Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376704.1
Sequence Length
4139 nt
GC Content
0.4465
GCAGCUCGGAGCGCUAGAGAGACGCGGCGGCGCUGGCAGAAGAGGCGGCGGCGGGCGGAAGAGGAGGCGGUAGACGCGACCACAGAAGAUGUCGGGCCAAACGCUCACGGAUCGGAUCGCCGCCGCUCAGUACAGCGUUACAGGCUCUGCUGUAGCAAGAGCGGUCUGCAAAGCCACUACUCAUGAAGUAAUGGGCCCCAAGAAAAAGCACCUGGACUAUUUGAUCCAGGCUACCAACGAGACCAAUGUUAAUAUUCCUCAGAUGGCCGACACUCUCUUUGAGCGGGCAACAAACAGUAGCUGGGUGGUUGUGUUUAAGGCUUUAGUGACAACACAUCAUCUCAUGGUGCAUGGAAAUGAGAGAUUUAUUCAAUAUUUGGCUUCUAGAAAUACACUAUUCAAUCUCAGCAAUUUUUUGGACAAAAGUGGAUCCCAUGGUUAUGAUAUGUCUACCUUCAUAAGGCGCUAUAGUAGAUAUUUGAAUGAAAAGGCUUUUUCUUACAGACAGAUGGCCUUUGAUUUUGCCAGGGUGAAGAAAGGGGCCGAUGGUGUAAUGAGGACAAUGGCUCCCGAAAAGCUGCUAAAGAGUAUGCCAAUACUACAGGGACAAAUUGAUGCACUGCUUGAAUUUGAUGUGCAUCCAAAUGAACUAACAAAUGGUGUCAUAAAUGCAGCAUUUAUGCUUCUUUUCAAAGAUCUUAUCAAACUUUUUGCUUGCUACAAUGAUGGUGUUAUUAACUUACUCGAAAAGUUUUUUGAAAUGAAGAAAGGACAAUGUAAAGAUGCUCUAGAAAUUUACAAACGAUUUCUAACUAGAAUGACACGAGUGUCUGAAUUUCUCAAGGUUGCAGAGCAAGUUGGUAUUGAUAAAGGUGACAUUCCUGACCUCACACAGGCUCCCAGCAGUCUUAUGGAGACGCUUGAACAGCAUCUAAAUACAUUAGAAGGAAAGAAACCUGGAAACAAAUCUGGUGCUCCCUCUCCAUUAAGUAAGUCUUCUCCAGCCACAACUGUUACGUCUCCUAAUUCUACACCAGCUAAAACUAUUGACACAUCCCCACCGGUUGAUUUAUUUGCAACUGCAUCUGCGGCUGUCCCAGUCAGCACUUCUAAACCAUCUAGUGAUCUCCUGGACCUCCAGCCAGACUUUUCCUCUGGAGGGGCAGCAGCAGCCGCAGCACCAGCACCACCACCACCUGCUGGAGGAGCCACUGCAUGGGGAGACCUUUUGGGAGAGGAUUCUUUGGCUGCACUUUCCUCUGUUCCCUCUGAAGCACAGAUUUCAGAUCCAUUUGCACCAGAACCUACCCCUCCUACUACAACUGCUGAAAUUGCAACUGCCUCAGCUUCUGCCUCCACUACUACAACUGUUACUGCUGUCACUGCUGAAGUGGAUCUCUUUGGAGAUGCCUUUGCAGCUUCUCCUGGGGAGGCCCCUGCAGCAUCCGAAGGGGCCGCCGCACCAGCUACCCCAACCCCUGUAGCAGCAGCACUUGAUGCAUGUUCAGGAAAUGACCCCUUUGCCCCGUCUGAAGGUAGUGCAGAGGCUGCACCUGAGCUGGACCUCUUUGCAAUGAAGCCACCUGAGACCAGUGUUCCUGUAGUUACCCCUACAGCUAGCACAGCCCCUCCAGUUCCCGCAACUGCUCCUUCUCCUGCUCCUGCCGUUGCAGCUGCUGCUGCUGCCACUACUGCUGCCACCGCCGCUGCCACCACCACUACCACCACCUCCGCUGCCACCGCCACCACUGCUCCUCCUGCUCUAGAUAUCUUUGGUGAUGCUUUCUCCUCUCCACCACAAGGGGCCUCUCCUGUGCCUGAGAGUUCUCUCACUGCUGACCUCUUAUCUGUGGAUGCAUUUGCAGCACCAUCUCCUGCAACCACUGCCUCGCCAGCAAAGGUGGAUUCUUCAGGUGUCAUAGACCUUUUUGGGGAUGCAUUUGGAAGUAGUGCUUCUGAACCCCAACCUGCAUCUCAGGCUGCUUCUAGUUCAUCAGCAUCGGCAGACCUACUAGCUGGAUUUGGGGGUUCUUUCAUGGCGCCUUCCCCAUCUCCAGUGACUCCAGCUCAGAAUAACCUGCUACAGCCCAAUUUUGAGGCAGCUUUUGGGACAACGCCUUCAACUUCCAGCAGCAGCUCCUUUGAUCCAUCAGUGUUUGAUGGUCUAGGUGAUCUUUUGAUGCCAACCAUGGCACCAGCUGGGCAGCCUGCACCUGUCUCAAUGGUACCACCCAGUCCUGCAAUGGCAGCCAGCAAAGCCCUUGGAAGUGAUCUUGAUUCAUCUCUUGCCAGCUUAGUAGGCAAUCUUGGAAUUUCUGGUACCACAACAAAAAAGGGAGAUCUUCAGUGGAAUGCUGGAGAGAAAAAGUUGACUGGUGGAGCCAACUGGCAGCCUAAAGUAGCUCCAGCAACCUGGUCAGCAGGCGUUCCACCAAGUGCACCUUUGCAAGGAGCUGUACCUCCAACCAGUUCAGUUCCUCCUGUUGCCGGGGCCCCAUCGGUUGGACAACCUGGAGCAGGAUUUGGAAUGCCUCCUGCUGGGACAGGCAUGCCCAUGAUGCCUCAGCAGCCGGUCAUGUUUGCACAGCCCAUGAUGAGGCCCCCCUUUGGAGCUGCCGCUGUACCUGGCACGCAGCUUUCUCCAAGCCCUACACCUGCCAGUCAGAGUCCCAAGAAACCUCCAGCAAAGGACCCAUUAGCGGAUCUUAACAUCAAGGAUUUCUUGUAAACAAUUUAAGCUGCAAUAUUUGUGACUGAAUAGGAAAAUAAAUGAGUUUGGAGACUUCAAAUAAGAUUGAUGCUGAGUUUCAAAGGGAGCCACCAGUACCAAACCCAAUACUUACUCAUAACUUCUCUUCCAAAAUGUGUAACACAGCCGUGAAAGUGAACAUUAGGAAUAUGUACUACCUUAGCUGUUAUCCCUACUCUUGAAAUUGUAGUGUAUUUGGAUUAUUUGUGUAUUGUACGAUGUAAACAAUGAAUGGAUGUUACUGAUGCCGUUAGUGCUUUUUUGGACUUCACCUGAGGACAGAUGAUGCAGCUGUUGUGUGGCGAGCUAUUUGGAAAGACGUCUGUGUUUUUGAAGGUUUCAAUGUACAUAUAACUUUUGAACAAACCCCAAACUCUUCCCAUAAAUUAUCUUUUCUUCUGUAUCUCUGUUACAAGCGUAGUGUGAUAAUACCAGAUAAUAAGGAAAACACUCAUAAAUAUACAAAACUUUUUCAGUGUGGAGUACAUUUUUCCAAUCACAGGAACUUCAACUGUUGUGAGAAAUGUUUAUUUUUGUGGCACUGUAUAUGUUAAGAAAUUUUAUUUUAAAAAAUAUAAAGGUUAACGUCCAUAAUAAAUACUUCUCUUUGAAGCUACCUUAUCAAGAACGAAAAAUCGUAUGGGAAGAAUCCCCUAUUUAUCACUGCUAUAUUAAAAUAUAUAUAUUUUAAUUAUAUUUGACAGGUUUUGCAUCUAAAUUGACCUAUUUAUUCAUUCUUGAUUAAAUGCACUGAAAAGUAAAGGGUCUGUUUGUGUCAUGUUCAUGAAAAUGCGGUUAGAGAGGUGCUAUUCAAGUGAUUCUGAAGGCACCCCAAGGUAUAUCUGUAAUUUAAAGAUUACUGCAAAUAUCUUUACUUUACUGUGGGUUUUUAGUACAUCUGUUAAUUUAGUGUUUCUUUGUGUGUUUUGUAGACUAGUGUUCUUCCAUCCUUCAACUGAGCUCAAAGUAGGUUUUGUUGUAACAUUGUGAUUAGGAUUUAAACUAAUUCAGAGAAUUGUAUCUUUUACUGUACAUACUGUAUUCUUUAAGUUUUAAUUUGUUGUCAUACUGUCUGUGCUGAUGGCUUGGCUUAAGAUUUUGAUGCAUAAAUGAGGUCACUGUUGAUCAGUGUUGCUAGUAGCUUGGCAGCUCUUCAUAAAAGCAUAUUGGGUUGGAAAGGUGUUUGCCUAUUUUUCAAAUUAUUUAAUAGAUGUAUGGUACCAUUUAAAAGUGGUUGUAUCUGAAUUUACUGUGGGGAUAACAUACACUGUAAUGGGGAAAAAUUACCUAAAACCAAUUUCAAAAUGGCUUUCUUUGUAUUUCAGUUUAAAAACCCAGUGCAUGUACGCCCUCUGAGAUGCAAUAAACACCUUGAACAAAGAAAUGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1170.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1247.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 1153.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..((((((((..((.(((..(.((.((((.((((((..((((.(((((((((.(.(.(((((((.(((((..(((.(((((.....))).))(((...((((((.(((((((...((.(((((((..(((((((..........)))))))....)))))))..))....(((.((((.....)))).)))((...........)).(((((((.....).))))))...(((.((((................))).).))))))).....))).)))))))))..........(((((((.(((((((((...(((((((.((.(((....(((.((((.((((((......(((((((((((....(((((((((((((((....((((((((.......((((.((((((((......((((...))))..((((...((((((((.................))))))))....))))...((((((((((((((..((..((((((((..((((((....))))))..)))))))).)).))))).)))))....)))).)))))))).))))....(((((....)))))...((..((....(((((((..............)))))))....))..))....)))))))).........(((((((.(((.(((((((....((.(((..((((((((((........((((((...))))))........))))))))))..))).))...)))))))....))).))))))).((((((((.......)))))))).)))))).).).))))))).))))))))))).(((((.......(((((((..(((((..(((((((..((((........))))....(((((((..((.((((..(((.....))).(((((.....)))))(((.......))).........((((((((...((((((((..(((..(.((((((((((..((((((....(((............................)))..........)))))).......(((..((((..((((.((((((((......((((............)))).....((((....))))(((((.......))))).)))))))).))))..)))).....)))............))))))))))).)))..)))))))).......(((((((((.....((....))...)))))...))))(((((((......))))))).......))))))))........))))...))..))))))).....(((...((....))...)))...............)))))))..)))))((((.((((.(.(((((....))))).)))))))))........(.((.(((((((...........))))))).)).))))))))....)))))((((.(((((((........))).))))))))........((((((((((.......))..).))))))).)))))))))).)))......))))).)))))))(((((....))).))..((((((......))))))..))))))))).).))))))..)))..)))))))))))).).).)))))))..(((((.((.(..((.((.......)).))..).)).)))))..............)).))))..)))))).)))).)).)..)))))..))))))((((((((((((.(.(((((((..(((((...((((.((((...))))))))...)))))......(((.(.(((....))).).)))((..((((((.((((((.(((((((((....(((((((((.((((..(((..(((((.(.((.(((((.........((((((((.....(((((..(((((...(((((((..((.((.....((((((((....(((....)))...))))).)))....)).)).....)))))))......)))))))))).))))))))))))).)).)...))))).)))))))...))........))))))).(((((((((...............((((.((((((((...((.((((((.....))))))))..(((.(((....))))))......((((.((..(((((((((((..(((.......((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....)))))))).........)))....((((((((.....))))))))............((.((((((..(((..........))).)))))).)).(((((.(((.((((((((((.....((((....))))((((((((.((.........)).))))))))((((((.(((((...(((.....)))....)))))))))))...)))))))))).)))))))).))))).)))))))).))))......(((.((((((...((...)).))))))..)))........)))))))).))))...(((((..((((...................))))..))))).)))))))))....(((......)))..(((.((((((((((.....((((.....))))....(((((((.(.(((((.((((((((.((((((((...........(((((((...)))))))....((((((...((((((((((((((.....((((..........))))(((.(((...............))).)))(((..((((((((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............((....((.(((((.(((..((((((((.(((((((...............(((((((.......)).)))))(((.(......).))).((((((.(((((((.(((((((..(...(((((.(((...(((((((((((......))))))...((((((((.((.......))..))))...)))))))))...))))))))...........)..))))))))))))).....).))).))))))))))))))))))..)))..)))))))....)).............))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..))))))))))))))))))..)))..(((((((.......(((((....)))))......))))))).............))))))))))))))....))))))..((((....))))...(((....))))))))))))).....((((((((((((....)))))))).))))....)))))).))))).))))))))...((((((.(((....))).)))))).(((....)))..)))))))))).)))((((....))))...)))))...))))))))))...))))))..)).))))))).))))))).))))))((((..(((((((..........)))))))..))))....((((((..(((((((((((((..((((....(((.(((((((((.(((((.(((((............((((.(((((.......))))).))))(((((....((((((((((((((..(((.(((.....(((((........)))))..))).))).)))))))))))))))))))..)))))))))).(((((((((.((((((...((((........)))).))))))..))).))))))((((((((....))))))))........))))))))).)))((((((((((....))))...)))))))))).)))))))))))))(((((((((....((((..(((((((..((.....))..)))).)))..))))..)))))........)))).))))))...(((((...((..((..(((((((((((...........((.((......)).)))))))))))))..))..)))))))....))..)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.,(((((({(,.{(,(((..(.((.((((.((((((..(((((((((((((((((.,((({,((((((((..(((.,,,,({,,({(((({{((({..{({{,,.{{,.((({{{(({,,,((((((((.(((.......))).))))).)))..),)))))}}}....,(({.((((.....)))).)))}}...........,,.(((((({.....}.))))))........(((...,,{,....,,,,.)))...))))))))).}}))).}||{{{((,......,{{{(((((((.(((((((({...(((((((.((.(({....(((.((((.((((({......((((((((({{..,,{((((((((((((((....((((((({....,,.((((.((((((((......(((({,.,||{|,,,,,...,|}}||||((((({..{{{{.....,,}},,,,..{{{{.,(((((((.{{(((...},}.}}}.))))))).,}}}})))...))))))...{((((({.{{.{.,.....,.,)}.)))))))))))))).))))...|(((((....)))))...((..({....(((((((..,........}..)))))))....}}..}}....}))))))){{{,,,,{.{{|||||,||({(({(((({,,,{,.,,,..{(((((((((........((((((...))))))........)))))))))),}))),),}},)}}}}}}....}}}.}}})))},((((((((.......)))))))).)))))).}.).))))))).))))))))))}.(((((((((((,{(((({{...,....((((..,.,{(((,.,,,....}|||{|,.{((({((,,{..||||},|||.,...}}}.(((((.....)))))|||},.,..})))({.......((((((((...((((((({..(((..(.((((((((((......,{,...{{{................|,.........,|||.,.........})|}}.......{{|..((((..((((.(((((((({{....((((............)))).....||||.{{{||||,,{({.......}))))})))))))).))))..))))...,,}|,............)))))))))),.)))..)))))))).......(((((((((.....,(....||...)))))}..,)))(((((({......})))))).......)))))))).......,}}}}.....}})))))),...}))))))}({{{(.((..(((({{.{{,,,,..,....{{..,,|{{|}.,{{((,({{(.(,(((((....))))).}}}}}}))),.,,,.,{({((.(((((((.,.......,.))))))).}},|..,,))..}..,,...((((.{((((((.,....,.))).))))))))....{,,..,...,,..,}}},}.}))))).)),))))))))))))))).)))......))))).))))))){{(((....))).)}..((((((......))))))..))))))))).},))))))..,}}.})))},,,,,,,)))))})||||,,..||||{,}}.|))))}))}.}}.}}.)))),.}))))))))),................,}))..)))))).)))).)).).,))))),.}))}}}((((((((((((.(.(((((((..(((((...((({{((((...))))))))...)))))......{{,.,.,||....,,....}}|((..((((((.((((((.(((((((((....(((((((((.(({,.,(((..(((((.{.((.(((({........,((((((((.....(((((..(((((..,((((((({,((.((.....((((((((....(({....}}},..))))).)))....)},)}...||}}}}}}}......)))))))))).))))))))))))).)).|...}))}}.}))}}}}...}}........))))))).(((((((((...............((((.((((((((...((.((((((,...,)))))))).{{{,..,{..,{{.(((({....))))).)}|.(((((({{{{(..{{,{,,,,..((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...(((({(.(((......,,))}.))}.}}})))).)).)))......))).....)))))))).........||||.,.((((((((.....))))))))......{{{{{{((|(({{({..{(({{.,,,....}}}.)))))),,..|||||}|||}((((((((((.....((((....)))){(((((((.({.........)}.)))))))|((((((.(((((...(((.....)))....))))))))))),..)))))))))).}}}}}))}.))))}.)))}}}...}||||||,||{{,,(({{((...{{,..)),}}))})}})))..,,,...)))))))).))))...(((((,.({{((({.....}))}.......,))),,)}}}}.))))))))}..,.{,,..,,,,||{,{(,,.{{{({{({{{.....{{|||,},}}}}|....(((((({|{.(((({.((({(({{.{(((((({........,|||{||{{|,.,|||,,,,....((((((..,((((((((((((({.....{{{{............,,,||.,,,......,,,,....,|{{{{|,,{{..(((({(((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............{(...,(({(((((.(((..((((((((.((((((({(,,,{,........{((((,{{{,...|}},))))){{{.(......).}}}.{,{{{{.,((((((.(((((((..(,,,(((((.(((...(((((((((((,....,))))))...((((({{{.{{.......}}..)))}}..,))))))))..}})}))))),..........}..)))))))))))))....}}}),},)),)))))))))))))))..,)),.))))),),,,.}}..........,..))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..)))))))))))))}))))..}}}}}|||||{{,,..,{,((({{....,})}),}},,,}}},,,,............,})))))))))))))....)))))}..((((....))))..,{||,,..)))))))))))}},....{({(((((((((....))))))))},))}....}}}))).})))).})))))))...|(((((.(((....))).)))))},{{|....)))..,))))))})),))}{{{{....})))...)))))...))))))))))...))))))..)),))))))).))))))).))))))((((..(((((((..........)))))))..))))..{{((({{{{{(((((((((((({..{{(({{{{(({{(((((((,,,.,{{{.,{{|||,,.,,,.,,,.((((.(((({.......))))}.)))).||||.,,.(((((({{{{{{{,,,|||,{((,,,,.{((({........}}}}}..}}}.}}}.}}}}}||}}}}}}}}|,|{{((,,{{{{{.,,},,))))),.}))},,,}}},,..}}}}}},}}},}}||,}||||.|||.}||,((((((({....}))))))).)},}}..,,,}}}},,.}||{((({(((((,...}}}}.,,}}})},,,,,.})))))))))))},,,,(((((....((((..(((((((..{{.....))..)))),,))..))))..)))))|,......}})),,,,,||,..,,{{|..,||.,||..{(({{{{{{{{..,,,,,,,,,|{.({......)).}))))))))))}}..,,..}}}},,,....)}..)))...
Back