Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376703.1
Sequence Length
4353 nt
GC Content
0.4615
AGUGCGUGCCGGGUGCGGCGCCAGCAGCGGAGGGGCGGCCCGGCGCCCAGCGGAGAGCCGCUGGCUGGGUGGGUGUCGGCCUCCCCGCCUCCUUCUUCUCCCCGCCGGCUUGCCGGGGAUGCUUGCGCGAGGCGCCCCCUCGCCUUUAAGCUCCCGGCCCCGGGGGGCGGUGUGUGUGAGUAGCUGGGAGGGGGCCGCGAGGCGCUCCGCCGAGGGCUCGUCCGGGUUUGUCCGCCGCCGUCACCUGACUCGUCGGAGGAGCCACAGCUGAGAAGAGGAGGCGGUAGACGCGACCACAGAAGAUGUCGGGCCAAACGCUCACGGAUCGGAUCGCCGCCGCUCAGUACAGCGUUACAGGCUCUGCUGUAGCAAGAGCGGUCUGCAAAGCCACUACUCAUGAAGUAAUGGGCCCCAAGAAAAAGCACCUGGACUAUUUGAUCCAGGCUACCAACGAGACCAAUGUUAAUAUUCCUCAGAUGGCCGACACUCUCUUUGAGCGGGCAACAAACAGUAGCUGGGUGGUUGUGUUUAAGGCUUUAGUGACAACACAUCAUCUCAUGGUGCAUGGAAAUGAGAGAUUUAUUCAAUAUUUGGCUUCUAGAAAUACACUAUUCAAUCUCAGCAAUUUUUUGGACAAAAGUGGAUCCCAUGGUUAUGAUAUGUCUACCUUCAUAAGGCGCUAUAGUAGAUAUUUGAAUGAAAAGGCUUUUUCUUACAGACAGAUGGCCUUUGAUUUUGCCAGGGUGAAGAAAGGGGCCGAUGGUGUAAUGAGGACAAUGGCUCCCGAAAAGCUGCUAAAGAGUAUGCCAAUACUACAGGGACAAAUUGAUGCACUGCUUGAAUUUGAUGUGCAUCCAAAUGAACUAACAAAUGGUGUCAUAAAUGCAGCAUUUAUGCUUCUUUUCAAAGAUCUUAUCAAACUUUUUGCUUGCUACAAUGAUGGUGUUAUUAACUUACUCGAAAAGUUUUUUGAAAUGAAGAAAGGACAAUGUAAAGAUGCUCUAGAAAUUUACAAACGAUUUCUAACUAGAAUGACACGAGUGUCUGAAUUUCUCAAGGUUGCAGAGCAAGUUGGUAUUGAUAAAGGUGACAUUCCUGACCUCACACAGGCUCCCAGCAGUCUUAUGGAGACGCUUGAACAGCAUCUAAAUACAUUAGAAGGAAAGAAACCUGGAAACAAAUCUGGUGCUCCCUCUCCAUUAAGUAAGUCUUCUCCAGCCACAACUGUUACGUCUCCUAAUUCUACACCAGCUAAAACUAUUGACACAUCCCCACCGGUUGAUUUAUUUGCAACUGCAUCUGCGGCUGUCCCAGUCAGCACUUCUAAACCAUCUAGUGAUCUCCUGGACCUCCAGCCAGACUUUUCCUCUGGAGGGGCAGCAGCAGCCGCAGCACCAGCACCACCACCACCUGCUGGAGGAGCCACUGCAUGGGGAGACCUUUUGGGAGAGGAUUCUUUGGCUGCACUUUCCUCUGUUCCCUCUGAAGCACAGAUUUCAGAUCCAUUUGCACCAGAACCUACCCCUCCUACUACAACUGCUGAAAUUGCAACUGCCUCAGCUUCUGCCUCCACUACUACAACUGUUACUGCUGUCACUGCUGAAGUGGAUCUCUUUGGAGAUGCCUUUGCAGCUUCUCCUGGGGAGGCCCCUGCAGCAUCCGAAGGGGCCGCCGCACCAGCUACCCCAACCCCUGUAGCAGCAGCACUUGAUGCAUGUUCAGGAAAUGACCCCUUUGCCCCGUCUGAAGGUAGUGCAGAGGCUGCACCUGAGCUGGACCUCUUUGCAAUGAAGCCACCUGAGACCAGUGUUCCUGUAGUUACCCCUACAGCUAGCACAGCCCCUCCAGUUCCCGCAACUGCUCCUUCUCCUGCUCCUGCCGUUGCAGCUGCUGCUGCUGCCACUACUGCUGCCACCGCCGCUGCCACCACCACUACCACCACCUCCGCUGCCACCGCCACCACUGCUCCUCCUGCUCUAGAUAUCUUUGGUGAUGCUUUCUCCUCUCCACCACAAGGGGCCUCUCCUGUGCCUGAGAGUUCUCUCACUGCUGACCUCUUAUCUGUGGAUGCAUUUGCAGCACCAUCUCCUGCAACCACUGCCUCGCCAGCAAAGGUGGAUUCUUCAGGUGUCAUAGACCUUUUUGGGGAUGCAUUUGGAAGUAGUGCUUCUGAACCCCAACCUGCAUCUCAGGCUGCUUCUAGUUCAUCAGCAUCGGCAGACCUACUAGCUGGAUUUGGGGGUUCUUUCAUGGCGCCUUCCCCAUCUCCAGUGACUCCAGCUCAGAAUAACCUGCUACAGCCCAAUUUUGAGGCAGCUUUUGGGACAACGCCUUCAACUUCCAGCAGCAGCUCCUUUGAUCCAUCAGUGUUUGAUGGUCUAGGUGAUCUUUUGAUGCCAACCAUGGCACCAGCUGGGCAGCCUGCACCUGUCUCAAUGGUACCACCCAGUCCUGCAAUGGCAGCCAGCAAAGCCCUUGGAAGUGAUCUUGAUUCAUCUCUUGCCAGCUUAGUAGGCAAUCUUGGAAUUUCUGGUACCACAACAAAAAAGGGAGAUCUUCAGUGGAAUGCUGGAGAGAAAAAGUUGACUGGUGGAGCCAACUGGCAGCCUAAAGUAGCUCCAGCAACCUGGUCAGCAGGCGUUCCACCAAGUGCACCUUUGCAAGGAGCUGUACCUCCAACCAGUUCAGUUCCUCCUGUUGCCGGGGCCCCAUCGGUUGGACAACCUGGAGCAGGAUUUGGAAUGCCUCCUGCUGGGACAGGCAUGCCCAUGAUGCCUCAGCAGCCGGUCAUGUUUGCACAGCCCAUGAUGAGGCCCCCCUUUGGAGCUGCCGCUGUACCUGGCACGCAGCUUUCUCCAAGCCCUACACCUGCCAGUCAGAGUCCCAAGAAACCUCCAGCAAAGGACCCAUUAGCGGAUCUUAACAUCAAGGAUUUCUUGUAAACAAUUUAAGCUGCAAUAUUUGUGACUGAAUAGGAAAAUAAAUGAGUUUGGAGACUUCAAAUAAGAUUGAUGCUGAGUUUCAAAGGGAGCCACCAGUACCAAACCCAAUACUUACUCAUAACUUCUCUUCCAAAAUGUGUAACACAGCCGUGAAAGUGAACAUUAGGAAUAUGUACUACCUUAGCUGUUAUCCCUACUCUUGAAAUUGUAGUGUAUUUGGAUUAUUUGUGUAUUGUACGAUGUAAACAAUGAAUGGAUGUUACUGAUGCCGUUAGUGCUUUUUUGGACUUCACCUGAGGACAGAUGAUGCAGCUGUUGUGUGGCGAGCUAUUUGGAAAGACGUCUGUGUUUUUGAAGGUUUCAAUGUACAUAUAACUUUUGAACAAACCCCAAACUCUUCCCAUAAAUUAUCUUUUCUUCUGUAUCUCUGUUACAAGCGUAGUGUGAUAAUACCAGAUAAUAAGGAAAACACUCAUAAAUAUACAAAACUUUUUCAGUGUGGAGUACAUUUUUCCAAUCACAGGAACUUCAACUGUUGUGAGAAAUGUUUAUUUUUGUGGCACUGUAUAUGUUAAGAAAUUUUAUUUUAAAAAAUAUAAAGGUUAACGUCCAUAAUAAAUACUUCUCUUUGAAGCUACCUUAUCAAGAACGAAAAAUCGUAUGGGAAGAAUCCCCUAUUUAUCACUGCUAUAUUAAAAUAUAUAUAUUUUAAUUAUAUUUGACAGGUUUUGCAUCUAAAUUGACCUAUUUAUUCAUUCUUGAUUAAAUGCACUGAAAAGUAAAGGGUCUGUUUGUGUCAUGUUCAUGAAAAUGCGGUUAGAGAGGUGCUAUUCAAGUGAUUCUGAAGGCACCCCAAGGUAUAUCUGUAAUUUAAAGAUUACUGCAAAUAUCUUUACUUUACUGUGGGUUUUUAGUACAUCUGUUAAUUUAGUGUUUCUUUGUGUGUUUUGUAGACUAGUGUUCUUCCAUCCUUCAACUGAGCUCAAAGUAGGUUUUGUUGUAACAUUGUGAUUAGGAUUUAAACUAAUUCAGAGAAUUGUAUCUUUUACUGUACAUACUGUAUUCUUUAAGUUUUAAUUUGUUGUCAUACUGUCUGUGCUGAUGGCUUGGCUUAAGAUUUUGAUGCAUAAAUGAGGUCACUGUUGAUCAGUGUUGCUAGUAGCUUGGCAGCUCUUCAUAAAAGCAUAUUGGGUUGGAAAGGUGUUUGCCUAUUUUUCAAAUUAUUUAAUAGAUGUAUGGUACCAUUUAAAAGUGGUUGUAUCUGAAUUUACUGUGGGGAUAACAUACACUGUAAUGGGGAAAAAUUACCUAAAACCAAUUUCAAAAUGGCUUUCUUUGUAUUUCAGUUUAAAAACCCAGUGCAUGUACGCCCUCUGAGAUGCAAUAAACACCUUGAACAAAGAAAUGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1299.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1380.69
Frequency: 0.0000
Diversity: 1155.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((((((((.((((..((((((((.((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((.(((((((((.((((((...((.((((((((((((..(((((.((((((.....))))))...))))))))))))..((((.(((((((.(((.((..((((.(((.(((.((....((((...))))..)).))).))).))))..)))))))))))).)))).(((....))))))))...)).)))))))))))))))..(((((..........).))))(((((....(((.......(((((((((...((((((((.(((.......))).))))).)))..).))))))))...)))((.((((.....)))).)))))))............(((((((.....).))))))........(((................))).)).))))))))))).....(((((((.......(((((((((((.(((((((((...(((((((.((.(((....(((.((((.((((((......(((((((((((....(((((((((((((((....((((((((.......((((.((((((((......((((...))))..((((...((((((((.................))))))))....))))...((((((((((((((..((..((((((((..((((((....))))))..)))))))).)).))))).)))))....)))).)))))))).))))....(((((....)))))...((..((....(((((((..............)))))))....))..))....)))))))).........(((((((.(((.(((((((....((.(((..((((((((((........((((((...))))))........))))))))))..))).))...)))))))....))).))))))).((((((((.......)))))))).)))))).).).))))))).))))))))))).(((((.......(((((((..(((((..(((((((..((((........))))....(((((((..((.((((..(((.....))).(((((.....)))))(((.......))).........((((((((...((((((((..(((..(.((((((((((..((((((....(((............................)))..........)))))).......(((..((((..((((.((((((((......((((............)))).....((((....))))(((((.......))))).)))))))).))))..)))).....)))............))))))))))).)))..)))))))).......(((((((((.....((....))...)))))...))))(((((((......))))))).......))))))))........))))...))..))))))).....(((...((....))...)))...............)))))))..)))))((((.((((.(.(((((....))))).)))))))))........(.((.(((((((...........))))))).)).))))))))....)))))((((.(((((((........))).))))))))........((((((((((.......))..).))))))).)))))))))).)))......))))).)))))))(((((....))).))..((((((......))))))..))))))))).).))))))......))))........)))))))((((....)))).(((((..(((((.......(((((((.....(((.(((((((.(((............(((((....((..((((.((.......))...(((((.....(((.(.((......(((((...((((.((((...))))))))...)))))..........))).)))...)))))))))..))....)))))....(((((.(((.((((((..(((((......)))))......((((((.......((.....))((((((((((((((((...)))))))))........)))))))((((((((..(((((...((.((....)).))...)))))(((((..((((((................))))))..))))).....(((((((((......))).....(((((....)).))).(((.((((((.............)))))).)))..(.(((..((.((((((.....)))))))).))).)(((....)))((((....))))...))))))))))))))))))))((((..((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....))))))))............))))....))))))..))).))))).....))).)..)))))))))....))))))).....)))))..))))))))))))))))((((((((((.....((((....))))((((((((.((.........)).))))))))((((((.(((((...(((.....)))....)))))))))))...)))))))))).))))))))..((((((.......)))))).....))))((((((...((...)).))))))..))))))))))))..)))).))))))))))))))))))((..(((((((((.(....((((.((((((.((...((((((((((.......((((.((......)).)))).......))).)))))))......................)).))))))..)))).........).)))))))))..((((......)))).((((((...((((((((((((......((((.(((((((..(((.(((...............))).)))(((..((((((((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............((....((.(((((.(((..((((((((.(((((((...............(((((((.......)).)))))(((.(......).))).((((((.(((((((.(((((((..(...(((((.(((...(((((((((((......))))))...((((((((.((.......))..))))...)))))))))...))))))))...........)..))))))))))))).....).))).))))))))))))))))))..)))..)))))))....)).............))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..))))))))))))))))))..))).(((((...(((((((((................((.......))((((((((..((...((((((.(((............((((....))))...(((((((............((((((((((...(((((((((.......((((...(((((((((.......(((((..((((((((((.(((....))).))))))(((.(.((((((((((...(((((((.((((....)))).............(.((((((.((((........)))))))))).)..((((.((((.........))))))))))))))))))))))))).).))))))))))))...)))))))))..)))).......)))))))))))))).).)))))))))))............))))))))).))..))))))))((((....((((((((((((((..(((.(((.....(((((........)))))..))).))).))))))))))))))))))((((..(((((......)))))..)))).)))))))))...))))).....(((((....)))))((.((((((((....)))))))).))...........)))))))))))..((((((((.((((((..............((((.((((((..((((((....))))))..(((((..((.....))..))))).)))))))))))))))).)))...)))))................))))))))))))...))))))............(((((.(.((.....))).)))))........(((.....)))....))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((((((((((((.(((((((((((((((((...((((..((((((((.{{{(((.{..(((.((((((((((({{.(((((((({{((((((.,{,(,(({{,(((((((..(((((.((((((.....))))))...)))))))))))).,|||{,|((((((.(((.((..((((.(((.(((,((.,..((((...))))..)),))).))).))))..)))))))))))}.}}}}.(((....))))|||}...)),)))))))))))))))..({(((,,{....,..}.})))(((({....||||,.|,..((((((((,...((((((((.(((.......))).))))).)))..).))))))))....,|{,.{{{{..,..)))}.}})))}}............(((((({.....}.))))))........(((...,{{,....,,,,.))).)}.))))))))))).)),,.)))})||........{|,|}|{((((((.(((.....(((..{{(((....,.(((((((..,,)))).}}}....{(((((((({(..,,(((((((({((((((....{(((((({....,,.((((.((((((({......(((({,.,||{|,,,,,...,||}}|||((({{{..{{{{.....,}}},,,,..{{{{.,(((((((.{{(((...},}.}}}.))))))).,}}}})))...))))))...{((((({.{{.{.,.....,.,)}.)))))))))))))).))))...,(((((....)))))...((..({....(((((((..,........}..)))))))....}}..}}....}))))))){{{,,,,{.{{|||||,||({(({((((,,,,{,.,,,..{(((((((((........((((((...))))))........)))))))))),}))),),}},)}}}}}}....}}}.}}})))},((((((((.......)))))))).)))))).}.}.))))))).))))))))))}.(((((((({((,(((((((...((...(((.(((...((((........)))).....((((((....((((((.((({{...,,,.(((((.....))))).(({.,(..(((.(((......))))))..}..}}.}}}.....,}}}),,.))))))......)))))}..))).)))...))...)))))))........,|,..,,.,,.....}||||.......}}},,}))).})}|||||}{{.{{{{.||||{{{.........,,,}}}}.....)))).(((((((..,(,....,,,,)))))))((((((((((((.(({((,((((((...........))))))((((((...{((..{((({,......{(((((.((....(((((.((((......((((.....((((.....))))...))))......))))))))).....}).)))))).......,(({...{{{(({{..{..{((((({{,(({({(((((({.,,.,.{{..,.||,||..{(((.({((.(.(((((....))))).))})}})))|.,|...(({((.(((((((.,.......,.))))))).},{|....))..,..,....((((.{((((((.,....,.))).))))))))....|.,.......},,,),,.},,))))))),,))))),)...,.}}|||||..,,,.}}}}}}}..}))...,{|||....(((((.((((((......))))))..))))).,...}))})))))}}}))...)))))}....,.{{....)).}}))).))})))))))))))}.,},}))}})}}.,.}}))).))),,,.,)}).))}}}}..))))))))....))))....)))))))))).)))..,,....,..,((,(|.,...,,.,...,{||||,...((((((((((((((((.(((((,.,,}}}},.,(((({({........({((,((({.{(({((.........})))),||||{{,..,,,|,}}}..))}))|,,,..}|||{,,,,,.,}||,..,{|((({{{{{(((((((((...))))))))),,}},,..)))))))}|(((((({.{((((...((.((....)).))...)))))(((((..(((((({.{{.....)).}},.,)))))..))))),.....,,(({{((......))),...})}.......{((((((..,..((((.((..((((.....(((((((((...(((((((((.((((((,...,)))))))){((((,.{{,.,((.(((((....))))).))},.||},,}))}},,,}}}......((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....))))))))........))))))).((((((((.....))))))))......(((((((({((((((..(((,,...,,...))).)))))).,..,},)))))))((((((((((.....((((....)))){(((((((.({.........)}.)))))))|((((((.(((((...(((.....)))....))))))))))),..)))))))))).))))))))).)))).)))))).,,)))))))))))))))}}},},..)))))).....)).))))))))....))),)))).))))))))))))))))))((,,((((((((({{....{(((.((((((,({,..((((((((((..,....{(((,((......)).)))}.......})).)))))))....,,,,,,....,{,,....})|))})))..}})}.........}.}}))}}}}}..{{{,......||||,(((({({{{({{{{|||||,,.,,|||{{{{,{{{{{{{..,,|,{{{....,.,,{,....,{{((({,,{(..(((({(((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............{(...,(({(((((.(((..((((((((.((((((({(,,,{,........{((((,{{{,...|}},))))){{{.(......).}}}.{,{{{{.,((((((.(((((((..(,,.(((((.(((...(((((((((((,....,))))))...((((({{{.{{.......}}..))))}..,))))))))..}})}))))),..........}..)))))))))))))....}}}),},)),)))))))))))))))..,)),.))))),),,,.}}..........,..))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..)))))))))))))}))))..)))}}||||||||,..,{{(({{{....,}}}},},,{{}},,,,,,,((((((((.,(({..(((((||(((....,...|,,.((((....))))...(((((((............((((({{{({.,((((((((((.......((((.{.{((((((({..,{,..{((({..((((((((((.(((....))).)))))}(((.{.((((((((({.,,(({(((({{{{{....}}}|..,|||||.|,,.{.((((((.((((.,.....,)))))))))).,..{{{{,,,||{{{{{|...,)))))),}}}}))))))))))))).).)))))))))))),,,)))))))))..)))).......)))))))))))))}.,})))))))))))...........,))))))))).))}})))))))).{{,.,,,(((((({{{{,,{,}}|||,||{||||.{((({........}}}}}..,}},}}},}}}|}|||}|||}}},,,((((,,({{{{..,}.,))))),.)))},,,}))}}},}}|}},...|||||{,{({{{.,,,,)||}((((((({....}))))))).)}},,,...,}},}})}))))))),{(((({{{{{|{|{{{,,,...........,|||,||,,||||,(((((....((((..(((((((..{{.....))..)))),,))..)))).,)))))|,......,.)),....,,,.,.......)))}}}},,|||{{{|||||,..........,,,((,,.,..},..,})))}))))),.,,,}},}}}......,),,,.))...
Back