))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..))))))))))))))))))..))).(((((...(((((((((................((.......))((((((((..((...((((((.(((............((((....))))...(((((((............((((((((((...(((((((((.......((((...(((((((((.......(((((..((((((((((.(((....))).))))))(((.(.((((((((((...(((((((.((((....)))).............(.((((((.((((........)))))))))).)..((((.((((.........))))))))))))))))))))))))).).))))))))))))...)))))))))..)))).......)))))))))))))).).)))))))))))............))))))))).))..))))))))((((....((((((((((((((..(((.(((.....(((((........)))))..))).))).))))))))))))))))))((((..(((((......)))))..)))).)))))))))...))))).....(((((....)))))((.((((((((....)))))))).))...........)))))))))))..((((((((.((((((..............((((.((((((..((((((....))))))..(((((..((.....))..))))).)))))))))))))))).)))...)))))................))))))))))))...))))))............(((((.(.((.....))).)))))........(((.....)))....))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((((((((((((.((((..((((((((.((((,((((((((((((.((((.(((,{(((((((.((((((({({({.(((.((((((((((.((((((((...((((((.(((,(((.{,((,{{{((((.{(({((({......}},.}))))})}}..)}))))}||},...,(({.((((.....)))).)))}}...........,,.(((((({.....}.))))))...,,,.,(((...,{{,....,,,,.))).}.}))}})}.....))}.)))))))))......{((((.({(((((({,(((((....((....}|,..})))))}}}|},}}.).))}.}}....(((((((......,,.{(((((((({.,,(,,......,,}},...{{((((((((((.(((((..((((((((((((.{(.{{{...{{(((({{,,,.,,.,||...,,..}}}}}}}}..{{{{.,(((((((.{,(((...,}}.})).))))))).}}}},{,{((((|(|,|...(((((,(.((((({...({((....{(({|,|,|,,,,|{{|||...,(((((....)))))...{{|,{{....(((((((..,........}..))))))).,..||..,|..,...||{((|(((,,,{{.,,|||||}||((((,(((({{{,{,.,,,..{(((((((((........((((((...))))))........))))))))))}})))}).}}}),,}|||..,,|||.|||||||,((((((((.......))))))))......,.},},,|}|)}}|||||||},},..(({.((((,(((,..(((((((.,,,.(((({|({{....,||}.(((({.....))))},((,..,..,||,(({......||||||,{,.,||||||,,..{{,..{.|||{{{{{{{.....}}||,.,|||,,,............,{..........,||,...........|||}|.,.....|||,.{{{{..,{||||{||||{{||.,,,|{{{..........,,}}}}.....)))).(((((((..,({....,,.,)))))))||||||{||||{.||||{,{{{{{{...........})))))|||||{.,,|{{,,||||||......,((((({((,...,,(({.{{{{....,,||{{...,,((((,,...}}}}.,,))))......})))))))).....,}.))))},.......,(({,..,,,(({,..|,.|{|||{||||{,{{{{(({(,.,,.,.{{..,.||,}}.,{{{{.{{||,|,(((((....))))).)))))))))},},,,,{({((.(((((((.,.........))))))).},{|....))..,,,,,...{{{(|((((((({{,.,,{,|||.,|}}||||....{,...,..,,|..,},,.},}))}}||||||}}})}),,...|||||||,.,{{.,,||,,,..,))...,,|}|....(((((.((((((......))))))..))))).....,)))))))),,||}...))}}}}..,,,,|{.,.,)).},))),)}}))))))))))),...,}))))),....))},)})).)}}..,..,..,}}},}})).)},)))},}}}),)).}}},},.}})))),..}})}}.)}.))).)))))))))..))))).....)))))))))).}},..,,}))))))})}|||,....|||||....((((.....)))),}}},.....(((((...(((,,((((...))))))))...))))).}}))))}...))))).)))..))))))).))).}}|||,(,{.......,))),,((((((((((((.(((,.,(((..(((((.{.((.(((((.........((((((((.....(((((..(((((...((((((({,((.((.....((((((((....(({....}))...))))).)))....)).))..,},)))))))......)))))))))).))))))))))))).)).}...))))).)))))))...))........)))))))....))).....)))))))..))))))))))).))))(({.((.((((((,...,)))))))).}))..{{{....}}|((((....)))),)).))))))).)))....(((.,.....((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....)))))))).........})),...((((((((.....))))))))......(((((((((((((((..(((,,........))).)))))).,..,},)))))))((((((((((.....((((....)))){(((((((.({.........)}.)))))))|((((((.(((((...(((.....)))....))))))))))),..)))))))))).((((((,...{(((((.......))))))))))))...((((((...((...)).))))))}.))))))))))))..)))).))))))))))))))))))((,,((((((((({{....{(((.((((((,({,..((((((((((..,....{(((,((......)).)))}.......})).)))))))....,,,,,,....,{,,....})|))})))..}})}.........}.}}))}}}}}..{{{,......||||,(((({({{{({{{{|||||,,.,,|||{{{{,{{{{{{{..,,|,{{{....,.,,{,....,{{((({,,{(..(((({(((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............{(...,(({(((((.(((..((((((((.((((((({(,,,{,........{((((,{{{,...|}},))))){{{.(......).}}}.{,{{{{.,((((((.(((((((..(,,.(((((.(((...(((((((((((,....,))))))...((((({{{.{{.......}}..))))}..,))))))))..}})}))))),..........}..)))))))))))))....}}}),},)),)))))))))))))))..,)),.))))),),,,.}}..........,..))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..)))))))))))))}))))..)))}}||||||||,..,{{(({{{....,}}}},},,{{}},,,,,,,((((((((.,(({..(((((||(((....,...|,,.((((....))))...(((((((............((((({{{({.,((((((((((.......((((.{.{((((((({..,{,..{((({..((((((((((.(((....))).)))))}(((.{.((((((((({.,,(({(((({{{{{....}}}|..,|||||.|,,.{.((((((.((((.,.....,)))))))))).,..{{{{,,,||{{{{{|...,)))))),}}}}))))))))))))).).)))))))))))),,,)))))))))..)))).......)))))))))))))}.,})))))))))))...........,))))))))).))}})))))))).{{,.,,,(((((({{{{,,{,}}|||,||{||||.{((({........}}}}}..,}},}}},}}}|}|||}|||}}},,,((((,,({{{{..,}.,))))),.)))},,,}))}}},}}|}},...|||||{,{({{{.,,,,)||}((((((({....}))))))).)}},,,...,}},}})}))))))),{(((({{{{{|{|{{{,,,...........,|||,||,,||||,(((((....((((..(((((((..{{.....))..)))),,))..)))).,)))))|,......,.)),....,,,.,.......)))}}}},,|||{{{|||||,..........,,,((,,.,..},..,})))}))))),.,,,}},}}}......,),,,.))...
Back